Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 433,649 | 0 | T | G | 34.2% | 110.5 / 27.7 | 115 | G65G (GGT→GGG) | ribD | fused diaminohydroxyphosphoribosylaminopyrimidine deaminase and 5‑amino‑6‑(5‑phosphoribosylamino) uracil reductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (23/52); new base G (29/10); total (53/62) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.06e-05 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.64e-01 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
CAAAGAATTTGGCGAAGAGATCGCGCGCCTGGAGGACTAAGCC‑GTGCAGGACGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTC‑ATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCC‑GAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGAAAAAGCCAAAGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGAT‑GCAAGATCCTAACCCG‑CAGGTCGCTGGGCGTGGACTTTACCGTCTGCAACAGGCTGGCATTGACGTCAGCCACGGCCTGATGATGAGTGAAGCCGAGCAATT > NC_000913/433412‑433855 | tttGGCGAAGAGATCGCGCGCCTGGAGGACTAAGCC‑GTGCAGGACGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTC‑ATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCC‑GAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGAAAAAGCCAAAGGTGCGACCGc < 1:503130/239‑1 (MQ=255) tgggCGAAGAAACGGCGCGCCGGGAGGACTAGGCC‑GTGAAGGACGAGTATTCCAGGGCGGGGGCGTTAAAGGGGGCGCAAGGAGGGCGTTTTCCCACGCATCCCAACCCGAAGGTCGGGTGCGGC‑ATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGGGCGGGGGAACCACATGCC‑AAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGGGAAAAAGCCAAAGGTGGGAc < 2:2313899/233‑1 (MQ=255) tGGCGAGGAGCGCGCGCGCCGGGAGGACTAAGCC‑GGACAGGAGGAGTAGTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGGAACGAGGACGTTTTACCACCCACCCCACCCCAAATATCGGGTGCCTC‑ATTGTCAAAGGGGGCGAAATTTCGGGGGAAGGTTCCCACCAACGAGCGGTTGAACCACATGCC‑GAATTGCCCGCGTTGGGTAGGGCGGGTAAAAAGCCCAAGGGTGGGACCGcc < 2:1153836/238‑1 (MQ=255) tGGCGAAGAGATCGCGCGCCTGGAGGACTAAGCC‑GTGCAGGACGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTC‑ATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCC‑GAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGAAAAAGCCAAAGGGGCGCACGccc > 1:2256252/1‑238 (MQ=255) aaGAGCCCGCGCGCCTGGAGGACAAGGCC‑GTACAGGACGAGTATTACAGGGCGGGGGCGCTAAAGCTGGGGCAGCGAGGACTTTTAACCACGCACCCCAACCCGAATGGCGGGTGCGTC‑TTTGTCAAAGAGGGCGAAATGGTCGTTGAAGGTTCCCCCCACCGGGCGGGTGACCCCCAGGCC‑GAATTACCCGCGTTGCGGAGGGGGGGTAAAAAAGCCAAAGGTGCGACCGCCTATGt < 2:2082227/238‑1 (MQ=255) gcgcgcGTGGAGGACTAGGCC‑GTGCAGGACAAGTATTACATGGCGCGGGGGCAAAAGCTGGCACACCGAGAACGTTTTACCACGCATCCCACCCCGAATGTGGGGTGCGTC‑ATTGTCAAAGATGGCAAAATGGTCGGTGAAGGTTCCCACCAACGGGCGGGTAAACCACAGGCC‑GAAGTACACGCTTTGCTTATGGCGGGTAAAAAAGCCAAAGGGGCGACCGCCTATGTCACACTCGa < 2:2664841/239‑1 (MQ=255) cgcCTGGAGGACTAAGCC‑GTGCAGGACGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTC‑ATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGCGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCC‑GAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGGAAAAACCACAGGTGCGACCGCCTCTGTCGCACCCGAAc > 2:2330527/1‑238 (MQ=255) gcCTGGAGGACTAAGCC‑GTGCAGGACGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTC‑ATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCC‑AAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGAAAAAGCCAAAGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAAcc < 1:1478761/238‑1 (MQ=255) ccTGGAGGACTAAGCC‑GTGCAGGACGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTC‑ATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCC‑GAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGAAAAAACCAAAGGTGCGACCCCCTATGTCacac > 1:1632847/1‑230 (MQ=255) cTGGAGG‑CTAAACCGGTGAAGGACGGTTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCGGGCGCACCGAGGACGTTTTACCACGCGTCCCACCCCGAGTGTGGGGTGCGTC‑ATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTGGGTGAAGGTTACCACCAACGTGGGGGTGACCCACATGCC‑GAAGTCCACGCGTTGCGTATGGGGGGTGAAAAAGCCAAAGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCt < 2:1986931/238‑1 (MQ=255) tGCAGGACGAGTATTGCAGGGCGCGGGCGCAAAAGCGGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAAGGGCGGGGGCGTC‑ATTGTAAAAGATGGCGAAATTGTCGGGGAAGGTTACCACCAACGTGGGGGTGAACCACAGGCC‑GAAGTACCCGCGTTGCGTAGGGGGGGTGAAAAAGCCAAGGGGGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTc < 2:422375/237‑1 (MQ=255) tGCAGGACGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTC‑ATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCC‑GAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGGAAAAGCCAAAAGGGCGACCGCCTCTGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCg > 1:2552724/1‑238 (MQ=255) aggattATTCCAGGGCGCGGGCCCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCCCGCACCCCACCCCGAATTTCGGGTGCGTC‑ATTGCCAAAGATGGCGAAATTTCCGGTGAAGGTTACCACCACCGGGCGGGTAAACCACATGCC‑GAAGAACCCGCGTTGCGTATGGCGGGTAAAAAAGCAAAAGGTGCGACCGCCTATGTca < 2:472219/199‑1 (MQ=255) gTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTC‑ATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCC‑GAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGGGAAAAAGCCAAAGGGGCGACCGCCCATTTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGGACGCCAcc > 1:422375/1‑237 (MQ=255) tATTCCAGGGCGCGGGCGCTAAACCGGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCACCCCGAAGGTCGGGTGCGTC‑ATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGGGAAGGTTCCCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCC‑GAAGTCCACGCGTTGCGTATGGCGGGTGAAAAAGCCAAAGGTGCGAc < 2:1921334/188‑1 (MQ=255) cATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTC‑ATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCC‑GAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGGGAAAAAGCCAAAGGGGCGACCGCCTATGTCACACTCGAAcc > 1:472219/1‑204 (MQ=255) tGGCGGGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCACCCCGAATGTCGGGTGCGTC‑ATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCC‑GAAGTACCCGCGTTGCGTAGGGCGGGTGAAAAAGCCAAAGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAATCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGAc < 1:1677532/239‑1 (MQ=255) cgcgGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTC‑ATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCC‑GAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGGGAAAAAGCCAAAGGGGCGGCCCCCTATGTc > 1:1921334/1‑188 (MQ=255) cgcgGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTC‑ATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCC‑GAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGGGAAAAAGCCAAAGGGGCGACCGCCTATGTCCCACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCCCCGTGCTGTGACGc > 1:67886/1‑238 (MQ=255) ggCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTC‑ATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCC‑GAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGGGAAAAAGCCAAAGGGGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTAAGCCACCGGGCTGGGACGCACTCa > 1:2664755/1‑239 (MQ=255) cgcTAAAGCGGGCGCACCGAGGACGTTTTCCCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTC‑ATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGGGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCC‑GAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGAAAAAGCCAAAGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCAt < 1:1919483/238‑1 (MQ=255) gcgcAACGGGGACTTTTTCCCACGCACCCCAACCCGAAGGTCGGGCGCGTC‑TTTGTCAAAGATGGCAAAATTGTCGGTGAAGGTTACCCCCAACGGGCGGGTGAACCACATGCC‑GAAGTACCCGCGTTGCGTAGGGGGGGTGAAAAACCCAAAGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCt < 2:135940/184‑1 (MQ=255) gcgcAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTC‑ATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCC‑GAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGGAAAAGCCAAAGGTGCGACCGCCTATGTCACCCTCGAAcc > 1:75337/1‑182 (MQ=255) gACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTC‑ATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCC‑GAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGGGAAAAAGCCAAAGGGGCGACCGCCTATGTCCCACTCGAACCCTGTAGCcctca > 1:135940/1‑184 (MQ=255) tttttCCCACGCATCCCAACCCGAATGTGGGGGGCGTC‑ATTGTAAAAGAGGGCAAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGGGCGGGTAACCCACATGCC‑GAAGTCCCCGCGTTGCTTATGGCGGGTAAAAAAGCAAAAGGTGCg < 2:2442796/145‑1 (MQ=255) gTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGGGCGTA‑ATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCC‑GAAGTACACGCGTTGCGTATGGGGGGTGAAAAAGCCAAAGGTGCGACCGCCTATGTCACACt < 1:1219334/163‑1 (MQ=255) ttACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTC‑ATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCC‑GAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGGGAAAAAGCCAAAGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTg > 1:2157052/1‑237 (MQ=255) tcccccGCATCCCACCCGGAATGTCGGGTGCGTC‑ATTGTAAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGGGGGTGAACCAAATGCC‑GAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGAAAAAGCCAAAGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCt < 1:1055698/234‑1 (MQ=255) tACCACGCATCCCACCCCGAATGTCGGGTGCGTC‑ATTGTCAAAGAGGGCGAAATTGTGGGTGAGGGTTCCCCCCAACGTGCGGGTGACCCACATGCC‑GAAGTCCCCGCGTTGCGTAGGGGGGGTAAAAAAGCAAAGGGTGCGACCGc < 2:2526048/147‑1 (MQ=255) gCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTC‑ATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCC‑GAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGAAAAAGCCAAAGGTGCGACCGCCCATg > 1:2442796/1‑146 (MQ=255) gCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTC‑ATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCC‑GAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGGGGAAAAGCCAAAAGGGGGACCGCCTATTTCACACTCGAAccccgg > 2:1219334/1‑160 (MQ=255) cATCACACCCCGAGTGTCGGGTGCGTC‑ATTGACAAAGCTGGGGAAATTGGCGGTAGAGTTTACCCCCAGCGTGCGGGTAACCCACAGGCC‑GAAGTACCCGCTTTGCGTAGGGCGGGAAAAAAAGCCAAAGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGAT‑GCa < 2:2664755/239‑1 (MQ=255) acccccAACCCGAGAGTCGGG‑GCGTCAATTGTAAAAAGGGGCGAATTTTCGGGGGAAGTTTCCCCACACCGTGGGGGTGACCCAC‑TGCCGGAAGTACCAGCGTGGGGTAGGGGGGGTAAAAAACCCAAAGTGGCACCCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGAT‑GCa < 2:314348/236‑1 (MQ=255) tacccAACCCGAATTTGGGGTGCGTC‑AGTGTCAAAAAGGGCAAATTGGTGGGTGAGGGTTACCCCCAACGGGCGGGTGAACCACATGCG‑GAATTCCACGCTTGGCGTAGGGGGGGTAAAAAAGCCAAGGGGGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGAT‑GCa < 2:2157052/236‑1 (MQ=255) cccAACCCGAATGTCGGGTGCGTC‑ATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCCCCAACGTGCGGGTGAACCACATGCC‑GAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGAAAAAGCCAAAGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCa < 1:101922/180‑1 (MQ=255) cccAACCCGAATGTCGGGTGCGTC‑ATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCC‑GAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGAAAAAGCCAAAGGTGCGACCCCCTATGTccca > 1:2526048/1‑147 (MQ=255) aaCCCGAATGTCGGGTGCGTC‑ATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCC‑GAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGAAAAAGCCAAAGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGAT‑GCAAGAt > 1:146720/1‑237 (MQ=255) cccGAATGTCGGGTGCGTC‑ATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCC‑GAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGAAAAAGCCAAAGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTg < 1:214242/153‑1 (MQ=255) ccGAATGTCGGGTGCGTC‑ATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCC‑GAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGAAAAAGCAAAAGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACg < 1:399157/187‑1 (MQ=255) gAATGTCGGGTGCGTC‑ATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCC‑GAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGAAAAAGCCAAAGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGGGCTGTGACGCACTCATCGCCCCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGAT‑GCAAGATCCTAAc > 1:98775/1‑238 (MQ=255) gAATGTCGGGTGCGTC‑ATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCC‑GAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGAAAAAGCCAAAGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGGCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACCCATCGCCCCCGGCGTAGCGCGCGTGGGTGCCTCCAT‑GCAAGGTCCTCAc > 1:1355341/1‑238 (MQ=255) aTGTCGGGTGCGTC‑ATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCC‑GAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGGGGAAAAACCAAAAGAGGGACCGCCCATGTCACAATCGAACCCCGTAGCAATCATGGGTGGACGCCAccccggtctg > 2:101922/1‑172 (MQ=255) tGTCGGGTGCGTC‑ATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCC‑GAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGAAAAAGCCAAAGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGAT‑GCAAGATCCTAACCCG‑c < 1:2031667/239‑1 (MQ=255) gggTGCGTC‑ATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCC‑GAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGGGAAAAAGCCAAAAGGGCGACCCCCCATGTCACACCCGCACCCCGTAGGcaccat > 2:214242/1‑153 (MQ=255) ggTC‑ATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTCCCCCCAACGTGCGGGTGACCCACATGCC‑GAAGTCCCCGGGTTGCGTATGGGGGGTGAAAAAGCAAAAGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGAT‑GCa < 1:2445853/215‑1 (MQ=255) c‑ATTGTAAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTCCCCCCAACGTGCGGGTAAACCACATGCC‑GAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGAAAAAGCCAAGGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGAT‑GCAAGATCCTAACCCG‑CAGGTCGCTGGGc < 1:2330527/239‑1 (MQ=255) ttGTAAAGGAGGGCAAAATTGTCGGTAAAGGTTACCACCAGCGTGCGGGTAAACCACATGCA‑GAAGTACACGCGTTGCATAGGGCGGGTGAAAAAGCCAAAGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGAT‑GCAAGATCCTAACCCG‑CAGGTCGCTGGGCGt < 2:805966/239‑1 (MQ=255) tGTAAAAGATGGCTAAATTGTGGGTGAGGGTTCCCCCCACGGGGGGGGTGAACCACATGCC‑GAAGTACACGCTTTGCGTATGGCGGGTGAAAAAGCCAAAGGTGCGCCCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGAT‑GCAAGATCCTAACCCG‑CAGGTCGc < 2:1067540/231‑1 (MQ=255) tCAAAGATGGCGAAATTGGCGGTGAAGGTTACCCCCAACGGGCGGGTGAACCACATGCC‑GAAGTACCCGCGTTGCGTATGGCGGGTAAAAAAGCCAAAGGTGCGCCCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATcgccg < 2:585916/177‑1 (MQ=255) aaaGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTCCCACCAACGTGGGGGTGACCCACATGCC‑GAAGTACACGCGTTGCGTATGGGGGGTGAAAAAGCCAAAGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGAT‑GCAAGATCCTAACCCG‑CAGGTCGCTGGGCGTGGACt < 1:1769733/239‑1 (MQ=255) aaaGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCC‑GAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGGGAAAAAACCAAAGGGGCGACCGCCTATGTTACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGGCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGGTGCCTCGCT‑GCCAGATCCTAAc > 2:2445853/1‑216 (MQ=255) tGGGGAATTTGTCGGGAAAGGTACCCACACGCGTGCGGGTGACCCACATGCC‑GAAGTACGCGCGTTGCGTATGGCGGGGAAAAAACCAAAAGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGAT‑GCAAGATCCTAACCCG‑CAGGTCGCTGGGCGTGGACTTTAcc < 2:2552724/239‑1 (MQ=255) tGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTCCCACCAACGGGCGGGTAAACCAAAGGCC‑GAAGTACCCGCGTTGCGTATGGCGGGTAAAAAAGCCAAGGGGGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGAT‑GCAAGATCCTAACCCG‑CAGGTCGCTGGGCGTGGACTTTa < 1:1423455/237‑1 (MQ=255) tGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGACCCACATGCC‑GAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGAAAAAGCCAAAGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGAT‑GCAAGATCCTAACCCG‑CAGGTCGCTGGGCGTGGACTTTAcc < 1:404698/239‑1 (MQ=255) ggCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCC‑GAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGGGAAAAAGCCAAAGGGGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGGGGTTGCCTCGAT‑GCAAGATCCTAACCCG‑CAGGTCGCTGGGCGGGGa > 1:1067540/1‑231 (MQ=255) cGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCC‑GAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGAAAAAGCCAAAGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCa < 1:2142931/142‑1 (MQ=255) cGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCC‑GAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGGGAAAAAGCCAAAGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCa > 2:2142931/1‑142 (MQ=255) cGAAATTGTCGGTGAAGGGTACCACCAACGTGCGGGTGAACCCCATGCC‑GAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGGGAAAAAACCAAACGGGCCACCCATCATTGCCCCCTCCCACCCCGTAGCCATCTTAGGAGTGCGCCCCCCAGCTGGCAGTCACTCACCCCCGCTGGCGGTACGCGCCTGGTTGCCCCCTC‑TCAAGCTCCTAACCCGCCCGGCAGCTGGGCGTGCACTTCAcgt > 2:2302831/1‑236 (MQ=255) aaTTGTCGGTGAAGGTTCCCCCCAACGTGCGGGTGACCCACATGCC‑GAAGTCCCCGCTTTGCGTATGGGGGGTGAAAAACCCAAAGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGAT‑GCAAGATCCTAACCCG‑CAGGTCGCTGGGCGTGGACTTTa < 1:2320573/231‑1 (MQ=255) aTTGGCGGTGAAGGTTCCCCCCAACGTGCGGGTGAACCACAGGCC‑GAAGTCCCCGCGTTGCGTATGGCGGGAAAAAAAGCCAAAGGTGCAACCGCCTATGTCACACTCGAAc < 2:2126325/112‑1 (MQ=255) cGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCC‑GAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGGGAAAAAACCCAAGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCCAACCCTGTAGCCATCCCGGGCGCACGCCACCGTGCTGTGTCGCCCTCCTCGCCCCCTGCGTTGCTCCCGGGGGGTCCCCGGTCGCACGA‑CCCAACCCC‑CCGGTCGCCGGGCGTGGGCTTTACCGGCTGCcacaag > 2:2050361/1‑237 (MQ=255) tGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCC‑GAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGAAAAAGCCAAAGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGAT‑GCAAGATCCTAACCCG‑CAGGTCGCTGGGCGTGGACTTTACCGTCTGCAACAGGCt < 1:425174/238‑1 (MQ=255) aaGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCC‑GAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGCGAAAAAGCCAAAGGGGCGACCCCCTTTTTGACACTCGAACCCTCTTGCca > 1:2126325/1‑112 (MQ=255) tttACCACCAACGTGGGGGTGAACCACATGCC‑GAAGTACCCGCGTTGCGTAGGGCGGGTGAAAAAGCCAAAGGTGCGa < 2:1522438/77‑1 (MQ=255) gTTCCCCCCAACGGGGGGGTAAACCAAATGCC‑GAAGTACCCGCGTTGCGTATGGCGGGTAAAAAAGCAAAGGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGAT‑GCa < 2:23996/181‑1 (MQ=255) gTTACCCCCAACGTGGGGGTGAACCACATGCC‑GAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGAAAAAGCAAAAGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCg < 1:1126709/176‑1 (MQ=255) ccaACGTGCGGGTGAACCACATGCC‑GAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGAAAAAGCCAAAGGTGCGACCGc < 1:330/75‑1 (MQ=255) ccaACGTGCGGGTGAACCACATGCC‑GAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGGGAAAAAGCCAAAGGTGCGACCGc > 2:330/1‑75 (MQ=255) aCGTGCGGGTGAACCACATGCC‑GAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGAAAAAGCCAAAGGGGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGAT‑GCAAGATCCTAACCCG‑CAGGTCGCTGGGCGTGGa > 1:1919773/1‑202 (MQ=255) aCGTGCGGGTGAACCACATGCC‑GAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGGGGAAAAACCCAAGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGGCGTACGCCACCCTGCTGTGACGCACTCACCGCCGCCGGCGTTGCGCGCGGGGTTGCCTCGAT‑GCAAGATc > 2:1126709/1‑176 (MQ=255) aCGTGCGGGTGAACCACATGCC‑GAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGGGAAAAAGCCAAAGGGGCGACCGCCTATGt > 1:1522438/1‑78 (MQ=255) gTGCGGGTGAACCACATGCC‑GAAGTACACGGTTTGCGTATGGCGGGTAAAAAAGCCAAAGGTGGGACCGCCTATGt < 2:1949910/76‑1 (MQ=255) ggggGACCCACTGGCC‑GAAGTCCACGCGTTGCGTATGGGGGGTAAAAAAGCCAAAGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCt < 2:1559062/158‑1 (MQ=255) tGAACCACATGCC‑GAAGTACCCGCGTTGCGTATGGCGGGTGAAAAAGCCAAAGGGGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGAT‑GCAAGATCCTAAc < 1:1196637/172‑1 (MQ=255) gAACCACATGCC‑GAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGGGAAAAAACCAAAAGGGCGACCGCCCATGTCACACTCGAAACCTGGAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGCGGGGGCCTCGAG‑GCAAGATCCTAACCCG‑CCGGGCGCTGGGCGGGGACTTTCCCGCCTTCAACAGGCCGGCATTTACCGCAGCCACCGCCtgat > 2:1797484/1‑239 (MQ=255) accatattgc‑GACGTACCCGGGTAGCGTATGGCGGGAGAAAACGCCAACGGTACCACCGCCTATGTCCCACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGAT‑GCAAGATCCTAACCCG‑CAGGTCGCTGGGCGTGGACTTTACCGTCTGCAACAGGCTGGCATTGACGTCAGCCACGGCCtgatg < 2:1438516/229‑1 (MQ=255) aCCACATGCC‑GAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGAAAAAACCAAAGGGGCGACCGCCTATGTCACACTCGaa > 1:1949910/1‑76 (MQ=255) cacaTGCC‑GAAGTACCCGCGTTGCGTATGGCGGGTAAAAAAGCCAAGGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGAT‑GCAAGATCCTAACCCG‑CAGGTCGCTGGGCGTGGACTTTACCGTCTGCAACAGGCTGGCATTGACGTCAGcc < 1:1475295/225‑1 (MQ=255) cacaGGCC‑GAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGAAAAAGCCAAAGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGAT‑GCAAGATCCTAACCCG‑CAGGTc < 1:1062564/176‑1 (MQ=255) caTGCC‑GAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGAAAAAGCCAAAGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGAT‑GCAAGa > 1:1559062/1‑158 (MQ=255) aTGCC‑GAAGTACACGCGTTGGGTTTGGGGGGTGAAAAAGCCAAAGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATgg < 1:1084076/88‑1 (MQ=255) tGCC‑GAATTACAGGCTTTGCGTATGGCGGGGCAAAAGCCCAAAGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGAT‑GCa < 1:2052667/153‑1 (MQ=255) gCC‑GAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGGGAAAAAGCCAAAGGGGCGACCCCCCATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCCCCCCTCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCCCGAT‑GCCAGATCCTAACCCC‑CCGGTCg > 2:1196637/1‑172 (MQ=255) aGTCCACGCGTTGCGTAGGGCGGGTGAAAAAGCCAAAGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGAT‑GCAAGATCCTAACCCG‑CAGGTCGCTGGGCGTGGACTTTACCGTCTGCAACAGGCTGGCATTGACGTCAGCCACGGCCTGATGATGAGTGAAGCCg < 1:714003/239‑1 (MQ=255) aGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGGGAAAAAGCCAAAGGGGCGACCCCCCCTGTCCCACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCCTGCTGTGACGCACTCATCCCCGCTGGCGTAGCGCGCGCGGTTGCCTCGAT‑GCAAGATCCTAACCCG‑CACGGCGCTGGGCGTGGGCTTTACCGTCCGCAACAGGCTGGCATTGACGCCAGCCCCGGCCCGATGATGAGTGAAGCCg > 2:676711/1‑239 (MQ=255) tACCCGCGTTGCGTATGGCGGGTAAAAAAGCAAAAGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTc < 1:321485/139‑1 (MQ=255) tACACCCGTGGCTTAGGGCGGGTAAAAAAGCAAAGGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAgcgcg < 2:1157136/127‑1 (MQ=255) cacGCGTTGCGTATGGCGGGTGAAAAAACCCAAGGGGCGACCCCCCATTTCACACTCGaa > 2:41037/1‑60 (MQ=255) ccgcttggCGTATGGCGGGTGAAAAAGCAAAAGGGGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGAT‑GCAAGATCCTAACCCG‑CAGGTCGCTGGGCGTGGACTTTACCGTCTGCAACAGGCTGGCATTGACGTCAGCCACGGCCTGATGATGAGTGAAg < 1:90082/224‑1 (MQ=255) ttGCGTATGGCGGGTGAAAAAGCCAAAGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCg < 1:1966624/52‑1 (MQ=255) ttGCGTATGGCGGGGGAAAAAGCCAAAGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCg > 2:1966624/1‑52 (MQ=255) gCGTATGGCGGGTGAAAAAGCCAAAGGGGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGGGCTGTGACGCACTCATCGCCCCTGGCGTAGCGCGCGGGGTTGCCTCGCT‑TCAAGAt > 2:321485/1‑139 (MQ=255) cGTATGGCGGGTGAAAAAGCCAAAGGTGCGACCGCCTATGt < 1:557173/41‑1 (MQ=255) ttttGGGGGGTAAAAAACCCAAGGGGGCCCCCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGAT‑GCAAGATCCTAACCCG‑CAGGTCGCTGGGCGTGGACTTTACCGTCTGCAACAGGCTGGCATTGACGt < 2:333342/193‑1 (MQ=255) tATGGCGGGGGAAAAAACCAAAAGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGGGCTGTGACGCACTCATCGCCGCCGGCGGAGCGCGCGTGGGTGCCTCGAT‑GCAAGAACCTAACCCG‑CAGGGCGCTGGGCGTGGAGTTTTCCGGCTGCAAAAGGGGGGCGTTTACGGCCGCCCCGGCCCGATGATGAGTGTAGACggggcaat > 2:90082/1‑224 (MQ=255) gCGGGTGAAAAAGCCAAAGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCa > 1:319109/1‑72 (MQ=255) gggAAAAAGCCCAAGGGGCGACCGCCTATGTCACACTCGaa > 2:557173/3‑41 (MQ=255) gTGAAAAAGCCAAAGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGAT‑GCAAGATCCTAACCCG‑CAGGGCGCTGGGCGTGGACTTTACCGTCTGCAACAGGCTGGCATTGACGTCAGCCACGGc > 1:333342/1‑197 (MQ=255) tGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGAT‑GCAAGATCCTAACCCG‑CAGGTCGCTGGGCGt < 2:1417667/136‑1 (MQ=255) tGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGAT‑GCAAGATCCTAACCCG‑CAGGTCGCTGGGCGt > 1:1417667/1‑136 (MQ=255) | CAAAGAATTTGGCGAAGAGATCGCGCGCCTGGAGGACTAAGCC‑GTGCAGGACGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTC‑ATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCC‑GAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGAAAAAGCCAAAGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGAT‑GCAAGATCCTAACCCG‑CAGGTCGCTGGGCGTGGACTTTACCGTCTGCAACAGGCTGGCATTGACGTCAGCCACGGCCTGATGATGAGTGAAGCCGAGCAATT > NC_000913/433412‑433855 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 6 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |