| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,679,181 | T→G | R3R (AGG→CGG) | yhjH ← | cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase, FlhDC‑regulated |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,679,181 | 0 | T | G | 98.6% | 249.1 / ‑3.9 | 73 | R3R (AGG→CGG) | yhjH | cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase, FlhDC‑regulated |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base G (29/43); total (30/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.11e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.79e-01 | |||||||||||
ACCTCCATCCGATGGCTGACGGTGATTTCAGTAAAATAGCGATCCGGCGGCAGGCGTTGCGAAGGGTTCAAGGGATGCGTGACCACCGTTAATAGCTCCACGGCCATTAACCGCCCGCATGTTTGATAGATCGGCTGCCAGGTGTAAGCACGCTCACACTGCAACCAAAAACGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCTTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGACTCGACAAAGATTATCGGCGCGTAAGGGCAGAACTTTACCGCCTGGCCGGGGTAAATTTCCTCACTCCACAACGGAATCTTTCAGGAATACGTTCTGGCTCAAAAAAATAATGGAACACTGTTTTAATATGGTTGACCAGCAAACCACCACAGCGCAAACTAACGCTAATTTTTTACAGATC > NC_000913/3678949‑3679406 | aCCTCCATCCGATGGCTGACGGTTATTTCAGTAAAATAAGGCTCCGGCCGCAGGCGTTGCGAAGGGTTCAAGGGATGCGTGACCACCGTTAATAGCTCCACGGCCATTAACCGCCCGCATGTTTGATAGATCGGCTGCCAGGTGTAAGCACGCTCACACTGCAACCAAAAACGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTat < 1:685377/236‑1 (MQ=255)aCCTCCATCCGATGGCTGACGGTGATTTCAGTAAAATAGCGATCCGGCGGCAGGCGTTGCGAAGGGTTCAAGGGATGCGTGACCCCCGTTAATAGCTCCACGGCCATTAACCGCCCGCATGTTTGATAGATCGGCTGCCAGGTGTAAGCACGCTCACACTGCAACCAAAAACGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTat < 1:553239/236‑1 (MQ=255) ccATCCGATGGCTGACGGTGATTTCAGTAAAATAGCGATCCGGCGGCAGGCGTTGCGAAGGGTTCAAGGGATGCGTGACCACCGTTAATAGCTCCACGGCCATTAACCGCCCGCATGTTTGATAGATCGGCTGCCAGGCGTAAGCACGCTCACACTGCAACCAAAAACGCCTATCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTatcctc > 2:149655/1‑236 (MQ=255) cATCCGATGGCTGACGGTGATTTCAGTAAAATAGCGATCCGGCGGCAGGCGTTGCGAAGGGTTCAAGGGATGCGTGACCACCGTTAATAGCTCCACGGCCATTAACCGCCCGCATGTTTGATAGATCGGCTGCCAGGTGTAAGCACGCTCACACTGCAACCAAAAACGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTAtcatca > 1:553117/1‑236 (MQ=255) gccTGACGGTGCTTTCAGTAAAATAGCACTCCGGCGGCAGGCGTTGCGAAGGGTTCAGGGGATGCGTGACCGCCGTTAATAGCTCCACGGCCATTAACCGCCCGCATGTTTGATAGATCGGCTGCCAGGTGTAAGCACGCTCACACTGCAACCAAAAACGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTc < 2:495855/234‑1 (MQ=255) cTGACGGTGATTTCAGTAAAATAGCGATCCGGCGGCAGGCGTTGCGAAGGGTTCAAGGGATGCGTGCCCACCGTTAATAGCTCCACGGCCATTAACCGCCCGCATGTTTGATAGATCGGCTGCCAGGTGTAAGCACGCTCACACTGCAACCAAAAACGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCt < 1:347577/236‑1 (MQ=255) tGACGGTGATTTCAGTAAAATAGCGATCCGGCGGCAGGCGTTGCGAAGGGTTCAAGGGATGCGTGACCACCGTTAATAGCTCCACGGCCATTAACCGCCCGCATGTTTGATAGATCGGCTGCCAGGTGTAAGCACGCTCACACTGCAACCAAAAACGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCt < 1:354562/235‑1 (MQ=255) cGGTGATTTCAGTAAAATGGCGATCCGGCGGCAGGCGTTGCGAAGGGTTCAAGGGATGCGTGACCACCGTTAATAGCTCCACGGCCATTAACCGCCCGCATGTTTGATAGATCGGCTGCCAGGTGTAAGCACGCTCACACTGCAACCAAAAACGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCtgtg < 1:536655/235‑1 (MQ=255) tGATTTCAGTAAAATAGCGATCCGGCGGCAGGCGTTGCGAAGGGTTCAAGGGATGCGTGACCACCGTTAATAGCTCCACGGCCATTAACCGCCCGCATGTTTGATAGATCGGCTGCCAGGTGTAAGCACGCTAACACTGCAACCAAAAACGCCGTTCCTGCAAGCGCTCGGTGCTTGCCTCAGGGCTGCTTATTCGCTGGATACCCGTCCGTACCATCAAAGATGTCCTGCGTTTa > 2:437808/1‑236 (MQ=255) ttCAGTAAAATAGCGATCCGGCGGCAGGCGTTGCGAAGGGTTCAAGGGATGCGTGACCACCGTTAATAGCTCCACGGCCATTAACCGCCCGCATGTTTGATAGATCGGCTGCCAGGTGTAAGCACGCTCACACTGCAACCAAAAACGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGttt < 1:734659/231‑1 (MQ=255) gTAAAATAGCGATCCGGCGGCAGGCGTTGCGAAGGGTTCAAGGGATGCGTGACCATCGTTAATAGCTCCACGGCCATTAACCGCCCGCATGTTTGATAGATCGGCTGCCAGGTGTAAGCACGCTCACACTGCAACCAAAAACGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGGATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTTCAAGTGa > 2:695820/1‑235 (MQ=255) gATCCGGCGGCAGGCGTTGCGAAGGGTTCAAGGGATGCGTGACCACCGTTAATAGCTCCACGGCCATTAACCGCCCGCATGTTTGATAGATCGGCTGCCAGGTGTAAGCACGCTCACACTGCAACCAAAAACGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGa < 1:620698/236‑1 (MQ=255) aTCCGGCGGCAGGCGTTGCGAAGGGTTCAAGGGATGCGTGACCACCGTTAATAGCTCCACGGCCATTAACCGCCCGCATGTTTGATAGATCGGCTGCCAGGTGTAAGCACGCTCACACTGCAACCAAAAACGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCTTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGGGATGCTTCCCGGAc > 1:10201/1‑236 (MQ=255) aTCCGGCGGCAGGCGTTGCGAAGGGTTCAAGGGATGCGTGACCACCGTTAATAGCTCCACGGCCATTAACCGCCCGCATGTTTGATAGATCGGCTGCCAGGTGTAAGCACGCTCACACTGCAACCAAAAACGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGAc > 2:218217/1‑236 (MQ=255) 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gTTAATAGCTCCACGGCCATTAACCGCCCGCATGTTTGATAGATCGGCTGCCAGGTGTAAGCACGCTCACACTGCAACCAAAAACGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGACTCGACAGAGATTATCGGCGCGTAAGGGCAGAACTTTACCGCCTGGc > 1:108571/1‑236 (MQ=255) tAATAGCTCCACGGCCATTAACCGCCCGCATGTTTGATAGATCGGCTGCCAGGTGTAAGCACGCTCACACTGCAACCAAAAACGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGACTCGACAAAGATTATCGGCGCGTAAGGGCAGAACTTTACCGCCTGGCCg > 1:82351/1‑236 (MQ=255) tCCACGGCCATTAACCGCCCGCATGTTTGATAGATCGGCTGCCAGGTGTAAGCACGCTCACACTGCAACCAAAAACGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGACTCGCCAAAGATTATCGGCGCGAAAGGGCAGAACTTTACACACTGGCCAGGGtga > 2:36850/1‑233 (MQ=255) tCCACGGCCATTAACCGCCCGCATGTTTGATAGATCGGCTGCCAGGTGTAAGCACGCTCACACTGCAACCAAAAACGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGACTCGACAAAGATTATCGGCGCGTAAGGGCAGAACTTTACCGCCTGGCCGGGGTaa > 2:381385/1‑235 (MQ=255) cGGCCATTAACCGCCCGCATGTTTGATAGATCGGCTGCCAGGTGTAAGCACGCTCACACTGCAACCAAAAACGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGACTCGACAAAGATTATCGGCGCGTAAGGGCAGAACTTTACCGCCTGGCCGGGGTAAATTTc > 2:416126/1‑236 (MQ=255) aTTAACCGCCCGCATGTTTGAAAGATCGGCTGCCAGGTGTAAGCACGCTCACACTGCAACCAAAACCGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGACTCGACAAAGATTATCGGCGCGTAAGGGCAGAACTTTACCGCCTGGCCGGGGTAAATTTCCt < 1:695820/233‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gCTCACACTGCAACCAAAAACGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGACTCGACAAAGATTATCGGCGCGTAAGGGCAGAACTTTACCGCCTGGCCGGGGTAAATTTCCTCACTCca > 1:487079/1‑194 (MQ=255) cTCACACTGCAACCAAAAACGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGAtg < 2:233363/115‑1 (MQ=255) cTCACACTGCAACCAAAAACGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGAtg > 1:233363/1‑115 (MQ=255) cTCACACTGCAACCAAAAACGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGACTCGACAAAGATTATCGGCGCGTAAGGGCAGAACTTTACCGCCTTGCCGGGGTAAATTTCCTCACTCCACAACg > 2:354807/1‑198 (MQ=255) cTCACACTGCAACCAAAAACGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGACTCGACAAAGATTATCGGCGCGTAAGGGCAGAACTTTACCGCCTGGCCGGGGTAAATTTCCTCACTCCACAACg < 1:354807/198‑1 (MQ=255) 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cTGCAACCAAAAACGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGACTCGACAAAGATTATCGGCGCGTAAGGGCAGAACTTTACCGCCTGGCCGGGGTAAATTTCCTCACTCCACAACGGAATCTTTCAGGAATACGTTCTGGCTCAAAAAAATAATGGAaca < 1:416126/236‑1 (MQ=255) cTGCAACCAAAAACGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGACTCGACAAAGATTATCGGCGCGTAAGGGCAGAACTTTACCGCCTGGCCGGGGTAAATTTCCTCACTCCACAACGGAATCTTTCAGGAATACGTTCTGGCTCAAAAAAATAATGGAaca < 1:433426/236‑1 (MQ=255) cTGCAACCAAAAACGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGACTCGACAAAGATTATCGGCGCGTAAGGGCAGAACTTTACCGCCTGGCCGGGGTAAATTTCCTCACTCCACAACGGAATCTTTCAGGAATACGTTCTGGCTCAAAAAAATAATGGAaca < 1:343012/236‑1 (MQ=255) cTGCAACCAAAAACGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGACTCGACAAAGATTATCGGCGCGTAAGGGCAGAACTTTACCGCCTGGCCGGGGTAAATTTCCTCACTCCACAACGGAATCTTTCAGGAATACGTTCTGGCTCAAAAAAATAATGGAaca < 1:437808/236‑1 (MQ=255) cAACCAAAAACGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGACTCGACAAAGATTATCGGCGCGTAAGGGCAGAACTTTACCGCCTGGCCGGGGTAAATTTCCTCACTCCACAACGGAATCTTTCAGGAATACGTTCTGGCTCAAAAAAATAATgg > 2:102584/1‑229 (MQ=255) aCCAAAAACGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGACTCGACAAAGATTATCGGCGCGTAAGGGCAGAACTTTACCGCCTGGCCGGGGTAAATTTCCTCACTCCTCAACGGAATCTTTCAGGAATACGTTCTGGCCTCACAAAATAATGGAACACTGtt > 2:446348/1‑236 (MQ=255) 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2:34511/1‑199 (MQ=255) cttCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGACTCGACAAAGATTATCGGCGCGTAAGGGCAGAACTTTACCGCCTGGCCGGGGTAAATTTCCTCACTCCACAACGGAATCTTTCAGGAATACGTTCTGGCTCAAAAAAATAATGGAACACTGt < 1:34511/199‑1 (MQ=255) cttCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGACTCGACAAAGATTATCGGCGCGTAAGGGCAGAACTTTACCGCCTGGCCGGGGTAAATTTCCTCACTCCACAACGGAATCTTTCAGGAATACGTTCTGGCTCAAAAAAATAATGGAACACTGTTTTAATATGGTTGACCAGCAAACCACCACAGCGCaaa > 2:345837/1‑236 (MQ=255) aGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGACTCGACAAAGATTATCGGCGCGTAAGGGCAGAACTTTACCGCCTGGCCGGGGTAAATTTCCTCACTCCACAACGGAATCTTTCAGGAATACGTTCTGGCTCAAAAAAATAATGGAACACTGTTTTAATATGGTTGACCAGCAAAACACCACAGCGCAAACt > 2:310466/1‑234 (MQ=255) 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ACCTCCATCCGATGGCTGACGGTGATTTCAGTAAAATAGCGATCCGGCGGCAGGCGTTGCGAAGGGTTCAAGGGATGCGTGACCACCGTTAATAGCTCCACGGCCATTAACCGCCCGCATGTTTGATAGATCGGCTGCCAGGTGTAAGCACGCTCACACTGCAACCAAAAACGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCTTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGACTCGACAAAGATTATCGGCGCGTAAGGGCAGAACTTTACCGCCTGGCCGGGGTAAATTTCCTCACTCCACAACGGAATCTTTCAGGAATACGTTCTGGCTCAAAAAAATAATGGAACACTGTTTTAATATGGTTGACCAGCAAACCACCACAGCGCAAACTAACGCTAATTTTTTACAGATC > NC_000913/3678949‑3679406 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |