| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,600,185 | T→G | Y200S (TAT→TCT) | rpoH ← | RNA polymerase, sigma 32 (sigma H) factor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,600,185 | 0 | T | G | 97.9% | 322.3 / ‑0.6 | 96 | Y200S (TAT→TCT) | rpoH | RNA polymerase, sigma 32 (sigma H) factor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base G (46/48); total (47/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.75e-01 | |||||||||||
TCGCGTTCTTTTCCAGCTGGCGTACACGCTCAGCGGAAACGCCGTAACGGTCAGCCAGTTCCTGCAACGTGGACTTGTTGTCTTCGTCCAGCCAGCGCGCACGGATGATGTCCTGGCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGATAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGACAGGTCAAAGGTCATGTCCTGTGCCGCCATACGTGATTCCATCTCACGTACGTCTTTGCTGGTTACGCCCAGTTCACGGGCCACCATTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTACGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGACGA > NC_000913/3599961‑3600416 | tCGCGTTCTTTTCCAGCTGGCGTACACGCTCAGCGGAAACGCCGTAACGGTCAGCCAGTTCCTGCAACGTGGACTTGTTGTCTTCGTCCAGCCAGCGCGCACGGATGCTGTCCTGGCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCTGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGa > 2:349632/1‑236 (MQ=255) ccAGCTGGCGTACACGCTCAGCGGAAACGCCGTAACGGTCAGCCAGTTCCTGCAACGTGGACTTGTTGTCTTCGTCCAGCCAGCGCGCACGGATGATGTCCTGGCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCggctgg < 1:660571/236‑1 (MQ=255) ccAGCTGGCGTACACGCTCAGCGGAAACGCCGTAACGGTCAGCCAGTTCCTGCAACGTGGACTTGTTGTCTTCGTCCAGCCAGCGCGCACGGATGATGTCCTGGCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCggctgg < 1:50696/236‑1 (MQ=255) cGCTCAGCGGAAACGCCGTAACGGTCAGCCAGTTCCTGCAACGTGGACTTGTTGTCTTCGTCCAGCCAGCGCGCACGGATGATGTCCTGGCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCTGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAAtcgt < 1:149439/235‑1 (MQ=255) cGCTCAGCGGAAACGCCGTAACGGTCAGCCAGTTCCTGCAACGTGGACTTGTTGTCTTCGTCCAGCCAGCGCGCACGGATGATGTCCTGGCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAAtcgt < 1:476365/235‑1 (MQ=255) tCAGCTGAAACGCCGTAACGGTCAGCCAGTTCCTGCAACGTGGACTTGTTGTCTTCGTCCAGCCAGCGCGCACGGATGATGTCCTGGCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGCGCGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAAtcgtcctc > 2:353633/1‑236 (MQ=255) tCAGCGGAAACGCCGTAACGGTCAGCCAGTTCCTGCAACGTGGACTTGTTGTCTTCGTCCAGCCAGCGCGCACGGATGATGTCCTGGCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAAtcgtcgtc > 2:38739/1‑236 (MQ=255) cGGAAACGCCGTAACGGTCAGCCAGTTCCTGCAACGTGGACTTGTTGTCTTCGTCCAGCCAGCGCGCACGGATGATGTCCTGGCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGaa > 2:140564/1‑236 (MQ=255) aaCGCCGTAACGGTCAGCCAGTTCCTGCAACGTGGACTTGTTGTCTTCGTCCAGCCAGCGCGCACGGATGATGTCCTGGCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGa < 1:629863/234‑1 (MQ=255) gTAACGGTCAGCCAGTTCCTGCAACGTGGACTTGTTGTCTTCGTCCAGCCAGCGCGCACGGATGATGTCCTGGCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGACAGGTCaa < 1:731818/236‑1 (MQ=255) gTAACGGTCAGCCAGTTCCTGCAACGTGGACTTGTTGTCTTCGTCCAGCCAGCGCGCACGGATGATGTCCTGGCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGACAGGTCaa < 2:734183/236‑1 (MQ=255) aGCCAGTTCCTGCAACGTGGACTTGTTGTCTTCGTCCAGCCAGCGCGCACGGATGATGTCCTGGCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAAtcgt > 2:666154/1‑209 (MQ=255) aGCCAGTTCCTGCAACGTGGACTTGTTGTCTTCGTCCAGCCAGCGCGCACGGATGATGTCCTGGCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAAtcgt < 1:666154/209‑1 (MQ=255) ttCCTGCAACGTGGACTTGTTGTCTTCGTCCAGCCAGCGCGCACGGATGATGTCCTGGCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCgg < 2:732901/186‑1 (MQ=255) ttCCTGCAACGTGGACTTGTTGTCTTCGTCCAGCCAGCGCGCACGGATGATGTCCTGGCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCgg > 1:732901/1‑186 (MQ=255) ttCCTGCAACGTGGACTTGTTGTCTTCGTCCAGCCAGCGCGCACGGATGATGTCCTGGCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGACAGGTCAAAGGTCATGTCCtgt > 1:682836/1‑235 (MQ=255) ttCCTGCAACGTGGACTTGTTGTCTTCGTCCAGCCAGCGCGCACGGATGATGTCCTGGCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGACAGGTCAAAGGTCATGTCCtgt > 1:183730/1‑235 (MQ=255) ttCCTGCAACGTGGACTTGTTGTCTTCGTCCAGCCAGCGCGCACGGATGATGTCCTGGCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGACAGGTCAAAGGTCATGTCCtgt > 1:79867/1‑235 (MQ=255) tcccTGTAACGTGGACTTGTTGTCTTCGTCCAGCCAGCGCCGCCGGATGATTTCCTGGCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGACAGGTCAAAGGTCATGTCCtgt < 2:254700/233‑1 (MQ=255) tGCAACGTGGACTTGTTGTCTTCGTCCAGCCAGCGCGCACGGATGATGTCCTGGCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGACAGGTCAAAGGTCATGTCCtgtg < 1:38739/232‑1 (MQ=255) cAACGTGGACTTGTTGTCTTCGTCCAGCCAGCGCGCACGGATGATGTCCTGGCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGATAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGACAGGTCCAAGGGCATGGCCTGTGCCGCCa > 2:235313/1‑236 (MQ=255) gTGGACTTGTTGTCTTCGTCCAGCCAGCGCGCACGGATGATGTCCTGGCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGACAGGTCAAAGGTCATGTCCTGTGCCGCCATACg < 1:146641/236‑1 (MQ=255) gTGGACTTGTTGTCTTCGTCCAGCCAGCGCGCACGGATGATGTCCTGGCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGGCTTCGGTAGACAGGTCCAAGGGCATGTCCGTTGCCGCCCTAcc > 2:522114/1‑235 (MQ=255) ttgtCTTCGTCCAGCCAGCGCGCACGGATGATGTCCTGGCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGa < 2:452192/194‑1 (MQ=255) ttgtCTTCGTCCAGCCAGCGCGCACGGATGATGTCCTGGCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGa > 1:452192/1‑194 (MQ=255) ttgtCTTCGTCCAGCCAGCGCGCACGGATGATGTCCTGGCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGACAGGTCAAAGGTCATGTCCTGTGCCGCCATACGTGATTCCa < 2:257818/235‑1 (MQ=255) 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cTTCGTCCAGCCAGCGCGCACGGATGATGTCCTGGCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGACAGGTCAAAGGTCATGTCCTGTGCCGCCATACg > 2:321360/1‑223 (MQ=255) ttCGTCCAGCCAGCGCGCACGGATGATGTCCTGGCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGACAGGTCAAAGGTCATGTCCTGTGCCGCCATACGTGATTCCATCTCa > 2:209937/1‑235 (MQ=255) tCGTCCAGCCAGCGCGCACGGATGATGTCCTGGCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGACAGGTCAAAGGTCATGTCCTGTGCCGCCATACGTGATTCCATCTCacg < 1:704143/236‑1 (MQ=255) tCGTCCAGCCAGCGCGCACGGATGATGTCCTGGCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGACAGGTCAAAGGTCATGTCCTGTGCCGCCATACGTGATTCCATCTCacg < 1:705061/236‑1 (MQ=255) cGTCCAGCCAGCTCGCACTGATGATGTCCTGGCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAATTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGACAGGTCAAAGGTCATGTCCTGTGCCGCCATACGTGATTCCATCTCacg < 1:716628/235‑1 (MQ=255) cGTCCAGCCAGCGCGCACGGATGATGTCCTGGCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGACGACAGGTCAAAGGCCATGTCCTGTGCCGCCATACGTGATTCCATCTCacgt > 1:597814/1‑236 (MQ=255) 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NC_000913/3599961‑3600416 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |