Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,655,257 | 0 | A | C | 69.3% | 103.4 / 108.4 | 101 | *216E (TAA→GAA) | yhiD | putative Mg(2+) transport ATPase, inner membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (14/17); new base C (34/36); total (48/53) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.30e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.91e-01 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
GTGTCACTTTCGCGCAAGCAACATCAGGTTCTGAGCTGCATTGCGAATCAAATGACAACGGAAGATATTCTGGAGAAACTGAAAATATCGCTAAAAA‑CGTTCTACTGCCATAAACACAATATCATGATGATCCTCAATCTTAAGCGGATCAATGAGCTGGTACGCCATCAGCATATTGATTATCTGGTGTGAATTTCAGGCTTACGGTGAGTCTGGCTACGCTGCCACACAGATTAGCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATGAAGCTGGATATCAATGGCGACCACTTCATGATCTTCATTTTCCTGCAACGAAACTAAATCAGTTTTTATTTTTTGCTGCTTAAACCAGTCGAGCATTGATACCGTATTACCGTTCACTAATGTCAGCTGTAAATGGTAATTTTTGTTCATCAG > NC_000913/3655022‑3655485 | gtgtCACTTTCGCGCAAGCAACATCAGGTTCTGAGCTGCATTGCGAATCAAATGACAACGGAAGATATTCTGGAGAAACTGAAAATATCGCTAAAAA‑CGTTCTACTGCCATAAACACAATATCATGATGATCCTCAATCTTAAGCGGATCAATGAGCTGGTACGCCATCAGCATATTGATTATCTGGTGTGAATTTCAGGCTTACGGTGAGTCTGGCTACGCTGCCACACAGATTCGCt < 2:1181772/239‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |