Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 1,265,482 | 0 | T | G | 24.8% | 307.2 / 22.9 | 123 | G157G (GGT→GGG) | prfA | peptide chain release factor RF‑1 |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.76e-14 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 129 total aligned reads displayed.
CGCAGGATGAACTGCGCGAAGCTAAAGAAAAAAGCGAGCAACTGG‑AACAGCAATTACAGGTTCTGTTACTGCCAAAAGATCC‑TGATGACGAACGTAACGCCTTCCTCGAAGTCCGAGCCGGAA‑CCGGCGGCGACGAAGCGGCGCTGTTCGC‑GGGCGATCTGTTCCGTATGTACAGCCGTTATGCCGAAGCCCGCCGCTGGCGGGTAGAAATCATGAGCGCCAGCGAGGGTGAACATGGTGGTTATAAAG‑AGATCATCGCCAAAATTAGCGGTGATGGTGTGTATGGTCGTCTGAAATTTGAATCCGGCG‑GTCATCGCGTGCAACGTGTTCCTGCTACGGAAT‑CGCAGGGTCGTATTCATACTTCTGCTTGTACCGTTGCGGTAATGCCAGAACTGCCTGACGCAGAACTGCCGGACATCAACCCAGCAGATTTACGCATTGATACTTTCCGCTCGTCAGGGGCGGGTGGTCAGCA > NC_000913/1265244‑1265718 | cgcAGGATGAACTGCGCGAAGCTAAAGAAAAAAGCGAGCAACTGG‑AACAGCAATTACAGGTTCTGTTACTGCCAAAAGATCC‑TGATGACGAACGTAACGCCTTCCTCGAAGTCCGAGCCGGAA‑CCGGCGGCGACGAAGCGGCGCTGTTCGC‑GGGCGATCTGTTCCGTATGTACAGCCGTTATGCCGAAGCCCGCCGCTGGCGGGGAGAAATCATGAGCGCCAGGGGGGGGGGACAtggt > 1:2502941/1‑239 (MQ=255) gcgAAGCTAAAGAAAAAAGCGAGCAACTGG‑AACAGCAATTACAGGTTCTGTTACTGCCAAAAGATCC‑TGATGACGAACGTAACGCCTTCCTCGAAGTCCGAGCCGGAA‑CCGGCGGCGACGAAGCGGCGCTGTTCGC‑GGGCGATCTGTTCCGTATGTACAGCCGTTATGCCGAAGCCCGCCGCTGGCGGGTAGAAATCATGAGCGCCAGCGAGGGTGAACATGGCGGTTATAAAG‑AGatc > 1:353152/1‑239 (MQ=255) gcgAAGCTAAAGAAAAAAGCGAGCAACTGG‑AACAGCAATTACAGGTTCTGTTACTGCCAAAAGATCC‑TGATGACGAACGTAACGCCTTCCTCGAAGTCCGAGCCGGAA‑CCGGCGGCGACGAAGCGGCGCTGTTCGC‑GGGCGATCTGTTCCGTATGTACAGCCGTTATGCCGAAGCCCGCCGCTGGCGGGGAGGAAACATGAAGGCCAGCGGGGGGGAACATGGGGGTTTTTAAG‑AGatc > 1:1848506/1‑239 (MQ=255) gcgAAGCTAAAGAAAAAAGCGAGCAACTGG‑AACAGCAATTACAGGTTCTGTTACTGCCAAAAGATCC‑TGATGACGAACGTAACGCCTTCCTCGAAGTCCGAGCCGGAA‑CCGGCGGCGACGAAGCGGCGCTGTTCGC‑GGGCGATCTGTTCCGTATGTACAGCCGTTATGCCGAAGCCCGCCGCTGGCGGGGAGAAATCATGAGCGGCAGCGAGGGGGAACATGGTGGGTATAAAG‑AGatc > 1:564470/1‑239 (MQ=255) cgAAGCTAAAGAAAAAAGCGAGCAACTGG‑AACAGCAATTACAGGTTCTGTTACTGCCAAAAGATCC‑TGATGACGAACGTAACGCCTTCCTCGAAGTCCGAGCCGGAA‑CCGGCGGCGACGAAGCGGCGCTGTTCGC‑GGGCGATCTGTTCCGTATGTACAGCCGTTATGCCGAAGCCCGCCGCTGGCGGGGAGAAATCATGAGCGCCAGCGAGGGGGAACATGGGGGTTTTAAag‑a > 1:1200559/1‑234 (MQ=255) aGCTAAAGAAAAAAGCGAGCAACTGG‑AACAGCAATTACAGGTTCTGTTACTGCCAAAAGATCC‑TGATGACGAACGTAACGCCTTCCTCGAAGTCCGAGCCGGAA‑CCGGCGGCGACGAAGCGGCGCTGTTCGC‑GGGCGATCTGTTCCGTATGTACAGCCGTTATGCCGAAGCCCGCCGCTGGCGGGTAGAAATCATTAGCGCCCGCGAGGGGGGACCTGGGGGGTATTAAGAAGatcac > 2:468385/1‑237 (MQ=255) aGCTAAAGAAAAAAGCGAGCAACTGG‑AACAGCAATTACAGGTTCTGTTACTGCCAAAAGATCC‑TGATGACGAACGTAACGCCTTCCTCGAAGTCCGAGCCGGAA‑CCGGCGGCGACGAAGCGGCGCTGTTCGC‑GGGCGATCTGTTCCGTATGTACAGCCGTTATGCCGAAGCCCGCCGCTGGCGGGTAGAAATCATGAGCGCCAGCGAGGGGGAACATGGGGGTTATAAAA‑AGatcatc > 1:560119/1‑238 (MQ=255) 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1:1159266/1‑239 (MQ=255) tGCCAAAAGATCC‑TGATGACGAACGTAACGCCTTCCTCGAAGTCCGAGCCGGAA‑CCGGCGGCGACGAAGCGGCGCTGTTCGC‑GGGCGATCTGTTCCGTATGTACAGCCGTTATGCCGAAGCCCGCCGCTGGCGGGCTGAAATCATTAGCGCCAGCGAGGGTGGACACTGGGGGTATTAAG‑AGATCACCGGCCAAATTTGCGGGGGTGGTGTGTATGGTCGTCTGGAATTTGAATCaggc > 2:1098383/1‑239 (MQ=255) ccAAAAGATCC‑TGATGACGAACGTAACGCCTTCCTCGAAGTCCGAGCCGGAA‑CCGGCGGCGACGAAGCGGCGCTGTTCGC‑GGGCGATCTGTTCCGTATGTACAGCCGTTATGCCGAAGCCCGCCGCTGGCGGGGAGAAATCATGAGCGCCAGCGAGGGGGAAAATGGGGGGTATAAaa‑ag > 1:1523041/1‑180 (MQ=255) aaaaaGACCC‑GGATGACGAACGTGACGCCTTCCGCGAGGGCCGACGCGAAC‑CCGGGGGCGACGAAGGGGCGCTGTTCGC‑GGGCGATCTGTTCCGTATGTACAGCCGTTATGCCGAAGCCCGCCGCTGGCGGGTAGAAATCATGAGCGCCAGCGAGGGTGAACATGGTGGTTATAAAG‑AGATCATCGCCAAAATTAGCGGTGATGGTGTGTATGGTCGTCTGAAATTTGAATCcgg < 2:564470/234‑1 (MQ=255) 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cTCGAAGTCCGAGCCGGAA‑CCGGCGGCGACGAAGCGGCGCTGTTCGC‑GGGCGATCTGTTCCGTATGTACAGCCGTTATGCCGAAGCCCGCCGCTGGCGGGTAGAAATCATGAGCGCCAGCGAGGGTGAACATGGTGGTTATAAAG‑AGATCATCGCCAAAATTAGCGGTg < 1:1006381/169‑1 (MQ=255) gaggTCCGGGCCGGAA‑CCGGCGGCGAAGAAGCGGCGCTGTTCGC‑GGGCGATCTGTTCCGTATGTACAGCCGTTATGCCGAAGCCCGCCGCTGGCGGGTAGAAATCATGAGCGCCAGCGAGGGTGAACATGGTGGTTATAAAG‑AGATCATCGCCAAAATTAGCGGTGATGGTGTGTATGGTCGTCTGAAATTTGAATCCGGCG‑GTCATCGCGTGCAACGTGTTCCTGCTACGGAAT‑CGCa < 1:788673/236‑1 (MQ=255) gAAGTCGGGGCCGGAC‑CGGGGGGCGAGGAGGCGGCGCTGTCCGC‑GGGGGATCTGTTCCGTATGTAAAGCCGTTATGCCGAAGCCCGCCGCTGGCGGGTAGAAATCATGAGCGCCAGCGAGGGTGAACATGGTGGTTATAAAG‑AGATCATCGCCAAAATTAGCGGTGATGGTGTGTATGGTCGTCTGAAATTTGAATCCGGCG‑GTCATCGCGTGCAACGTGTTCCTGCTACGGAAT‑CGCa < 1:1635074/239‑1 (MQ=255) gAAGTCCGAGCGGGAA‑CCGGCGGCGACGAAGCGGCGCTGTTCGC‑GGGCGATCTGTTCCGTATGTACAGCCGTTATGCCGAAGCCCGCCGCTGGCGGGTAGAAATCATGAGCGCCAGCGAGGGTGAACATGGTGGTTATAAAG‑AGATCATCGCCAAAATTAGCGGTGATGGTGTGTATGGTCGTCTGAAATTTGAATCCGGCG‑GTCATCGCGTGCAACGTGTTCCTGCTACGGAAT‑CGCa < 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 6 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |