| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,662,163 | A→C | N584H (AAC→CAC) | mdtF → | anaerobic multidrug efflux transporter, ArcA‑regulated |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,662,163 | 0 | A | C | 98.4% | 204.8 / ‑4.1 | 64 | N584H (AAC→CAC) | mdtF | anaerobic multidrug efflux transporter, ArcA‑regulated |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base C (30/33); total (30/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.20e-01 | |||||||||||
GCCCTGTT‑CGCACGCTTCAACACGCTGTTTGAAAAATCAACTCAACACTATACCGATAGCACCCGCTCGCTGTTGCGTTGTACCGGTCGCTACATGGTGGTCTACCTGCTGATTTGCGCCGGGATGGCGGTGCTGTTCCTGCGCACGCCGACCTCTTTCTTACCAGAAGAGGATCAGGGGGTATTTATGACCACCGCGCAGTTACCTTCCGGTGCCACCATGGTTAACACCACGAAAGTGCTGCAACAGGTGACGGATTATTATCTGACTAAAGAGAAAGATAATGTCCAGTCGGTGTTTACCGTTGGCGGCTTTGGCTTCAGCGGTCAGGGGCAAAACAACGGCCTGGCGTTTATCAGTCTCAAGCCGTGGTCTGAACGTGTCGGTGAGGAAAACTCGGTTACCGCGATCATTCAGCGGGCAATGATTGCGTTAAGCAGTATCAATAAAGC > NC_000913/3661938‑3662389 | ccacTGTTCCGCACGGTTCAACCAGTAGATGGAAAACTCAACGCAACGCTGTACAGATCGCACCCGCTCGTTGTTGGGTTGTACCGGTCGCTACATGGTGGTCTACCTGCTGATTTGCGCCGGGATGGCGGTGCTGTTCCTGCGCACGCCGACCTCTTTCTTACCAGAAGAGGATCAGGGGGTATTTATGACCACCGCGCAGTTACCTTCCGGTGCCACCATGGTTCACACCACGa < 2:436343/233‑1 (MQ=255) gttt‑CGCACGTTTACACCCGCTTATTGAAAATTCAACCCAACGCTAGCCCGATTGCACCCGCTCGTTGTTGCCTTGTACCGGTCGCTACATGGTTGTCTACCTGCTGATTTGCGCCGGGATGGCGGTGCTGTTCCTGCGCACGCCGACCTCTTTCTTACCAGAAGAGGATCAGGGGGTATTTATGACCACCGCGCAGTTACCTTCCGGTGCCACCATGGTTCACACCACGAAAGtg < 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aTCAACTCAACACTATACCGATAGCACCCGCTCGCTGTTGCGTTGTACCGGTCGCTACATGGTGGTCTACCTGCTGATTTGCGCCGGGATGGCGGTGCTGTTCCTGCGCACGCCGACCTCTTTCTTACCAGAAGAGGATCAGGGGGTATTTATGACCACCGCGCAGTTACCTTCCGGTGCCACCATGGTTCACACCACGAAAg < 2:111200/203‑1 (MQ=255) aTCAACTCAACACTATACCGATAGCACCCGCTCGCTGTTGCGTTGTACCGGTCGCTACATGGTGGTCTACCTGCTGATTTGCGCCGGGATGGCGGTGCTGTTCCTGCGCACGCCGACCTCTTTCTTACCAGAAGAGGATCAGGGGGTATTTATGACCACCGCGCAGTTACCTTCCGGTGCCACCATGGTTCACACCACGAAAg > 1:111200/1‑203 (MQ=255) aactcaacACTATACCGATAGCACCCGCTCGCTGTTGCGTTGTACCGGTCGCTACATGGTGGTCTACCTGCTGATTTGCGCCGGGATGGCGGTGCTGTTCCTGCGCACGCCGACCTCTTTCTTACCAGAAGAGGATCAGGGGGTATTTATGACCACCGCGCAGTTACCTTCCGGTGCCACCATGGTTCACACCACGAAAGTGCTGCAACAGGTGACGGATTATTATCTGACTAAag < 1:551108/236‑1 (MQ=255) actcaacACTATACCGATAGCACCCGCTCGCTGTTGCGTTGTACCGGTCGCTACATGGTGGTCTACCTGCTGATTTGCGCCGGGATGGCGGTGCTGTTCCTGCGCACGCCGACCTCTTTCTTACCAGAAGAGGATCAGGGGGTATTTATGACCACCGCGCAGTTACCTTCCGGTGCCACCATGGTTCACACCACGa > 1:141939/1‑196 (MQ=255) actcaacACTATACCGATAGCACCCGCTCGCTGTTGCGTTGTACCGGTCGCTACATGGTGGTCTACCTGCTGATTTGCGCCGGGATGGCGGTGCTGTTCCTGCGCACGCCGACCTCTTTCTTACCAGAAGAGGATCAGGGGGTATTTATGACCACCGCGCAGTTACCTTCCGGTGCCACCATGGTTCACACCACGa < 2:141939/196‑1 (MQ=255) taCCGATAGCACCCGCTCGCTGTTGCGTTGTACCGGTCGCTACATGGTGGTCTACCTGCTGATTTGCGCCGGGATGGCGGTGCTGTTCCTGCGCACGCCGACCTCTTTCTTACCAGAAGAGGATCAGGGGGTATTTATGACCACCGCGCAGTTACCTTCCGGTGCCACCATGGTTCACACCACGAAAGTGCTGCAACAGGTGACGGATTATTATCTGACTAAAGAGAAAGATAATg > 1:345133/1‑236 (MQ=255) taCCGATAGCACCCGCTCGCTGTTGCGTTGTACCGGTCGCTACATGGTGGTCTACCTGCTGATTTGCGCCGGGATGGCGGTGCTGTTCCTGCGCACGCCGACCTCTTTCTTACCAGAAGAGGATCAGGGGGTATTTATGACCACCGCGCAGTTACCTTCCGGTGCCACCATGGTTCACACCACGAAAGTGCTGCAACAGGTGACGGATTATTATCTGACCAAAGCGAAAGCTaaag > 1:337682/1‑234 (MQ=255) cGATAGCACCCGCTCGCTGTTGCGTTGTACCGGTCGCTACATGGTGGTCTACCTGCTGATTTGCGCCGGGATGGCGGTGCTGTTCCTGCGCACGCCGACCTCTTTCTTACCAGAAGAGGATCAGGGGGTATTTATGACCACCGCGCAGTTACCTTCCGGTGCCACCATGGTTCACACCACGaaa < 1:595485/184‑1 (MQ=255) 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GCCCTGTT‑CGCACGCTTCAACACGCTGTTTGAAAAATCAACTCAACACTATACCGATAGCACCCGCTCGCTGTTGCGTTGTACCGGTCGCTACATGGTGGTCTACCTGCTGATTTGCGCCGGGATGGCGGTGCTGTTCCTGCGCACGCCGACCTCTTTCTTACCAGAAGAGGATCAGGGGGTATTTATGACCACCGCGCAGTTACCTTCCGGTGCCACCATGGTTAACACCACGAAAGTGCTGCAACAGGTGACGGATTATTATCTGACTAAAGAGAAAGATAATGTCCAGTCGGTGTTTACCGTTGGCGGCTTTGGCTTCAGCGGTCAGGGGCAAAACAACGGCCTGGCGTTTATCAGTCTCAAGCCGTGGTCTGAACGTGTCGGTGAGGAAAACTCGGTTACCGCGATCATTCAGCGGGCAATGATTGCGTTAAGCAGTATCAATAAAGC > NC_000913/3661938‑3662389 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |