| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 1577046 = | 45 (0.710) | 7 (0.110) | 7/320 | 5.2 | 11.5% | coding (574/2373 nt) | yddB | putative TonB‑dependent outer membrane receptor |
| ? | NC_000913 | 1577256 = | 65 (1.070) | coding (364/2373 nt) | yddB | putative TonB‑dependent outer membrane receptor | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CGTTTTTATACTGTGCCCGACCGGCGACAATGCCGTCATTCGAAACATAATCCGCGCGGGTGATATCAGACTGGCGGCGCGATAAACCGGCGGTAACGCCGAAGTTATCAGCGAGTTCCTGATTAAACGACAAGGTATAAAAGTTCTTTTTAAAATCTGGGG‑AGTAATAAGTACTTCCTGAAGAGCCTTG‑ATTAAATGCGCTCTTGTTATTCTCATCGATATGCGATGTTAACCAGTCCGAACGCGTAGTGCGATAACCCAATT‑T‑CACCTTGCTATCATCAGCGTTGAAGCGTTTGATCTTTGCATCAATTACCCCGCCATTGAAGCGACCAAATTCAACCGGCACAAAACTGTCATAAAGCGTCACATTGTCCAGTAAGCTGACATCAAGATAATACCCCTGTGACATCCCGCTAATATTGGTTGCACTACTGGCATCGGACTCATTCGCTGGGTTCAGGTTATTAGT > NC_000913/1576812‑1577280 | cGTTTTTATACTGTGCCCGACCGGCGACAATGCCGTCATTCGAAACATAATCCGCGCGGGTGATATCAGACTGGCGGCGCGATAAACCGGCGGTAACGCCGAAGTTATCAGCGAGTTCCTGATTAAACGACAAGGTATAAAAGTTCTTTTTAAAATCTGGGG‑AGTAATAAGTACTTCCTGAAGAGCCTTG‑ATTAAATGCGCTCTTGTTATTCTCATCGATATGCGATGTTAACCAGTcc < 1:779896/239‑1 (MQ=255) taCTGTGCCCGACCGGCGACAATGCCGTCATTCGAAACATAATCCGCGCGGGTGATATCAGACTGGCGGCGCGATAAACCGGCGGTAACGCCGAAGTTATCAGCGAGTTCCTGATTAAACGACAAGGTATAAAAGTTCTTTTTAAAATCTGGGG‑AGTAATAAGTACTTCCTGAAGAGCCTTG‑ATTAAATGCGCTCTTGTTATTCTCATCGATATGCGATGTTAACCAGTCCGAACGCGt < 1:44251/239‑1 (MQ=255) cccGACCGGCGACAATGCCGTCATTCGAAACATAATCCGCGCGGGTGATATCAGACTGGCGGCGCGATAAACCGGCGGTAACGCCGAAGTTATCAGCGAGTTCCTGATTAAACGACAAGGTATAAAAGTTCTTTTTTAAATCTGGGG‑AGTAATAAGTACTTCCTGAAGAGCCTTG‑ATTAAATGCGCCCTTGTTATTTTCATTGAATTGCGATGTTAACCAGTCCGAAcccgagagtcgt > 2:44251/1‑231 (MQ=255) gACCGGCGACAATGCCGTCATTCGAAACATAATCCGCGCGGGTGATATCAGACTGGCGGCGCGATAAACCGGCGGTAACGCCGAAGTTATCAGCGAGTTCCTGATTAAACGACAAGGTATAAAAGTTCTTTTTAAAATCTGGGG‑AGTAATAAGTACTTCCTGAAGAGCCTTG‑ATTAAATGCGCTCTTGTTATTCTCATCGATATGCGATGTTAACCAGTCCGAACGCGTAGTGCGATaa < 1:769393/239‑1 (MQ=255) tGCCGTCATTCGAAACATAATCCGCGCGGGTGATATCAGACTGGCGGCGCGATAAACCGGCGGTAACGCCGAAGTTATCAGCGAGTTCCTGATTAAACGACAAGGTATAAAAGTTCTTTTTAAAATCTGGGG‑AGTAATAAGTACTTCCTGAAGAGCCTTG‑ATTAAATGCGCTCTTGTTATTCTCATCGATATGCGATGTTAACCAGTCCGAACGCGTAGTGCGATAACCCAATT‑T‑Ca > 2:526161/1‑237 (MQ=255) aaCATAATCCGCGCGGGTGATATCAGACTGGCGGCGCGATAAACCGGCGGTAACGCCGAAGTTATCAGCGAGTTCCTGATTAAACGACAAGGTATAAAAGTTCTTTTTAAAATCTGGGG‑AGTAATAAGTACTTCCTGAAGAGCCTTG‑ATTAAATGCGCTCTTGTTATTCTCATCGATATGCGATGTTAACCAGTCCGAAcgcg < 1:476981/203‑1 (MQ=255) aaCATAATCCGCGCGGGTGATATCAGACTGGCGGCGCGATAAACCGGCGGTAACGCCGAAGTTATCAGCGAGTTCCTGATTAAACGACAAGGTATAAAAGTTCTTTTTAAAATCTGGGG‑AGTAATAAGTACTTCCTGAAGAGCCTTG‑ATTAAATGCGCTCTTGTTATTCTCATCGATATGCGATGTTAACCAGTCCGAAcgcg > 2:476981/1‑203 (MQ=255) aTCCGCGCGGGTGATATCAGACTGGCGGCGCGATAAACCGGCGGTAACGCCGAAGTTATCAGCGAGTTCCTGATTAAACGACAAGGTATAAAAGTTCTTTTTAAAATCTGGGG‑AGTAATAAGTACTTCCTGAAGAGCCTTG‑ATTAAATGCGCTCTTGTTATTCTCATCGATATGCGATGTTAACCAGTCCGAACGCGTAGTGCGATAACCCAATT‑T‑CACCTTGCTATCATCAGCGTTGa < 1:526161/239‑1 (MQ=255) gcgGGTGATATCAGACTGGCGGCGCGATAAACCGGCGGTAACGCCGAAGTTATCAGCGAGTTCCTGATTAAACGACAAGGTATAAAAGTTCTTTTTAAAATCTGGGG‑AGTAATAAGTACTTCCTGAAGAGCCTTG‑ATTAAATGCGCTCTTGTTATTCTCATCGATATGCGATGTTAACCAGTCCGAACGCGTAGTGCGATAACCCAATT‑T‑CACCTTGCTATCATCAGCGTTGAAGCGtt > 1:367861/1‑239 (MQ=255) aCTGGCGGCGCGATAAACCGGCGGTAACGCCGAAGTTATCAGCGAGTTCCTGATTAAACGACAAGGGATAAAAGTTCTTTTTAAAATCTGGGG‑AGTAATAAGGACTTCCTGAAGAGCCTTG‑ATTAAATGCGCTCTTGTTATTCTCATCGATATTCGATGTTAACCAGTCCGAACGCGTAGTGCGATAACCCAATT‑T‑CACCTTGCTATCATCAGCGTTTAAGCGGTTGATCTTTGCATCa > 2:760448/1‑239 (MQ=255) gcggcgCGATAAACCGGCGGTAACGCCGAAGTTATCAGCGAGTTCCTGATTAAACGACAAGGGATAAAAGTTCTTTTTAAAATCTGGGG‑AGTAATAAGTACTTCCTGAAGAGCCTTG‑ATTAAATGCGCTCTTGTTATTCTCATCGATATGCGATGTTAACCAGTCCGAAAGCGTAGTGCGATAACCCAATT‑T‑CACCTTGCTATCATCAACGTTGAAGAGTTGGATCTTTGCATCAAtt > 2:663569/1‑238 (MQ=255) gcgATAAACCGGCGGTAACGCCGAAGTTATCAGCGAGTTCCTGATTAAACGACAAGGTATAAAAGTTCTTTTTAAAATCTGGGG‑AGTAATAAGTACTTCCTGAAGAGCCTTG‑ATTAAATGCGCTCTTGTTATTCTCATCGATATGCGATGTTAACCAGTCCGAACGCGTAGTGCGATAACCCAATT‑TCCACCTTGCTATCATCAGCGTTGAAGCGTTTGATCTTTGCATCAATTAccc > 1:538103/1‑238 (MQ=255) cggTAACGCCGAAGTTATCAGCGAGTTCCTGATTAAACGACAAGGTATAAAAGTTCTTTTTAAAATCTGGGG‑AGTAATAAGTACTTCCTGAAGAGCCTTG‑ATTAAATGCGCTCTTGTTATTCTCATCGATATGCGATGTTAACCAGTCCg > 2:29102/1‑150 (MQ=255) cggTAACGCCGAAGTTATCAGCGAGTTCCTGATTAAACGACAAGGTATAAAAGTTCTTTTTAAAATCTGGGG‑AGTAATAAGTACTTCCTGAAGAGCCTTG‑ATTAAATGCGCTCTTGTTATTCTCATCGATATGCGATGTTAACCAGTCCg < 1:29102/150‑1 (MQ=255) tttATCAGGAATTTCCTAATAAAACGAATAGGTATAAAGGTT‑TTTTTAAAATTGGGGGCATTAATAAGTACTTCCTGAAGACCTTTA‑ATTAAACGCCGTTTTGTTTTTCTCATCGATAGGCGATGTTAACCAGCCCGAACGGGTAGGGCGATAACCCAATT‑C‑CACCTTGCTATCATCAGCGTTGAAGCGTTTGACCTTTGCATAAATTCCCCCGCCATTGAAGCGACCAAATTCAAc < 2:519161/236‑1 (MQ=255) cAGCGAGTTCCTGATTAAACGACAAGGTATAAAAGTTCTTTTTAAAATCTGGGG‑AGTAATAAGTACTTCCTGAAGAGCCTTG‑ATTAAATGCGCTCTTGTTATTCTCATCGATATGCGATGTTAACCAGTCCGAACGCGTAg < 1:331886/141‑1 (MQ=255) cAGCGAGTTCCTGATTAAACGACAAGGTATAAAAGTTCTTTTTAAAATCTGGGG‑AGTAATAAGTACTTCCTGAAGAGCCTTG‑ATTAAATGCGCTCTTGTTATTCTCATCGATATGCGATGTTAACCAGTCCGAACGCGTAg > 2:331886/1‑141 (MQ=255) aGTTCCTGATTAAACGACAAGGTATAAAAGTTCTTTTTAAAATCTGGGG‑AGTAATAAGTACTTCCTGAAGAGCCTTG‑ATTAAATGCGCTCTTGTTATTCTCATCGATATGCGATGTTAACCAGTCCGAACGCGTAGTGCGATAACCCAATT‑T‑CACCTTGCTATCATCAGCGTTGAAGCGTTTGATCTTTGCATCAATTACCCCGCCATTGAAGCGACCAAATTCAACCGGCACaaaa > 1:519161/1‑237 (MQ=255) gACAAGTTATAAATGTTCTTTTTAAATTCTGGGG‑AGTAATAAGTACTCCCTGAAGAGCCTTG‑ATTAAATGCGCTCTTTTTATTCTCATCGATTTGCGATGTTAACCAGTCCGAACGCGTAGTGCGATAACCCAATT‑T‑CCCCTAGCTATCATCAGCGTTGAAGCGTTTGATCTTTGCATCAATTCCCCCGCCATTGAAg < 2:857385/198‑1 (MQ=255) ataAAAGTTCTTTTTAAAATCTGGGG‑AGTAATAAGTACTTCCTGAAGAGCCTTG‑ATTAAATGCGCTCTTGTTATTCTCATCGATATGCGATGTTAACCAGTCCGAACGCGTAGTGCGATAACCCAATT‑T‑CACCTTGCt < 1:604281/138‑1 (MQ=255) ataAAAGTTCTTTTTAAAATCTGGGG‑AGTAATAAGTACTTCCTGAAGAGCCTTG‑ATTAAATGCGCTCTTGTTATTCTCATCGATATGCGATGTTAACCAGTCCGAACGCGTAGTGCGATAACCCAATT‑T‑CACCTTGCt > 2:604281/1‑138 (MQ=255) aaaaGTTCTTTTTAAAATCTGGGG‑AGTAATAAGTACTTCCTGAAGAGCCTTG‑ATTAAATGCGCTCTTGTTATTCTCATCGATATGCGATGTTAACCAGTCCGAACGCGTAGTGCGATAACCCAATT‑T‑CACCTTGCTATCATCAGCGTTGAAGCGTTTGATCTTTGCATCAATTACCCCGCCATTGAAGCGACCAAAtt > 1:857385/1‑198 (MQ=255) ttCTTTGAAAATTCTGGGA‑ATTAAAAAGTACTGCCGAAAGGCCCTTG‑ATTAAATGCGCTTTTGTTATTCTCATCGATATGCAATTTTAACCAGTCCGAACGCGTAGTGCGATAACCCAATT‑T‑CACCTTGCTATCATCAGCGTGGAAGCGTTTGATCTTTGCATAAATTCCCCCGCCATTGAAGCGACCAAATTCAACCGGCACAAAACTGTCATAAAGCGTCACATTGTCCAGTAAGCt < 2:131804/239‑1 (MQ=255) tCTTTTTAAAATCTGGGG‑AGTAATAAGTACTTCCTGAAGAGCCTTG‑ATTAAATGCGCTCTTGTTATTCTCATCGATATGCGATGTTAACCAGTCCGAACGCGTAGTGCGATAACCCAATT‑T‑CACCTTGCTATCATCAGCGTTGAAGCGTTTGATCTTTGCATCAATTACCCCGCCATTGAAGCGACCAAATTCAACCGGCACAAAACTGTCATAAAGCGTCACATTGTCCAGTaa > 1:131804/1‑235 (MQ=255) ggggcattaatagGTACTTCC‑GAAAGTCCTTGTATTAAGTGCGCTCTTTTTATTCTCATCAATTTGCAATTTTAACAAGTCCGAACGGGTAGTGCGAAACCCCAATTCC‑CCCCTTGCTATCATCAGCGTTGAAGCTTTTGATCTTTGCAACAATTACCCCGCCATTGAAGCGACCAAATTCAACCGGCACAAAACTGTCATAAAGCGTCACATTGTCCAGTAAGCTGACATCAAGataa < 2:538103/232‑1 (MQ=255) ccTGAAGAGCCTTG‑ATTAAATGCGCTCTTGTTATTCTCATCGATATGCGATGTTAACCAGTCCGAACGCGTAGTGCGATAACCCAATT‑T‑CACCTTGCTATCATCAGCGTTGa < 2:357075/112‑1 (MQ=255) ccTGAAGAGCCTTG‑ATTAAATGCGCTCTTGTTATTCTCATCGATATGCGATGTTAACCAGTCCGAACGCGTAGTGCGATAACCCAATT‑T‑CACCTTGCTATCATCAGCGTTGa > 1:357075/1‑112 (MQ=255) tGAAGAGCCTTG‑ATTAAATGCGCTCTTGTTATTCTCATCGATATGCGATGTTAACCAGTCCGAACGCGTAGTGCGATAACCCAATT‑T‑CACCTTGCTATCATCAg < 1:601147/104‑1 (MQ=255) tGAAGAGCCTTG‑ATTAAATGCGCTCTTGTTATTCTCATCGATATGCGATGTTAACCAGTCCGAACGCGTAGTGCGATAACCCAATT‑T‑CACCTTGCTATCATCAg > 2:601147/1‑104 (MQ=255) aTTAAATGCGCTCTTGTTATTCTCATCGATATGCGATGTTAACCAGTCCGAACGCGTAGTGCGATAACCCAATT‑T‑CAcc > 2:773255/1‑79 (MQ=255) aTTAAATGCGCTCTTGTTATTCTCATCGATATGCGATGTTAACCAGTCCGAACGCGTAGTGCGATAACCCAATT‑T‑CAcc < 1:773255/79‑1 (MQ=255) aaTGCCCTCTTGTTATTCTCATCGATATGCGATGTTAACCAGTCCGAACGCGTAGTGCGATAACCCAATT‑T‑CCCCTTGCTATCATCAGCGTTGAAGCGTTTGATCTTTGCATCAATTACCCCGCCATTGAAGCGACCAAATTCAACCGGCACAAAACTGTCATAAAGCGTCACATTGTCCAGTAAGCTGACATCAAGATAATACCCCTGTGACATCCCGCTAATATTGGTTGCactact < 1:663569/239‑1 (MQ=255) aTGCGCTCTTGTTATTCTCATCGATATGCGATGTTAACCAGTCCGAACGCGTAGTGCGATAACCCAATT‑T‑CACCTTGCTATCATCAGCGTTGAAGCGTTTGATCTTTGCATCAATTACCCCGCCATTGAAGCGACCAAATTCAACCGGCACAAAACTGTCATAAAGCGTCACATTGTCCAGTAAGCTGACATCAAGATAATACCCCTGTGACATCCCGCTAATATTGGTTGCact > 2:64135/1‑235 (MQ=255) ctctTGTTATTCTCATCGATATGCGATGTTAACCAGTCCGAACGCGTAGTGCGATAACCCAATT‑T‑CACCTTGCTATCATCAGCGTTGAAGCGTTTGATCTTTGCATCAATTACCCCGCCATTGAAGCGACCAAATTCAACCGGCACAAAACTGTCATAAAGCGTCACATTGTCCAGTAAGCTGACATCAAGATAATACCCCTGTGACATCCCGCTAATATTGGTTGCACTACTGGCATc > 2:51055/1‑239 (MQ=255) cATCGATATGCGATGTTAACCAGTCCGAACGCGTAGTGCGATAACCCAATT‑T‑CACCTTGCTATCATCAGCGTTGAAGCGTTTGATCTTTGCATCAATTACCCCGCCATTGAAGCGACCAAATTCAACCGGCACAAAACTGTCATAAAGCGTCACATTGTCCAGTAAGCTGACATCAAGATAATACCCCTGTGACATCCCGCTAATATTGGTTGCactact < 1:669107/220‑1 (MQ=255) cATCGATATGCGATGTTAACCAGTCCGAACGCGTAGTGCGATAACCCAATT‑T‑CACCTTGCTATCATCAGCGTTGAAGCGTTTGATCTTTGCATCAATTACCCCGCCATTGAAGCGACCAAATTCAACCGGCACAAAACTGTCATAAAGCGTCACATTGTCCAGTAAGCTGACATCAAGATAATACCCCTGTGACATCCCGCTAATATTGGTTGCactact > 2:669107/1‑220 (MQ=255) cATCGATATGCGATGTTAACCAGTCCGAACGCGTAGTGCGATAACCCAATT‑T‑CACCTTGCTATCATCAGCGTTGAAGCGTTTGATCTTTGCATCAATTACCCCGCCATTGAAGCGACCAAATTCAACCGGCACAAAACTGTCATAAAGCGTCACATTGTCCAGTAAGCTGACATCAAGATAATACCCCTGTGACATCCCGCTAATATTGGTTGCACTACTGGCATCGGACTCATTCGCt < 1:51055/239‑1 (MQ=255) cGATATGCGATGTTAACCAGTCCGAACGCGTAGTGCGATAACCCAATT‑T‑Ca < 1:198453/51‑1 (MQ=255) cGATATGCGATGTTAACCAGTCCGAACGCGTAGTGCGATAACCCAATT‑T‑Ca > 2:198453/1‑51 (MQ=255) atggCGATGTAACCCTGTCCAACCGCGTAGTGCAAAAACCCAATT‑C‑CACCTTGCTATCATCAGCGTGGAAGCGTTTGATCTTTGCATCAATTCCCCCGCCATTGAAGCGACCAAATTCAACCGGCACAAAACTGTCATAAAGCGTCACATTGTCCAGTAAGCTGACATCAAGATAATACCCCTGTGACATCCCGCTAATATTGGTTGCACTACTGGCATCGGACTCATTCGCTGGGtt < 1:477319/235‑1 (MQ=255) gCGATGTTAACCAGTCCGAACGCGTAGTGCGATAACCCAATT‑T‑CACCTTGCTATCATCAGCGTTGAAGCGTTTGATCTTTGCATCAATTACCCCGCCATTGAAGCGACCAAATTCAACCGGCACAAAACTGTCATAAAGCGTCACATTGTCCAGTAAGCTGACATCAAGATAATACCCCTGTGACATCCCGCTAATATTGGTTGCACTACTGGCATCGGACTCATTCGCTGGGTTCAgg > 2:886617/1‑239 (MQ=255) tGTTAACCAGTCCGACCGCGTAGTGCGATACCCCAATT‑T‑CCCCTTGCTATCATCAGCGTTGAAGCGTTTGATCTTTGCATCAATTCCCCCGCCATTGAAGCGACCAAATTCAACCGGCACAAAACTGTCATAAAGCGTcaca < 2:301764/142‑1 (MQ=255) ttAACCAGTCCGAACGCGTAGTGCGATAACCCAATT‑T‑CACCTTGCTATCATCAGCGTTGAAGCGTTTGATCTTTGCATCAATTACCCCGCCATTGAAGCGACCAAATTCAACCGGCACAAAACTGTCATAAAGCGTcaca > 2:901514/1‑140 (MQ=255) ttAACCAGTCCGAACGCGTAGTGCGATAACCCAATT‑T‑CACCTTGCTATCATCAGCGTTGAAGCGTTTGATCTTTGCATCAATTACCCCGCCATTGAAGCGACCAAATTCAACCGGCACAAAACTGTCATAAAGCGTcaca < 1:901514/140‑1 (MQ=255) aaCCAGTCCGAACGCGTAGTGCGATAACCCAATT‑T‑CACCTTGCTATCATCAGCGTTGAAGCGTTTGATCTTTGCATCAATTACCCCGCCATTGAAGCGACCAAATTCAACCGGCACAAAACTGTCATAAAGCGTCACATTGTCCAGTAAGCTGACATCAAGATAATACCCCTGTGACATCCCGCTAATATTGGTTGCACTACTGGCATCGGACTCATTCGCTGGGTTCAGGTTATTAGt < 1:64135/239‑1 (MQ=255) | CGTTTTTATACTGTGCCCGACCGGCGACAATGCCGTCATTCGAAACATAATCCGCGCGGGTGATATCAGACTGGCGGCGCGATAAACCGGCGGTAACGCCGAAGTTATCAGCGAGTTCCTGATTAAACGACAAGGTATAAAAGTTCTTTTTAAAATCTGGGG‑AGTAATAAGTACTTCCTGAAGAGCCTTG‑ATTAAATGCGCTCTTGTTATTCTCATCGATATGCGATGTTAACCAGTCCGAACGCGTAGTGCGATAACCCAATT‑T‑CACCTTGCTATCATCAGCGTTGAAGCGTTTGATCTTTGCATCAATTACCCCGCCATTGAAGCGACCAAATTCAACCGGCACAAAACTGTCATAAAGCGTCACATTGTCCAGTAAGCTGACATCAAGATAATACCCCTGTGACATCCCGCTAATATTGGTTGCACTACTGGCATCGGACTCATTCGCTGGGTTCAGGTTATTAGT > NC_000913/1576812‑1577280 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |