| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_000913 | 295,811 | T→G | E429A (GAA→GCA) | intF ← | CP4‑6 prophage; putative phage integrase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 295,811 | 0 | T | G | 99.2% | 462.4 / ‑3.4 | 124 | E429A (GAA→GCA) | intF | CP4‑6 prophage; putative phage integrase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base G (65/58); total (65/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.39e-01 | |||||||||||
Only 100 of 124 total aligned reads displayed.
TTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATGAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGACGACGGCGATAGTGTTTTTCGGCAAGAGCGCTGGGTTTGTGTCCCATAATTTGAGCAACAATACCAGTGGGAACTTCAACCCACTCGGCCAAAGTACCAAAACTACGACGTAAACCGTGAAGGCTGATATGTGGTAACTCAGCCAGCACTAATGCTCTGTTGTGCGCTGAACGCGGCTCAATAATTTTGCCACTTTTACTGTTACTTCTGAAAACCCAACCCTCCTTATTTACGTCAGAATTTGGGGATTG > NC_000913/295584‑296043 | ttATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATGAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGACGACGGCGATAGTGTTTTGCGGCAAGAgcg < 2:1111705/239‑1 (MQ=255) tATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATGAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGACGACGGCGATAGTGTTTTGCGGCAAGAgcg < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |