| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,547,053 | T→G | G127G (GGT→GGG) | murP → | N‑acetylmuramic acid permease, EIIBC component, PTS system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,547,053 | 0 | T | G | 95.3% | 269.7 / ‑5.1 | 85 | G127G (GGT→GGG) | murP | N‑acetylmuramic acid permease, EIIBC component, PTS system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/4); new base G (39/42); total (39/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.21e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
CGTGAAGGGCGTCATTTTGACCAGCGACCAGGTGCAGGTCGTTTTTGGGCCTGGTAAAGCGCATCGTGCCGCAAAAGCG‑ATGAGCGAGCTGCTGGGAGAAGCACCGGTACA‑GGATGCCGCAGAAATCGCCGCCCAGAA‑CAAACGTCAGTTAAAAGCCAAACAAACCTCCGGCGTGCAACAATTTCTCGCCAAATTCGCCACCATCTTCACGCCGCTGATCCCCGGTTTTATTGCCGCCGGTCTGCTGCTGGGGATAGCGACGTTAATTGCCACGGTGATGCACGTTCCGGCAGATGCTCAGGGAACACTACCCGATGCGCTGAATTTTATGAAGGTGTTCAGCAAAGGTTTGTTCACTTTCCTGGTGATTCTGGTGGGCTATAACGCCGCCCAGGCATTTGGCGGCACGGGCGTAAATGGCGCAATTATCGCCGCGCTCTTTTTGCTC > NC_000913/2546828‑2547275 | cGTGAAGGGCGTCATTTTGACCAGCGACCAGGTGCAGGTCGTTTTTGGGCCTGGTAAAGCGCATCGTGCCGCAAAAGCG‑ATGAGCGAGCTGCTGGGAGAAGCACCGGTACA‑GGATGCCGCAGAAATCGCCGCCCAGAA‑CAAACGTCAGTTAAAAGCCAAACAAACCTCCGGCGTGCAACAATTTCTCGCCAAATTCGCCACCATCTTCACGCCGCTGATCCCCGGGTTTATTgccg > 1:430363/1‑236 (MQ=255)cGTGAAGGGCGTCATTTTGACCAGCGACCAGGTGCAGGTCGTTTTTGGGCCTGGTAAAGCGCATCGTGCCGCAAAAGCG‑ATGAGCGAGCTGCTGGGAGAAGCACCGGTACA‑GGATGCCGCAGAAATCGCCGCCCAGAA‑CAAACGTCAGTTAAAAGCCAAACAAACCTCCGGCGTGCAACAATTTCTCGCCAAATTCGCCACCATCTTCACGCCGCTGATCCCCGGGCTAATTgccg > 1:233589/1‑236 (MQ=255)cGTGAAGGGCGTCATTTTGACCAGCGACCAGGTGCAGGTCGTTTTTGGGCCTGGTAAAGCGCATCGTGCCGCAAAAGCG‑ATGAGCGAGCTGCTGGGAGAAGCACCGGTACA‑GGATGCCGCAGAAATCGCCGCCCAGAA‑CAAACGGCAGGTAAAAGCCAAACAAACCTCCGGCGTGCAAAAATTTCTCGCCCAATCAGCCACCACCTTACAGCCGCTGATCCCCGGGTTAATTgccg > 1:610969/1‑236 (MQ=255) gAAGGGCTTCATTTTGACCAGCGACCAGGGGCAGGTCGTTTTTGGGCCTGGTAAAGCGCATCGTGCCGCAAAAGCG‑ATGAGCGAGCTGCTGGGAGAAGCACCGGTACA‑GGATGCCGCAGAAATCGCCGCCCAGAA‑CAAACGTCAGTTAAAAGCCAAACAAACCTCCGGCGTGCAACAATTTCTCGTCAAATTCGCCACCATCTTCACGCCGCTGATCCCCGGGTTTATTgccgc < 1:321517/234‑1 (MQ=255) gAAGGGCGTCATTTTGACCAGCGACCAGGTGCAGGTCGTTTTTGGGCCTGGTAAAGCGCATCGTGCCGCAAAAGCG‑ATGAGCGAGCTGCTGGGAGAAGCACCGGTACA‑GGATGCCGCAGAAATCGCCGCCCAGAA‑CAAACGTCAGTTAAAAGCCAAACAAACCTCCGGCGTGCAACAATTTCTCGCCAAATTCGCCACCATCTTCACGCCGCTGATCCCCGGGTTTATTgccgc < 1:526666/234‑1 (MQ=255) ttttGGCCAGCGACCAGGTGCAGGTCGTTTTTGGGCCTGGTAAAGCGCATCGTGCCGCAAAAGCG‑ATGAGCGAGCTGCTGGGAGAAGCACCGGTACA‑GGATGCCGCAGAAATCGCCGCCCAGAA‑CAAACGTCAGTTAAAAGCCAAACAAACCTCCGGCGTGCAACAATTTCTCGCCAAATTCGCCACCATCTTCACGCCGCTGATCCCCGGGTTTATTGCCGCCGGTctgctgct < 1:767185/235‑1 (MQ=255) tttGGCCATGGACCAGGTGCAGGTCTTTATTGGTCCTGGTAAACCGCATCGTGCCGCAAAAGCG‑ATTAGCGAGCTGATGGGAGAAGCGCCGGTACA‑GGATGCCGCAGAAATCGCCGCCCAGAA‑CAAACGTCAGTTAAAAGCCAAACAAACCTCCGGCGTGCAACAATTTCTCGCCAAATTCGCCACCATCTTCACGCCGCTGATCCCCGGGTTTATTGCCGCCGGTctg < 2:228318/229‑1 (MQ=255) cGACCAGGTGCAGGTCGTTTTTGGGCCTGGTAAAGCGCATCGTGCCGCAAAAGCG‑ATGAGCGAGCTGCTGGGAGAAGCACCGGTACA‑GGATGCCGCAGAAATCGCCGCCCAGAA‑CAAACGTCAGTTAAAAGCCAAACAAACCTCCGGCGTGCAACAATTTCTCGCCAAATTCGCCACCATCTTCACGCCGCTGATCCCCGGGTTTATTGCCGCCGGTctgctgct < 1:611472/225‑1 (MQ=255) cGACCAGGTGCAGGTCGTTTTTGGGCCTGGTAAAGCGCATCGTGCCGCAAAAGCG‑ATGAGCGAGCTGCTGGGAGAAGCACCGGTACA‑GGATGCCGCAGAAATCGCCGCCCAGAA‑CAAACGTCAGTTAAAAGCCAAACAAACCTCCGGCGTGCAACAATTTCTCGCCAAATTCGCCACCATCTTCACGCCGCTGATCCCCGGGTTTATTGCCGCCGGTctgctgct > 2:611472/1‑225 (MQ=255) cAGGTGCAGGTCGTTTTTGGGCCTGGTAAAGCGCATCGTGCCGCAAAAGCG‑ATGAGCGAGCTGCTGGGAGAAGCACCGGTACA‑GGATGCCGCAGAAATCGCCGCCCAGAA‑CAAACGTCAGTTAAAAGCCAAACAAACCTCCGGCGTGCAACAATTTCTCGCCAAATTCGCCACCATCTTCACGCCGCTGATCCCCGGGTTTATTGCCGCCGGTCTGCTGCTGGGGATAGCg < 1:383745/231‑1 (MQ=255) ggTGCAGGTCGTTTTTGGGCCTGGTAAAGCGCATCGTGCCGCAAAAGCG‑ATGAGCGAGCTGCTGGGAGAAGCACCGGTACA‑GGATGCCGCAGAAATCGCCGCCCAGAA‑CAAACGTCAGTTAAAAGCCAAACAAACCTCCGGCGTGCAACAATTTCTCGCCAAATTCGCCACCATCTTCACGCCGCTGATCCCCGGGTTTATTGCCGCCGGTCTGCTGCTGGGGATAGCGACGTTa < 1:81165/235‑1 (MQ=255) cAGGTCGTTTTTGGGCCTGGTAAAGCGCATCGTGCCGCAAAAGCG‑ATGAGCGAGCTGCTGGGAGAAGCACCGGTACA‑GGATGCCGCAGAAATCGCCGCCCAGAA‑CAAACGTCAGTTAAAAGCCAAACAAACCTCCGGCGTGCAACAATTTCTCGCCAAATTCGCCACCATCTTCACGCCGCTGATCCCCGGGTTTATTGCCGCCGGTctg < 2:111970/210‑1 (MQ=255) cAGGTCGTTTTTGGGCCTGGTAAAGCGCATCGTGCCGCAAAAGCG‑ATGAGCGAGCTGCTGGGAGAAGCACCGGTACA‑GGATGCCGCAGAAATCGCCGCCCAGAA‑CAAACGTCAGTTAAAAGCCAAACAAACCTCCGGCGTGCAACAATTTCTCGCCAAATTCGCCACCATCTTCACGCCGCTGATCCCCGGGTTTATTGCCGCCGGTctg > 1:111970/1‑210 (MQ=255) tagcagTTTTGGGACCTGGTAAAGGCCAGTGTGACAGAAAGCCG‑ATGAGGCAGCTGGTGGGAGAAGCCCCGGTACA‑GGATGCCGCAGAAACCGCCGCCCAGAA‑CAAACGTAAGTTAAAAGCCAAACAAACCTCCGGCGTGCAACAATTTCTCGCCAAATTCGCCACCATCTTCACGCCGCTGATCCCCGGGTTTATTGCCGCCGGTCTGCTGCTGGGGATAGCGACGtt < 2:736220/224‑1 (MQ=255) ggTCGTTTTTGGGCCTGGTAAAGCGCATCGTGCCGCAAAAGCG‑ATGAGCGAGCTGCTGGGAGAAGCACCGGTACA‑GGATGCCGCAGAAATCGCCGCCCAGAA‑CAAACGTCAGTTAAAAGCCAAACAAACCTCCGGCGTGCAACAATTTCTCGCCAAATTCGCCACCATCTTCACGCCGCTGATCCCCGGGTTTATTGCCGCCGGTCTGCTGCTGGGGATAGCGACGTTAATTGCCa < 1:107878/236‑1 (MQ=255) tttttGGGCCTGGTAAAGCGCATCGTGCCGCAAAAGCG‑ATGAGCGAGCTGCTGGGAGAAGCACCGGTACA‑GGGTGCCGCAGAAATCGCCGCCCAGAA‑CAAACGTCAGTTAAAAGCCAAACAAACCTCCGGCGTGCAACAATTTCTCGCCAAATTCGCCACCATCTTCACGCCGCTGATCCCCGGGTTTATTGCCGCCGGTCTGCTGCTGGGGATAGCGACGTTAATTGCCACGGt > 1:425400/1‑235 (MQ=255) tgtttGGGCCTGGTAAAGCGCATCGTGCCGCAAAAGCG‑ATGAGCGAGCTGCTGGGAGAAGCACCGGTACA‑GGATGCCGCAGAAATCGCCGCCCAGAA‑CAACCGTCAGTTAAAAGCCAAACAAACCTCCGGCGTGCAACAATTTCTCGCCAAATTCGCCACCATCTTCACGCCGCTGATCCCCGGGTTTATTGCCGCCGGTCTGCTGCTGGGGATAGCGACGTTAATTGCCa < 2:261902/229‑1 (MQ=255) gCCTGGTAAAGCGCATCGTGCCGCAAAAGCG‑ATGAGCGAGCTGCTGGGAGAAGCACCGGTACA‑GGATGCCGCAGAAATCGCCGCCCAGAA‑CAAACGTCAGTTAAAAGCCAAACAAACCTCCGGCGTGCAACAATTTCTCGCCAAATTCGCCACCATCTTCACGCCGCTGATCCCCGGGTTTATTGCCGCCGGTctg > 2:553468/1‑196 (MQ=255) gCCTGGTAAAGCGCATCGTGCCGCAAAAGCG‑ATGAGCGAGCTGCTGGGAGAAGCACCGGTACA‑GGATGCCGCAGAAATCGCCGCCCAGAA‑CAAACGTCAGTTAAAAGCCAAACAAACCTCCGGCGTGCAACAATTTCTCGCCAAATTCGCCACCATCTTCACGCCGCTGATCCCCGGGTTTATTGCCGCCGGTctg < 1:553468/196‑1 (MQ=255) cgcATCGTGCCGCAAAAGCG‑ATGAGCGAGCTGCTGGGAGAAGCACCGGTACA‑GGATGCCGCAGAAATCGCCGCCCAGAA‑CAAACGTCAGTTAAAAGCCAAACAAACCTCCGGCGTGCAACAATTTCTCGCCAAATTCGCAACCATCTTCACGCCGCTGATCCCCGGGTTTATTGCCGCCGGTCTGCTGCTGGGGATAGCGACGTTAATTGCCACGGTGATGCCCGCTCCGGAAGa > 2:670359/1‑235 (MQ=255) tCGTGCCGCAAAAGCG‑ATGAGCGAGCTGCTGGGAGAAGCACCGGTACA‑GGATGCCGCAGAAATCGCCGCCCAGAA‑CAAACGTCAGTTAAAAGCCAAACAAACCTCCGGCGTGCAACAATTTCTCGCCAAATTCGCCACCATCTTCACGCCGCTGATCCCCGGGTTTATTGCCGCCGGTCTGCTGCTGGGGCTGGCGACGTTCATTGCCACGGTGATGCACGTTCCGGcccatgttc > 2:119568/1‑228 (MQ=255) tCGTGCCGCAAAAGCG‑ATGAGCGAGCTGCTGGGAGAAGCACCGGTACA‑GGATGCCGCAGAAATCGCCGCCCAGAA‑CAAACGTCAGTTAAAAGCCAAACAAACCTCCGGCGTGCAACAATTTCTCGCCAAATTCGCCACCATCTTCACGCCGCTGATCCCCGGGTTTATTGCCGCCGGTCTGCTGCTGGGGATAGCGACGTTAATTGCCACGGTGATGCa > 2:688349/1‑219 (MQ=255) 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gaaaaGCGAATGAGCAGGCCGGCGGAAGAATCACCGG‑ACAGGGATGCCGCAAAAATCGCCGCCCAGAA‑CAAACGTCAGTTAAAAGCCAAACAAACCTCCGGCGTGCAACAATTTCTCGCCAAATTCGCCGCCATCTTCACGCCGCTGATCCCCGGGTTTATTGCCGCCGGTCTGCTGCTGGGGATAGCGACGTTAATTGCCACGGTGATGCACGTTCCGGCAGATGCTCAGGGaa < 2:739397/234‑1 (MQ=255) gagcgagcTGCTGGGAGAAGCACCGGTACA‑GGATGCCGCAGAAATCGCCGCCCAGAA‑CAAACGTCAGTTAAAAGCCAAACAAACCTCCGGCGTGCAACAATTTCTCGCCAAATTCGCCACCATCTTCACGCCGCTGATCCCCGGGTTTATTGCCGCCGGTCTGCTGCTGGGGATAGCGACGTTAATTGCCACGGTGATGCACGTTCCGGCAGATGCTCAGGGAACACTACCCGATg > 1:224227/1‑236 (MQ=255) ctgctgGGAGAAGCACCGGTACA‑GGATGCCGCAGAAATCGCCGCCCAGAA‑CAAACGTCAGTTAAAAGCCAAACAAACCTCCGGCGTGCAACAATTTCTCGCCAAATTCGCCACCATCTTCACGCCGCTGATCCCCGGGTTTATTGCCGCCGGTCTGCTGCTGGGGATAGCGACGTTAATTGCCACGGTGATGCACGTTCCGGCAGATGCTCAGGGAACACTACCCGATGCGCTGaa < 1:119568/236‑1 (MQ=255) ctgGGAAAAGCCCCGGTACA‑GGATGCCGCAGAAATCGCCGCCAAGAA‑CAAACGTCAGTTAAAAGCCAAACAACCCCCCGGCGTGCAACAATTTCTCGCCAAATTCGCCACCATCTTCACGCCGCTGATCCCCGGGTTTATTGCCGCCGGTCTGCTGCTGGGGATAGCGACGTTAATTGCCACGGTGATGCACGTTCCGGCAGATGCTCAGGGAACACTACCCGATGCGCTGAAtt < 2:224227/235‑1 (MQ=255) tcagagaAGCACCGGTACA‑GGCTGCCGCAGAAATCGCCGCCCAGAA‑CAAACGTCAGTTAAAAGCCAAACAAACCTCCGGCGTGCAACAATTTCTCGCCAAATTCGCCCCCATCTTCACGCCGCTGATCCCCGGGTTTATTGCCGCCGGTCTGCTGCTGGGGATAGCGACGTTAATTGCCACGGTGATGCACGTTCCGGCAGATGCTCAGGGAACACTACCCGATGCGCTGaa < 2:555108/229‑1 (MQ=255) cACCGGTACA‑GGGTGCCGCAGAAATCGCCGCCCAGAA‑CAAACGTCAGTTAAAAGCCAAACAAACCTCCGGCGTGCAACAATTTCTCGCCAAATTCGCCACCATCTTCACGCCGCTGATCCCCGGGTTTATTGCCGCCGGTCTGCTGCTGGGGATAGCGACGTTAATTGCCACGGTGATGCACGTTCCGGCAGATGCTCAGGGAACACTACCCGATGCGCTGAATTTTATGACGgtg > 1:610574/1‑236 (MQ=255) 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CGTGAAGGGCGTCATTTTGACCAGCGACCAGGTGCAGGTCGTTTTTGGGCCTGGTAAAGCGCATCGTGCCGCAAAAGCG‑ATGAGCGAGCTGCTGGGAGAAGCACCGGTACA‑GGATGCCGCAGAAATCGCCGCCCAGAA‑CAAACGTCAGTTAAAAGCCAAACAAACCTCCGGCGTGCAACAATTTCTCGCCAAATTCGCCACCATCTTCACGCCGCTGATCCCCGGTTTTATTGCCGCCGGTCTGCTGCTGGGGATAGCGACGTTAATTGCCACGGTGATGCACGTTCCGGCAGATGCTCAGGGAACACTACCCGATGCGCTGAATTTTATGAAGGTGTTCAGCAAAGGTTTGTTCACTTTCCTGGTGATTCTGGTGGGCTATAACGCCGCCCAGGCATTTGGCGGCACGGGCGTAAATGGCGCAATTATCGCCGCGCTCTTTTTGCTC > NC_000913/2546828‑2547275 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |