| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,155,360 | 0 | T | G | 67.0% | 99.5 / 114.9 | 103 | V79V (GTT→GTG) | tmk | thymidylate kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (14/20); new base G (28/41); total (42/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.34e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
GTCATTGAGGGGCTGGAAGGCGCAGGCAAAACTACCGCGCGTAATGTGGTGGTTGAGACGCTCGAGCAACTGGGTATCCGCGACATGGTTTTCACTCGGGAACCTGGCGGTACGCAACTTGCCGAAAAGTTAAGAAGCCTGGTGCTGGATATCAAATCGGTAGGCGATGAAGTCATTACCGATAAAGCCGAAGTTCTGATGTTTTATGCCGCGCGCGTTCAACTGGTAGAAACGGTCATCAAACCAGCTCTGGCTAACGGCACCTGGGTGATTGGCGATCGCCACGATCTCTCCACTCAGGCGTATCAGGGCGGCGGACGTGGTATTGACCAACATATGCTGGCAACACTGCGTGATGCTGTTCTCGGGGATTTTCGCCCCGACTTAACGCTCTATCTCGATGTTACCCCGGAAGTTGGCTTAAAACGCGCGCGTGCGCGCGGCGAG > NC_000913/1155142‑1155588 | gTCATTGAGGGGCTGGAAGGCGCAGGCAAAACTACCGCGCGTAATGTGGTGGTTGAGACGCTCGAGCAACTGGGTATCCGCGACATGGTTTTCACTCGGGAACCTGGCGGTACGCAACTTGCCGAAAAGTTAAGAAGCCTGGTGCTGGATATCAAATCGGTAGGCGATGAAGTCATTACCGATAAAGCCGAAGTTCTGATGTTTTATGCCGCGCGCGTGCAACTGGTAGAAACGGtcat < 2:518201/239‑1 (MQ=255)gTCATTGAGGGGCTGGAAGGCGCAGGCAAAACTACCGCGCGTAATGTGGTGGTTGAGACGCTCGAGCAACTGGGTATCCGCGACATGGTTTTCACTCGGGAACCTGGCGGTACGCAACTTGCCGAAAAGTTAAGAAGCCTGGTGCTGGATATCAAATCGGTAGGCGATGAAGTCATTACCGATAAAGCCGAAGTTCTGATGTTTTATGCCGCGCGCGTGCAACTGGTAGAAACGGtca > 1:1158871/1‑238 (MQ=255)gTCATTGAGGGGCTGGAAGGCGCAGGCAAAACTACCGCGCGTAATGTGGTGGTTGAGACGCTCGAGCAACTGGGTATCCGCGACATGGTTTTCACTCGGGAACCTGGCGGTACGCAACTTGCCGAAAAGTTAAGAAGCCTGGTGCTGGATATCAAATCGGTAGGCGATGAAGTCATTACCGATAAAGCCGAAGTTCTGATGTTTTATGCCGCGCGCGTGCAACTGGTAGAAACGGtca > 1:1181350/1‑238 (MQ=255)gTCATTGAGGGGCTGGAAGGCGCAGGCAAAACTACCGCGCGTAATGTGGTGGTTGAGACGCTCGAGCAACTGGGTATCCGCGACATGGTTTTCACTCGGGAACCTGGCGGTACGCAACTTGCCGAAAAGTTAAGAAGCCTGGTGCTGGATATCAAATCGGTAGGCGATGAAGTCATTACCGATAAAGCCGAAGTTCTGATGTTTTATGCCGCGCGCGGGCAACTGGTAGAAACGGtca > 1:912470/1‑238 (MQ=255)gTCAGTGGGGGGCGGGAAGGGGCTTGCATAGCTGCCGCGGGTAAGGTGGTGGGTGCGACGGTCGGGTAGCTGGGTTTCCGCGACATGGTTTTCACTCGGGAACCTGGAGGTGCGCAACTTGCCGAAAAGTTAAGAAGCCTGGTGCTGGATATCAAATCGGTAGGCGATGAAGTCATTACCGATAAAGCCGAAGTTCTGATGTTTTTTGCCGCGCGCGTGCAACTGGTAGAAACGGtcat < 2:1181350/239‑1 (MQ=255) cATTGAGGGGCTGGAAGGCGCAGGCAAAACTACCGCGCGTAATGTGGTGGTTGAGACGCTCGAGCAACTGGGTATCCGCGACATGGTTTTCACTCGGGAACCTGGCGGTACGCAACTTGCCGAAAAGTTAAGAAGCCTGGTGCTGGATATCAAATCGGTAGGCGATGAAGTCATTACCGATAAAGCCGAAGTTCTGATGTTTTATGCCGCGCGCGTGCAACTGGTAGAAACGGtcatca > 2:92200/1‑239 (MQ=255) ttGAGGGGCTGGAAGGCGCAGGCAAAACTACCGCGCGTAATGTGGTGGTTGAGACGCTCGAGCAACTGGGTATCCGCGACATGGTTTTCACTCGGGAACCTGGCGGTACGCAACTTGCCGAAAAGTTAAGAAGCCTGGTGCTGGATATCAAATCGGTAGGCGATGAAGTCATTACCGATAAAGCCGAAGTTCTGATGTTTTATGCCGCGCGCGTTCAACTGGTAGAAACGGTCATCaa > 2:955486/1‑238 (MQ=255) ttGAGGGGCTGGAAGGCGCAGGCAAAACTACCGCGCGTAATGTGGTGGTTGAGACGCTCGAGCAACTGGGTATCCGCGACATGGTTTTCACTCGGGAACCTGGCGGTACGCAACTTGCCGAAAAGTTAAGAAGCCTGGTGCTGGATATCAAATCGGTAGGCGATGAAGTCATTACCGATAAAGCCGAAGTTCTGATGTTTTATGCCGCGCGCGTGCAACTGGTAGAAACGGTCATCaa > 2:848943/1‑238 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |