| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 624,319 | A→C | D64E (GAT→GAG) | fepB ← | ferrienterobactin ABC transporter periplasmic binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 624,319 | 0 | A | C | 75.8% | 119.0 / 47.6 | 66 | D64E (GAT→GAG) | fepB | ferrienterobactin ABC transporter periplasmic binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (7/9); new base C (20/30); total (27/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.73e-01 | |||||||||||
GGGGCGATGGTGGAAAGCTGATCATACAGTGCCAGCGCCGAATCCCCGCCGGTTGCGCTAATTAAAATCAGATCCGGCATTTGCGCGGCAACGGCTTCGGCGCTCGGTTCGCCGATATAGAGCCGTTGCAGTTTGCGTTCTTTCGCCACCTTGCTCCACTGGCGTAAAAAGCCCTGGTCATCCGCGACGCGGTTATTCGGCGTGGTCGCGCCGCTGGCGATCACCGGAGCATCAATCGCCAGCAGTGAGCCGGTCAGGGTGACGCTGGTGGAAACAATACGCTGCGGCTGGCTTTCCAGTGTATGTGTGCCACGGCTGTCAGTAATCTGACGCGGCCAGTCAGCGGCCTGAACTGCGGCTATTCCTGAAAGCAAAAGTCCTGTTAATAGAAGGGCGTTGCGGTAGAGCGGGGCGAGTCTCACAAATCAGCTTCCTGTTATT > NC_000913/624089‑624529 | ggggCGATGGTGGAAAGCTGATCATACAGTGCCAGCGCCGAATCCCCGCCGGTTGCGCTAATTAAAATCAGATCCGGCATTTGCGCGGCAACGGCTTCGGCGCTCGGTTCGCCGATATAGAGCCGTTGCAGTTTGCGTTCTTTCGCCACCTTGCTCCACTGGCGTAAAAAGCCCTGGTCATCCGCGACGCGGTTATTCGGCGTGGTCGCGCCGCTGGCGATCACCGGAGCCTCAATCg > 2:143762/1‑238 (MQ=255)ggggCAATGGTGGAAAGCTGAACACACGGGGCCGGCGCCGAATCCCCGCCGGTTGCGCTAATTAAAATCAGATCCGGCATTTGCGCGGCAACGGCTTCGGCGCTCGGTTCGCCGATATAGAGCCGTTGCAGTTTGCGTTCTTTCGCCACCTTGCTCCACTGGCGTAAAAAGCCCTGGTCATCCGCGACGCGGTTATTCGGCGTGGTCGCGCCGCTGGCGATCACCGGAGCATCAATCGc < 2:1010147/239‑1 (MQ=255) tggtggAAAGCTGATCATACAGTGCCAGCGCCGAATCCCCGCCGGTTGCGCTAATTAAAATCAGATCCGGCATTTGCGCGGCAACGGCTTCGGCGCTCGGTTCGCCGATATAGAGCCGTTGCAGTTTGCGTTCTTTCGCCACCTTGCTCCACTGGCGTAAAAAGCCCTGGTCATCCGCGACGCGGTTATTCGGCGTGGTCGCGCCGCTGGCGATTACCGGAGCCTCAATCGCCAGCAGt > 2:36846/1‑239 (MQ=255) cgCTGATCATACAGTGCCAGCGCCGAACCCCCGCCGGTTGCGCTAATTAAAATCAGATCCGGCATTTGCGCGGCAACGGCTTCGGCGCTCGGTTCGCCGATATAGAGCCGTTGCAGTTTGCGTTCTTTCGCCACCTTGCTCCACTGGCGTAAAAAGCCCTGGTCATCCGCGACGCGGTTATTCGGCGTGGTCGCGCCGCTGGCGATCACCGGAGCCTCAATCGCCAGCAGTGAGCCGGt < 1:158532/238‑1 (MQ=255) aGCTGATCATACAGTGCCAGCGCCGAATCCCCGCCGGTTGCGCTAATTAAAATCAGATCCGGCATTTGCGCGGCAACGGCTTCGGCGCTCGGTTCGCCGATATAGAGCCGTTGCAGTTTGCGTTCTTTCGCCACCTTGCTCCACTGGCGTAAAAAGCCCTGGTCATCCGCGACGCGGTTATTCGGCGTGGTCGCGCCGCTGGCGATCACCGGAGCCTCAATCGCCAGCAGTGAGCCGGt < 2:761560/239‑1 (MQ=255) 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2:345156/1‑230 (MQ=255) gcgcCGAATCCCCGCCGGTTGCGCTAATTAAAATCAGATCCGGCATTTGCGCGGCAACGGCTTCGGCGCTCGGTTCGCCGATATAGAGCCGTTGCAGTTTGCGTTCTTTCGCCACCTTGCTCCACTGGCGTAAAAAGCCCTGGTCATCCGCGACGCGGTTATTCGGCGTGGTCGCGCCGCTGGCGATCACCGGAGCCTCAATCGCCAGCAGTGAGCCGGTCAGGGTGACGCTGGTGGaa > 2:469264/1‑239 (MQ=255) gccccGAACCCCCGCCGGTTGCGCTAATTAAAATCAGATCCGGCATTTGCGCGGCAACGGCTTCGGCGCTCGGTTCGCCGATATAGAGCCGTTGCAGTTTGCGTTCTTTCGCCACCTTGCTCCACTGGCGTAAAAAGCCCTGGTCATCCGCGACGCGGTTATTCGGCGTGGTCGCGCCGCTGGCGATCACCGGAGCCTCAATCGCCAGCAGTGAGCCGGTCAGGGTGACg < 1:345156/227‑1 (MQ=255) cgcCGAATCCCCGCCGGTTGCGCTAATTAAAATCAGATCCGGCATTTGCGCGGCAACGGCTTCGGCGCTCGGTTCGCCGATATAGAGCCGTTGCAGTTTGCGTTCTTTCGCCACCTTGCTCCACTGGCGTAAAAAGCCCTGGTCATCCGCGACGCGGTTATTCGGCGTGGTCGCGCCGCTGGCGATCACCGGAGCCTCAATCGCCAGCAGTGAGCCGGTCAGGGTGACGCTGGTGGaa > 2:346783/1‑238 (MQ=255) 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tCGGCGCTCGGTTCGCCGATATAGAGCCGTTGCAGTTTGCGTTCTTTCGCCACCTTGCTCCACTGGCGTAAAAAGCCCTGGTCATCCGCGACGCGGTTATTCGGCGTGGTCGCGCCGCTGGCGATCACCGGAGCCTCAATCGCCAGCAGTGAg > 2:825397/1‑153 (MQ=255) cGGTTCGCCGATATAGAGCCGTTGCAGTTTGCGTTCTTTCGCCACCTTGCTCCACTGGCGTAAAAAGCCCTGGTCATCCGCGACGCGGTTATTCGGCGTGGTCGCGCCGCTGGCGATCACCGGAGCCTCAATCGCCAGCAGTGAGCCGGTCAGGGTGACGCTGGTGGAAACAATACGCTGCGGCTGGCTTTCCAGTGTATGTGTGCCACGGCTGTCAGTAATCTGACGCGGCCAGTCa > 1:517346/1‑238 (MQ=255) tCGCCGATATAGGGCCGGTGCAGTTTGCGTTCTTTCGCCCCCTTGCTCCACTGGCTTAAAAAGCCCTGGTCATCCGCGACGCGGTTATTCGGCGTGGTCGCGCCGCTGGCGATCACCGGAGCCTCAATCGCCAGCAGGGAGCCGGTCAGGGTGACGCTGGTGGAAACAATACGCTGCGGCTGGCTTTCCAGTGTATGTGTGCCACGGCTGTCAGTAATCTGACGCGGCCAGTCAGCGGc < 2:874009/239‑1 (MQ=255) cGCCGATATAGAGCCGTTGCAGTTTGCGTTCTTTCGCCACCTTGCTCCACTGGCGTAAAAAGCCCTGGTCATCCGCGACGCGGTTATTCGGCGTGGTCGCGCCGCTGGCGATCACCGGAGCCTCAATCGCCAGCAGTGAGCCGGTCAGGGTGACGCTGGTGGAAACAATACGCTGCGGCTGGCTTTCCAGTGTATGTGTGCCACGGCTGTCAGTAATCTGACGCGGCCAGTCAGCGGcc < 2:852237/239‑1 (MQ=255) 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gTAAAAAGCCCTGGTCATCCGCGACGCGGTTATTCGGCGTGGTCGCGCCGCTGGCGATCACCGGAGCCTCAATCGCCAGCAGTGAGCCGGTCAGGGTGACGCTGGTGGAAACAATACGCTGCGGCTGGCTTTCCAGTGTATGTGTGCCACGGCTGTCAGTAATCTGACGCGGCCAGTCAGCGGCCTGAACTGCGGCCATTCCTGAAAGCAAAAGTCCTGTTAATAGAAGGGCGTTGCgg > 2:846549/1‑239 (MQ=255) ccTGGTCCTCCGCGACGCGGTTATTCGGCGTGGTCGCGCCGCTGGCGATCACCGGAGCCTCAATCGCCAGCAGTGAGCCGGTCAGGGTGACGCTGGTGGAAACAATACGCTGCGGCTGGCTTTCCAGTGTATGTGTGCCACGGCTGTCAGTAATCTGACGCGGCCAGTCAGCGGCCTGAACTGCGGCTATTCCTGAAAGCAAAAGTCCTGTTAATAGAAGGGCGTTGCGGTagag < 1:300765/235‑1 (MQ=255) cATCCGCGACGCGGTTATTCGGCGTGGTCGCGCCGCTGGCGATCACCGGAGCCTCAATCGCCAGCAGTGAGCCGGTCAGGGTGACGCTGGTGGAAACAATACGCTGCGGCTGGCTTTCCAGTGTATGTGTGCCACGGCTGTCAGTAATCTGACGCGGCCAGTCAGCGGCCTGAACTGCGGCTATTCCTGAAAGCAAAAGTCCTGTTAATAGAAGGGCGTTGCGGTAGAGCGGGGCGAg < 1:707698/238‑1 (MQ=255) cgcgGTTATTCGGCGTGGTCGCGCCGCTGGCGATCACCGGAGCATCAATCGCCAGCAGTGAGCCGGTCAGGGTGACGCTGGTGGAAACAATACGCTGCGGCTGGCTTTCCAGTGTATGTGTGCCACGGCTGTCAGTAATCTGACGCGGCCAGTCAGCGGCCTGAACTGCGGCTATTCCTGAAAGCAAAAGTCCTGTTAATAGAAGGGCGTTGCGGTAGAGCGGGGCGAGTCTCACAAAt < 1:640679/239‑1 (MQ=255) ttATTCGGCGTGGTCGCGCCGCTGGCGATCACCGGAGCATCAATCGCCAGCAGTGAGCCGGTCAGGGTGACGCTGGTGGAAACAATACGCTGCGGCTGGCTTTCCAGTGTATGTGTGCCACGGCTGTCAGTAATCTGACGCGGCCAGTCAGCGGCCTGAACTGCGGCTATTCCTGAAAGCAAAAGTCCTGTTAATAGAAGGGCGTTGCGGTAGAGCGGGGCGAGTCTCACAAATCAGc < 1:725884/238‑1 (MQ=255) cGTGGTCGCGCCGCTGGCGATCACCGGAGCCTCAATCGCCAGCAGTGAGCCGGTCAGGGTGACGCTGGTGGAAACAATACGCTGCGGCTGGCTTTCCAGTGTATGTGTGCCACGGCTGTCAGTAATCTGACGCGGCCAGTCAGCGGCCTGAACTGCGGCTATTCCTGAAAGCAAAAGTCCTGTTAATAGAAGGGCGTTGCGGTAGAGCGGGGCGAGTCTCACAAATCAGCTTCCTGtt < 1:280202/238‑1 (MQ=255) tGGTCGCGCCGCTGGCGATCACCGGAGCCTCAATCGCCAGCAGTGAGCCGGTCAGGGTGACGCtggt > 2:829990/1‑67 (MQ=255) tGGTCGCGCCGCTGGCGATCACCGGAGCCTCAATCGCCAGCAGTGAGCCGGTCAGGGTGACGCtggt < 1:829990/67‑1 (MQ=255) tGGTCGCGCCGCTGGCGATCACCGGAGCATCAATCGCCAGCAGTGAGCCGGTCAGGGTGACGCTGGTGGAAACAATACGCTGCGGCTGGCTTTCCAGTGTATGTGTGCCACGGCTGTCAGTAATCTGACGCGGCCAGTCAGCGGCCTGAACTGCGGCTCTTCCTGAAAGCAAAAGTCCTGTTAATAGAAGGGCGTTGCGGTAGAGCGGGGCGAGTCTCACAAATCAGCTTCCTGttatt > 1:480592/1‑239 (MQ=255) cACCGGAGCCTCAATCGCCAGCAGTGAGCCGGTCAGGGTGACGCTGGTGGAAACAATACGCTGCGGCTGGCTTTCCAGTGTATGTGTGCCACGGCTGTCAGTAATCTGACGCGGCCAGTCAGCGGCCTGAACTGCGGCTATTCCTGAAAGCAAAAGTCCTGTTAATAGAAGGGCg < 1:1068645/175‑1 (MQ=255) cACCGGAGCCTCAATCGCCAGCAGTGAGCCGGTCAGGGTGACGCTGGTGGAAACAATACGCTGCGGCTGGCTTTCCAGTGTATGTGTGCCACGGCTGTCAGTAATCTGACGCGGCCAGTCAGCGGCCTGAACTGCGGCTATTCCTGAAAGCAAAAGTCCTGTTAATAGAAGGGCg > 2:1068645/1‑175 (MQ=255) | GGGGCGATGGTGGAAAGCTGATCATACAGTGCCAGCGCCGAATCCCCGCCGGTTGCGCTAATTAAAATCAGATCCGGCATTTGCGCGGCAACGGCTTCGGCGCTCGGTTCGCCGATATAGAGCCGTTGCAGTTTGCGTTCTTTCGCCACCTTGCTCCACTGGCGTAAAAAGCCCTGGTCATCCGCGACGCGGTTATTCGGCGTGGTCGCGCCGCTGGCGATCACCGGAGCATCAATCGCCAGCAGTGAGCCGGTCAGGGTGACGCTGGTGGAAACAATACGCTGCGGCTGGCTTTCCAGTGTATGTGTGCCACGGCTGTCAGTAATCTGACGCGGCCAGTCAGCGGCCTGAACTGCGGCTATTCCTGAAAGCAAAAGTCCTGTTAATAGAAGGGCGTTGCGGTAGAGCGGGGCGAGTCTCACAAATCAGCTTCCTGTTATT > NC_000913/624089‑624529 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |