Predicted mutation | ||||||
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RA | NC_000913 | 1,391,771 | A→C | F28C (TTT→TGT) | ycjY ← | S9 homolog non‑peptidase family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 1,391,771 | 0 | A | C | 76.6% | 239.2 / 99.0 | 124 | F28C (TTT→TGT) | ycjY | S9 homolog non‑peptidase family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (13/16); new base C (43/52); total (56/68) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.85e-01 |
Only 100 of 124 total aligned reads displayed.
CATAAGAAAGCGTTGTCAGGTAATCAATCACGGCACTGATGTCTTCAGTACGAATGTATGGGTTTTCTAACTGACGCGGCTCGCCGCCACTTTCACCTTGATAAGATGCGTCATAAGCAATAGTGACAAATCCCTTTTCCGCCAGTTTTTTGGCATAGGTTCCGGCCGTTTGTTCTTTAACG‑CCCCCACCTGGGTGAGATAACACAATTGCCTGATACTGACGGGTTTCATCAAATTTTGGAGGGAAATAGATCACTGCAGACAAAGAGATGGTTGGATTATTGCTGTTAGTGAAGCTGACTTTATTATTCATCATTCCGTTCCTCATGGAGTTGTCGGTTCGTTTTAACGGTTGGTGATATCACTATAGATATTGATCATTAAGTTGATTAGACCCAAAATCATGATTAGACCTATCATTTAAATGATTAATAGATTGCATGGAGATACTGAATGAAGCGTGA > NC_000913/1391538‑1392001 | cATAAGAAAGCGTTGTCAGGTAATCAATCACGGCACTGATGTCTTCAGTACGAATGTATGGGTTTTCTAACTGACGCGGCTCGCCGCCACTTTCACCTTGATAAGATGCGTCATAAGCAATAGTGACAAATCCCTTTTCCGCCAGTTTTTTGGCATAGGTTCCGGCCGTTTGTTCTTTAACG‑CCCCCACCTGGGTGAGATAACACAATTGCCTGATACTGACGGGTTTCATCACAtttt > 2:966533/1‑239 (MQ=255) aaGAAAGCGTTGTCAGGTAATCAATCACGGCACTGATGTCTTCAGTACGAATGTATGGGTTTTCTAACTGACGCGGCTCGCCGCCACTTTCACCTTGATAAGATGCGTCATAAGCAATAGTGACAAATCCCTTTTCCGCCAGTTTTTTGGCATAGGTTCCGGCCGTTTGTTCTTTAACG‑CCCCCACCTGGGTGAGATAACACAATTGCCTGATACTGACGGGTTTCATCACATTTTGGa < 1:807951/239‑1 (MQ=255) aaGAAAGCGTTGTCAGGTAATCAATCACGGCACTGATGTCTTCAGTACGAATGTATGGGTTTTCTAACTGACGCGGCTCGCCGCCACTTTCACCTTGATAAGATGCGTCATAAGCAATAGTGACAAATCCCTTTTCCGCCAGTTTTTTGGCATAGGTTCCGGCCGTTTGTTCTTTAACG‑CCCCCACCTGGGTGAGATAACACAATTGCCTGATACTGACGGGTTTCATCACATTTTGGa > 1:999543/1‑239 (MQ=255) tttGTCAGGTAATCAATCGCGGCACTGATGTCTTCAGTACTAATGTATGGGTTTTCTAACGGACGCGGCTCGCCGCCACTTTCACCTTGATAAGATGCGTCATAAGCAATAGTGACAAATCCCTTTTCCGCCAGTTTTTTGGCATAGGTTCCGGCCGTTTGTTCTTTAACG‑CCCCCACCTGGGTGAGATAACACAATTGCCTGATACTGACGGGTTTCATCACATTTTGGAg < 1:880296/231‑1 (MQ=255) aatcaatcACGGCACTGATGTCTTCAGTACGAATGTATGGGTTTTCTAACTGACGCGGCTCGCCGCCACTTTCACCTTGATAAGATGCGTCATAAGCAATAGTGACAAATCCCTTTTCCGCCAGTTTTTTGGCATAGGTTCCGGCCGTTTGTTCTTTAACG‑CCCCCACCTGGGTGAGATAACACAATTGCCTGATACTGACGGGTTTCATCACATTTTGGAGGGAAATAGATCACTGCa < 2:1174025/239‑1 (MQ=255) cGGCACTTATGTTTTCAGTACGAAGTTATGGGTTTTCAAACTGGCGGGGCTCGCCGCCACTTTCACCTTGATAAGATGCGTCATAAGCAATAGTGACAAATCCCTTTTCCGCCAGTTTTTTGGCATAGGTTCCGGCCGTTTGTTCTTTAACG‑CCCCCACCTGGGTGAGATAACACAATTGCCTGATACTGACGGGTTTCATCACATTTTGGAGGGAAATAGATCACTGCAGACAAagag < 2:1185977/239‑1 (MQ=255) cTGATGTCTTCAGTACGAATGTATGGGTTTTCTAACTGACGCGGCTCGCCGCCACTTTCACCTTGATAAGATGCGTCATAAGCAATAGTGACAAATCCCTTTTCCGCCAGTTTTTTGGCATAGGTTCCGGCCGTTTGTTCTTTAACG‑CCCCCACCTGGGTGAGATAACACAATTGCCTGATACTGACGGGTTTCATCACATTTTGGAGGGAAATAGATCACTGCAGACAAAGAGATGGt < 2:229004/239‑1 (MQ=255) 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2:919239/1‑226 (MQ=255) aTAACACAATTGCCTGATACTGACGGGTTTCATCACATTTTGGAGGGAAATAGATCACTGCAGACAAAGAGATGGTTGGATTATTGCTGTTAGTGAAGCTGACTTTATTATTCATCATTCCGTTCCTCATGGAGTTGTCGGTTCGTTTTAACGGTTGGTGATATCACTATAGATATTGATCATTAAGTTGATTAGACCCAAAATCATGATTAGACCTATCATTTAAATGATTAATAGAt > 1:620017/1‑239 (MQ=255) tAACACAATTGCCTGATACTGACGGGTTTCATCAAATTTTGGAGGGAAATAGATCACTGCAGACAAAGAGATGGTTGGATTATTGCTGTTAGTGAAGCTGACTTTATTATTCATCATTCCGTTCCTCATGGAGTTGTCGGTTCGTTTTAACGGTTGGTGATATCACTATAGATATTGATCATTAAGTTGATTAGACCCAAAATCATGATTAGACCTATCATTTAAATGATTAATAGa < 1:1111130/237‑1 (MQ=255) aTTGCCTGATACTGACGGGTTTCATCACATTTTGGAGGGAAATAGATCACTGCAGACAAAGAGATGGTTGGATTATTGCTGTTAGTGAAGCTGACTTTATTATTCATCATTCCGTTCCTCATGGAGTTGTCGGTTCGTTTTAACGGTTGGTGATATCACTATAGATATTGATCATTAAGTTGATTAGACCCAAAATCATGATTAGACCTATCATTTAAATGATTAATAGATTGCa < 2:603859/235‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |