| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,078,882 | T→G | M1M (ATG→CTG) † | putA ← | fused DNA‑binding transcriptional regulator/proline dehydrogenase/pyrroline‑5‑carboxylate dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,078,882 | 0 | T | G | 97.9% | 354.6 / ‑1.7 | 96 | M1M (ATG→CTG) † | putA | fused DNA‑binding transcriptional regulator/proline dehydrogenase/pyrroline‑5‑carboxylate dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base G (55/39); total (56/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01 | |||||||||||
AATGGCTGGTGTGGTTCCTCTGCCGGAGTCGGTGCTTCATCGCTCTCATTGGCCGCGCCAGAAAGCAGCGCAGGTAGCTCCGGCAGAGTATCGCTGTTTTCCAGTTGTTCGAGATAAGAAAAAATCGCCTGCTTAATTAACCAGTGTGGTGTGCGATCGATACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCATGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGAAATATCCATGATGTTGCAACTTTGTGCAACCATGTTAAATGTGACATGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTTAATAAAAGAAATCGATATGACAGGGATTAAAAAAATAACTCAGACTTTT‑‑TCTCTGCGGCAGTTAACATTTTTGAAAGGTGCAACCGCAAAAAATGTGAGAGAGTGC > NC_000913/1078650‑1079113 | aaTGGCTGGTGTGGTTCCTCTGCCGGGGTCGGTGCTTCATCGCTCTCATTGGCCGCGCCAGAAAGCAGCGCAGGTAGCTCCGGCAGAGTATCGCTGTTTTCCAGTTGTTCGAGATAAGAAAAAATCGCCTGCTTAATTAACCAGTGTGGTGTGCGATCGATACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCAt < 2:399074/238‑1 (MQ=255) gCTGGTGTGGTTCCTCTGCCGGAGTCGGTGCTTCATCGCTCTCATTGGCCGCGCCAGAAAGCAGCGCAGGTAGCTCCGGCAGAGTATCGCTGTTTTCCAGTTGTTCGAGATAAGAAAAAATCGCCTGCTTAATTAACCAGTGTGGTGTGCGATCGATACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACt > 2:346059/1‑238 (MQ=255) gCTGGTGTGGTTCCTCTGCCGGAGTCGGTGCTTCATCGCTCTCATTGGCCGCGCCAGAAAGCAGCGCAGGTAGCTCCGGCAGAGTATCGCTGTTTTCCAGTTGTTCGAGATAAGAAAAAATCGCCTGCTTAATTAACCAGTGTGGTGTGCGATCGATACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACt > 1:982362/1‑238 (MQ=255) gCTGGTGTGGTTCCTCTGCCGGAGTCGGTGCTTCATCGCTCTCATTGGCCGCGCCAGAAAGCAGCGCAGGTAGCTCCGGCAGAGTATCGCTGTTTTCCAGTTGTTCGAGATAAGAAAAAATCGCCTGCTTAATTAACCAGTGTGGTGTGCGATCGATACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACt > 1:330834/1‑238 (MQ=255) ggTGTGGTTCCTCTGCCGGAGTCGGTGCTTCATCGCTCTCATTGGCCGCGCCAGAAAGCAGCGCAGGTAGCTCCGGCAGAGTATCGCTGTTTTCCAGTTGTTCGAGATAAGAAAAAATCGCCTGCTTAATTAACCAGTGTGGTGTGCGATCGATACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTCCtg < 1:962481/239‑1 (MQ=255) 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1:549298/1‑239 (MQ=255) cccccATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGAAATATCCATGATGTTGCAACTTTGTGCAACCATGTTAAATGTGACATGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTTAATAAAAGAAATCGATATGACAGGGATTAAAAAAATAACTCAGACTTTT‑‑TCTCTGCGGCAGTTAACATTTTTGAAAGGTGCAACCGCaaaaa > 2:1140100/1‑239 (MQ=255) cccccATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGAAATATCCATGATGTTGCAACTTTGTGCAACCATGTTAAATGTGACATGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTTAATAAAAGAAATCGATATGACAGGGATTAAAAAAATAACTCAGACTTTT‑‑TCTCTGCGGCAGTTAACATTTTTGAAAGGTGCAACCGCaaaaa > 2:970817/1‑239 (MQ=255) cccccATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGAAATATCCATGATGTTGCAACTTTGTGCAACCATGTTAAATGTGACATGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTTAATAAAAGAAATCGATATGACAGGGATTAAAAAAATAACTCAGACTTTT‑‑TCTCTGCGGCAGTTAACATTTTTGAAAGGTGCAACCGCaaaaa > 2:972503/1‑239 (MQ=255) ccATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGAAATATCCATGATGTTGCAACTTTGTGCAACCATGTTAAATGTGACATGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTTAATAAAAGAAATCGATATGACAGGGATTAAAAAAATAACTCAGACTTTT‑‑TCTCTGCGGCAGTTAACATTTTTGAAAGGTGCAACCGCAAAAAAtg < 2:101300/239‑1 (MQ=255) aTGGGGGTGGTTCCCATGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGGGCAACTTAACGTTATCGTGAAATATCCatga > 2:216009/1‑75 (MQ=255) gtggtggtTCCCAGGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGAAATATCCATGATGTTGCAACTTTGTGCAACCATGTTAAATGTGACATGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTTAATAAAAGAAATCGATATGACAGGGATTAAAAAAATAACTCAGACTTTT‑‑TCTCTGCGGCAGTTAACATTTTTGAAAGGTGCAACCGCAAAAAATGTgaga < 1:341545/239‑1 (MQ=255) tggtggtTCCCAGGCCATTACTCCTGTGGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGAAATATCCATGATGTTGCAACTTTGTGCAACCATGTTAAATGTGACATGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTTAATAAAAGAAATCGATATGACAGGGATTAAAAAAATAACTCAGACTTTT‑‑TCTCTGCGGCAGTTAACATTTTTGAAAGGTGCAACCGCAAAAAATGTgaga < 2:982362/238‑1 (MQ=255) tggtTCCCAGGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGAAATATCCATGATGTTGCAACTTTGTGCAACCATGTTAAATGTGACATGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTTAATAAAAGAAATCGATATGAAAGGGATTAAAAAAATAACTCAGACTTTT‑‑TCTCTGCGGCAGTTAACATTTTGGACAGGTGCAAACGCAAAAATAGTTAGAGCGt > 2:309396/1‑239 (MQ=255) gtTCCCAGGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGAAATATCCATGATGTTGCAACTTTGTGCAACCATGTTAAATGTGACATGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGACATGTTAATAAAAGAAATCGATATGACAGGGATTAAAAAAATAACTCAGACTTTT‑‑TCTCTGCGGCAGTTAACATTTTTGAAAGGTGCAACCGCAAAAAATGTGAGAGAGTGc > 2:808147/1‑239 (MQ=255) cccAGGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGAAATATCCATGATGTTGCAACTTTGTGCAACCATGTTAAATGTGACATGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTTAATAAAAGAAATCGa > 1:405236/1‑145 (MQ=255) cccAGGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGAAATATCCATGATGTTGCAACTTTGTGCAACCATGTTAAATGTGACATGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTTAATAAAAGAAATCGa < 2:405236/145‑1 (MQ=255) | AATGGCTGGTGTGGTTCCTCTGCCGGAGTCGGTGCTTCATCGCTCTCATTGGCCGCGCCAGAAAGCAGCGCAGGTAGCTCCGGCAGAGTATCGCTGTTTTCCAGTTGTTCGAGATAAGAAAAAATCGCCTGCTTAATTAACCAGTGTGGTGTGCGATCGATACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCATGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGAAATATCCATGATGTTGCAACTTTGTGCAACCATGTTAAATGTGACATGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTTAATAAAAGAAATCGATATGACAGGGATTAAAAAAATAACTCAGACTTTT‑‑TCTCTGCGGCAGTTAACATTTTTGAAAGGTGCAACCGCAAAAAATGTGAGAGAGTGC > NC_000913/1078650‑1079113 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |