Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 2,745,089 | A→C | 28.3% | V84G (GTG→GGG) | trmD ← | tRNA m(1)G37 methyltransferase, SAM‑dependent |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,745,089 | 0 | A | C | 28.3% | 174.5 / 12.3 | 89 | V84G (GTG→GGG) | trmD | tRNA m(1)G37 methyltransferase, SAM‑dependent |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (49/11); new base C (3/25); total (52/37) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.86e-10 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAATCAGCGTCATTGCTGGTAACTCACCACCACTGAGAACGTAATCGCCGATTGACCATTCTTCGTCAATTTCGGTTTGGATCACGCGCTCATCTATACCTTC‑GTAGCGACCGCACACCAGAATCAATTTTTGAT‑TCGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGC‑GTCCCTGTGGTG‑ACAGATAAA‑TCACCTTTG‑CGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCG‑CAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAGGACGATCGTCCACGGTACGGTGCCGGTCATGCGTGAAGTCGCGAGGACTCCAGCTCTGGATGCTCAGCAGGCCATTTTTAACTGCCCGGCCAGTTACCCCGTAATCGGTAATTGCGCGGAACATTTCA > NC_000913/2744868‑2745310 | ccGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAATCAGCGTCATTGCTGGTAACTCACCACCACTGAGAACGTAATCGCCGATTGACCATTCTTCGTCAATTTCGGTTTGGATCACGCGCTCATCTATACCTTC‑GTAGCTACCGCACACCAGAATCAATTTTTGAT‑TCGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCCCTTGTTCAAGCTTGC‑GTCCCTGTGGTG‑ACAGATAAA‑TCACCctt > 1:13443/1‑227 (MQ=255) ccGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAATCAGCGTCATTGCTGGTAACTCACCACCACTGAGAACGTAATCGCCGATTGACCATTCTTCGTCAATTTCGGTTTGGATCACGCGCTCATCTATACCTTC‑GTAGCGACCGCACACCAGAATCAATTTTTGAT‑TCGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGC‑GTCCCTGTGGTG‑ACAGATAAA‑TCCCCttt > 1:1424077/1‑227 (MQ=255) cGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAATCAGCGTCATTGCTGGTAACTCACCACCACTGAGAACGTAATCGCCGATTGACCATTCTTCGTCAATTTCGGTTTGGATCACGCGCTCATCTATACCTTC‑GTAGCGACCGCACACCAGAATCAATTTTTGAT‑TCGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGC‑GTCCCTGTGGTG‑ACAGATAAA‑TCACCTTTg < 2:1396849/227‑1 (MQ=255) aTAAACCGGGAAACGGAGTCAATCAGCGTCATTGCTGGTAACTCACCACCACTGAGAACGTAATCGCCGATTGACCATTCTTCGTCAATTTCGGTTTGGATCACGCGCTCATCTATACCTTC‑GTAGCGACCGCACACCAGAATCAATTTTTGAT‑TCGTTGCCCGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGC‑GTCCCTGTGGTG‑ACGGCTAAA‑TCACCTTTG‑CGCCt > 1:1614867/1‑228 (MQ=255) aTAAACCGGGAAACGGAGTCAATCAGCGTCATTGCTGGTAACTCACCACCACTGAGAACGTAATCGCCGATTGACCATTCTTCGTCAATTTCGGTTTGGATCACGCGCTCATCTATACCTTC‑GTAGCGACCGCACACCAGAATCAATTTTTGAT‑TCGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGC‑GTCCCTGTGGTG‑ACAGATAAA‑TCACCTTTG‑CGCCt > 2:1730034/1‑228 (MQ=255) 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cGCTTGATCAAGCTTGC‑GTCCCTGTGGTG‑ACAGATAAA‑TCACCTTTG‑CGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCG‑CAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAGGACGATCGTCCACGGTACGGTGCCGGTCATGCGTGAAGTCGCGAGGACTCCAGCTCTGGATGCCCAGCAGGCCCTTTTTAACTGCCCGGcccg > 1:1599018/1‑225 (MQ=255) cGCTTCATCCAGCTTGC‑‑TCCCTG‑GGTGTAACGATAAACTCCCTTTGG‑CCTCTTCCCCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGACTGGCGTCCCG‑CAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAGGACGATCGTCCACGGTACGGTGCCGGTCATGCGTGAAGTCGCGAGGACTCCAGCTCTGGATGCTCAGCAGGCCATTTTTAACTGCCCGGCCAGt < 2:89186/228‑1 (MQ=255) tCAAGCTTGC‑GTCCCTGTGGTG‑ACAGATAAA‑TCACCTTTG‑CGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCG‑CAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAGGACGATCGTCCacggta > 1:1449849/1‑144 (MQ=255) acaggcttgc‑ttCCGTTGGGTA‑ACAGAAAAC‑TCCCCTTCG‑CGCCTTCCCCCGCCGTGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCG‑CAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAGGACGATCGTCCACGGTACGGTGCCGGTCATGCGTGAAGTCGCGAGGACTCCAGCTCTGGATGCTCAGCAGGCCATTTTTAACTGCCCGGCCAGTTACCCCg < 2:181225/224‑1 (MQ=255) 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cTGTGGTG‑ACAGATAAA‑TCACCTTTG‑CGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCG‑CAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAGGACGATCGTCCACGGTACGGTGCCGGTCATGCGTGAAGTCGCGAGGACTCCAGCTCTGGATGCTCAGCAGGCCATTTTTAACTGCCCGGCCAGTTACCCCGTAATCGGTAATTg > 1:186765/1‑227 (MQ=255) cTGTGGTG‑ACAGATAAA‑TCACCTTTG‑CGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCG‑CAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAGGACGATCGTCCACGGTACGGTGCCGGTCATGCGTGAAGTCGCGAGGACTCCAGCTCTGGATGCTCAGCAGGCCATTTTTAACTGCCCGGCCAGTTACCCCGTAATCGCTACTTg > 2:529419/1‑227 (MQ=255) tgtgGTG‑ACAGATAAA‑TCACCTTTG‑CGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCG‑c < 2:1279433/69‑1 (MQ=255) tgtgGTG‑ACAGATAAA‑TCACCTTTG‑CGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCG‑CAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAGGACGATCGTCCACGGTACGGTGCCGGTCATGCGTGAAGTCGCGAGGACTCCAGCTCTGGATGCTCAGCAGGCCATTTTTAACTGCCCGGCCAGTTACCCCGTAATCGGTAATTgcg > 2:1797750/1‑228 (MQ=255) 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aCAGATAAA‑TCACCTTTG‑CGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCG‑CAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAGGACGATCGTCCACGGTACGGTGCCGGTCATGCGTGAAGTCGCGAGGACTCCAGCTCTGGATGCTCAGCAGGCCATTTTTAACTGCCCGGCCAGTTACCCCGTAATCGGTAATTGCGCGGAACa > 2:731845/1‑228 (MQ=255) caaaaaaa‑TCCCCTTGG‑CGCTTTCCCCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCG‑CAAGGGTTGCACCATCATTAACCTCCCCGGTCCGCCGCCGTAAGGACGATCGTCCACGGTACGGTGCCGGTCATGCGTGAAGTCGCGAGGACTCCAGCTCTGGATGCTCAGCAGGCCATTTTTAACTGCCCGGCCAGTTACCCCGTAATCGGTAATTGCGCGGAACa < 1:103041/222‑1 (MQ=255) cAGATAAA‑TCACCTTTG‑CGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCG‑CAAggg < 1:1432954/66‑1 (MQ=255) cAGATAAA‑TCACCTTTG‑CGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCG‑CAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAGGACGATCGTCCACGGTACGGTGCCGGTCATGCGTGAAGTCGCGAg < 1:282044/149‑1 (MQ=255) aGATAAA‑TCACCTTTG‑CGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCG‑CAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAGGACGATCGTCCACGGTACGGTGCCGGTCATGCGTGAAGTCGCGAGGACTCCAGCTCTGGATGCTCAGCAGGCCATTTTTAACTGCCCGGCCAGTTACCCCGTAATCGGTAATTGCGCGGAACCtt > 1:1169652/1‑228 (MQ=255) aGATAAA‑TCACCTTTG‑CGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCG‑CAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAGGACGATCGTCCACGGTACGGTGCCGGTCATGCGTGAAGTCGCGAGGACTCCAGCTCTGGATGCTCAGCAGGCCATTTTTAACAGCCCGGCCAGTTACCCCGTAATCGGGAATTTCGCGGAGCAtt > 2:1446474/1‑228 (MQ=255) tAAA‑TCACCTTTG‑CGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCG‑CAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAGGACGATCGTCCACGGTACGGTGCCGGTCATGCGTGAAGTCGCGAGGACTCCAGCTCTGGATGCTCAGCAGGCCATTTTTAACTGCCCGGCCAGTTACCCCGTAATCGGCAATTGCGCGGAACATTTCa > 1:1558546/1‑228 (MQ=255) | CCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAATCAGCGTCATTGCTGGTAACTCACCACCACTGAGAACGTAATCGCCGATTGACCATTCTTCGTCAATTTCGGTTTGGATCACGCGCTCATCTATACCTTC‑GTAGCGACCGCACACCAGAATCAATTTTTGAT‑TCGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGC‑GTCCCTGTGGTG‑ACAGATAAA‑TCACCTTTG‑CGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCG‑CAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAGGACGATCGTCCACGGTACGGTGCCGGTCATGCGTGAAGTCGCGAGGACTCCAGCTCTGGATGCTCAGCAGGCCATTTTTAACTGCCCGGCCAGTTACCCCGTAATCGGTAATTGCGCGGAACATTTCA > NC_000913/2744868‑2745310 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 6 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |