Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,499,616 | 0 | G | A | 34.2% | 56.7 / 12.9 | 38 | intergenic (+1/‑294) | yhfL/frlA | small lipoprotein/putative fructoselysine transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/23); new base A (13/0); total (15/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.94e-08 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
AGGGAATGTAAATGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCATGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGCGGTTGCGGTCCTACTGCACAGTAAGTCTCTGACAGAAATCGGCTAAC‑A‑CCGGTTTAATTGCCC‑GACGCCCTC‑TGGATTTTCCGAGGGCGTA‑TTTGTTTCTATGTCCTTC‑TTGC‑CCCCGCCCGT‑A‑AAAA‑TATTTTCACTTTAAATTCAATTTGATAACTACATCCATTAGCCACAGCGCGATCC‑TGTGC‑GAAATTTTGTGATCTTCCTCCACATTACATAACATCATATGTTGTTATATTCATCATGCAT > NC_000913/3499437‑3499840 | aGGGAATGTAAATGAACAAATTTATTAATGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCATGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGCGGTTGCGGGCCTACTTCACAGTAAAATTCTGGCAGGAAAAAGCTAAA‑A‑ACGGTTTAATTTGCC‑GAAGCCCCC‑TTGGttttt > 1:551707/1‑235 (MQ=255) aGGGAATGTAAATGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCATGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGCGGTTTGGGTTCTACTTCCCCCTAAATTTCTGAACGAAAACGGCTAAC‑ACCCGGTTTATTTTCCC‑‑ACACCCTC‑TCGGttttt > 1:29838/1‑235 (MQ=255) gAATGTAAATGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCATGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGCGGTTGCGGTCCTACTGCACAGTAAGTCTCTGACAGAAATCGGCTAAC‑A‑CCGGTTTAATTGCCC‑GACGCCCTC‑TGGATTTTCCGa < 1:425092/236‑1 (MQ=255) tGTAAATGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCATGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGCGGTTTGGGGCCTACTGCCCCGTAAAACTCTGTCAGAAATCGGGTAAC‑A‑CCCGGTTATTTGCCC‑GACGGCCCC‑TCGCtttttcctagg > 2:488750/1‑229 (MQ=255) ttAAATGAACAAATTTATTAAAGTTCCACTGGTAGGTGCAGTACTTGCTACGTTAACTGCATGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGCGGTTGCGGTCCTACTGCACAGTAAGTCTCTGACAGAAATCGGCTAAC‑A‑CCGGTTTAATTGCCC‑GACGCCCTC‑TGGATTTTCCGAgg < 1:379299/233‑1 (MQ=255) aaCAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCATGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGCGGTTGCGGTCCTACTGCACAGTAAGTCTCTGACAGAAATCGGCTAAC‑A‑CCGGTTTAATTGCCC‑GACGCCCTC‑TGGATTTTCCGAGGGCGTA‑TTTg < 1:212229/236‑1 (MQ=255) tGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCATGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGCGGTTGCGGTCCTACTGCACAGTAAGTCTCTGACAGAAATCGGCTAAC‑A‑CCGGTTTAATTGCCC‑GACGCCCTC‑Tg < 1:429484/193‑1 (MQ=255) gTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCATGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGCGGTTGCGGTCCTACTGCACAGTAAGTCTCTGACAGAAATCGGCTAac < 1:370107/160‑1 (MQ=255) tACTGGCTACGTTAACTGCATGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGCGGTTGCGGTCCCACTGCACAGTAAATCTCTTACAAAAAATGGCTTAA‑A‑CCCGTTTAATTTCCCGGCCGCCCCC‑CGCATTTTTC‑CGGGGGCA‑TTTGTTTCTTTTTCCTTC‑TTTG‑CCCCCCCCGC‑a‑aaaac > 2:602681/1‑235 (MQ=255) 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atTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGCGGTTGCGGTCCTACTGCACAGTAAGTCTCTGACAGAAATCGGCTAAC‑A‑CCGGTTTAATTGCCC‑GACGCCCTC‑TGGATTTTCCGAGGGCGTA‑TTTGTTTCTATGTCCTTC‑TTGC‑CCCCGCCCGT‑A‑AAAA‑TATTTTCACTTTAAATTCAATTTGATAACTAc < 1:14004/235‑1 (MQ=255) aaGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCCCCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGCGGTTGCGGTCCTACTGCACAGTAAGTCTCTGACAGAAATCGGCTAAC‑A‑CCGGTTTAATTGCCC‑GACGCCCTC‑TGGATTTTCCGAGGGCGTA‑TTTGTTTCTATGTCCTTC‑TTGC‑CCCCGCCCGT‑A‑AAAA‑TATTTTCACTTTAAATTCAATTTGATAACTACATCCATTAGCca < 1:694209/232‑1 (MQ=255) aaGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGCGGTTGCGGTCCTACTGCACAGTAAGTCTCTGACAGAAATCGGCTAAC‑A‑CCGGTTTAATTGCCC‑GACGCCCTC‑TGGATTTTCCGAGGGCGTA‑TTTGTTTCTATGTCCTTC‑TTGC‑CCCCGCCCGT‑A‑AAAA‑TATTTTCACTTTAAATTCAATTTGATAACTACATCCATTAGCca < 1:642561/232‑1 (MQ=255) tGCTTTTACGACTACCTGCTGCCCCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGCGGTTGCCGTCCTACTGCACAGTAAGTCTCTGACAGAAATCGGCTAAC‑A‑CCGGTTTAATTGCCC‑GACGCCCTC‑TGGATTTTCCGAGGGCGTA‑TTTGTTTCTATGTCCTTC‑TTGC‑CCCCGCCCGT‑A‑AAAA‑TATTTTCACTTTAAATTCAATTTGATAACTACATCCATTAGCCACAGCGCGATc < 2:91088/236‑1 (MQ=255) tACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGCGGTTACGGCCCTCACCCACAGTAAAACTCTTAACGAAAAAGCCCCAC‑A‑CCCGGTTTATTTCCC‑CACGCCCCC‑TTGGTTTTCCCCGGGCGTATTTTGTTGTCATGCTCTCC‑TT‑C‑CCCCCCCCGC‑A‑CAAA‑CATTTTTCCTTTTAATTTAAATTATTAACAACATCCATCCGCCACACCGCGAACC‑TATGC‑Ga > 2:310606/1‑232 (MQ=255) gctgcACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGCGGTTTCGGGCCTACTGCCCAATAAATCTCTGACAGAAAACTGCTAAC‑A‑CCCGGTTTATTTCCC‑CCCGCCCTC‑TGGGTTTTTCCAGGGGGGG‑TTTGTTTTTTTTTCCCTC‑TTTT‑CCCCCCCCGC‑T‑AAAA‑AATTTTTACTTTTAATTTCATTTGTTTACTACATCCCTTTGCCACAGCGCGGTCCATTTGC‑GAAAtttttt > 2:149793/1‑234 (MQ=255) 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tttctaAAATCATTGGCGGTTGCGGTCCTACTGCACAGTAAGTCTCTGACAGAAATCGGCTAAC‑A‑CCGGTTTAATTGCCC‑GACGCCCTC‑TGGATTTTCCGAGGGCGTA‑TTTGTTTCTATGTCCTTC‑TTGC‑CCCCGCCCGT‑A‑AAAA‑TATTTTCACTTTAAATTCAATTTGATAACTACATCCATTAGCCACAGCGCGATCC‑TGTGC‑GAAATTTTGTGATCTTCCTCCACATTACATa < 1:76201/236‑1 (MQ=255) tctaAAATCATTGGCGGTTGCGGTCCTACTGCACAGTAAGTCTCTGACAGAAATCGGCTAAC‑A‑CCGGTTTAATTGCCC‑GACGCCCTC‑TGGATTTTGCGAGGGCGTA‑TTTGTTTCTATGTCCTTC‑TTGC‑CCCCGCCCGT‑A‑AAAA‑TATTTTCACTTTAAATTCAATTTGATAACTACATCCATTAGCCACAGCGCGATCC‑TGTGC‑GAAATTTTGTGATCTTCCTCCACATTACATAAc < 1:310606/236‑1 (MQ=255) aTCATTGGCGGTTGCGGTCCTACTGCACAGTAAGTCTCTGACAGAAATCGGCTAAC‑A‑CCGGTTTAATTGCCC‑GACGCCCTC‑TGGATTTTCCGAGGGCGTA‑TTTGTTTCTATGTCCTTC‑TTGC‑CCCCGCACGT‑A‑AAAA‑TATTTTCACTTTAAATTCAATTTGATAACTACATCCATTAGCCACAGCGCGATCC‑TGTGC‑GAAATTTTGTGATCTTCCTCCACATTACATAACATCata < 1:747355/236‑1 (MQ=255) ccTACTGCACAGTAAGTCTCTGACAGAAATCGGCTAAC‑A‑CCGGTTTAATTGCCC‑GACGCCCTC‑TGGATTTTCCGAGGGCGTA‑TTTGTTTCTATGTCCTTC‑TTGC‑CCCCGCCCGT‑A‑AAAA‑TATTTTCACTTTAAATTCAATTTGATAACTACATCCATTAGCCACAGCGCGATCC‑TGTGC‑GAAATTTTGTGATCTTCCTCCACATTACATAACATCATATGTTGTTATATTcatcat < 1:149793/236‑1 (MQ=255) cTGCACAGTAAGTCTCTGACAGAAATCGGCTAAC‑A‑CCGGTTTAATTGCCC‑GACGCCCTC‑TGGATTTTCCGAGGGCGTA‑TTTGTTTCTATGTCCTTC‑TTGC‑CCCCGCCCGT‑A‑AAAA‑TATTTTCACTTTAAATTCAATTTGATAACTACATCCATTAGCCACAGCGCGATCC‑TGTGC‑GAAATTTTGTGATCTTCCTCCACATTACATAACATCATATGTTGTTATATTCATCATGCAt < 2:551707/236‑1 (MQ=255) caGTAAGTCTCTGACAGAAATCGGCTAAC‑A‑CCGGTTTAATTGCCC‑GACGCCCTC‑TGGATTTTCCGAGGGCGTA‑TTTGTTTCt > 2:414090/1‑82 (MQ=255) caGTAAGTCTCTGACAGAAATCGGCTAAC‑A‑CCGGTTTAATTGCCC‑GACGCCCTC‑TGGATTTTCCGAGGGCGTA‑TTTGTTTCt < 1:414090/82‑1 (MQ=255) gTCTCTGACAGAAATCGGCTAAC‑A‑CCGGTTTAATTGCCC‑GACGCCCTC‑TGGATTTTCCGAGGGCGTA‑TTTGTTTCTATGTCCTTC‑TTGC‑CCCCGCCCGT‑A‑AAAA‑TATTTTCACTTTAAATTCAATTTGATAACTACATCCATTAGCCACAGCGCGATCC‑TGTGC‑GAAATTTTGTGATCTTCCTCca > 2:751097/1‑186 (MQ=255) gTCTCTGACAGAAATCGGCTAAC‑A‑CCGGTTTAATTGCCC‑GACGCCCTC‑TGGATTTTCCGAGGGCGTA‑TTTGTTTCTATGTCCTTC‑TTGC‑CCCCGCCCGT‑A‑AAAA‑TATTTTCACTTTAAATTCAATTTGATAACTACATCCATTAGCCACAGCGCGATCC‑TGTGC‑GAAATTTTGTGATCTTCCTCca < 1:751097/186‑1 (MQ=255) | AGGGAATGTAAATGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCATGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGCGGTTGCGGTCCTACTGCACAGTAAGTCTCTGACAGAAATCGGCTAAC‑A‑CCGGTTTAATTGCCC‑GACGCCCTC‑TGGATTTTCCGAGGGCGTA‑TTTGTTTCTATGTCCTTC‑TTGC‑CCCCGCCCGT‑A‑AAAA‑TATTTTCACTTTAAATTCAATTTGATAACTACATCCATTAGCCACAGCGCGATCC‑TGTGC‑GAAATTTTGTGATCTTCCTCCACATTACATAACATCATATGTTGTTATATTCATCATGCAT > NC_000913/3499437‑3499840 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |