Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 2,899,375 | A→C | I15S (ATT→AGT) | ygcU ← | putative FAD‑linked oxidoreductase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,899,375 | 0 | A | C | 97.5% | 137.4 / NA | 40 | I15S (ATT→AGT) | ygcU | putative FAD‑linked oxidoreductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base C (17/22); minor base T (0/1); total (17/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
GCCCACCTTCGGTGGCGGAAGCACCGGTACGCGGCACACCGTTAATTTTGTGCGCATTCATAAAATTCAGCACACGGGATACTTGCTCTGTGGAACCGAGTTTTACGACCGCTGCCGGAATCGGCAAAGTATAAATGCCATGAATATCCGGAAATTTACGAAAACGGTCAATACTGTTTTTCTTTAATACTGTTTCATCGGTAATTACGCGATCTGCACCAACAATTTCCTTTAGCTGGTCGACAATCGCTGCGCGAGATAAAGACATAGTAATTCCTTCCTGATAATAAAAATGGAATAATCATTAATAAGAGAAAACAGAAACCACCGTTATGGGTTAGCGCACTAAATAACCGCCATCAACCACTAATAAATGCCCGTTGACATAATTCGATGCCGGACTTGCGAGGAATACGGCTGCGCCCATTAAATCCTGAGTATCGCCCCAACGGTTTGC > NC_000913/2899151‑2899607 | gCCCACCTTCGGTGGCGGAAGCACCGGTACGCGGCACACCGTTAATTTTGTGCGCATTCATAAAATTCAGCACACGGGATACTTGCTCTGTGGAACCGAGTTTTACGACCGCTGCCGGAATCGGCAAAGTATAAATGCCATGAATATCCGGAAATTTACGAAAACGGTCAATACTGTTTTTCTTTAATACTGTTTCATCGGTAATTACGCGATCTGCACCAACACTTTCCTTTAGc < 2:679932/236‑1 (MQ=255) aCCTTCGGTGGCGGAAGCACCGGTACGCGGCACACCGTTAATTTTGTGCGCATTCATAAAATTCAGCACACGGGATACTTGCTCTGTGGAACCGAGTTTTACGACCGCTGCCGGAATCGGCAAAGTATAAATGCCATGAATATCCGGAAATTTACGAAAACGGTCAATACTGTTTTTCTTTAATACTGTTTCATCGGTAATTACGCGATCTGCACCAACACTTTCCTTTAGCTgg > 1:652383/1‑235 (MQ=255) aGCACCGGTACGCGGCACACCGTTAATTTGGTGCGCATTCATAAAATTCAGCACACGGGATACTTGCTCTGTGGAACCGAGTTTTACGACCGCTGCCGGAATCGGCAAAGTATAAATGCCATGAATATCCGGAAATTTACGAAAACGGTCAATACTGTTTTTCTTTAATACTGTTTCATCGGTAATTACGCGATCTGCACCAACACTTTCCTTTAGCTGGTCGACAATCGCTgcg < 1:368572/235‑1 (MQ=255) gCAGCGGTACGCGGCACACCGTTAATTGTGTGCGCATTCATAAAATTCAGCACACGGGATACTTGCTCTGTGGAACCGAGTTTTACGACCGCTGCCGGAATCGGCAAAGTATAAATGCCATGAATATCCGGAAATTTACGAAAACGGTCAATACTGTTTTTCTTTAATACTGTTTCATCGGTAATTACGCGATCTGCACCAACACTTTCCTTTAGCTGGTCGACAATCGCTgcgc < 2:119728/235‑1 (MQ=255) gCACCGGTACGCGGCACACCGTTAATTTTGTGCGCATTCATAAAATTCAGCACACGGGATACTTGCTCTGTGGAACCGAGTTTTACGACCGCTGCCGGAATCGGCAAAGTATAAATGCCATGAATATCCGGAAATTTACGAAAACGGTCAATACTGTTTTTCTTTAATACTGTTTCATCGGTAATTACGCGATCTGCACCAACACTTTCCTTTAGCTGGTCGACAATCGCTgcgc < 1:367624/235‑1 (MQ=255) cgcgGCACACCGTTAATTTTGTGCGCATTCATAAAATTCAGCACACGGGATACTTGCTCTGTGGAACCGAGTTTTACGACCGCTGCCGGAATCGGCAAAGTATAAATGCCATGAATATCCGGAAATTTACGAAAACGGTCAATACTGTTTTTCTTTAATACTGTTTCATCGGTAATTACGCGATCTGCACCAACACTTTCCTTTAGCTGGTCGACAATCGCTGCGCGAGATAAAGa < 2:395601/236‑1 (MQ=255) gcggcaacgcGTGAATTTGGGGCGCATTCATAAATTTCAGCACACGGGATACTTGCTCTGGGGAACCGAGTTTTACGACCGCTGCCGGAATCGGCAAAGTATAAATGCCATGAATATCCGGAAATTTACGAAAACGGTCAATACTGTTTTTCTTTAATACTGTTTCATCGGTAATTACGCGATCTGCACCAACACTTTCCTTTAGCTGGTCGACAATCGCTGCGCGAGATAAAGa < 2:204495/226‑1 (MQ=255) aTTTTGTGCGCATTCATAAAATTCAGCACACGGGATACTTGCTCTGTGGAACCGAGTTTTACGACCGCTGCCGGAATCGGCAAAGTATAAATGCCATGAATATCCGGAAATTTACGAAAACGGTCAATACTGTTTTTCTTTAATACTGTTTCATCGGTAATTACGCGATCTGCACCAACACTTTCCTTTAGCTGGTCGACAATCGCTgcg < 1:253536/210‑1 (MQ=255) aTTTTGTGCGCATTCATAAAATTCAGCACACGGGATACTTGCTCTGTGGAACCGAGTTTTACGACCGCTGCCGGAATCGGCAAAGTATAAATGCCATGAATATCCGGAAATTTACGAAAACGGTCAATACTGTTTTTCTTTAATACTGTTTCATCGGTAATTACGCGATCTGCACCAACACTTTCCTTTAGCTGGTCGACAATCGCTgcg > 2:253536/1‑210 (MQ=255) 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ataAATGCCATGAATATCCGGAAATTTACGAAAACGGTCAATACTGTTTTTCTTTAATACTGTTTCATCGGTAATTACGCGATCTGCACCAACACTTTCCTTTAGCTGGTCGACAATCGCTGCGCGAGATAAAGACATAGTAATTCCTTCCTGATAATAAAAATGGCATAATCATTAATAAGAGAAAACAGAAACCACCGTTATGGGTTAGCGCACTAACTAACCGCCATCAACCa > 1:358620/1‑236 (MQ=255) tgatggCCATAAATATCCGGAAATGTACGAAAACGGTCAATACTGTTTTTCTTTAATACTGTTTCATCGATAATTCCGCGATCTGCACCAACACTTCCCTTTAGCTGGTCGACAATCGCTGCGAGAGATAAAGACATAGTAATTCCTTCCTGATAATAAAAATGGAAAAATCATTAATAAGAGAAAACAGAAACCACCGTTATGGGTTAGCGCACTAAATAACCGCCATCAACCAc < 2:582294/231‑1 (MQ=255) agtgcatgtaaTAGCCGGAAATTTACGAAATCGGTCAATCCTGTTTTTCTTTAATACTGTTACATCGTTAATTACGCGATCTGCACCAACACTTTCCTTTAGCTGGTCGACAATCGCTGCGCGAGATAAAGACATAGTAATTCCTTCCTGATAATAAAAATGGAATAATCATTAATAAGAGAAAACAGAAACCACCGTTATGGTTTAGCGCACTAAATAACCGCCATCAAc < 2:441937/222‑1 (MQ=255) aTGAATATCCGGAAATTTACGAAAACGGTCAATACTGTTTTTCTTTAATACTGTTTCATCGGTAATTACGCGATCTGCACCAACACTTTCCTTTAGCTGGTCGACAATCGCTGCGCGAGATAAAGACATAGTAATTCCTTCCTGATAATAAAAATGGACTAATCATTAATAAGAGAAAACAGAAACAACCGTTATGGGTTAGCGAACTAAATAACCGCAATCAACCACTAATaaa > 2:467789/1‑235 (MQ=255) aTGAATATCCGGAAATTTACGAAAACGGTCAATACTGTTTTTCTTTAATACTGTTTCATCGGTAATTACGCGATCTGCACCAACACTTTCCTTTAGCTGGTCGACAATCGCTGCGCGAGATAAAGACATAGTAATTCCTTCCTGATAATAAAAATGGAATAATCATTAATAAGAGAAAACAGAAACCACCGTTATGGGTTAGCGCACTAAATAACCGCCATCa < 1:44650/223‑1 (MQ=255) aTGAATATCCGGAAATTTACGAAAACGGTCAATACTGTTTTTCTTTAATACTGTTTCATCGGTAATTACGCGATCTGCACCAACACTTTCCTTTAGCTGGTCGACAATCGCTGCGCGAGATAAAGACATAGTAATTCCTTCCTGATAATAAAAATGGAATAATCATTAATAAGAGAAAACAGAAACCACCGTTATGGGTTAGCGCACTAAATAACCGCCATCa > 2:44650/1‑223 (MQ=255) aTGAATATCCGGAAATTTACGAAAACGGTCAATACTGTTTTTCTTTAATACTGTTTCATCGGTAATTACGCGATCTGCACCAACACTTTCCTTTAGCTGGTCGACAATCGCTGCGCGAGATAAAGACATAGTAATTCCTTCCTGATAATAAAAATGGAATAATCATTAATAAGAGAAAACAGAAACCACCGTTATGGGTTAGCGCACTAAATAACCGCCATCAACCACTAATaaa > 1:340789/1‑235 (MQ=255) ccGGAAATTTACGAAAACGGTCAATACTGTTTTTCTTTAATACTGTTTCATCGGTAATTACGCGATCTGCACCAACACTTTCCTTTAGCTGGTCGACAATCGCTGCGCGAGATAAAGACATAGTAAt < 1:114689/127‑1 (MQ=255) ccGGAAATTTACGAAAACGGTCAATACTGTTTTTCTTTAATACTGTTTCATCGGTAATTACGCGATCTGCACCAACACTTTCCTTTAGCTGGTCGACAATCGCTGCGCGAGATAAAGACATAGTAAt > 2:114689/1‑127 (MQ=255) tCTTTAAGTCTGTTTCATCGGTAATTACGCGATCTGAACCAACACTTTCCTTTAGCTGGTCGACAATCGCTGCGCGAGATAAAGACATAGTAATTCCTTCCTGATAATAAAAATGGAATAATCATTAATAAGAGAAAACAGAAACCACCGTTATGGGTTAGCGCACTAAATAACCGCCATCAACCACTAATAAATGCCCGTTGACATAATTCGATGCCGGACTTGCGAGGaa < 2:340789/232‑1 (MQ=255) cTTTAATACTGTTTCATCGGTAATTACGCGATCTGCACCAACACTTTCCTTTAGCTGGTCGACAATCGCTGCGCGAGATAAAGACATAGTAATTCCTTCCTGATAATAAAAATGGAATAATCATTAATAAGAGAAAACAGAAACCACCGTTATGGGTTAGCGCACTAAATAACCGCCATCAACCACTAATAAATGCCCGTTGACATAATTCGATGCCGGACTTGCGAGGact > 1:183276/1‑230 (MQ=255) cTTTAATACTGTTTCATCGGTAATTACGCGATCTGCACCAACACTTTCCTTTAGCTGGTCGACAATCGCTGCGCGAGATAAAGACATAGTAATTCCTTCCTGATAATAAAAATGGAATAATCATTAATAAGAGAAAACAGAAACCACCGTTATGGGTTAGCGCACTAAATAACCGCCATCAACCACTAATAAATGCCCGTTGACATAATTCGATGCCGGACTTCCAAGGAAt > 1:727539/1‑232 (MQ=255) tACTGTTTCATCGGTAATTACGCGATCTGCACCAACACTTTCCTTTAGCTGGTCGACAATCGCTGCGCGAGATAAAGACATAGTAATTCCTTCCTGATAATAAAAATGGAATAATCATTAATAAGAGAAAACAGAAACCACCGTTATGGGTTAGCGCACTAAATAACCGCCATCAACCACTAATAAATGCCCGTTGACATAATTCGATGCCGGACTTGCGAGGAATACGGCTgcgc < 1:514373/236‑1 (MQ=255) tttCATCGGTAATTACGCGATCTGCACCAACACTTTCCTTTAGCTGGTCGACAATCGCTGCGCGAGATAAAGACATAGTAATTCCTTCCTGATAATAAAAATGGAATAATCATTAATAAGAGAAAACAGAAACCACCGTTATGGGTTAGCGCACTAAATAACCGCCATCAACCACTAATAAATGCCCGTTGACATAATTCGATGCCGGACTTGCg < 1:395515/215‑1 (MQ=255) tttCATCGGTAATTACGCGATCTGCACCAACACTTTCCTTTAGCTGGTCGACAATCGCTGCGCGAGATAAAGACATAGTAATTCCTTCCTGATAATAAAAATGGAATAATCATTAATAAGAGAAAACAGAAACCACCGTTATGGGTTAGCGCACTAAATAACCGCCATCAACCACTAATAAATGCCCGTTGACATAATTCGATGCCGGACTTGCg > 2:395515/1‑215 (MQ=255) tccgcgATCTGCACAAACTTTTTCCTTAAGCTGGTCGACAATCGCTGCGCGAGAAAAAGACATAGTAATTCCTTCCTGATAAAAAAAATGGAATAATCATTAATAAGAGAAAACAGAAACCACCGTTATGGGTTAGCGCACTAAATAACCGCCATCAACCACTAATAAATGCCCGTTGACATAATTCGATGCCGGACTTGCGAGGAATACGGCTGCGCCCATTAAATCCTGAGTAt < 2:183276/234‑1 (MQ=255) acacTTTCCTTTAGCTGGTCAAAAGTCGATGCGAGAGATAAAGACATAGTAATTCCTTCCTGATAATAAAAATGGAATAATCATTAATAAGAGAAAACAGAAACCACCGTTATGGGTTAGCGCACTAAATAACCGCCATCAACCACTAATAAATGCCCGTTGACATAATTCGATGCCGGACTTGCGAGGAATACGGCTGCGCCCATTAAATCCTGAGTATCGCCCCAACGGTTTGc < 2:727539/236‑1 (MQ=255) | GCCCACCTTCGGTGGCGGAAGCACCGGTACGCGGCACACCGTTAATTTTGTGCGCATTCATAAAATTCAGCACACGGGATACTTGCTCTGTGGAACCGAGTTTTACGACCGCTGCCGGAATCGGCAAAGTATAAATGCCATGAATATCCGGAAATTTACGAAAACGGTCAATACTGTTTTTCTTTAATACTGTTTCATCGGTAATTACGCGATCTGCACCAACAATTTCCTTTAGCTGGTCGACAATCGCTGCGCGAGATAAAGACATAGTAATTCCTTCCTGATAATAAAAATGGAATAATCATTAATAAGAGAAAACAGAAACCACCGTTATGGGTTAGCGCACTAAATAACCGCCATCAACCACTAATAAATGCCCGTTGACATAATTCGATGCCGGACTTGCGAGGAATACGGCTGCGCCCATTAAATCCTGAGTATCGCCCCAACGGTTTGC > NC_000913/2899151‑2899607 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |