New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 274620 = | NA (NA) | 46 (0.380) | 15/178 | 9.8 | NA | noncoding (530/1195 nt) | IS5 | repeat region |
? | NC_000913 | 274663 = | NA (NA) | noncoding (487/1195 nt) | IS5 | repeat region | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. |
Only 100 of 332 total aligned reads displayed.
GCCAATTGTTCAAGACCATCAATCGCTGGCTGGCCGAAGCAGGCGTCATGATGACTCAAGGCACCTTGGTCGATGCCACCATCATTGAGGCACCCAGCTCGACCAAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/274726‑274620 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tcgaccaagGTGCCTTGAGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGGCGGGCCAGTTGATGCTGCTCCAGCAGGTGGCGGAA > NC_000913/274663‑274760 GCCAATTGTTCAAGACCATCAATCGCTGGCTGGCCGAAGCAGGCGTCATGATGACTCAAGGCACCTTGGTCGATGCCACCATCATTGAGGCACCCAGCT > 1:91325/1‑99 GCCAATTGTTCAAGACCATCAATCGCTGGCTGGCCGAAGCAGGCGTCATGATGACTCAAGGCACCTTGGTCGATGCCACCATCATTGAGGCACCCAGCT > 1:2936824/1‑99 GCCAATTGTTCAAGACCATCAATCGCTGGCTGGCCGAAGCAGGCGTCATGATGACTCAAGGCACCTTGGTCGATGCCACCATCATTGAGGCACCCAGCT > 1:2885259/1‑99 GCCAATTGTTCAAGACCATCAATCGCTGGCTGGCCGAAGCAGGCGTCATGATGACTCAAGGCACCTTGGTCGATGCCACCATCATTGAGGCACCCAGCT > 1:976311/1‑99 GCCAATTGTTCAAGACCATCAATCGCTGGCTGGCCGAAGCAGGCGTCATGATGACTCAAGGCACCTTGGTCGATGCCACCATCATTGAGGCACCCAGCT > 1:1894662/1‑99 CCAATTGTTCAAGACCATCCATCGCTGGCTGGCCGAAGCCGGCGTCATGATGACTCAAGGCACCTTGGTCGATGCCACCATCATTGAGGCACCCAGCTC < 2:1531015/99‑1 CCAATTGTTCAAGACCATCAATCGCTGGCTGGCCGAAGCAGGCGTCATGATGACTCAAGGCACCTTGGTCGATGCCACCATCATTGAGGCACCCAGCTC > 1:1008471/1‑99 CCAATTGTTCAAGACCATCAATCGCTGGCTGGCCGAAGCAGGCGTCATGATGACTCAAGGCACCTTGGTCGATGCCACCATCATTGAGGCACCCAGCTC < 1:504329/99‑1 CCAATTGTTCAAGACCATCAATCGCTGGCTGGCCGAAGCAGGCGTCATGATGACTCAAGGCACCTTGGTCGATGCCACCATCATTGAGGCACCCAGCTC < 1:2157766/99‑1 CCAATTGTTCAAGACCATCAATCGCTGGCTGGCCGAAGCAGGCGTCATGATGACTCAAGGCACCTTGGTCGATGCCACCATCATTGAGGCACCCAGCTC > 2:2970328/1‑99 CCAATTGTTCAAGACCATCAATCGCTGGCTGGCCGAAGCAGGCGTCATGATGACTCAAGGCACCTTGGTCGATGCCACCATCATTGAGGCACCCAGCTC > 2:801145/1‑99 CCAATTGTTCAAGACCATCAATCGCTGGCTGGCCGAAGCAGGCGTCATGATGACTCAAGGCACCTTGGTCGATGCCACCATCATTGAGGCACCCAGCTC > 2:3121658/1‑99 CAATTGTTCAAGACCATCAATCGCTGGCTGGCCGAAGCAGGCGTCATGATGACTCAAGGCACCTTGGTCGATGCCACCATCATTGGGGCACCCAGCTCG > 1:3141459/1‑99 CAATTGTTCAAGACCATCAATCGCTGGCTGGCCGAAGCAGGCGTCATGATGACTCAAGGCACCTTGGTCGATGCCACCATCATTGAGGCACCCAGCTCG < 1:3340563/99‑1 AATTGTTCAAGACCATCAATCGCTGGCTGGCCGAAGCAGGCGTCATGATGACTCAAGGCACCTTGGTCGATGCCACCATCATTGAGGCACCCAGCTCGA < 2:754692/99‑1 AATTGTTCAAGACCATCAATCGCTGGCTGGCCGAAGCAGGCGTCATGATGACTCAAGGCACCTTGGTCGATGCCACCATCATTGAGGCACCCAGCTCGA < 2:3392303/99‑1 AATTGTTCAAGACCATCAATCGCTGGCTGGCCGAAGCAGGCGTCATGATGACTCAAGGCACCTTGGTCGATGCCACCATCATTGAGGCACCCAGCTCGA > 2:1928139/1‑99 AATTGTTCAAGACCATCAATCGCTGGCTGGCCGAAGCAGGCGTCATGATGACTCAAGGCACCTTGGTCGATGCCACCATCATTGAGGCACCCAGCTCGA < 2:2241163/99‑1 ATTGTTCAAGACCATCAATCGCTGGCTGGCCGAAGCAGGCGTCATGATGACTCAAGGCACCTTGGTCGATGCCACCATCATTGAGGCACCCAGCTCGAC < 2:2661965/99‑1 ATTGTTCAAGACCATCAATCGCTGGCTGGCCGAAGCAGGCGTCATGATGACTCAAGGCACCTTGGTCGATGCCACCATCATTGAGGCACCCAGCTCGAC < 2:2003269/99‑1 ATTGTTCAAGACCATCAATCGCTGGCTGGCCGAAGCAGGCGTCATGATGACTCAAGGCACCTTGGTCGATGCCACCATCATTGAGGCACCCAGCTCGAC < 2:413920/99‑1 ATTGTTCAAGACCATCAATCGCTGGCTGGACGAAGCAGACGTCATGATGACTCAAGGCACATTGGTAGATGAAACCATCATTGAGGCACCCAGCTAGAC > 1:2616657/1‑99 ATTGGTCAAGACCATCAATCGCTGGCTGGCCGAAGCAGGCGTCCTGATGACTCAAGGCACCTTGGTCGATTCCACCATCATTGAGGCACCCATCTCGAC < 2:2822864/99‑1 TTGTTCAAGACCATCAATCGCTGGCTGGCCGAAGCAGGCGTCATGATGACTCAAGGCACCTTGGTCGATGCCACCATCATTGAGGCACCCAGCTCGACC < 1:2303173/99‑1 TTGTTCAAGACCATCAATCGCTGGCTGGCCGAAGCAGGCGTCATGATGACTCAAGGCACCTTGGTCGATGCCACCATCATTGAGGCACCCAGCTCGACC < 1:796383/99‑1 TGTTCAAGACCATCAATCGCTGGCTGGCCGAAGCAGGCGTCATGATGACTCAAGGCACCTTGGTCGATGCCACCATCATTGAGGCACCCAGCTCGACCA > 2:829238/1‑99 TGTTCAAGACCATCAATCGCTGGCTGGCCGAAGCAGGCGTCATGATGACTCAAGGCACCTTGGTCGATGCCACCATCATTGAGGCACCCAGCTCGACCA > 1:75082/1‑99 GTTCAAGACCATCAATCGCTGGCTGGCCGAAGCAGGCGTCATGATGACTCAAGGCACCTTGGTCGATGCCACCATCATTGAGGCACCCAGCTCGACCAA < 1:1067413/99‑1 GTTCAAGACCATCAATCGCTGGCTGGCCGAAGCAGGCGTCATGATGACTCAAGGCACCTTGGTCGATGCCACCATCATTGAGGCACCCAGCTCGACCAA < 1:315111/99‑1 GTTCAAGACCATCAATCGCTGGCTGGCCGAAGCAGGCGTCATGATGACTCAAGGCACCTTGGTCGATGCCACCATCATTGAGGCACCCAGCTCGACCAA < 2:1519000/99‑1 GTTCAAGACCATCAATCGCTGGCTGGCCGAAGCAGGCGTCATGATGACTCAAGGCACCTTGGTCGATGCCACCATCATTGAGGCACCCAGCTCGACCAA < 1:3266912/99‑1 GTTCAAGACCATCAATCGCTGGCTGGCCGAAGCAGGCGTCATGATGACTCAAGGCACCTTGGTCGATGCCACCATCATTGAGGCACCCAGCTCGACCAA > 1:1592914/1‑99 GTTCAAGACCATCAATCGCTGGCTGGCCGAAGCAGGCGTCATGATAACTCAAGGCACCTTGGTCGATCCCACCATCATTGAGGCACCCAGCTCGACCAA > 2:2907797/1‑99 TTCACGACCATCAACCGCTGGCTGGCCGAAGCAGGCGTCATGATGACTCAAGGCACCTTGGTCGATGCCACCATCATTGAGGCACCCAGCTCGACCAAG < 2:3093400/99‑1 TTCAAGACGATCAATCGCTGGCTGGCCGAAGCAGGCGTCATGATGAATCAAGGCACCTTGGTCGATGCCTCCATCATTGAGGCACCCAGCTCGACCAAG > 2:1689080/1‑99 TTCAAGACCATCAATCGCTGGCTGGCCGAAGCAGGCGTCATGATGACTCAAGGCACCTTGGTCGATTCCACCATCATTGAGGCACCCAGCTCGACCAAG < 2:2842622/99‑1 TTCAAGACCATCAATCGCTGGCTGGCCGAAGCAGGCGTCATGATGACTCAAGGCACCTTGGTCGATGCCACCATCATTGAGGCACCCAGCTCGACCAAG < 2:47396/99‑1 TTCAAGACCATCAATCGCTGGCTGGCCGAAGCAGGCGTCATGATGACTCAAGGCACCTTGGTCGATGCCACCATCATTGAGGCACCCAGCTCGACCAAG > 2:1801736/1‑99 TTCAAGACCATCAATCGCTGGCTGGCCGAAGCAGGCGTCATGATGACTCAAGGCACCTTGGTCGATGCCACCATCATTGAGGCACCCAGCTCGACCAAG > 1:779343/1‑99 TTCAAGACCATCAATCGCTGGCTGGCCGAAGCAGGCGTCATGATGACTCAAGGCACCTTGGTCGATGCCACCATCATTGAGGCACCCAGCTCGACCAAG > 2:3205299/1‑99 TTCAAGACCATCAATCGCTGGCTGGCCGAAGCAGGCGTCATGATGACTCAAGGCACCTTGGTCGATGCCACCATCATTGAGGCACCCAGCTCGACCAAG > 1:1037672/1‑99 TTCAAGACCATCAATCGCTGGCTGGCCGAAGCAGGCGTCATGATGACTCAAGGCACCTTGGTCGATGCCACCATCATTGAGGCACCCAGCTCGACCAAG > 1:1159654/1‑99 TTCAAGACCATCAATCGCTGGCTGGCCGAAGCAGGCGTCATGATGACTCAAGGCACCTTGGTCGATGCCACCATCATTGAGGCACCCAGCTCGACCAAG < 1:1232094/99‑1 TTCAAGACCATCAATCGCTGGCTGGCCGAAGCAGGCGTCATGATGACTCAAGGCACCTTGGTCGATGCCACCATCATTGAGGCACCCAGCTCGACCAAG < 1:1985884/99‑1 TTCAAGACCATCAATCGCTGGCTGGCCGAAGCAGGCGTCATGATGACTCAAGGCACCTTGGTCGATGCCACCATCATTGAGGCACCCAGCTCGACCAAG > 1:224840/1‑99 TTCAAGACCATCAATCGCTGGCTGGCCGAAGCAGGCGTCATGATGACTCAAGGCACCTTGGTCGATGCCACCATCATTGAGGCACCCAGCTCGACCAAG > 1:1510812/1‑99 CAAGACCATCAATCGCTGGCTGGCCGAAGCAGGCGTCATGATGACTCAATGCACCTTGTTCTATGCCACCATCAGTGAGCCACCCATCTCTACCAAGta > 2:332375/1‑97 GCGTCATGATGACTCAAGGCACCTTGGTCGATGCCACCATCATTGAGGCACCCAGCTCGACCAAGGTGCCTTGAGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCA > 1:3481244/1‑99 TCAAGGCACCTTGGTCGATGCCACCATCATTGAGGCACCCAGCTCGACCAAGGTGCCTTGAGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGAT > 2:726420/1‑99 AAGGCACCTTGGTCGATGCCACCATCATTGAGGCACCCAGCTCGACCAAGGTGCCTTGAGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGG > 2:2623061/1‑99 AAGGCACCTTGGTCGATGCCACCATCATTGAGGCACCCAGCTCGACCAAGGTGCCTTGAGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGG > 2:2927449/1‑99 CACCTTGGTCGATGCCACCATCATTGAGGCACCCAGCTCGACCAAGGTGCCTTGAGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTT > 1:375620/1‑99 ACCTTGGTCGATGCCACCATCATTGAGGCACCCAGCTCGACCAAGGTGCCTTGAGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTG > 2:1970502/1‑99 ACCTTGGTCGATGCCACCATCATTGAGGCACCCAGCTCGACCAAGGTGCCTTGAGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTG > 1:431775/1‑99 ACCTTGGTCGATGCCACCATCATTGAGGCACCCAGCTCGACCAAGGTGCCTTGAGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTG > 1:1366951/1‑99 ACCTTGGTCGATGCCACCATCATTGAGGCACCCAGCTCGACCAAGGTGCCTTGAGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTG > 2:380344/1‑99 CCTTGGTCGATGCCACCATCATTGAGGCACACAGCTCGACCAAGGTGCCTTGAGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGA > 2:527736/1‑99 CTTGGTCGATGCCACCATCATTGAGGCACCCAGCTCGACCAAGGTGCCTTGAGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAA > 1:2482023/1‑99 CTTGGTCGATGCCACCATCATTGAGGCACCCAGCTCGACCAAGGTGCCTTGAGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCAATTGATGGTCTTGAA > 2:2521773/1‑99 TTGGTCGATGCCACCATCATTGAGGCACCCAGCTCGACCAAGGTGCCTTGAGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAAC > 2:107321/1‑99 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CGAACAAGGTGTCTTGAGTCATCATGACGCATGCTTTGGGCAGCCAGCGATTGACGGTCTTGAACAATTGGCGGGCCAGTTGATGCTGCTCCAGCAGGT < 2:2747176/99‑1 GACCAAGGTGCCTTGAGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGGCGGGCCAGTTGATGCTGCTCCAGCAGGTG > 2:2198233/1‑99 GACCAAGGTGCCTTGAGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGGCGGGCCAGTTGATGCTGCTCCAGCAGGTG < 1:595222/99‑1 GACCAAGGTGCCTTGAGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGGCGGGCCAGTTGATGCTGCTCCAGCAGGTG > 1:1280505/1‑99 GACCAAGGTGCCTTGAGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGGCGGGCCAGTTGATGCTGCTCCAGCAGGTG > 1:2740657/1‑99 ACCAAGGTGCCTTGAGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGGCGGGCCAGTTGATGCTGCTCCAGCAGGTGG > 1:1435040/1‑99 ACCAAGGTGCCTTGAGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGGCGGGCCAGTTGATGCTGCTCCAGCAGGTGG > 1:2778088/1‑99 ACCAAGGTGCCTTGAGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGGCGGGCCAGTTGATGCTGCTCCAGCAGGTGG < 1:1737075/99‑1 ACCAAGGTGCCTTGAGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGGCGGGCCAGTTGATGCTGCTCCAGCAGGTGG > 2:1391389/1‑99 ACCAAGGTGCCTTGAGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGGCGGGCCAGTTGATGCTGCTCCAGCAGGTGG > 1:1836633/1‑99 ACCAAGGTGCCTTGAGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGGCGGGCCAGTTGATGCTGCTCCAGCAGGTGG > 2:433602/1‑99 ACCAAGGTGCCTTGAGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGGCGGGCCAGTTGATGCTGCTCCAGCAGGTGG > 1:2544479/1‑99 ACCAAGGTGCCTTGAGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGGCGGGCCAGTTGATGCTGCTCCAGCAGGTGG > 2:764132/1‑99 ACCAAGGTGCCTTGAGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGGCGGGCCAGTTGATGCTGCTCCAGCAGGTGG > 1:1100825/1‑99 CCAAGGTGCCTTGAGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGGCGGGCCAGTTGATGCTGCTCCAGCAGGTGGC < 1:1323025/99‑1 CCAAGGTGCCTTGAGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGGCGGGCCAGTTGATGCTGCTCCAGCAGGTGGC > 2:2056530/1‑99 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AAGGTGCCTTGAGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGGCGGGCCAGTTGATGCTGCTCCAGCAGGTGGCGG > 1:2090629/1‑99 AAGGTGCCTTGAGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGGCGGGCCAGTTGATGCTGCTCCAGCAGGTGGCGG > 2:1770040/1‑99 AAGGTGCCTTGAGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGGCGGGCCAGTTGATGCTGCTCCAGCAGGTGGCGG < 2:2473547/99‑1 AGGTGCCTTGAGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGGCGGGCCAGTTGATGCTGCTCCAGCAGGTGGCGGA > 1:2672221/1‑99 AGGTGCCTTGAGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGGCGGGCCAGTTGATGCTGCTCCAGCAGGTGGCGGA > 1:2500085/1‑99 AGGTGCCTTGAGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGGCGGGCCAGTTGATGCTGCTCCAGCAGGTGGCGGA > 1:565784/1‑99 GGTGCCTTGAGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGGCGGGCCAGTTGATGCTGCTCCAGCAGGTGGCGGAA > 1:725267/1‑99 GGTGCCTTGAGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGGCGGGCCAGTTGATGCTGCTCCAGCAGGTGGCGGAA > 1:647091/1‑99 GCCAATTGTTCAAGACCATCAATCGCTGGCTGGCCGAAGCAGGCGTCATGATGACTCAAGGCACCTTGGTCGATGCCACCATCATTGAGGCACCCAGCTCGACCAAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/274726‑274620 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tcgaccaagGTGCCTTGAGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGGCGGGCCAGTTGATGCTGCTCCAGCAGGTGGCGGAA > NC_000913/274663‑274760 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |