| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,731,713 | 0 | G | A | 33.3% | 102.2 / 20.4 | 63 | E195K (GAA→AAA) | xylF | D‑xylose transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (32/10); new base A (0/21); total (32/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.61e-09 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TGCGGATATCGATTTTTATATTTCTTTCGATAACGAAAAAGTCGGTGAACTGCAGGCAAAAGCCCTGGTCGATATTGTTCCGCAAGGTAATTACTTCCTGATGGGCGGCTCGCCGGTAGATAACAACGCCAAGCTGTTCCGCGCCGGACAAATGAAA‑GTGTTAAAACCTTACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGACCAATGGG‑TTGATGGCTGGTTACCGGAAAACGCATTGAAAATTATGGAAAACGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGCAATTCAGGCATTAAGCGCGCAAGGTTTATCAGGGAAAGTAGCAATCTCCGGCCAGGATGCGGATCTCGCAGGTATTAAACGTATTGCTGCCGGTACGCAAACTATGACGGTGTATAAACCTATTACGTTGTTGGCA > NC_000913/3731484‑3731943 | tGCGGATATCGATTTTTATATTTCTTTCGATAACGAAAAAGTCGGTGAACTGCAGGCAAAAGCCCTGGTCGATATTGTTCCGCAAGGTAATTACTTCCTGATGGGCGGCTCGCCGGTAGATAACAACGCCAAGCTGTTCCGCGCCGGACAAATGAAA‑GTGTTAAAACCTTACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGACCAATGGG‑TTGATGGCTGGTTACCGGAAAACGCAt > 1:221739/1‑239 (MQ=255) ggATATCGATTTTTATATTTCTTTCGATAACGAAAAAGTCGGTGAACTGCAGGCAAAAGCCCTGGTCGATATTGTTCCGCAAGGTAATTACTTCCTGATGGGCGGCTCGCCGGTAGATAACAACGCCAAGCTGTTCCGCGCCGGACAAATGAAA‑GTGTTAAAACCTTACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGACCAATGGG‑TTGATGGCTGGTTACCGGAAAACGCATTGa < 2:221739/239‑1 (MQ=255) atCGATTTTTATATTTCTTTCGATAACGAAAAAGTCGGTGAACTGCAGGCAAAAGCCCTGGTCGATATTGTTCCGCAAGGTAATTACTTCCTGATGGGCGGCTCGCCGGTAGATAACAACGCCAAGCTGTTCCGCGCCGGACAAATGAAA‑GTGTTAAAACCTTACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGACCAATGGG‑TTGATGGCTGGTTACCGGAAAACGCATTGAAAAt < 2:576115/239‑1 (MQ=255) ttATATTTCTTTCGATAACGAAAAAGTCGGTGAACTGCAGGCAAAAGCCCTGGTCGATATTGTTCCGCAAGGTAATTACTTCCTGATGGGCGGCTCGCCGGTAGATAACAACGCCAAGCTGTTCCGCGCCGGACAAATGAAA‑GTGTTAAAACCTTACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGACCAATGGG‑TTGATGGCTGGTTACCGGAAAACGCATTGAAAATTATGGaaa > 1:125987/1‑239 (MQ=255) ttATATTTCTTTCGATAACGAAAAAGTCGGTGAACTGCAGGCAAAAGCCCTGGTCGATATTGTTCCGCAAGGTAATTACTTCCTGATGGGCGGCTCGCCGGTAGATAACAACGCCAAGCTGTTCCGCGCCGGACAAATGAAA‑GTGTTAAAACCTTACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGACCAATGGG‑TTGATGGCTGGTTACCGGAAAACGCATTGAAAATTATGGaaa > 1:539760/1‑239 (MQ=255) agATAACAAAAAGGGGGGTGAACGGCAGGCAAAGCCCCTGGTCGTTATTGTCCCAAAAGTTAATTACTTCCTGATGGGCGGTTCGCCGGTAGAAAACAACGCCAAGCTTTCCCGCGCGGGAAAAATGAAA‑GTTTTAAAACCTTACGTTGATTCCGAAAAAATTAAAGTGGTTGGTGACCAATGGG‑TTGATGGCTGGTTCCCGAAAAACGCTTTAAAAATTATGAAAACCGCGCTAACCg < 2:342551/238‑1 (MQ=255) ggTGAACTGCAGGCAAAAGCCCTGGTCGATATTGTTCCGCAAGGTAATTACTTCCTGATGGGCGGCTCGCCTGTAGATAACAACGCCAAGCTGTTCCGCGCCGGACAAATGAAA‑GTGTTAAAACCTTACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGACCAATGGG‑TTGATGGCTGGTTACCGGAAAACGCATTGAAAATTATGGAAAACGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAAt > 1:1358657/1‑239 (MQ=255) gTGAACTGCAGGCAAAAGCCCTGGTCGATATTGTCCCGCAAGTTAATTACTTCCGGAGGGGCGGCTAGCCGGTAGATAACAACGCCAAGTTGTTCCGCGCCGGACAAATGAAA‑GTGTAAAAACCTTACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTGGTTGGTGACCAAGGGG‑TTGAGGGCTGGTTCCCGAAAAACGAATTAAAAATTATGGAAAACGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAAt < 1:646943/238‑1 (MQ=255) aaCGGCAGGCAAAGCCCCTTGTCGATATTGTCCGACAAGGAAATTCCTTCCTGAGGGGCGGCTCGCCGTTAGAAAACAACGCCAAGCTGTTCCGCGCCGAAAAAATGAAA‑GTGTAAAACCCTTACGTTGATTCCGAAAAAATTAAAGTCGTTGGTGACAAATGGG‑TTGATGGGTGGTTACGGAAAAACGCATTAAAAATTATGAAAAACGCGCAAACCGCCAATAATAACAAAATTGa < 2:174032/238‑1 (MQ=255) gCAGGCAAAAGCCCTGGTCGATATTGTTCCGCAAGGTAATTACTTCCTGATGGGCGGCTCGCCGGTAGATAACAACGCCAAGCTGTTCCGCGCCGGACAAATGAAA‑GTGTTAAAACCTTACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGACCAATGGG‑TTGATGGCTGGTTACCGGAAAACGCATTGAAAATTATGGAAAACGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGAt > 1:152486/1‑235 (MQ=255) 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aaa‑GTGATAAAACCTTACGTTTATTCCGAAAAAATTAAAGGCGTTGGTGACCAAGGGG‑TTGATGGCTGGTTACCGGAAAACGCATTAAAAATTATGGCAAACCCACTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGCAATTCAGGCATTAAGCGCGCAAGGTTTATCAGGGAAAGTAGCAATCTCCGGCCAGGATGCGGATCTCGc < 2:564709/239‑1 (MQ=255) gtTAAAACCTTAGGTTGATTCCGAAAAAATAAAAGTCGTGGGTGACAAAGGGG‑TTGGTGGCTGGTTACCGGAAACCGAATGGAAAATTAGGGAAACCGCGCAAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGAt < 2:1400001/148‑1 (MQ=255) ttACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGACCAATGGG‑TTGATGGCTGGTTACCGGAAAACGCATTGAAAATTATGGAAAACGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGCAATTCAGGCATTAAGCGCGCAAGGTTTATCAgg > 1:344302/1‑189 (MQ=255) ttACGTTGATTCCGAAAAAATTAAAGTCGTTGGTGACAAAGGGG‑TGGATGGCGGGTTACCGAAAAACGTATTGAAAATTATGGAAACCGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAAt < 2:1143147/114‑1 (MQ=255) tACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGACCAATGGG‑TTGATGGCTGGTTACCGGAAAACGCATTGAAAATTATGGAAAACGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAg > 1:1400001/1‑148 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |