| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,113,280 | T→G | V66V (GTA→GTC) | yghG ← | secretin (GspDbeta) OM localization lipoprotein pilotin |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,113,280 | 0 | T | G | 99.3% | 548.1 / NA | 150 | V66V (GTA→GTC) | yghG | secretin (GspDbeta) OM localization lipoprotein pilotin |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base G (77/72); minor base C (0/1); total (77/73) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.87e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 150 total aligned reads displayed.
CGCCAATTTATATCTACCCGACGTTATGCTTTGACTATTCCACAGGTGGTACGATCCAGTTTCCGCTGATACTGGTTACCTGTACGTGTATCATTAATCGTTATGCTGTAATTAATTCCCTCAGTGATCATTAATTTCACCGTCGGGTCAGCGCACATTTGTC‑GTTGATAGCTGGTTAAAAAGGCGTCAGGCGTCTGCGTGGTTTGTGTACCCGCTTCGCTGATAATGGTCATTTTTACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCAGATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATATTTTGCGCCTGTTTTTTCGCCAGTAAACTGGCATTTTCATTATGGCTGGCACAGCCACTTAATAATCCTGTAACGCTCAACAATAGCGATATTAATACCCTCCCTGGCATTTGTTTTATCGACATGGTAAAT‑AATCTCTAAGGTTATTAATAAGAGTTA > NC_000913/3113044‑3113511 | gcCAATTTATATCTACCCGACGTTATGCTTTGACTATTCCACAGGTGGTACGATCCAGTTTCCGCTGATACTGGTTACCTGTACGTGTATCATTAATCGTTATGCTGTAATTAATTCCCTCAGTGATCATTAATTTCACCGTCGGGTCAGCGCACATTTGTC‑GTTGATAGCTGGTTAAAAAGGCGTCAGGCGTCTGCGTGGTTTGTGTACCCGCTTCGCTGATAATGGTCATTTTGAcc > 2:914903/1‑239 (MQ=255) 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aCCCGACGTTATGCTTTGACTATTCCACAGGTGGTACGATCCAGTTTCCGCTGATACTGGTTACCTGTACGTGTATCATTAATCGTTATGCTGTAATTAATTCCCTCAGTGATCATTAATTTCACCGTCGGGTCAGCGCACATTTGTC‑GTTGATAGCTGGTTAAAAAGGCGTCAGGCGTCTGCGTGGTTTGTGTACCCGCTTCGCTGATAATGGTCATTTTGACCGTTGTGCCGCTACt > 1:826781/1‑239 (MQ=255) ccGACGTTATGCTTTGACTATTCCACAGGTGGTACGATCCAGTTTCCGCTGATACTGGTTACCTGTACGTGTATCATTAATCGTTATGCTGTAATTAATTCCCTCAGTGATCATTAATTTCACCGTCGGGTCAGCGCACATTTGTC‑GTTGATAGCTGGTTAAAAAGGCGTCAGGCGTCTGCGTGGTTTGTGTACCCGCTTCGCTGATAATGGTCATTTTGACCGTTGTGCCGCTACttt > 2:1082795/1‑239 (MQ=255) ccGACGTTATGCTTTGACTATTCCACAGGTGGTACGATCCAGTTTCCGCTGATACTGGTTACCTGTACGTGTATCATTAATCGTTATGCTGTAATTAATTCCCTCAGTGATCATTAATTTCACCGTCGGGTCAGCGCACATTTGTC‑GTTGATAGCTGGTTAAAAAGGCGTCAGGCGTCTGCGTGGTTTGTGTACCCGCTTCGCTGATAATGGTCATTTTGACCGTTGTGCCGCTACttt > 1:978386/1‑239 (MQ=255) 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(MQ=255) aTTCCACAGGTGGTACGATCCAGTTTCCGCTGATACTGGTTACCTGTACGTGTATCATTAATCGTTATGCTGTAATTAATTCCCTCAGTGATCATTAATTTCACCGTCGGGTCAGCGCACATTTGTC‑GTTGATAGCTGGTTAAAAAGGCGTCAGGCGTCTGCGTGGTTTGTGTACCCGCTTCGCTGATAATGGTCATTTTGACCGTTGTGCCGCTACTTTgcgc < 2:281047/224‑1 (MQ=255) aTTCCACAGGTGGTACGATCCAGTTTCCGCTGATACTGGTTACCTGTACGTGTATCATTAATCGTTATGCTGTAATTAATTCCCTCAGTGATCATTAATTTCACCGTCGGGTCAGCGCACATTTGTC‑GTTGATAGCTGGTTAAAAAGGCGTCAGGCGTCTGCGTGGTTTGTGTACCCGCTTCGCTGATAATGGTCATTTTGACCGTTGTGCCGCTACTTTgcgc > 1:281047/1‑224 (MQ=255) tCCACAGGTGGTACGATCCAGTTTCCGCTGATACTGGTTACCTGTACGTGTATCATTAATCGTTATGCTGTAATTAATTCCCTCAGTGATCATTAATTTCACCGTCGGGTCAGCGCACATTTGTC‑GTTGATAGCTGGTTAAAAAGGCGTCAGGCGTCTGCGTGGTTTGTGTACCCGCTTCGCTGATAATGGTCATTTTGACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTatat > 1:127348/1‑238 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |