Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.98e-13 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
GAAATGCAGGATATCGACCGTCTGCTGGAGGTGCTGCATGGCAACGGTTAATAAACAAGCCATTGCAGCGGCATTTGGTCGGGCAGCCGCACACTATGAGCAACATGCAGATCTACAGCGCCAGAGTGCTGACGCCTTACTGGCAATGCTTCCACAGCGTAAATACACCCACGTACTGGACGCGGGTT‑GTGGACCT‑GGCTGGATGAGCCGCCACTGGCGGGAACGTCACGCGCAGGTG‑ACGGCCTTAGATCTCTCGCCGCC‑AATG‑CTTGTTCAGGCACGCCAGAAGGATGCCGCAGACCATTATCT‑GGCGGGAGATATCGAATCCCTGCCGTTAGCGACTGCGACGTTCGA‑TCTTGCATGGAGCAATCTCGCAGTGCAGTGGTGCGGTAATTTATCCACGGCACTCCGCGAGC‑TGTATCGGGTGGT‑GCGCCCCAAAGGCGTGGTCGCGTTTACCACGC > NC_000913/811485‑811942 | gAAATGCAGGAGAGCGGCCGTCTGCGGGAGGTGCGGAAGGGCACCGTTTAATAAACAAGCCATTGCAGCGGCATTTGGTCGGGCAGCCGCACACTATGAGCAACATGCAGATCTACAGCGCCAGAGTGCTGACGCCTTACTGGCAATGCTTCCACAGCGTAAATACCCCCACGTACTGGACGCGGGTT‑GTGGACCT‑GGCTGGATGGGCCGCCACTGGCGGGAACGTCACGCGCAGGTG‑a < 2:1072104/239‑1 (MQ=255) 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tACACCCACGTACTGGACGCGGGTT‑GTGGACCT‑GGCTGGATGAGCCGCCACTGGCGGGGAAGGCACGCGCAGGGG‑ACGGCCCTTGATCTCTCCCCGCC‑ACTG‑CTTGTTCAGGGCCGCCCGAAGGATGGCGCAGACCATTATCT‑g > 2:876975/1‑144 (MQ=255) cccACGTACTGGACGCGGGTT‑GTGGACCT‑GGCTGGATGAGCCGCCACTGGCGGGAACCGCACGCGCCGGGG‑GCGGCCTTAGATCTCTCCCCGCC‑CATG‑CTTGTTCAGGCCCCCCCGAAGGATGCCGCAGACCCTTATCT‑GGCGGGGGGTATCGGATCCCCGCCGGTTGCGCCTGCGAAGTTCGA‑TATTGCATGGGGCAATCCTCCAGTGCAGAGGGGCGGGAAGTTATTCACCGGACt > 2:1471429/1‑238 (MQ=255) cccGTGCTGGACGGGGGTT‑GTGGACCT‑GGCTGGAGGGGCCGCCACTGGCGGGAACGTCACGCGCAGGTG‑ACGGCTTTAGATCTCTCGCCGCC‑AATG‑CTTGTTCAGGCACGCCAGAAGGATGCCGCAGACCATTATCT‑GGCGGGAGATATCGAATCCCTGCCGTTAGCGACTGCGACGTTCGA‑TCTTGCATGGAGCAATCTCGCAGTGCAGTGGTGCGGTAATTTATCCACGGCACTCcg < 1:673422/237‑1 (MQ=255) cACGTACTGGACGCGGGTT‑GTGGACCT‑GGCTGGATGAGCCGCCACTGGCGGGAACGTCACCCGCAGGGG‑ACGGCCCTAGATCTCTCGCCGCC‑CATG‑CTTGTTCAGGCACGCCCGAAGGGGGCCGCCGACCATTATCT‑GGCGGGGGGTATCGAATCCCCGCCGGTTGCGGACGCGGAGGTCGACTTTTGC‑TGGGGCACATTCGCAGTGCGTGGGGGGGGGAATTTTTCCACGGcgcacc > 2:910962/1‑233 (MQ=255) aCGTACTGGACGCGGGTT‑GTGGACCT‑GGCTGGATGAGCCGCCACTGGCGGGAACGTCACGCGCAGGTG‑ACGGCCTTAGATCTCTcgc < 2:356689/87‑1 (MQ=255) aCGTACTGGACGCGGGTT‑GTGGACCT‑GGCTGGATGAGCCGCCACTGGCGGGAACGTCACGCGCAGGTG‑ACGGCCTTAGATCTCTcgc > 1:356689/1‑87 (MQ=255) aCGTACTGGACGCGGGTT‑GTGGACCT‑GGCTGGATGAGCCGCCACTGGCGGGAACCTCACGCGCCGGTG‑GCGGCCTTAGATCTCTCCCCGCC‑CATG‑CTTTTTCAAGCACGCCAGAAGGAAGCCGCCGACCCTTa > 2:998302/1‑133 (MQ=255) gTACGGGACGCGGGTT‑GGGGCCCG‑GGCTGGATGGGCCGCCACTGGCGGGAACGTCACGCGCAGGTG‑ACGGCCTTAGATCTCTCGCCGCC‑AATG‑CTTGTTCAGGCACGCCAGAAGGATGCCGCAGACCATTATCT‑GGCGGGAGATATCGAATCCCTGCCGTTAGCGACTGCGACGTTCGA‑TCTTGCATGGAGCAATCTCGCAGTGCAGTGGTGCGGTAATTTATCCACGGCACTCCGCGa < 1:1362532/239‑1 (MQ=255) tACTGGACGCGGGTT‑GTGGACCT‑GGCTGGATGAGCCGCCACTGGCGGGAACGTCACGCGCAGGTG‑ACGGCCTTAGATCTCTCGCCGCC‑AATG‑CTTGTTCAGGCACGCCAGAAGGATGCCGc < 1:1647366/121‑1 (MQ=255) cgtGGACG‑GGGTT‑GTGGGGCTGGGGTGGCGGACCCGCCACGGGAGGGACGGTCGCGGGAGGGGG‑AGGGCCTTCGATCTCCCGCCGCA‑TAGG‑CTTGGTAAGGCGCGCCAGAAGGAGGCCGCAGACAATTATCT‑GGCGGGAGATTTCGAATCCCTGCCGTTAGCGACTGCGACGTTCGA‑TCTTGCATGGAGCAATCTCGCAGTGCAGTGGTGCGGTAATTTATCCACGGCACTCCGCGAg < 2:71388/236‑1 (MQ=255) ccgggccggggTTGGTGGCCTT‑GGCGGGAGGGCCCGCCACGGGCGGGAACGTCCCGCGAAGGTG‑ACGGCCTTAGATCTCTCGCCGCC‑AATG‑CTTGTTCAGGCACGCCAGAAGGATGCCGCAGACCATTATCT‑GGCGGGAGATATCGAATCCCTGCCGTTAGCGACTGCGACGTTCGA‑TCTTGCATGGAGCAATCTCGCAGTGCAGTGGTGCGGTAATTTATCCACGGCACTCCGCGAg < 1:1713459/230‑1 (MQ=255) gACGCGGGTT‑GTGGACCT‑GGCTGGATGAGCCGCCACTGGCGGGAACGTCACGCGCAGGTG‑ACGGCCTTAGATCTCTCGCCGCC‑AATG‑CTTGTTCAGGCACGCCAGAAGGATGCCGCAGa < 1:2035565/119‑1 (MQ=255) gACGCGGGTT‑GTGGACCT‑GGCTGGATGAGCCGCCACTGGCGGGAACGTCACGCGCAGGTG‑ACGGCCTTAGATCTCTCGCCGCC‑AATG‑CTTGTTCAGGCACGCCAGAAGGATGCCGCAGa > 2:2035565/1‑119 (MQ=255) gggTT‑GTGGACCT‑GGCTGGATGAGCCGCCACTGGCGGGAACGTCCCGCGCCGGGG‑GCGGGCCTAGATCTCTTGCCGCC‑CAAG‑ATTGTTTAGCCACGCCAGAAGCGGGCCGCAGACCacttt > 2:1647366/1‑117 (MQ=255) tt‑GTGGACCT‑GGCTGGATGAGCCGCCACTGGCGGGAACGTCACGCGCAGGTG‑ACGGCCTTAGATCTCTCGCCGCC‑AATG‑CTTGTTCAGGCACGCCAGAAGGATGCCGCa < 1:1333218/109‑1 (MQ=255) ggctggATGAGCCGCCACTGGCGGGAACGGCACGCGCAGGGG‑ACGGCCTTAGATCTCTCGCCCCC‑CATG‑CTTGTTCAGGCACGCCCGAAGGATGGCGCAGACCCTTATc > 2:1333218/1‑109 (MQ=255) cggggaggggccgccACTGGCGGGACCGTCACGCGCAGTTG‑ACGGCCTTAGATCTCTCGCCGCC‑AATG‑CTTGTTCAGGCCCGCCAGAAGAGTGCCGCAGACCATTATCT‑GGCGGGAGATATCGAATCCCTGCCGTTAGCGACTGCGACGTTCGA‑TCTTGCATGGAGCAATCTCGCAGTGCAGTGGTGCGGTAATTTATCCACGGCACTCCGCGAGC‑TGTATCGGGTGGT‑gcg < 1:582223/223‑1 (MQ=255) gATGGGCCGCCACTGGCGGGAACGTCACGCGCAGGTG‑ACGGCCTTAGATCTCTCgccgcc < 1:623737/60‑1 (MQ=255) tagacccgccCCGGGCGGGACAGTCCCGCCCGGGTG‑ACGGCTTAAGATCTCTC‑CCGCCTAAGG‑CTTGTGCAGCCCCCCCAGAAGTATGCGGCATCCCATTATCT‑GGGGGACAATTTGGAATACGTGCCGTTAGCGACTGCGACGTTCGA‑TCTTGCATGGAGCAATCTCGCAGTGCAGTGGTGCGGTAATTTATCCACGGCACTCCGCGAGC‑TGTATCGGGTGGT‑GCGCCCCAAATGCg < 2:568417/233‑1 (MQ=255) tGAGCCGCCACTGGCGGGAACGTCCCGCGCAGGTG‑ACGGCCTTAGATCTCTCGCCGCC‑AATG‑CTTGTTCAGGCACGCCAGAAGGATGCCGCAGACCATTATCT‑GGCGGGAGATATCGAATCCCTGCCGTTAGCGACTGCGACGTTCGA‑TCTTGCATGGAGCAATCTCGCAGTGCAGTGGTGCGGTAATTTATCCACGGCACTCCGCGAGC‑TGTATCGGGTGGT‑GCGCCCCAAAGGCGTg < 1:1471429/239‑1 (MQ=255) gccgccCCTGGGGGGACCGTCACGCGCAGGTG‑ACGGCCTTAGATCTCTCGCCGCC‑AATG‑CTTGTTCAGGCACGCCAGAAGGATGCCGCAGACCATTATCT‑GGCGGGAGATATCGAATCCCTGCCGTTAGCGACTGCGACGTTCGA‑TCTTGCATGGAGCAATCTCGCAGTGCAGTGGTGCGGTAATTTATCCACGGCACTCCGCGAGC‑TGTATCGGGTGGT‑GCGCCCCAAAGGCGTGGt < 1:1452466/238‑1 (MQ=255) acacccACGGGCGGGAACTTCCCGCGCAGGTG‑ACGGCTTTAGATCTTCCGCCGCC‑AATG‑CTTGTTCAGGCACGCCAGAAGGATGCCGCAGCCCATTATCT‑GGCGGGAGATATCGAATCCCTGCCGTTAGCGACTGCGACGTTCGA‑TCTTGCATGGAGCAATCTCGCAGTGCAGTGGTGCGGTAATTTATCCACGGCACTCCGCGAGC‑TGTATCGGGTGGT‑GCGCCCCAAAGGCGTGGt < 1:706241/234‑1 (MQ=255) ccgccACTGGCGGGAACGTCACGCGCCGGGG‑ACGGCCTTAGATCTCTCGCCGCC‑CATG‑CTTGTTCAGGCACGCCCGAAGGATGCCGCAGACCATTATCT‑GGCGGGGGATATCGAATCCCCGCCGTTTTCGACAGCGACGTTTGA‑TCTTGCATGGGGCAATCTCGCCGTGGAGGGGGGCGGGAAATTATTCTCCGCACTCCCCCAGCGTGAAT‑GGGGGGG‑GGGCCCCCAAGGCGCgggtc > 2:1403698/1‑236 (MQ=255) cACTGGCGGGAACGTCACCCGCAGGTG‑ACGGCCCTAGATCTCTCGCCGCC‑AATG‑CTTGTTCAGGCGCGCCCGAAGGATGCCGCAGACCATTATCT‑GGCGGGGGATATCGAATCCCCGCCGTTAGCGGCTGCGACGTTCGA‑TCTTTCATGGAGCAATACCGCAGTGCAGTGGGGCGGTAATTTTTCCACCGCCCTCCGCCGCC‑TGGTTCGGGGGGTGGGGCCCCAAAgggggggcgtc > 2:1350480/1‑228 (MQ=255) cACTGGCGGGAAAGTCACGCGCAGGTG‑ACGGCCTTAGAATTCCCGCCGCC‑AATG‑CTTGtt > 2:623737/1‑60 (MQ=255) gAACGTCACGCGCAGGTG‑CCGGCTTTAGATCTCTCGCCGCC‑AATG‑CTTGTTCAGGCACGCCAGAAGGATGCCGCAGCCCATTATCT‑GGCGGGAGATATCGAATCCCTGCCGTTAGCGACTGCGACGTTCGA‑TCTTGCATGGAGCAATCTCGCAGTGCAGTGGTGCGGTAATTTATCCACGGCACTCCGCGAGC‑TGTATCGGGTGGT‑GCGCCCCAAAGGCGTGGTCGCGTTTACCACGc < 1:2056199/238‑1 (MQ=255) gAACGTCACGCGCAGGTG‑ACGGCCTTAGATCTCTCGCCGCC‑AATG‑CTTGTTAAGGCCCGCCAGAAGGATGCCGCAGACCATTATCT‑GGCGGGAGATATCGAATCCCTGCCGTTAGCGACTGCGACGTTCGA‑TCTTGCATGGAGCAATCTCGCAGTGCAGTGGTGCGGTAATTTATCCACGGCACTCCGCGAGC‑TGTATCGGGTGGT‑GCGCCCCAAAGGCGTGGTCGCGTTTACCACGc < 1:160715/238‑1 (MQ=255) aaCGTCACGCGCAGGGG‑ACGGCCTTAGATCTCTCGCCGCC‑CATG‑CTTTTTCAGGCACGCCCGAAGGATGCCGCAGACCATTATCT‑GGCGGGGGGTATCGAATCCCTGCCGTTAGCGACCGCGACGGTCGG‑TCTTGCATGGAGCAATCTCCCCGTGCCGTGGGGCGGGAATTTTTTCCCGGCACCCCCCGCGC‑CTGATCGGGTGGT‑GGGCCCCCAAGGACGGGTcgccgtttcc > 2:706241/1‑226 (MQ=255) | GAAATGCAGGATATCGACCGTCTGCTGGAGGTGCTGCATGGCAACGGTTAATAAACAAGCCATTGCAGCGGCATTTGGTCGGGCAGCCGCACACTATGAGCAACATGCAGATCTACAGCGCCAGAGTGCTGACGCCTTACTGGCAATGCTTCCACAGCGTAAATACACCCACGTACTGGACGCGGGTT‑GTGGACCT‑GGCTGGATGAGCCGCCACTGGCGGGAACGTCACGCGCAGGTG‑ACGGCCTTAGATCTCTCGCCGCC‑AATG‑CTTGTTCAGGCACGCCAGAAGGATGCCGCAGACCATTATCT‑GGCGGGAGATATCGAATCCCTGCCGTTAGCGACTGCGACGTTCGA‑TCTTGCATGGAGCAATCTCGCAGTGCAGTGGTGCGGTAATTTATCCACGGCACTCCGCGAGC‑TGTATCGGGTGGT‑GCGCCCCAAAGGCGTGGTCGCGTTTACCACGC > NC_000913/811485‑811942 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 6 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |