| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,632,997 | T→G | pseudogene (269/414 nt) | yhiL ← | pseudogene, DUF4049 family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,632,997 | 0 | T | G | 81.0% | 214.4 / 61.3 | 95 | pseudogene (269/414 nt) | yhiL | pseudogene, DUF4049 family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (9/9); new base G (40/37); total (49/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.28e-01 | |||||||||||
CATCAGAACATGCCTCTACAATCGATTAAGAAAACCTATGAAATACTGGCAGGATTAAAAAGACATACCACCGTATTCATGGAGTTTTAATGTAGTTGAAAACAACTAAGCCCTGAGGAATAAATTATTTTATTATTTTTATCACGTGCTTCCTTCAGGGAATTTAGCCCCATAATACCATTATCAAATTGTTGATTATGATCTACCCCGGGCCCATGATGCCCATATTTTTGTCTAATGTATTTGCTGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGTCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAAATAATTAGCATATACAGGTGTGGGTTTCAAAGTATTGCTTCGGATTAGATGGAATAGAGGATCATCCATGTGTTCTTTATGTTTTTTATTAAAAATATTGGCTAATTCCTCAGGATCAGTAGGATTTTTCATCTGATTAAATGG > NC_000913/3632766‑3633235 | catcaGAACATGCCTCTACAATCGATTAAGAAAACCTATGAAATACTGGCAGGATTAAAAAGACATACCACCGTATTCATGGAGTTTTAATGTAGTTGAAAACAACTAAGCCCTGAGGAATAAATTATTTTATTATTTTTATCACGTGCTTCCTTCAGGGAATTTAGCCCCATAATACCATTATCAAATTGTTGATTATGATCTACCCCGGGCCCATGATGCCCATATTTTGGTCTAAt < 1:329210/239‑1 (MQ=255) 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CATCAGAACATGCCTCTACAATCGATTAAGAAAACCTATGAAATACTGGCAGGATTAAAAAGACATACCACCGTATTCATGGAGTTTTAATGTAGTTGAAAACAACTAAGCCCTGAGGAATAAATTATTTTATTATTTTTATCACGTGCTTCCTTCAGGGAATTTAGCCCCATAATACCATTATCAAATTGTTGATTATGATCTACCCCGGGCCCATGATGCCCATATTTTTGTCTAATGTATTTGCTGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGTCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAAATAATTAGCATATACAGGTGTGGGTTTCAAAGTATTGCTTCGGATTAGATGGAATAGAGGATCATCCATGTGTTCTTTATGTTTTTTATTAAAAATATTGGCTAATTCCTCAGGATCAGTAGGATTTTTCATCTGATTAAATGG > NC_000913/3632766‑3633235 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |