| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,183,597 | G→T | D785Y (GAC→TAC) | rpoB → | RNA polymerase, beta subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,183,597 | 0 | G | T | 98.5% | 259.0 / ‑3.4 | 68 | D785Y (GAC→TAC) | rpoB | RNA polymerase, beta subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base T (37/30); total (37/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.56e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.27e-01 | |||||||||||
TGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTCAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGAAGCAGGTATCGACATCTACAACCTGACCAAATACACCCGTTCTAACCAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCAGACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAACTGGCGCTTGGTCAGAACATGCGCGTAGCGTTCATGCCGTGGAATGGTTACAACTTCGAAGACTCCATCCTCGTATCCGAGCGTGTTGTTCAGGAAGACCGTTTCACCACCATCCACATTCAGGAACTGGCGTGTGTGTCCCGTGACACCAAGCTGGGTCCGGAAGAGATCACCGCTGACATCCCGAACGTGGGTGAAGCTGCG > NC_000913/4183362‑4183827 | tGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTCAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGAAGCAGGTATCGACATCTACAATCTGACCAAATACACACGTTCTAACCAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACg > 2:519089/1‑239 (MQ=255)tGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTCAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGAAGCAGGTATCGACATCTACAACCTGACCAAATACACCCGTTCTAACCAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACg > 2:54952/1‑239 (MQ=255) ctacGGTGTAACTGCGGTAGCTAAGCTTGGTGGTATCGTTCAGTACGTTGATGCTTCCCGTATCGTTAGCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGAAGCAGGTAGCGACATCTACAACCTGACCAAATACACCCGTTCTAACCAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGAc < 2:490882/235‑1 (MQ=255) aCTGCGGTAGCTAACCGTGGTGGTGTCGGTCAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGAAGCAGGTATCGACATCTACAACCTGACCAAATACACCCGTTCTAACCAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCAGACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAACt < 2:665598/239‑1 (MQ=255) ggTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTCAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTTAAGCAGGTATCGACATCTACAACCTGACCAAATACACCCGTTCTAACCAGAACTCCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAACTGgcgc < 1:608436/239‑1 (MQ=255) ggTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTCAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGAAGCAGGTATCGACATCTACAACCTGACCAAATACACCCGTTCTAACCAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGa > 1:699902/1‑231 (MQ=255) gTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTCAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGAAGCAGGTATCGACATCTACAACCTGACCAAATACACCCGTTCTAACCAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAACTGGCGCt < 2:699314/239‑1 (MQ=255) 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tgtgtgtCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAACTGGCGCTTGGTCAGAACATGCGCGTAGCGTTCATGCCGTGGAATGGTTACAACTTCGAAGACTCCATCCTCGTATCCGAGCGTGTTGTTCAGGAAGACCGTTTCACCACCATCCACATTCAGGAACTGGCGTGTGTGTCCCGTGACACCAAGCTGGGTCCGGAaga > 1:758691/1‑239 (MQ=255) ggTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCAcc > 2:703755/1‑48 (MQ=255) ggTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCAcc < 1:703755/48‑1 (MQ=255) ggTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAACTGGCGCTTGGTCAGAACATGCGCGTAGCGTTCATGCCGTGGAATGGTTACAACTTCGAAGACTCCATCCTCGTATCCGAGCGTGTTGTTCAGGAAGACCGTTTCACCACCATCCACATTCAGGAACTGGCGTGTGTGTCCCGTGACACCAAGCTGGGTCCGGAAGAGATCAcc > 1:914028/1‑234 (MQ=255) ggTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAACTGGCGCTTGGTCAGAACATGCGCGTAGCGTTCATGCCGTGGAATGGTTACAACTTCGAAGACTCCATCCTCGTATCCGAGCGTGTTGTTCAGGAAGACCGTTTCACCACCATCCACATTCAGGAACTGGCGTGTGTGTCCCGTGACACCAAGCTGGGTCCGGAAGAGATCACCGCTGa > 2:76502/1‑239 (MQ=255) ggTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAACTGGCGCTTGGTCAGAACATGCGCGTAGCGTTCATGCCGTGGAATGGTTACAACTTCGAAGACTCCATCCTCGTATCCGAGCGTGTTGTTCAGGAAGACCGTTTCACCACCATCCACATTCAGGAACTGGCGTGTGGGTCCCTGGACACCAAGCTGGGTCCGGAAAGGATCACCGCTGa > 2:482855/1‑239 (MQ=255) ggCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAACTGGCGCTTGGTCAGAACATGCGCGt > 2:170641/1‑68 (MQ=255) ggCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAACTGGCGCTTGGTCAGAACATGCGCGt < 1:170641/68‑1 (MQ=255) gTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAACTGGCGCTTGGTCAGAACATGCGCGTAGCGTTCATGCCGTGGAATGGTTACAACTTCGAAGACTCCATCCTCGTATCCGAGCGTGTTGTTCAGGAAGACCGTTTCACCACCATCCGCATTCAGGAACTGGCGTGTGTGTCCCGTGACACCAAGCTGGGTCCGGAAGAGATCACCGCTGACATCCCGAACGTGGGTGAAGCTgc < 1:882516/239‑1 (MQ=255) gCTGGCATACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTTAACTGGCGCTTGGTCAGAACATGCGCGTAGCGTTCATGCCGTGGAATGGTTACAACTTCGAAGACTCCATCCTCGTATCCGAGCGTGTTGTTCAGGAAGACCGTTTCACCACCATCCACATTCAGGAACTGGCGTGTGTGTCCCGTGACACCAAGCTGGGTCCGGAAGAGATCACCGCTGACATCCCGAACGTGGGTGAAGCTgcg < 1:482855/238‑1 (MQ=255) tGGCATACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAACTGGCGCTTGGTCAGAACATGCGCGTAGCGTTCATGCCGTGGAATGGTTACAACTTCGAAGACTCCATCCTCGTATCCGAGCGTGTTGTTCAGGAAGACCGTTTCACCACCATCCACATTCAg > 2:275780/1‑155 (MQ=255) tGGCATACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAACTGGCGCTTGGTCAGAACATGCGCGTAGCGTTCATGCCGTGGAATGGTTACAACTTCGAAGACTCCATCCTCGTATCCGAGCGTGTTGTTCAGGAAGACCGTTTCACCACCATCCACATTCAg < 1:275780/155‑1 (MQ=255) | TGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTCAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGAAGCAGGTATCGACATCTACAACCTGACCAAATACACCCGTTCTAACCAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCAGACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAACTGGCGCTTGGTCAGAACATGCGCGTAGCGTTCATGCCGTGGAATGGTTACAACTTCGAAGACTCCATCCTCGTATCCGAGCGTGTTGTTCAGGAAGACCGTTTCACCACCATCCACATTCAGGAACTGGCGTGTGTGTCCCGTGACACCAAGCTGGGTCCGGAAGAGATCACCGCTGACATCCCGAACGTGGGTGAAGCTGCG > NC_000913/4183362‑4183827 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |