Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,745,001 | 0 | T | G | 38.6% | 113.3 / 19.8 | 91 | G66G (GGT→GGG) | yiaN | 2,3‑diketo‑L‑gulonate TRAP transporter large permease protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (12/42); new base G (32/2); total (47/44) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.49e-11 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
AGCAATTCTCTAACGTCGCCACCGCAAGGAGCTTAATCATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTG‑CCTATTGCCTGGGCAC‑TGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGC‑GGGTGAAATCATGAATGC‑GGGCGGC‑TT‑G‑TCAAAA‑CGCA‑TTGTTGACCTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAACCAGGCGGGCT‑GGGCTACGTCGGCGTGCTGGCAGCTATGATTAT‑G‑GCGAGCCTTTC‑TGGTTCTGC‑CGTTGCGGATACCGCCGCCGTTGCCGCTCTACTGGTGCCGATGATGCGCAGCGCCAACTATCCGG‑TCAACCGGGCGGCGGGGCTGATTGCCTCTGG > NC_000913/3744766‑3745231 | aGCAATTCTCTAACGTCGCCACCGCAAGGAGCTTAATCATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTG‑CCTATTGCCTGGGCAC‑TGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGC‑GGGTGa < 1:465574/238‑1 (MQ=255) tctcTAACGTCGCCACCGCAAGGAGCTTAATCATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTG‑CCTATTGCCTGGGCAC‑TGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGC‑GGGGGAAAtacag > 1:3049150/1‑235 (MQ=255) tAACGTCGCCACCGCAAGGAGCTTAATCATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTG‑CCTATTGCCTGGGCAC‑TGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACACGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGC‑GGGGGGTATCATGaagt > 2:2188246/1‑237 (MQ=255) ccACCGCAAGGAGCTTAATCATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTG‑CCTATTGCCTGGGCAC‑TGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGC‑GGGGGGAAACATTGATgc‑gggcg > 1:2923663/1‑237 (MQ=255) ccACCGAAAGATGCTTAATCATAGCTGGTCTGATTTGTCTGCTCTGTCTGTTTGGTGGTATTGCTCCCGGTTCG‑CCGATTGCCTGGGCAG‑TGTTTTTGTCCGGTGCGGCGTTAAGTTTCTGGCTGGACATTTTTGATGTCCAGATCTTGGCACATGCGCTGGTGAACGGAGCCGATAACTTCTCCCTTCTGGCGGTTCCTTTCTTTGTGCTGGC‑GGGTGAAATCATGAATgc‑gggcgtc < 2:1841663/239‑3 (MQ=255) aCCGCAAGGAGCTTAATCATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTG‑CCTATTGCCTGGGCAC‑TGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGC‑GGGTGAAATCATGAATGC‑GGGCGGC‑tt < 1:1172586/239‑1 (MQ=255) aaGGAGTTTAAGCATGGGTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTG‑CCTGTTGCCTGGGCAC‑TGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGC‑GGGTGAAATCATGAATGC‑GGGCGGC‑TT‑G‑TCa < 2:2299218/238‑1 (MQ=255) gCTTAATCATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTG‑CCTATTGCCTGGGCAC‑TGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGC‑GGGTGAAATCATGAATGC‑GGGCGGC‑TT‑G‑TCAAAA‑Cg < 1:1006075/238‑1 (MQ=255) cTTAATCATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTG‑CCTATTGCCTGGGCGC‑TGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGC‑GGGCGAAAACATGAATGC‑GGGGGGC‑CT‑G‑TTAACA‑CCCa > 1:2883988/1‑239 (MQ=255) cTTAATCATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTG‑CCTATTGCCTGGGCAC‑TGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGCGGGGGGAAATATTAAATGG‑GGGCGCC‑TG‑T‑TCaaaaa > 1:1904051/1‑236 (MQ=255) ttAATCATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTG‑CCTATTGCCTGGGCAC‑TGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGC‑GGGTGAAATCATGAATGC‑GGGCGGC‑TT‑G‑TCAAAA‑c < 1:531373/235‑1 (MQ=255) ttAACCATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTG‑CCTATTGCCTGGGCAC‑TGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGC‑GGGTGAAATCATGAATGC‑GGGCGGC‑TT‑G‑TCAAAA‑CGCA‑t < 1:3366795/239‑1 (MQ=255) tGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTG‑CCTATTGCCTGGGCAC‑TGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGC‑GGGGGGAAACATGAATGC‑GGGCGGC‑GT‑G‑TCAAAA‑AGCA‑TTGTTGa > 1:738012/1‑238 (MQ=255) 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ttGCTATCGGTTTG‑CCTATTGCCTGGGCAC‑TGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGC‑GGGGGAAATCATGAAAGC‑GGGCGGC‑TT‑G‑TCAAAA‑AGCA‑TTGTTGACCTGCCGATGAAAATGGGGGGGGATAAACCAGGCggg > 1:1102404/1‑236 (MQ=255) aTCGGTTTG‑CCTATTGCCTGGGCAC‑TGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGC‑GGGTGAAAACATGAATGC‑GGGGGGC‑GT‑T‑GCAAAA‑AGCA‑TTATTGATCTTGCCATGGAAATGGTGGGGGGTGAACCAAGCgggggtgggc > 2:2784661/1‑231 (MQ=255) cGGTTTG‑CCTATTGCCTGGGCAC‑TGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGC‑GGGTGAAATCACGAATCC‑GGGCGGG‑TT‑T‑TCCAAA‑CGCA‑TTGTGGACCTTCCGAGGAAAATGTTTGGGCATTAAATAGGCgggcc‑gggctgc > 2:2401828/1‑236 (MQ=255) 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ttgttgtGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGTTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGGTCTTTGTGCTGGC‑GGGTGAAATCATGAATGC‑GGGCGGC‑TT‑G‑TCa < 1:3001282/153‑1 (MQ=255) ttgttgtGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGC‑GGGTGAAATCATGAATGC‑GGGCGGC‑TT‑G‑TCAAAA‑Cg < 1:3509276/158‑1 (MQ=255) tgtgCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGC‑GGGGGTAATCATGAATGG‑TGGCGGC‑TC‑G‑CTAAAA‑CACA‑TTGTTGGCCCTACCATGGAAATGGGGGGGCATAAAACCGGCGCGGC‑GGGCTTCGTGTGCGGGCTGGGACGGATGATTAT‑G‑Gc > 2:2571549/1‑238 (MQ=255) tgggCGGGGCGGCGTTAATGTTCGGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCCCAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTTTTTGTGCTGGC‑GGGTGAAATCATGAATGC‑GGGGGGC‑TT‑G‑TAAAAA‑CGCA‑TTGTTGACCTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAACCAGGCGGGCT‑GGGCTACGTCGGCGTGCTGGCAGCTATGATTAT‑G‑GCg < 1:3004155/236‑1 (MQ=255) cGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGC‑GGGt < 1:2715934/118‑1 (MQ=255) cGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGC‑GGGt > 2:2715934/1‑118 (MQ=255) cGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGC‑GGGGGGAAACATGAATTC‑GGGGGGG‑TT‑G‑t > 2:1106892/1‑143 (MQ=255) gggCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGC‑GGGGGGAATCATGAAAGCGGGGGGGC‑TG‑G‑TAAAAC‑CGCA‑tttttgc > 2:3509276/1‑157 (MQ=255) cgTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGTTTCCGTTCTTTGTGCTGGG‑GGGTGAAATCATGAATGC‑GGGCGGC‑TT‑G‑TCAAAA‑CGCA‑TTGTTGAc < 1:1527705/152‑1 (MQ=255) cgTCAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGC‑GGGTGAAATCATGAATGC‑Gggcggc < 1:3259541/131‑1 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tttttGTGCTGGC‑GGGTAAAATCATGAAGGC‑GGGGGGC‑TT‑G‑TCAAAC‑CGCA‑TTGTTGACCTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAACCAGGCGGGCT‑GGGCTACGTCGGCGTGCTGGCAGCTATGATTAT‑G‑GCGAGCCTTTC‑TGGTTCTGC‑CGTTGCGGATACCGCCGCCGTTGCCGCTCTACTGGTGCCGATGATGCGCAGCGCCAACTATCCGG‑TCAACCGGGCGGCGGGGCTGAt < 1:53200/236‑1 (MQ=255) cTTTGTGCTGGC‑GGGTGAAATCATGAATGC‑GGGCGGC‑TT‑G‑TCAAAA‑CGCA‑TTGTTGACCTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAACCAGGCGGGCT‑GGGCTACGTCGGCGTGCTGGCAGCTa < 1:3313762/122‑1 (MQ=255) tgtgCTGGC‑GGGTGAAATCATGAATGC‑GGGCGGC‑TT‑G‑TCAAAA‑CGCa > 1:761338/1‑47 (MQ=255) tgtgCTGGC‑GGGTGAAATCATGAATGC‑GGGCGGC‑TT‑G‑TCAAAA‑CGCa < 2:761338/47‑1 (MQ=255) tggggggggTGAAATCAGGAAGGG‑GGGGGGT‑TT‑G‑CAAAAC‑CGCT‑TTGTTGCCCTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAACCAGGCGGGCT‑GGGCTACGTCGGCGTGCTGGCAGCTATGATTAT‑G‑GCGAGCCTTTC‑TGGTTCTGC‑CGTTGCGGATACCGCCGCCGTTGCCGCTCTACTGGTGCCGATGATGCGCAGCGCCAACTATCCGG‑TCAACCGGGCGGCGGGGCTGATTGCctct < 1:454929/232‑1 (MQ=255) gggggggTGAAATCATGAAGGG‑GGGGGGC‑TT‑G‑ACAAAC‑CGCT‑TTGTTGCCCTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAACCAGGCGGGCT‑GGGCTACGTCGGCGTGCTGGCAGCTATGATTAT‑G‑GCGAGCCTTTC‑TGGTTCTGC‑CGTTGCGGATACCGCCGCCGTTGCCGCTCTACTGGTGCCGATGATGCGCAGCGCCAACTATCCGG‑TCAACCGGGCGGCGGGGCTGATTGCCTCTgg < 1:2630540/234‑1 (MQ=255) gC‑GGGGGAAATCATGAATGC‑GGGCGGC‑TT‑G‑TCAAAA‑AGCA‑TTGTTGACCTGCCGATGAAACTGGGGGGGCATAAACCAGGCGGGGT‑GGGGTACGTCGGCGTGCTGGCGGGTATGGTTAT‑g‑gg > 2:3313762/1‑121 (MQ=255) | AGCAATTCTCTAACGTCGCCACCGCAAGGAGCTTAATCATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTG‑CCTATTGCCTGGGCAC‑TGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGC‑GGGTGAAATCATGAATGC‑GGGCGGC‑TT‑G‑TCAAAA‑CGCA‑TTGTTGACCTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAACCAGGCGGGCT‑GGGCTACGTCGGCGTGCTGGCAGCTATGATTAT‑G‑GCGAGCCTTTC‑TGGTTCTGC‑CGTTGCGGATACCGCCGCCGTTGCCGCTCTACTGGTGCCGATGATGCGCAGCGCCAACTATCCGG‑TCAACCGGGCGGCGGGGCTGATTGCCTCTGG > NC_000913/3744766‑3745231 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 6 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |