Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,875,521 | 0 | T | C | 20.5% | 162.9 / 15.8 | 84 | A28A (GCT→GCC) | yidX | putative lipoprotein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (34/32); new base C (17/0); total (51/33) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.24e-04 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.75e-01 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
GCGTTTGCCGTGCGTGTAATGTAGTACAAACTTATATTGTTGTACTACAATTTAGATCACAAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATAT‑CAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCACTGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGAACAAAAGGCTATGTTTTTGTAGGGGAATCGCTGGATTACCTTATCACTGATGGTGCCGATGACATCGTTAAGATGCTCAATGATCCAGCACTTAACCGGCACAATATTCAGGTTGCCGATGACGCAAGATTTGTTTTAAATGCGGGGAAAAAGAAATTTACCGGCACAATATCGCTTTACTACTACTGGAATAAC > NC_000913/3875251‑3875809 | gcgTTTGCCGTGCGTGTAATGTAATACAAACTTATATTGTTGTACTACAATTTAGATCAAAAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGACACGCGTCGGGCAGAAATCAGAAAAGGGATAT‑CAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCGTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCATACCGCa < 1:436973/289‑1 (MQ=255) tGCCGTGCGTGTAATGTAGTACAAACTTATATTGTTGTACTACAATTTAGATCACAAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATAT‑CAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTCGTCTGCCagaaagaaaagag > 1:258999/1‑277 (MQ=255) ggcgatccactAATTTAGTAGACACTTTTAATGTTGTACTACAATATAAATCACAAAAAAAACAATGCATAAACAAATTACATGCGTAAGTCACAAATCTCAAATGGGATAT‑CAGGCGCTAAACAGGCAGGAAAGAAGAGTATGCTTACAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTTAATTTTAATGGCTTTTTTGAGTCTGCCGGTTTAATCCCACTAGCGATGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCCTACCGCAAAggg < 2:535631/278‑1 (MQ=255) gcggtgcgtgTAATGTAGTACAAACGTTTATTGTTGTACTACAATTTAGATCACAAAAAGAAAAATGCATAAAAAAATGACATGCTTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATAT‑CAGGCGATAAAGAGGAGGGAAAGAAGAGAATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAggg < 1:367767/285‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |