| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 422,247 | A→T | 9.0% | Y421F (TAT→TTT) | proY → | proline‑specific permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 422,247 | 0 | A | T | 9.0% | 402.4 / 2.3 | 135 | Y421F (TAT→TTT) | proY | proline‑specific permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (36/84); new base T (11/2); total (49/86) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.91e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 136 total aligned reads displayed.
TGTATCTGAACTACATCATGCCGGAAAACGTCTTCCTGGTGATCGCTTCGCTGGCAACCTTCGCCACGGTGTGGGTGTGGATTATGATCCTGCTGTCGCAAATTGCCTTCCGTCGCCGTTTGCCGCCAGAAGAAGTTAAGGCGCTGAAATTTAAAGTGCCGGGTGGGGTAGCAACGACCATCGGCGGGCTGATTTTCCTGCTC‑TTTATTAT‑CGGGTTGATTGG‑TTATCACCCGGATA‑CGCGTATCTCGCTGT‑ATGTCGGTTTCGC‑GTGGATTGTTGTGC‑TGTTGATTGGCTGG‑ATGTTTAAACGCCGCCACGATCGTCAGCTGGCTGAAAACCAGTAATCCTTG‑CGTTCTGTAAGCCGGTTCAGGAGGAAATCCTGATCCGGCTATTCCG‑AAAGTTATC‑CGCCCCCGTCCTCCTCCCCCAAATATCCTTCAGATGATGAGTGATC > NC_000913/422022‑422466 | tgtATCTGAACTACATCATGCCGGAAAACGTCTTCCTGGTGATCGCTTCGCTGGCAACCTTCGCCACGGTGTGGGTGTGGATTATGATCCTGCTGTCGCAAATTGCCTTCCGTCGCCGTTTGCCGCCAGAAGAAGTTAAGGCGCTGAAATTTAAAGTGCCGGGTGGGGTAGCAACGACCATCGGCGGGGTGGTTTTTCTGCCC‑TTTTTTTT‑CCGGGTGAGTGG‑GTAt > 2:1801858/1‑227 (MQ=255)tgtATCTGAACTACATCATGCCGGAAAACGTCTTCCTGGTGATCGCTTCGCTGGCAACCTTCGCCACGGTGTGGGTGTGGATTATGATCCTGCTGTCGCAAATTGCCTTCCGTCGCCGTTTGCCGCCAGAAGAAGTTAAGGCGCTGAAATTTAAAGTGCCGGGTGGGGTAGCAACGACCATCGGCGGGGTGAGTGTTCTGGTC‑CTTATTAT‑CTGGATGATTGG‑TTAt > 2:1012070/1‑227 (MQ=255) 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TGTATCTGAACTACATCATGCCGGAAAACGTCTTCCTGGTGATCGCTTCGCTGGCAACCTTCGCCACGGTGTGGGTGTGGATTATGATCCTGCTGTCGCAAATTGCCTTCCGTCGCCGTTTGCCGCCAGAAGAAGTTAAGGCGCTGAAATTTAAAGTGCCGGGTGGGGTAGCAACGACCATCGGCGGGCTGATTTTCCTGCTC‑TTTATTAT‑CGGGTTGATTGG‑TTATCACCCGGATA‑CGCGTATCTCGCTGT‑ATGTCGGTTTCGC‑GTGGATTGTTGTGC‑TGTTGATTGGCTGG‑ATGTTTAAACGCCGCCACGATCGTCAGCTGGCTGAAAACCAGTAATCCTTG‑CGTTCTGTAAGCCGGTTCAGGAGGAAATCCTGATCCGGCTATTCCG‑AAAGTTATC‑CGCCCCCGTCCTCCTCCCCCAAATATCCTTCAGATGATGAGTGATC > NC_000913/422022‑422466 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |