| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,769,390 | A→C | R242R (CGA→CGC) | yfjQ → | CP4‑57 prophage; uncharacterized protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,769,390 | 0 | A | C | 94.1% | 146.6 / 1.3 | 52 | R242R (CGA→CGC) | yfjQ | CP4‑57 prophage; uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/1); new base C (20/28); total (22/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.71e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.87e-01 | |||||||||||
GAGGGATGCCATGCAGTCGTTGCTTTTACCGCCACCTGTGCAGCAGGCACTGGCAAAAGCAGCGCTTACGTATCGCTTTGGTGAGGACCACCAGCCGGTTACTGAATCGCAGATACTCTCCCCACGCCGCTGGCAGGATGAGAGCAATGACCTTTGGACCACCTATCAGCGGATTCAAGAAAACCTGATTAAGGGCGGACTCAGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAATCCCCCGGTTATAGCTTTTAACCCCCGTTACATCTGGCTTTTGCAGAAATAAAAAATAGTTTCTGCG > NC_000913/2769162‑2769624 | gcggtatgccatgccGTCGTTGCTGTTACCGCCACCTGTGCAGCAGGCACTGGCAAAAGCAGCGCTTACGTATCGCTTTGGTGAGGACCACCAGCCGGTTACTGAATCGCAGATACTCTCCCCACGCCGCTGGCAGGATGAGAGCAATGACCTTTGGACCACCTATCAGCGGATTCAAGAAAACCTGATTAAGGGCGGACTCAGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGCACt < 2:474107/227‑1 (MQ=255)gagGGATGCCATGCAGTCGTTGCTTTTACCGCCACCTGTGCAGCAGGCACTGGCAAAAGCAGCGCTTACGTATCGCTTTGGTGAGGACCACCAGCCGGTTACTGAATCGCAGATACTCTCCCCACGCCGCTGGCAGGATGAGAGCAATGACCTTTGGACCACCTATCAGCGGATTCAAGAAAACCTGATTAAGGGCGGACTCAGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGCACTCa < 1:264112/234‑1 (MQ=255) gTTGCTTTTACCGCCACCTGTGCAGCAGGCACTGGCAAAAGCAGCGCTTACGTATCGCTTTGGTGAGGACCACCAGCCGGTTACTGAATCGCAGATACTCTCCCCACGCCGCTGGCAGGATGAGAGCAATGACCTTTGGACCACCTATCAGCGGATTCAAGCAAACCTGCTTAAGGGCGGACTCAGTGGGCGTAATGCTAAAGCCGGACCCACTCAAACTCGTGCCGTGCCTGGCa > 1:89396/1‑236 (MQ=255) ttttACCGACTCCGGGGCAGCAGGCACTGGCAAAAGCAGCGCTTACGTATCGCTTGGGTGAGGGCCACCAGCCGGTTACTGAATCGCAGATACTCTCCCCACGCCGCTGGCAGGATGAGAGCAATGACCTTTGGACCACCTATCAGCGGATTCAAGAAAACCTGATTAAGGGCGGACTCAGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGCACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGa < 2:275265/235‑1 (MQ=255) tACCGACAGCTGTGCAGCAGGCACTGGAAGAAGCAGCGCTTAGGTATCGCTTTGGTGAGGACCACCAGCCGGTTACTGAATCGCAGATACTCTCCCCACGCCGCTGGCAGGATGAGAGCAATGACCTTTGGACCACCTATCAGCGGATTCAAGAAAACCTGATTAAGGGCGGACTCAGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGCACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACgg < 2:647045/235‑1 (MQ=255) 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cACCTGTGCAGCAGCCCCTGGCAAAAGCAGCGCTTCCGTATCGCTTGAGTGAGGACCCCCAGCCGGTTACTGAATCGCAGATACTCCCCCCACGCCGCTGGCAGGATGAGAGCAATGACCTTTGGACCACCTATCAGCGGATTCAAGAAAACCTGATTAAGGGCGGACTCAGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGCACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGAtgtg < 2:274517/236‑1 (MQ=21) gtgCAGCAGGCACTGGCAAAAGCAGCGCTTACGTATCGCTTTGGTGAGGACCACCAGCCGGTTACTGAATCGCAGATACTCTCCCCACGCCGCTGGCAGGATGAGAGCAATGACCTTTGGACCACCTATCAGCGGATTCAAGAAAACCTGATTAAGGGCGGACTCAGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGCACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCt < 1:61703/236‑1 (MQ=255) ggCACTGGCAAAAGCCGCGCTTACGTATCGCTTTGGTGAGGACCACCAGCCGGTTACTGAATCGCAGATACTCTCCCCACGCCGCTGGCAGGATGAGAGCAATGACCTTTGGACCACCTATCAGCGGATTCAAGAAACCCTGATTAAGGGCGGACTCAGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGCACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTg < 1:495474/236‑1 (MQ=255) 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ttagtaaaTCTCAGATACTCTCCCCACGACGCTGGCAGGATGAGAGCAATGACCTTTGGACCACCTATCAGCGGATTCAAGAAAACCTGATTAAGGGCGGACTCAGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGCACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTAACGCAACTGCAGTAGACGtt < 2:706539/226‑1 (MQ=255) ttACTGAATCGCAGATACTCTCCCCACGCCGCTGGCAGGATGAGAGCAATGACCTTTGGACCACCTATCAGCGGATTCAAGAAAACCTGATTAAGGGCGGACTCAGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGCACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCAt > 1:394291/1‑236 (MQ=255) tcgaggATTCTATCCCCACGCCGCTGGCAGGATGAGGGCAATGACCTTTGGACCACCTATCAGCGGATTCAAGAAAACCTGATTAAGGGCGGACTCAGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGCACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCAc < 2:71482/231‑1 (MQ=255) 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2:34280/222‑1 (MQ=255) ccgcTGGCAGGATGAGAGCAATGACCTTTGGACCACCTATCAGCGGATTCAAGAAAACCTGATTAAGGGCGGACTCAGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGCACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGaca > 2:277087/1‑233 (MQ=255) gcTGGCAGGATGAGAGCAATGACCTTTGGACCACCTATCAGCGGATTCAAGAAAACCTGATTAAGGGCGGACTCAGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGCACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGaca > 2:403536/1‑231 (MQ=255) tGGCAGGATGAGAGCAATGACCTTTGGACCACCTATCAGCGGATTCAAGAAAACCTGATTAAGGGCGGACTCAGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGCACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGaca > 1:134638/1‑229 (MQ=255) cAGGATGAGAGCAATGACCTTTGGACCACCTATCAGCGGATTCAAGAAAACCTGATTAAGGGCGGACTCAGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGCACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTcc < 2:394291/236‑1 (MQ=255) gagCAATGACCTTTGGACCACCTATCAGCGGATTCAAGAAAACCTGATTAAGGGCGGACTCAGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGCACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCt < 1:403536/236‑1 (MQ=255) tGGACCACCTATCAGCGGATTCAAGAAAACCTGATTAAGGGCGGACTCAGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGCACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCa < 1:528807/144‑1 (MQ=255) tGGACCACCTATCAGCGGATTCAAGAAAACCTGATTAAGGGCGGACTCAGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGCACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCa > 2:528807/1‑144 (MQ=255) cAGCGGATTCAAGAAAACCTGATTAAGGGCGGACTCAGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGCACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACATTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTGGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAAGccccc > 1:315930/1‑236 (MQ=255) gATTCAAGAAAACCTGATTAAGGGCGGACTCAGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGCACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCgtg < 2:492286/217‑1 (MQ=255) gATTCAAGAAAACCTGATTAAGGGCGGACTCAGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGCACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCgtg > 1:492286/1‑217 (MQ=255) aTTCAAGAAAACCTGATTAAGGGCGGACTCAGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGCACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCg < 2:566183/183‑1 (MQ=255) aTTCAAGAAAACCTGATTAAGGGCGGACTCAGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGCACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCg > 1:566183/1‑183 (MQ=255) aTTCAAGAAAACCTGATTAAGGGCGGACTCAGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGCACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAATcccc < 2:585194/229‑1 (MQ=255) aTTCAAGAAAACCTGATTAAGGGCGGACTCAGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGCACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAATcccc > 1:585194/1‑229 (MQ=255) ttCAAGAAAACCTGATTAAGGGCGGACTCAGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGCACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAATCCCCCGGTtat < 2:134638/235‑1 (MQ=255) ccggATTAAGGGCGGACTCAGTGGGCGTAATGCCAAAGGCTGACGCACTCATTCTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAATCCCCCGGTTATAGCTTTTAAcc < 2:89396/233‑1 (MQ=255) gACTCAGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGCACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAATccc < 2:296964/203‑1 (MQ=255) gACTCAGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGCACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAATccc > 1:296964/1‑203 (MQ=255) gACTCAGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGCACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAATCCCCCGGTTATAGCTTTTAACCCCCGtt > 1:664420/1‑228 (MQ=255) 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gTAATGCTAAAGGCGGACGGACTCATACTCGTTCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTTCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAATCCCCCGGTTATAGCTTTTAACCCCCGTTACATCTGGCTTTTGCAGaa < 1:500221/235‑1 (MQ=255) ggACGCACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTAtgtg > 2:597816/1‑159 (MQ=255) ggACGCACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTAtgtg < 1:597816/159‑1 (MQ=255) aaCTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAATCCCCCGGTTATAGCTTTTAACCCCCGTTACATCTGGCTTTTGCAGAAATAAAAAATAGTTTCTGCg < 1:753626/235‑1 (MQ=255) | GAGGGATGCCATGCAGTCGTTGCTTTTACCGCCACCTGTGCAGCAGGCACTGGCAAAAGCAGCGCTTACGTATCGCTTTGGTGAGGACCACCAGCCGGTTACTGAATCGCAGATACTCTCCCCACGCCGCTGGCAGGATGAGAGCAATGACCTTTGGACCACCTATCAGCGGATTCAAGAAAACCTGATTAAGGGCGGACTCAGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAATCCCCCGGTTATAGCTTTTAACCCCCGTTACATCTGGCTTTTGCAGAAATAAAAAATAGTTTCTGCG > NC_000913/2769162‑2769624 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |