| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,608,244 | 0 | T | G | 29.3% | 161.6 / 14.3 | 99 | V443G (GTG→GGG) | hyfF | hydrogenase 4, membrane subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (29/41); new base G (26/3); total (55/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.53e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
GTACGGCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCTCAAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGG‑ATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTT‑AGCGAATTTATGACCATTA‑CCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGC‑GGGCCTGGT‑ACGGATGGCTGCGCGGGTGTTAATGGC‑GAAACCGCCGCAGGCCGTTAACCGGGGTGATCTCGGCTGGTTGACCACCTCGCCAATGGTGATTCTGCTGGTCATGATGCTGGCGATGGGAACGCATATTCC‑ACAACCTGTCATCA‑GGATCCTGGCGGGCGCTTCCACTATAGTCCTCTCAGGGACGCACGATCTGCCTGCACAACGTAGCACCTGGCATGATTTTTTGCCTTCAGGCACCGCATCTGTTTCGGAGAA > NC_000913/2608008‑2608481 | gTACGGCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCTCAAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGG‑ATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTT‑AGCGAATTTATGACCATTA‑CCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGGCCTGGT‑‑CGGACGGGTTCGCGGgggt > 2:889378/1‑239 (MQ=255)gTACGGCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCTCAAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGG‑ATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTT‑AGCGAATTTATGACCATTA‑CCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGC‑GGGCCTGGT‑ACGGATGGCTGCGCGGgtgt > 1:917395/1‑239 (MQ=255) cGGCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCTCAAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGG‑ATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTT‑AGCGAATTTATGACCATTA‑CCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGGGCTGGC‑GGGCCTGGG‑ACGGGTGGCTGGGCGGGGGttta > 1:1145890/1‑237 (MQ=255) gCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCTCAAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGG‑ATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTT‑AGCGCATTTATGACCATTA‑CCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGC‑GGGCCCGGG‑CAGGCTGGGTGCGCGGgggtgtgtg > 2:267257/1‑234 (MQ=255) cgtcgtCTGTGGGATGCTCAAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGG‑ATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTT‑AGCGAATTTATGACCATTA‑CCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGC‑GGGCCTGGT‑ACGGGTGGCTGCGCGGGTGTTAATGGC‑GAAACCGCCGCAg > 1:2599979/1‑238 (MQ=255) gtcTGTGGGATGCTCAAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGG‑ATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTT‑AGCGAATTTATGACCATTA‑CCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGC‑GGGGCTCGTGACGGGGGGGGCGGGGGGGGTAAATGGC‑GAAAcccccccgg > 2:1538255/1‑231 (MQ=255) gtcTGTGGGATGCTCAAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGG‑ATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTT‑AGCGAATTTATGACCATTA‑CCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGC‑GGGCCTGGT‑ACGGGAGGCTGCGCGGGTGGTAATGGG‑GCAACCCCCGCCGGCCGt > 1:459509/1‑239 (MQ=255) gtcTGTGGGATGCTCAAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGG‑ATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTT‑AGCGAATTTATGACCATTA‑CCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGC‑GGGCCTGGG‑ACGGATGGCTGCGCGGGGGTTAATGGC‑GGAACCGCCGCAGGCCGt > 1:268480/1‑239 (MQ=255) gtcTGTGGGATGCTCAAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGG‑ATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTT‑AGCGAATTTATGACCATTA‑CCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGC‑GGGCCTGGG‑ACGGATGGCTGCGCGGGGGTTAATGGC‑GGAACCCCCCCAGGCCGt > 1:132816/1‑239 (MQ=255) tcTGTGGGATGCTCAAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGG‑ATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTT‑AGCGAATTTATGACCATTA‑CCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGC‑GGGCCTTGT‑ACGGATTGCTGCGCGGGGGGTTATGGC‑GGAACCGCCGCCAGCCggt > 1:2172504/1‑237 (MQ=255) ccgccgTGCTTTTGGTCGGCGCGGCGTTCGCGGTGACAGGG‑CTGCCGCCTTTCATCATTTTTCTT‑GGCAATGTTTGGCCCATGC‑CCGCGGGACTGGCACGTATCCACCGGTTGTTTATCGCCCGGCTTTGTTTCTTGTTAAGGCGGGGGCGGGG‑GGGCCTGGT‑CGGGAGGGCGCGGGGGGTGTTAAGGGC‑GAACCCGCCGCAGGCCGTTAACCGGGGTGATCTCGGCTGGTTGaccac < 2:1940312/238‑1 (MQ=255) tGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGG‑ATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTT‑AGCGAATTTATGACCATTA‑CCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGC‑GGGCCTGGT‑ACGGATGGCTGCGCGGGGGTTAATGGC‑GAAACCGCCGCAGGCCGGTAACCGGGGGGATCTCGGCTGGTTGaccacccccccc > 1:1575750/1‑233 (MQ=255) tGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGG‑ATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTT‑AGCGAATTTATGACCATTA‑CCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGC‑GGGCCTGGG‑ACGGATGGCTGCGCGGGTGTTTATGGC‑GAAACCGCCGCAGGCCGTTAACCGGGGGGATCTCGGCTGGTTGACCACCCCGCCa > 1:2525228/1‑239 (MQ=255) tGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGG‑ATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTT‑AGCGAATTTATGACCATTA‑CCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGC‑GGGCCTGGG‑ACGGATGGCTGCGCGGGGGTTAATTGC‑GGAACCGCCGCAGGCCGTTAACCGGGGGGGTCCCGGCTGGGTGACCACCCCCCCa > 1:960482/1‑239 (MQ=255) ggtggggtggCGCGGGCAGGG‑AGGCCGCCATT‑AATATTTTTTTTGGGCAGATTTCTGCCCTTCC‑CCGCCGGACTGGATCGTAATCACCTGCTGATTAGCGTCCGGTTGTTATTGCTGTTAACGCTGGGGCGGGC‑GGGCCTGGT‑ACGGATGGCGGCGCGGGGGTTAAGGGC‑AAAACCGCCGCAGGCCGTTAACCGGGGTGATCTCGGCTGGTTGACCACCTCGCCAATGGTGATTctgc < 2:1939091/238‑1 (MQ=255) ggTGCGC‑GGCGGTGGGAGGGTATCCCTCTCTCAAACTTTTTTCTT‑GGGGATTTTATGACCTTTC‑CCGCCGGACGGGCACGTAATCACCGGCTGTTTATCGTCCTGTTGTTATGGCTGTTACGGCTGGTGCGGGG‑GGGCCGGGT‑CCGGATGGTTGCGCGGGTGTAAATGGC‑GAAACCGCCGCAGGCCGTTAACCGGGGTGATCTCGGCTGGTTGACCACCTCGCCAATGGTGATTctgc < 2:1057278/238‑1 (MQ=255) 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ccttccagcttttttCTT‑AGTGTTTTTAGCCCCATTA‑CGGGCGGACTGGCACGTAAGCCCCTGTGGTTTTTCGTCCTGCTGTGTTTTCTGTTACCGCTGGTGCTGGC‑GGGCCTGGT‑GCGGGTGGCTGCGCGGGTGTTAAGGGC‑GAAACCGCCGCAGGCCGTTAACCGGGGTGATCTCGGCTGGTTGACCACCTCGCCAATGGTGATTCTGCTGGTCATGATGCTGGCGATGGGAACGCa < 2:1550297/229‑1 (MQ=255) cttttaaactttttCCT‑GGCGACTTTTAGCCCACTACCCGCCGGCCTGGCCCGTAACCGCCTGCTGTTTATCTTCCTGCTGTTATGGTTGTTAGCGCGGGGGTGGGG‑GGGCCGGGT‑AGGGGGGGCGGCGCGGGTGTAATGGGC‑GAACCCGCCGCAGGCCGTTAACCGGGGTGATCTCGGCTGGTTGACCACCTCGCCAATGGTGATTCTGCTGGTCATGATGCTGGCGATGGGAACGCa < 2:1274608/230‑1 (MQ=255) ttCAACATTTTTCTT‑AGCGAATTTATGACCATTA‑CCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGC‑GGGCCTGGT‑ACGGATGGCTGCGCGGGGGTTAATGGC‑GAAACCGCCGCAGGCCGTTAAACGGGGGGATGTCGGCTGGTTGGCCACCCCGCCCATGGGGATTCTGCCGGGCCTGTGGCTGGGGGAGGGAAGCCatat > 2:865504/1‑239 (MQ=255) tCTT‑AGCGAATTTATTACCATTC‑CCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGC‑GGGCCTGGT‑ACGGATGGCTGCGCGGGTGTTAATGGC‑GAAACCGCCGCAGGCCGTTAACCGGGGTGATCTCGGCTGGTTGACCACCTCGCCAATGGTGATTCTGCTGGTCATGATGCTGGCGATGGGAACGCATATTCC‑ACAACCTg < 1:1502376/239‑1 (MQ=255) aGCGAATTTATGACCATTA‑CCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGC‑GGGCCTGGT‑ACGGATGGCTGCGCGGGTGTTAATGGC‑GAAACCGCCGCAGGCCGTTAACCGGGGGGATCTCGGCTGGTTGACCACCTCGCCAATGGGGATTCTGCTGGGCATGATGCTGGGGATGGGAACGCATATTCC‑ACAACCTGtca > 1:2286802/1‑238 (MQ=255) cGATTTTATGACCTTTA‑CCGCCGGACTGGCACGTAATCCCCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCGGGC‑GGGCCTGGT‑ACGGATGGCTGCGCGGGTGTTAATGGC‑GAAACCGCCGCAGGCCGTTAACCGGGGTGATCTCg < 1:1040510/158‑1 (MQ=255) attttATGCCCATTC‑CCGCCGGACTGGCACTTAATCCCCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGC‑GGGCCTGGT‑ACGGATGGCTGCGCGGGTGTTAATGGC‑GAAACCGCCGCAGGCCGTTAACCGGGGTGATCTCGGCTGGTTGACCACCTCGCCAATGGTGATTCTGCTGGTCa < 1:548722/193‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 6 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |