| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 753,125 | 0 | T | A | 28.6% | 140.5 / 22.6 | 63 | intergenic (‑330/+60) | ybgD/gltA | putative fimbrial‑like adhesin protein/citrate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (39/6); new base A (0/18); total (39/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.20e-11 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
AATAAAATATAGGGGGGTATAGATAGACGTCATTTTCATAGGGTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTA‑TTTTTACAATTTTTTGTG‑TTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGCAATCTTCATACCGTCACTGTGCATTTCGCTCCAGTGGGCGATCCAGCCAACGGTACGTGCCATTGCGAAAATGACGGTGAACATGGAAG > NC_000913/752946‑753339 | aaTAAAATATAGGGGGGTATAGATAGACGTCATTTTCATAGGGTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTA‑TTTTTACAATTTTTTGTG‑TTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTATAATATTTACAATTTTACAATTAAACa > 2:523646/1‑239 (MQ=255) aGGGGGGTATAGATAGACGTCATTTTCATAGGGTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTATTGGATTTTA‑TTTTTACAATTTTTTGTG‑TTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTATAATACTTACAACTTAACAACACACCCTTAACTCTTg > 2:1358505/1‑239 (MQ=255) aCGTCATTTTCATAGGGTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTA‑TTTTTACAATTTTTTGTG‑TTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTa > 1:1461841/1‑195 (MQ=255) cGTCATTTTCATAGGGTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTA‑TTTTTACAATTTTTTGTG‑TTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGa > 1:26433/1‑174 (MQ=255) cGTCATTTTCATAGGGTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTA‑TTTTTACAATTTTTTGTG‑TTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCttta > 1:1908462/1‑221 (MQ=255) aTTTTCATAGGGTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTA‑TTTTTACAATTTTTTGTG‑TTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTTGCAATCAACCATTAAAGCTTGATATCGCTTTTaaa > 1:1174895/1‑232 (MQ=255) 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(MQ=255) tttAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTA‑TTTTTACAATTTTTTGTG‑TTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTTAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCa > 1:1655411/1‑171 (MQ=255) ttttggtttggtAATATTTTGATTTTTTTTTTTTTTTTTAAATATTTATATAGGTTTGTAAATGTTTTTTT‑TTTTTACATTTTTTTGTT‑TTTAGACATAAAAAAACCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCAt < 2:2412459/158‑1 (MQ=255) ttttGGTTTGCTGATATTTTGATCTTTTTTTTTTTTTTAAAATATCTATATAGGTTTGTTAATGAATTTTT‑TTTTTACATTTTTTTGTT‑TTTAGGCATAAAAAAACCACCCCGCCATATGAACGGCGGGTTaaa < 1:828327/132‑1 (MQ=255) ttGATAATTTGGGTTTTTTTTTTTTTTTAAAATTTCTATATAGGTTTTTTAATGGATTTTT‑TTTTTAAATTTTTTTGTG‑TTTAGGCATAAAAAAACCACCCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGCAATCtt < 1:1441674/220‑1 (MQ=255) cTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTA‑TTTTTACAATTTTTTGTG‑TTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGa > 1:2412459/1‑160 (MQ=255) cTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTA‑TTTTTACAATTTTTTGTG‑TTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGGTAAAATATTTACaa > 2:828327/1‑134 (MQ=255) gAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTA‑TTTTTACAATTTTTTGTG‑TTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTTAAATATTTTCAACTTAGAAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTTAAATCGCGTTTTTTTAATCCTTTATACAGCTGACGCGGGCGGGGAATCTTCATACCGTCa > 2:1441674/1‑221 (MQ=255) cttttttATTCTTTTTAATAATCTATATGGGTCTGTTAAGGATTTTTA‑TTTTTACATTTTTTGGTT‑TTTAGGCATAAAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGCAATCTTCATACCGTCACTGTGCATTTCGCTCCAGTg < 2:1130646/232‑1 (MQ=255) tttAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTA‑TTTTTACAATTTTTTGTG‑TTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGatat > 2:630972/1‑137 (MQ=255) tttAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTA‑TTTTTACAATTTTTTGTG‑TTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGatat < 1:630972/137‑1 (MQ=255) tttAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTA‑TTTTTACAATTTTTTGTG‑TTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATc > 1:1643367/1‑164 (MQ=255) tttAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTA‑TTTTTACAATTTTTTGTG‑TTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGCAATCTTCATACCGTCACTGTGCATTTCGCTCCAGTgg > 1:2549253/1‑226 (MQ=255) agacatgtatataGGTGTTTAAATTGTTTTTT‑TTTTTCAGATTTTTTGTG‑TTAGTGAATATAAAAATAAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATCCAGCTGACGCGGACGGGCAATCTTCATACCGTCACTGTGCATTTCGCTCCAGTGGGCGATCCAGCCa < 2:1301529/228‑1 (MQ=255) atttatatgGGTTTTTTAATGGATTTTT‑TTTTAAAAATTTTTTGTG‑TTTAGAAATAAAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGAcg < 1:2587755/170‑1 (MQ=255) tttatataGGTTTGTTAATGGTTTTTT‑TTTTTAAAATTTTTTGTT‑TTTAGGCATATAAAAATAAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTaaa < 1:1505000/88‑1 (MQ=255) cTATATAGGTCTTTTAATGATTTTTA‑TTTTTACAATTTTTTGTT‑TTTAGGCATAAAAAAATCACCCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCat < 1:2247038/152‑1 (MQ=255) tatataGTTTTTTTAATGTATTTTA‑TTTTTACATTTTTTTTTT‑TTTAGGCATATAAAAACCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGCAATCTTCATACCGTCACTGTGCATTTCGCTCCAGTggg < 1:2351054/217‑1 (MQ=255) tatataGGTTTTTTATTGGTTTTTT‑TTTTTAAATTTTTTTTTT‑TTTAGGATAAAAAAAACCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGCAATCTTCATACCGTCACTGTGCATTTCGCTCCAGTGGGCGATCCAGCCaa < 1:2057376/229‑1 (MQ=255) tataGGTTTTTTAATGAATTTTT‑TTTTAACATTTTTTTGTT‑TTAAGGAATAAAAAAAAAACCCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGt < 2:2118020/142‑1 (MQ=255) 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tataAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGGTAAAATATTTACAAATTAGCAATCAACCATTTACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCt > 1:1212103/1‑115 (MQ=255) tataAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGGTAAAATATTTAAAAATTAGCAATCAACCATTAAAGCTTGATATCGCTTTTAAAATCGCGTTTTTTATATCCTGTATACAGCTGACGGGGGCGGGCAATCTTCATACCCTCACTGTGCATTTTGCTCCAGt > 2:912322/1‑163 (MQ=255) tataAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGGTAAAAAATTTACAAATTAGCAATCAACCATTAACGCTTGa > 2:863317/1‑73 (MQ=255) ataAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATc > 1:1805505/1‑102 (MQ=255) taAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGc < 2:2198632/126‑1 (MQ=255) taAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGc > 1:2198632/1‑126 (MQ=255) | AATAAAATATAGGGGGGTATAGATAGACGTCATTTTCATAGGGTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTA‑TTTTTACAATTTTTTGTG‑TTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGCAATCTTCATACCGTCACTGTGCATTTCGCTCCAGTGGGCGATCCAGCCAACGGTACGTGCCATTGCGAAAATGACGGTGAACATGGAAG > NC_000913/752946‑753339 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |