| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,231,659 | T→G | intergenic (‑28/+225) | yjbD ← / ← lysC | DUF3811 family protein/lysine‑sensitive aspartokinase 3 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,231,659 | 0 | T | G | 90.7% | 154.7 / 6.6 | 54 | intergenic (‑28/+225) | yjbD/lysC | DUF3811 family protein/lysine‑sensitive aspartokinase 3 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/2); new base G (25/24); total (28/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.59e-01 | |||||||||||
TGCTTTTTCTTCAACTGGCGGGCTTTTTTCGCTTCAGCCTCACGCTCAACCATTAATTTATCGATGTAATCTTTCTTAATGCTGTTGGTTTCGGAGTTGGTCAATACGCGACCATGCGCAATCCGCGCCCGATCCAGCAGTGTTTTAAGTTCACGCTGCTCGCGTTCAGTCATCTCTTTTTGGGTAATACGGGGGAGTGCCATGATGGTGCCCTCAGTGAGCCAGAGAGTTCAGTGTACGGGAATTCGTTTGCGAGCAGAACTGATAATATTCATTTTGCCTTCTCTTAACTATTTATCTCTTTCGATAATTAATTAGAGATGCAGATAAAAAAATTAAAGGCAATTATTCTCCGATAAAGACGCTGGTTAACAGAGTACAGGCTCGTTTATTGATGAGCATAGTGACAAGAAAATCAATACGGCCCGAAATATAGCTTCCAGGCCATACAGTATTT > NC_000913/4231429‑4231885 | tGCTTTTTCTTCAACTGGCGGGCTTTTTTCGCTTCAGCCTCACGCTCAACCATTAATTTATCGATGTAATCTTTCTTAATGCTGTTGGTTTCGGAGTTGGTCAATACGCGACCATGCGCAATCCGCGCCCGATCCAGCAGTGTTTTAAGTTCACGCTGCTCGCGTTCAGTCATCTCTTTTTGGGTAATCCGGGGGAGTGCCATGATGGTGCCCTCAGTAAGCCAGAGAGGTCAggg > 2:591676/1‑234 (MQ=255)tGCTTTTTCTTCAACTGGCGGGCTTTTTTCGCTTCAGCCTCACGCTCAACCATTAATTTATCGATGTAATCTTTCTTAATGCTGTTGGTTTCGGAGTTGGTCAATACGCGACCATGCGCAATCCGCGCCCGATCCAGCAGTGTTTTAAGTTCACGCTGCTCGCGTTCAGTCATCTCTTTTTGGGTAATACGGGGGAGTGCCATGATGGTGCCCTCAGTGAGCCAGAGAGTGCAgtg > 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2:598372/86‑1 (MQ=255) gAGTGCCATGATGGTGCCCTCAGTGAGCCAGAGAGTGCAGTGTACGGGAATTCGTTTGCGAGCAGAACTGATAATATTCATTTTGCCTTCTCTTAACTATTTATCTCTTTCGATAATTAATTAGAGATGCAGATAAAAAAATTAAAGGCAATTATTCTCCGATAAAGACGCTGGTTAACAGAGTACAGGCTCGTTTATTGATGAGCATAGTGACAAGAAAATCAATACGGCCCGaa > 1:461524/1‑236 (MQ=255) tGCCATGATGGTGCCCTCAGTGAGCCAGAGAGTGCAGTGTACGGGAATTCGTTTGCGAGCAGAACTGATAATATTCATTTTGCCTTCTCTTAACTATTTATCTCTTTCGATAATTAATTAGAGATGCAGATAAAAAAATTAAAGGCAATTATTCTCCGATAAAGACGCTGGTTAACAGAGTACAGGCTCGTTTATtgat < 2:232673/199‑1 (MQ=255) tGCCATGATGGTGCCCTCAGTGAGCCAGAGAGTGCAGTGTACGGGAATTCGTTTGCGAGCAGAACTGATAATATTCATTTTGCCTTCTCTTAACTATTTATCTCTTTCGATAATTAATTAGAGATGCAGATAAAAAAATTAAAGGCAATTATTCTCCGATAAAGACGCTGGTTAACAGAGTACAGGCTCGTTTATtgat > 1:232673/1‑199 (MQ=255) tGCCATGATGGTGCCCTCAGTGAGCCAGAGAGTGCAGTGTACGGGAATTCGTTTGCGAGCAGAACTGATAATATTCATTTTGCCTTCTCTTAACTATTTATCTCTTTCGATAATTAATTAGAGATGCAGATAAAAAAATTAAAGGCAATTATTCTCCGATAAAGACGCTGGTTAACAGAGTACAGGCTCGTTTATTGATGAGCATAGTGACAAGAAAATCAATACGGc < 2:371810/228‑1 (MQ=255) 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cAGTGAGCCAGAGAGTTCAGTGTACGGGAATTCGTTTGCGAGCAGAACTGATAATATTCATTTTGCCTTCTCTTAACTATTTATCTCTTTCGATAATTAATTAGAGATGCAGATAAAAAAATTAAAGGCAATTATTCTCCGATAAAGACGCTGGTTAACAGAGTACAGGCTCGTTTATTGATGAGCATAGTGACAAGAAAATCAATACGGCCCGAAATATAGCTTCCAGGCCATAc < 1:187018/236‑1 (MQ=255) cAGTGAGCCAGAGAGTGCAGTGTACGGGAATTCGTTTGCGAGCAGAACTGATAATATTCATTTTGCCTTCTCTTAACTATTTATCTCTTTCGATAATTAATTAGAGATGCAGATAAAAAAATTAAAGGCAATTATTCTCCGATAAAGACGCTGGTTAACAGAGTACAGGCTCGTTTATTGATGAGCATAGTGACAAGAAAATCAATACGGCCCGAAATATAGCTTCCAGGCCATa < 2:510405/235‑1 (MQ=255) aGTGAGCCAGAGAGTGCAGTGTACGGGAATTCGTTTGCGAGCAGAACTGATAATATTCATTTTGCCTTCTCTTAACTATTTATCTCTTTCGATAATTAATTAGAGATGCAGATAAAAAAATTAAAGGCAATTATTCTCCGATAAAGACGCTGGTTAACAGAGTACAGGCTCGTTTATTGATGAGCATAGTGACAAGAAAATCAATACGGCCCGAAATATAGCTTCCAGGCCATACa > 1:436201/1‑236 (MQ=255) ccAGAGAGTGCAGTGTACGGGAATTCGTTTGCGAGCAGAACTGATAATATTCATTTTGCCTTCTCTTAACTATTTATCTCTTTCGATAATTAATTAGAGATGCAGATAAAAAAATTAAAGGCAATTATTCTCCGATAAAGACGCTGGTTAACAGAGTACAGGCTCGTTTATTGATGAGCATAGTGACAAGAAAATCAATACGGCCCGAAATATAGCTTCCAGGCCATACAGTAttt > 1:406651/1‑236 (MQ=255) | TGCTTTTTCTTCAACTGGCGGGCTTTTTTCGCTTCAGCCTCACGCTCAACCATTAATTTATCGATGTAATCTTTCTTAATGCTGTTGGTTTCGGAGTTGGTCAATACGCGACCATGCGCAATCCGCGCCCGATCCAGCAGTGTTTTAAGTTCACGCTGCTCGCGTTCAGTCATCTCTTTTTGGGTAATACGGGGGAGTGCCATGATGGTGCCCTCAGTGAGCCAGAGAGTTCAGTGTACGGGAATTCGTTTGCGAGCAGAACTGATAATATTCATTTTGCCTTCTCTTAACTATTTATCTCTTTCGATAATTAATTAGAGATGCAGATAAAAAAATTAAAGGCAATTATTCTCCGATAAAGACGCTGGTTAACAGAGTACAGGCTCGTTTATTGATGAGCATAGTGACAAGAAAATCAATACGGCCCGAAATATAGCTTCCAGGCCATACAGTATTT > NC_000913/4231429‑4231885 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |