| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,183,597 | G→T | D785Y (GAC→TAC) | rpoB → | RNA polymerase, beta subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,183,597 | 0 | G | T | 98.9% | 609.5 / ‑3.8 | 176 | D785Y (GAC→TAC) | rpoB | RNA polymerase, beta subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base T (89/85); total (90/86) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 | |||||||||||
Only 100 of 176 total aligned reads displayed.
CCTGACCAAATACACCCGTTCTAACCAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCAGACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAACTGGCGCTTGGTCAGAACATGCGCGTAGCGTTCATGCCGTGGAATGGTTACAACTTCGAAGACTCCATCC > NC_000913/4183500‑4183693 | ccTGACCAAATACACCCGTTCTAACCAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATAc < 1:1871456/100‑1 (MQ=255) tGACCAAATACCCCCGTTCTAACCAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACgg < 1:1014775/100‑1 (MQ=255) tGACCAAATACACCCGTTCTAACCAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACgg > 1:81797/1‑100 (MQ=255) tGACCAAATACACCCGTTCTAACCAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACgg > 2:4292387/1‑100 (MQ=255) gACCAAATACACCCGTTCTAACCAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGgt > 1:1622881/1‑100 (MQ=255) ccAAATACACCCGTTCTAACCAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGgtcc < 2:681363/100‑1 (MQ=255) ccAAATACACCCGTTCTAACCAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGgtcc > 1:3930217/1‑100 (MQ=255) ccAAATACACCCGTTCTAACCAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGgtcc > 1:3734649/1‑100 (MQ=255) cAAATACACCCGTTCTAACCAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGgtccg < 2:1577098/100‑1 (MQ=255) aaTGCACCCGTTCTAAACAGAACACCTGTATCAACCCCATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGACCGTGGCGACGTGCTGGCATCCGgtccgtc < 2:205110/100‑1 (MQ=255) aaTACACCCGTTCTAACCAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGgtccgtc > 2:593039/1‑100 (MQ=255) aaTACACCCGTTCTAACCAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGgtccgtc > 1:4473963/1‑100 (MQ=255) cacCCGTTCTAACCAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCAcc > 1:1267831/1‑100 (MQ=255) cacCCGTTCTAACCAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCAcc > 2:41834/1‑100 (MQ=255) gcgggTTCTAACCAGAACCATTATATCAACCAAATGCCGTATGTGACTTTGGCTGAAGCTGTTGAACGTGGCGACGGGCTTGCAGACGGTCCCTccgccg > 2:2185672/5‑100 (MQ=255) acCCGTTCTAACCAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCg > 1:3132327/1‑100 (MQ=255) cccGTTCTAACCAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGa > 2:3110941/1‑100 (MQ=255) cccGTTCTAACCAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGa > 2:415904/1‑100 (MQ=255) cccGTTCTAACCAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGa > 2:416028/1‑100 (MQ=255) cGTTCTAACCAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGAcc < 2:2309116/100‑1 (MQ=255) cTAACCAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGACCTCgg > 2:4362810/1‑100 (MQ=255) cTAACCAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGACCTCgg < 2:3201365/100‑1 (MQ=255) cTAACCAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGACCTCgg > 2:543193/1‑100 (MQ=255) cTAACCAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGACCTCgg < 1:3052741/100‑1 (MQ=255) cTAACCAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGACCTCgg < 1:2511746/100‑1 (MQ=255) tAACCAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGACCTCGGt > 2:2072228/1‑100 (MQ=255) aaCCAGAGCACCTGTATCAACCAGATGCGGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTg < 2:3720414/100‑1 (MQ=255) ccAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGCCATACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGaa > 1:4176645/1‑100 (MQ=255) cAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGAGGTCGGTGGAc < 2:1607764/100‑1 (MQ=255) cAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAAc > 1:2714061/1‑100 (MQ=255) cAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAAc < 2:4419185/100‑1 (MQ=255) aGAACACCTGTATCAACCATATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAACt < 2:3902780/100‑1 (MQ=255) aGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGGGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAACt < 2:3902768/100‑1 (MQ=255) gAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGAGGTCGGTGGAcgg < 1:2198032/100‑3 (MQ=255) gAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGAGGTCGGTGGAcgg < 2:3967785/100‑3 (MQ=255) acacCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGACCCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAACTGgc < 1:3753512/100‑1 (MQ=255) acacCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAACTGgc > 1:561652/1‑100 (MQ=255) cacCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAACTGgcg < 1:525719/100‑1 (MQ=255) cacCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAACTGgcg < 2:3161390/100‑1 (MQ=255) acCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAACTGgcgc > 2:3145590/1‑100 (MQ=255) tGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAACTGGCGCTTg < 2:2557546/100‑1 (MQ=255) aTCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAACTGGCGCTTGGTc > 1:282565/1‑100 (MQ=255) aTCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAACTGGCGCTTGGTc > 1:2753283/1‑100 (MQ=255) aTCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAACTGGCGCTTGGTc > 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aaCCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAACTGGCGCTTGGTCAGa > 1:2422675/1‑100 (MQ=255) aCCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAACTGGCGCTTGGTCAGaa > 1:3153691/1‑100 (MQ=255) aCCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAACTGGCGCTTGGTCAGaa > 1:122158/1‑100 (MQ=255) cAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAACTGGCGCTTGGTCAGAACa < 2:169437/100‑1 (MQ=255) tGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGTATACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAACTGGCGCTTGGTCAGAACATgcg < 1:27161/100‑1 (MQ=255) tGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAACTGGCGCTTGGTCAGAACATgcg < 2:3653232/100‑1 (MQ=255) tGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAACTGGCGCTTGGTCAGAACATgcg > 1:2471154/1‑100 (MQ=255) cGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAACTGGCGCTTGGTCAGAACATGCGCGt < 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tGGCATACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAACTGGCGCTTGGTCAGAACATGCGCGTAGCGTTCATGCCGTGGAATGGTTACAACTTCGAAGACTCCAt > 1:3390833/1‑100 (MQ=255) ggCATACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAACTGGCGCTTGGTCAGAACATGCGCGTAGCGTTCATGCCGTGGAATGGTTACAACTTCGAAGACTCCATc > 1:2458741/1‑100 (MQ=255) gCATACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAACTGGCGCTTGGTCAGAACATGCGCGTAGCGTTCATGCCGTGGAATGGTTACAACTTCGAAGACTCCATcc > 2:1841348/1‑100 (MQ=255) gCATACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAACTGGCGCTTGGTCAGAACATGCGCGTAGCGTTCATGCCGTGGAATGGTTACAACTTCGAAGACTCCATcc > 1:985047/1‑100 (MQ=255) | CCTGACCAAATACACCCGTTCTAACCAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCAGACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAACTGGCGCTTGGTCAGAACATGCGCGTAGCGTTCATGCCGTGGAATGGTTACAACTTCGAAGACTCCATCC > NC_000913/4183500‑4183693 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |