| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,417,487 | T→G | intergenic (‑101/+1) | recE ← / ← racC | Rac prophage; exonuclease VIII, 5' to 3' specific dsDNA exonuclease/Rac prophage; uncharacterized protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,417,487 | 0 | T | G | 98.9% | 335.6 / ‑3.2 | 90 | intergenic (‑101/+1) | recE/racC | Rac prophage; exonuclease VIII, 5' to 3' specific dsDNA exonuclease/Rac prophage; uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base G (48/41); total (48/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.67e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.11e-01 | |||||||||||
TACCTGACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGACGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTG‑CTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACATTTTTTTGACACCTTCATCAAGTGTTTTTACGTTGCCTGATGGACCATCGATATCAACCACAGTGAATGGGGTTTCTTTATTTTCTGTTTTAATTACGTAGCCAATGCGCTTTCCTTCCAGATTCACCTCGTGAACAAT > NC_000913/1417254‑1417721 | tACCTGACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGACGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTG‑CTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTGTCAGa > 1:1155406/1‑239 (MQ=255) gACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACCGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGACGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGACGAGTGGTTTTGTG‑CTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTAGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTGTCAGATTTc > 2:27987/1‑238 (MQ=255) gACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGACGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTG‑CTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTGTCAGATTTc > 1:125122/1‑238 (MQ=255) cAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGACGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTG‑CTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAAtt > 1:82812/1‑238 (MQ=255) cAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGACGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTG‑CTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAAtt > 2:1013720/1‑238 (MQ=255) cAGGTAGTCCAGAGTGGAACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGACGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTG‑CTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAAtt > 2:577754/1‑238 (MQ=255) tAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGACGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTG‑CTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAATTTCAt < 1:427595/238‑1 (MQ=255) tCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGACGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTG‑CTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCa > 1:882841/1‑239 (MQ=255) agTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGACGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTG‑CTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTag > 1:423616/1‑239 (MQ=255) gTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGACGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTG‑CTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTaga > 1:775629/1‑239 (MQ=255) cacaGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGACGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTG‑CTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGtt > 2:269275/1‑238 (MQ=255) gTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGACGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTG‑CTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGa > 1:428454/1‑239 (MQ=255) aTTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGACGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTG‑CTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAAt > 2:528050/1‑238 (MQ=255) ttCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGACGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTG‑CTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTc > 1:1039846/1‑239 (MQ=255) aaTCGTTGCTTGCCCACAGGACGACGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTG‑CTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCg > 1:436715/1‑235 (MQ=255) ttgcttgcCCACAGGACGACGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTG‑CTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCttttttt > 2:345803/1‑239 (MQ=255) tgcttgcCCACAGGACGACGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTG‑CTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCtttttttt < 2:882841/239‑1 (MQ=255) ttgcCCACAGGACGACGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTG‑CTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTg < 2:82812/239‑1 (MQ=255) ccACAGGACGACGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTG‑CTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCggg < 1:528050/239‑1 (MQ=255) cacaGGACGACGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTG‑CTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGc < 2:943257/239‑1 (MQ=255) acgTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTG‑CTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGAt > 2:144423/1‑234 (MQ=255) cgTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTG‑CTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCttt < 2:727660/238‑1 (MQ=255) cgTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTG‑CTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCttt < 2:423616/238‑1 (MQ=255) aGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTG‑CTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTGTCAGATTTCCCCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGat < 2:436715/239‑1 (MQ=255) ttCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTG‑CTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGa < 2:1039846/235‑1 (MQ=255) tgtttttttcCGTTTTCCGTACCAGGAA‑AGTTGTTTTTTGCCTAATTTTTTTTTAACCTCAACTCAATTTAAAATTCGTTTTGTTCATGAAATGATCTTGCCGATTCCCCCTTTTTCATAGCTTGCGCCTTACGCGGGTTATTTTTGCCAGATTTCCCCTTTTAATTCCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGTTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAgg < 2:1155406/234‑1 (MQ=255) tgatTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTG‑CTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGc < 2:983004/238‑1 (MQ=255) gCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTG‑CTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACATTTTTTTg < 1:1013720/239‑1 (MQ=255) ccGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTG‑CTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACATTTTTTTGACAcc < 2:224128/239‑1 (MQ=255) ccGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTG‑CTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACATTTTTTTGACAcc < 1:1096155/239‑1 (MQ=255) aagAAGAGTGGTTTTGTG‑CTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATCCGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACATTTTTTTGaca < 1:574832/228‑1 (MQ=255) aaGAGTGGTTTTGTG‑CTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACATTTTTTTGACACCTTCATCaa < 2:987213/237‑1 (MQ=255) aaGAGTGGTTTTGTG‑CTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACATTTTTTTGACACCTTCATCaa < 1:144423/237‑1 (MQ=255) gTTTTGTG‑CTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACATTTTTTTGa > 1:1082098/1‑218 (MQ=255) gTTTTGTG‑CTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACATTTTTTTGa < 2:1082098/218‑1 (MQ=255) ttttGTG‑CTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACATTTTTTTGACACCTTCATCAAGTGTTTTTa < 1:271919/238‑1 (MQ=255) ttttTG‑CTCATTGTTTTTTATCCTAAACTCAGATTAAAAGTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACATTTTTTTGACACCTTCATCAAGTGTTTTTACg < 2:1079947/239‑1 (MQ=255) gtg‑CTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACATTTTTTTGACACCTTCATCAAGTGTTTTTACGTTg < 2:428454/239‑1 (MQ=255) tttAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACATTTTTTTGACACCTTCATCAAGTGTTTTTACGTTGCCTGATGGACCAt < 1:836779/239‑1 (MQ=255) tttAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACATTTTTTTGACACCTTCATCAAGTGTTTTTACGTTGCCTGATGGACCAt < 1:35121/239‑1 (MQ=255) tAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATTCACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACATTTTTTTGACACCTTCATCAAGTGTTTTTACGTTGCCTGATGGACCATCg < 1:710286/239‑1 (MQ=255) tAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTGTCAGATTTCCCCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACATTTTTTTGACACCTTCATCAAGTGTTTTTACGTTGCCTGATGGACCATCg < 1:649372/239‑1 (MQ=255) tAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACATTTTTTTGACACCTTCATCAAGTGTTTTTACGTTGCCTGATGGACCATCg < 2:701684/239‑1 (MQ=255) taaaccccgATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGACGGATACGTACTGTTCATAGCCTGCGTCATCCGCAAGCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGCAAGTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCCCATTTTTTTGACCCCTTCATCAAGTGTTTTTACGTTGCCTGATGGACCATCGATATc < 2:576100/231‑1 (MQ=255) aCTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACATTTTTTTGACACCTTCATCAAGTGTTTTTACGTTGCCTGATGGACCATCGATATCAAc < 1:345803/239‑1 (MQ=255) ttAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACATTTTTTTGACACCTTCATCAAGTGTTTTTACGTTGCCTGATGGACCATCGATATCAACcac < 2:125122/235‑1 (MQ=255) cTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACATTTTTTTGACACCTTCATCAAGTGTTTTTACGTTGCCTGATGGACCATCGATATCAACCACAGTGAATGGGGTTTCTTTATTTTCTGTTTTaa < 1:105881/239‑1 (MQ=255) tGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACATTTTTTTGACACCTTCATCAAGTGTTTTTACGTTGCCTGATGGACCATCGATATCAACCACAGTGAATGGGGTTTCTTTATTTTCTGTTTTAAtt > 2:540493/1‑239 (MQ=255) tGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACATTTTTTTGACACCTTCATCAAGTGTTTTTACGTTGCCTGATGGACCATCGATATCAACCACAGTGAATGGGGTTTCTTTATTTTCTGTTTTAAtt > 2:638623/1‑239 (MQ=255) tGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACATTTTTTTGACACCTTCATCAAGTGTTTTTACGTTGCCTGATGGACCATCGATATCAACCACAGTGAATGGGGTTTCTTTATTTTCTGTTTTAAtt > 2:666746/1‑239 (MQ=255) tGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACATTTTTTTGACACCTTCATCAAGTGTTTTTACGTTGCCTGATGGACCATCGATATCAACCACAGTGAATGGGGTTTCTTTATTTTCTGTTTTAAtt > 1:105978/1‑239 (MQ=255) tGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACATTTTTTTGACACCTTCATCAAGTGTTTTTACGTTGCCTGATGGACCATCGATATCAACCACAGTGAATGGGGTTTCTTTATTTTCTGTTTTAAtt > 1:1057432/1‑239 (MQ=255) ccGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACATTTTTTTGa > 2:771108/1‑151 (MQ=255) ccGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACATTTTTTTGa < 1:771108/151‑1 (MQ=255) cTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACATTTTTTTGACACCTTCATCAAGTGTTTTTACGTTGCCTGATGGACCATCGATATCAACCACAGTGAATGGGGTTTCTTTATTTTCTGTTTTAATTACGTAGCCAATgc > 2:561200/1‑239 (MQ=255) gTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACATTTTTTTGACACCTTCATCAAGTGTTTTTACGTTGCCTGATGTACCATCGATATCAACCACAGTGAATGGTGTTTCTTTATTTTCTGTTTTAATTACGTAGCCAATgc > 1:1090548/1‑237 (MQ=255) gTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACATTTTTTTGACACCTTCATCAAGTGTTTTTACGTTGCCTGATGGACCATCGATATCAACCACAGTGAATGGGGTTTCTTTATTTTCTGTTTTAATTACGTAGCCAATgc > 1:1097560/1‑237 (MQ=255) ttCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAATTTCAt > 1:254497/1‑57 (MQ=255) ttCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAATTTCAt < 2:254497/57‑1 (MQ=255) ttCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACATTTTTTTGACACCTTCATCAAGTGTTTTTACGTTGCCTGATGGACCATCGATATCAACCACAGTGAATGGGGTTTCTTTATTTTCTGTTTTAATTACGTAGCCAATGCGCt > 2:134706/1‑239 (MQ=255) ttCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACATTTTTTTGACACCTTCATCAAGTGTTTTTACGTTGCCTGATGGACCATCGATATCAACCACAGTGAATGGGGTTTCTTTATTTTCTGTTTTAATTACGTAGCCAATGCGCt > 1:588302/1‑239 (MQ=255) ttCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACATTTTTTTGACACCTTCATCAAGTGTTTTTACGTTGCCTGATGGACCATCGATATCAACCACAGTGAATGGGGTTTCTTTATTTTCTGTTTTAATTACGTAGCCAATGCGCt > 2:356177/1‑239 (MQ=255) cTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACATTTTTTTGACACCTTCATCAAg < 1:320368/142‑1 (MQ=255) cTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACATTTTTTTGACACCTTCATCAAg > 2:320368/1‑142 (MQ=255) cTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACATTTTTTTGACACCTTCATCAAGTGTTTTTACGTTGCCTGATGGACCATCGATATCAACCACAGTGAATGGGGTTTCTTTATTTTCTGTTTTAATTACGTAGCCAATGCGCTttcctt < 2:1108873/237‑1 (MQ=255) gcgcCATACGCAGGCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTTCCAGAAATTCGGc > 1:901760/1‑74 (MQ=255) gcgcCATACGCAGGCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGc < 2:901760/74‑1 (MQ=255) gcgcCATACGCAGGCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTTCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACATTTTTTTGACACCTTCATCAAGTGTTTTTACGTTGCCTGATGGACCATCGATATCAACCACAGTGATTGGGGTTTCTTTATTTTCTGTTTTACTTACGTAGCCAATGCGCTttcctt > 1:1089750/1‑235 (MQ=255) gcgcCATACGCAGGCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACATTTTTTTGACACCTTCATCAAGTGTTTTTACGTTGCCTGATGGACCATCGATATCAACCACAGTGaa < 1:572771/185‑1 (MQ=255) gcgcCATACGCAGGCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACATTTTTTTGACACCTTCATCAAGTGTTTTTACGTTGCCTGATGGACCATCGATATCAACCACAGTGaa > 2:572771/1‑185 (MQ=255) gcgcCATACGCAGGCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACATTTTTTTGACACCTTCATCAAGTGTTTTTACGTTGCCTGATGGACCATCGATATCAACCACAGTGAATGGGGTTTCTTTATTTTCTGTTTTAATTACGTAGCCAATGCGCTttcctt > 2:832005/1‑235 (MQ=255) gcgcCATACGCAGGCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACATTTTTTTGACACCTTCATCAAGTGTTTTTACGTTGCCTGATGGACCATCGATATCAACCACAGTGAATGGGGTTTCTTTATTTTCTGTTTTAATTACGTAGCCAATGCGCTttcctt > 1:483470/1‑235 (MQ=255) gcgcCATACGCAGGCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACATTTTTTTGACACCTTCATCAAGTGTTTTTACGTTGCCTGATGGACCATCGATATCAACCACAGTGAATGGGGTTTCTTTATTTTCTGTTTTAATTACGTAGCCAATGCGCTttcctt < 1:832005/235‑1 (MQ=255) gcgcCATACGCAGGCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACATTTTTTTGACACCTTCATCAAGTGTTTTTACGTTGCCTGATGGACCATCGATATCAACCACAGTGAATGGGGTTTCTTTATTTTCTGTTTTAATTACGTAGCCAATGCGCTTTCCTTCCAg > 2:177638/1‑239 (MQ=255) gcgcCATACGCAGGCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACATTTTTTTGACACCTTCATCAAGTGTTTTTACGTTGCCTGATGGACCATCGATATCAACCACAGTGAATGGGGTTTCTTTATTTTCTGTTTTAATTACGTAGCCAATGCGCTTTCCTTCCAg > 1:546103/1‑239 (MQ=255) gcgcCATACGCAGGCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACATTTTTTTGACACCTTCATCAAGAGTTTTTACGTTGCCTGATGGACCATCGATATCAACCACAGTGAATGGGGTTTCTTTATTTTCTGTTTTAATTACGTAGCCAATGCGCTTTCCTTCCAg > 2:1139955/1‑239 (MQ=255) gcgcCATAAGCAGGCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAATTTAACTGCAATTAGAGGTGCTAGAAATACGGCTTTTTTTTATTCGGGCAGATTCTTTCCGATATGAACCAGCCACATTTTTTTGACACCTTCATAAAGTGCTATTACGTTGCCTGATGGACCATCGCTATCAACCACAGTGAATTGGGTTTCTTTATTTTCTGTTTTAATTACGTAGCCAATGCGCTTTCCTTCCAg > 2:744252/1‑239 (MQ=255) cgcCATACGCAGGCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACATTTTTTTGACACCTTCATCaa < 1:420224/138‑1 (MQ=255) cgcCATACGCAGGCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACATTTTTTTGACACCTTCATCaa > 2:420224/1‑138 (MQ=255) cgcCATACGCAGGCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACATTTTTTTGACACCTTCATCAAGTGTTTTTACGTTGCCTGATGGACCATCGATATCAACCACAGTGAATGGGGTTTCTTTATTTTCTGTTTTAATTACGTAGCCAATGCGCTTTCCTTCCAGa > 2:781757/1‑239 (MQ=255) tACGCAGGCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACAttttttt > 1:1090362/1‑119 (MQ=255) tACGCAGGCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACAttttttt < 2:1090362/119‑1 (MQ=255) tACGCAGGCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACATTTTTTTGACACCTTCATCAAGTGTTTTTACGTTGCCTGATGGACCATCGATATCAACcac < 1:166137/173‑1 (MQ=255) tACGCAGGCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACATTTTTTTGACACCTTCATCAAGTGTTTTTACGTTGCCTGATGGACCATCGATATCAACcac > 2:166137/1‑173 (MQ=255) tACGCAGGCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACATTTTTTTGACACCTTCATCAAGTGTTTTTACGTTGCCTGATGGACCATCGATATCAACCACAGTGAATGGGGTTTCTTTATTTTCTGTTTTAATTACGTAGCCAATGCGCTTTCCTTCCAGATTCa > 2:868495/1‑238 (MQ=255) aGGCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACATTTTTTTGaca < 2:1080013/118‑1 (MQ=255) aGGCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACATTTTTTTGaca > 1:1080013/1‑118 (MQ=255) aGGCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACATTTTTTTGACACCTTCATCAAGTGTTTTTACGTTGCCTGATGGACCATCGATATCAACCACAGTGAATGGGGTTTCTTTATTTTCTGTTTTAATTACGTAGCCAATGCGCTTTCCTTCCAGATTCACCTCGt > 2:418734/1‑239 (MQ=255) gCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGc < 2:1066985/102‑1 (MQ=255) gCTATTTCTGTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGc > 1:1066985/1‑102 (MQ=255) ttctgtcAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACATTTTTTTGACACCTTCATCAAGTGTTTTTACGTTGCCTGATGGACCATCGATATCAACCACAGTGAATGGGGTTTCTTTATTTTCTGTTTTAATTACGTAGCCAATGCGCTTTCCTTCCAGATTCACCTCGTGAACAAt < 1:134706/239‑1 (MQ=255) | TACCTGACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGACGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTG‑CTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACATTTTTTTGACACCTTCATCAAGTGTTTTTACGTTGCCTGATGGACCATCGATATCAACCACAGTGAATGGGGTTTCTTTATTTTCTGTTTTAATTACGTAGCCAATGCGCTTTCCTTCCAGATTCACCTCGTGAACAAT > NC_000913/1417254‑1417721 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |