| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,477,084 | A→C | N550H (AAT→CAT) | yjgL → | SopA‑central‑domain‑like hexapeptide repeat protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,477,084 | 0 | A | C | 97.0% | 115.0 / ‑3.1 | 33 | N550H (AAT→CAT) | yjgL | SopA‑central‑domain‑like hexapeptide repeat protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base C (18/14); total (19/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.11e-01 | |||||||||||
ATATTTTTATGAATGATTTCTTTATGAAAAATCCTGAGATGATTAATTGGTACTTCCCTCAGTTACTTAAGAGTTATGAGGGTGAAAAGATTTATTTTGATAATTTAAAATATGATTTAAATGATAATGATAAGGAATCTAATAAAGAAATTTTGAAGAATCAACCAGATAATGTTATCAAAGAAAAACTGAATAATGAATACAAACTTAGATTTAGAATGATGCAAACTATCTTGCAATCGAGAGTTAATGTATTACCATATATTAATGAACAGCGTTTAAATAAACTAAATCCACCGGAAAATTTACGTATAGCAATAGAACACTTTGGGTGGAAGAATAGACCTATCACTGCATAAAATAATGTGATGCCGGGATGGTTTGTATTTCCCGGCATCTTTATAGCGATAGCAA > NC_000913/4476893‑4477306 | atatTTTTATGAATGATTTCTTTATGAAAAATCCTGAGATGATTAATTGGTACTTCCCTCAGTTACTTAAGAGTTATGAGGGTGAAAAGATTTATTTTGATAATTTAAAATATGATTTAAATGATAATGATAAGGAATCTAATAAAGAAATTTTGAAGAATCAACCAGATAATGTTATCAAAGAAAAACTGCATAATGAATACAAACTTAGATTTAGAATGATGCAAACTATc < 2:90302/233‑1 (MQ=255)atatTTTTATGAATGATTTCTTTATGAAAAATCCTGAGATGATTAATTGGTACTTCCCTCAGTTACTTAAGAGTTATGAGGGTGAAAAGATTTATTTTGATAATTTAAAATATGATTTAAATGATAATGATAAGGAATCTAATAAAGAAATTTTGAAGAATCAACCAGATAATGTTATCAAAGAAAAACTGCATAATGAATACAAACTTAGATTTAGAATGATGCAAACTATc > 1:90302/1‑233 (MQ=255) ttATGAATGATTTCTTTATGAAAAATCCTGAGATGATTAATTGGTACTTCCCTCAGTTACTTAAGAGTTATGAGGGTGAAAAGATTTATTTTGATAATTTAAAATATGATTTAAATGATAATGATAAGGAATCTAATAAAGAAATTTTGAAGAATCAACCAGATAATGTTATCAAAGAAAAACTGCATAATGAATACAAACTTAGATTTAGAATGATGCAAACTATCTTGCAATCg > 1:290569/1‑236 (MQ=255) tgaTTTCTTTATGAAAAATCCTGAGATGATTAATTGGTACTTCCCTCAGTTACTTAAGAGTTATGAGGGTGAAAAGATTTATTTTGATAATTTAAAATATGATTTAAATGATAATGATAAGGAATCTAATAAAGAAATTTTGAAGAATCAACCAGATAATGTTATCAAAGAAAAACTGCATAATGAATACAAACTTAGATTTAGAATGATGCAAACTATCTTGCAATCGAGAGTTa < 2:4306/236‑1 (MQ=255) ggTACTTCCCTCAGTTACTTAAGAGTTATGAGGGTGAAAAGATTTATTTTGATAATTTAAAATATGATTTAAATGATAATGATAAGGAATCTAATAAAGAAATTTTGAAGAATCAACCAGATAATGTTATCAAAGAAAAACTGCATAATGAATACAAACTTAGATTTAGAATGATGCAAACTATCTTGCAATCGAGAGTTAATGTATTACCATATATTAATGAACAGCGTTtaaat < 1:757694/236‑1 (MQ=255) tACTTCCATGAGTTACTTAAGAGTTATGAGGGTGAAAAGATTTATTTTGATAATTTAAAATATGATTTAAATGATAATGATAAGGAATCTAATAAAGAAATTTTGAAGAATCAACCAGATAATGTTATCAAAGAAAAACTGCATAATGAATACAAACTTAGATTTAGAATGATGCAAACTATCTTGCAATCGAGAGTTAATGTATTACCATATATTAATGAACAGCGTTtaaataa < 1:290200/236‑1 (MQ=255) aCTTCCCTCAGTTACTTAAGAGTTATGAGGGTGAAAAGATTTATTTTGATAATTTAAAATATGATTTAAATGATAATGATAAGGAATCTAATAAAGAAATTTTGAAGAATCAACCAGATAATGTTATCAAAGAAAAACTGCATAATGAATACAAACTTAGATTTAGAATGATGCAAACTATCTTGCAATCGAGAGTTAATGTATTa > 2:1855/1‑206 (MQ=255) aCTTCCCTCAGTTACTTAAGAGTTATGAGGGTGAAAAGATTTATTTTGATAATTTAAAATATGATTTAAATGATAATGATAAGGAATCTAATAAAGAAATTTTGAAGAATCAACCAGATAATGTTATCAAAGAAAAACTGCATAATGAATACAAACTTAGATTTAGAATGATGCAAACTATCTTGCAATCGAGAGTTAATGTATTa < 1:1855/206‑1 (MQ=255) tACTTAAGAGTTATGAGGGTGAAAAGATTTATTTTGATAATTTAAAATATGATTTAAATGATAATGATAAGGAATCTAATAAAGAAATTTTGAAGAATCAACCAGATAATGTTATCAAAGAAAAACTGCATAATGAATACAAACTTAGATTTAGAATGATGCAAACTATCTTGCAATCGAGAGTTAATGTATTACCATATATTAATGAACAGCGTTTAAATAAACTAAATCCACCg > 2:324860/1‑236 (MQ=255) cTTAAGAGTTATGAGGGTGAAAAGATTTATTTTGATAATTTAAAATATGATTTAAATGATAATGATAAGGAATCTAATAAAGAAATTTTGAAGAATCAACCAGATAATGTTATCAAAGAAAAACTGCATAATGAATACAAACTTAGATTTAGAATGATGCAAACTATCTTGCAATCg < 2:537040/177‑1 (MQ=255) cTTAAGAGTTATGAGGGTGAAAAGATTTATTTTGATAATTTAAAATATGATTTAAATGATAATGATAAGGAATCTAATAAAGAAATTTTGAAGAATCAACCAGATAATGTTATCAAAGAAAAACTGCATAATGAATACAAACTTAGATTTAGAATGATGCAAACTATCTTGCAATCg > 1:537040/1‑177 (MQ=255) tGAGGGTGAAAAGATTTATTTTGATAATTTAAAATATGATTTAAATGATAATGATAAGGAATCTAATAAAGAAATTTTGAAGAATCAACCAGATAATGTTATCAAAGAAAAACTGCATAATGAATACAAACTTAGATTTAGAATGATGCAAACTATCTTGCAATCGAGAGTTAATGTATTACCATATATTAATGAACAGCGTTTAAATAAACTAAATCCACCGGAAAATTTACGta > 2:294058/1‑236 (MQ=255) gTGAAAAGATTTATTTTGATAATTTAAAATATGATTTAAATGATAATGATAAGGAATCTAATAAAGAAATTTTGAAGAATCAACCAGATAATGTTATCAAAGAAAAACTGCATAATGAATACAAACTTAGATTTAGAATGATGCAAACTATCTTGCAATCGAGAGTTAATGTATTACCATATATTAATGAACAGCGTTTAAATAAACTAAATCCACCGGAAAATTTACGTATAGCa > 1:212118/1‑236 (MQ=255) gAAAAGATTTATTTTGATAATTTAAAATATGATTTAAATGATAATGATAAGGAATCTAATAAAGAAATTTTGAAGAATCAACCAGATAATGTTATCAAAGAAAAACTGCATAATGAATACAAACTTAGATTTAGAATGATGCAAACTATCTTGCAATCGAGAGTTAATGTa < 2:262445/171‑1 (MQ=255) gAAAAGATTTATTTTGATAATTTAAAATATGATTTAAATGATAATGATAAGGAATCTAATAAAGAAATTTTGAAGAATCAACCAGATAATGTTATCAAAGAAAAACTGCATAATGAATACAAACTTAGATTTAGAATGATGCAAACTATCTTGCAATCGAGAGTTAATGTa > 1:262445/1‑171 (MQ=255) ttatttTGATAATTTAAAATATGATTTAAATGATAATGATAAGGAATCTAATAAAGAAATTTTGAAGAATCAACCAGATAATGTTATCAAAGAAAAACTGCATAATGAATACAAACTTAGATTTAGAATGATGCAAACTATCTTGCAATCGAGAGTTAATGTATTACCATATATTAATGAACAGCGTTTAAATAAACTAAATCCACCGGTAAATTTACg < 2:345635/219‑1 (MQ=255) ttatttTGATAATTTAAAATATGATTTAAATGATAATGATAAGGAATCTAATAAAGAAATTTTGAAGAATCAACCAGATAATGTTATCAAAGAAAAACTGCATAATGAATACAAACTTAGATTTAGAATGATGCAAACTATCTTGCAATCGAGAGTTAATGTATTACCATATATTAATGAACAGCGTTTAAATAAACTAAATCCACCGGTAAATTTACg > 1:345635/1‑219 (MQ=255) tAAAATATGATTTAAATGATAATGATAAGGAATCTAATAAAGAAATTTTGAAGAATCAACCAGATAATGTTATCAAAGAAAAACTGCATAATGAATACAAACTTAGATTTAGAATGATGCAAACTATCTTGCAATCGAGAGTTAATGTATTACCATATATTAATGAACAGCGTTTAAATAAACTAAATCCACCGGAAAATTTACGTATAGCAATAGAACACTTTGGGTGGAAGAAt < 2:212118/236‑1 (MQ=255) tAAAATATGATTTAAATGATAATGATAAGGAATCTAATAAAGAAATTTTGAAGAATCAACCAGATAATGTTATCAAAGAAAAACTGCATAATGAATACAAACTTAGATTTAGAATGATGCAAACTATCTTGCAATCGAGAGTTAATGTATTACCATATATTAATGAACAGCGTTTAAATAAACTAAATCCACCGGAAAATTTACGTATAGCAATAGAACACTTTGGGTGGAAGAAt < 1:294058/236‑1 (MQ=255) gATTTAAATGATAATGATAAGGAATCTAATAAAGAAATTTTGAAGAATCAACCAGATAATGTTATCAAAGAAAAACTGCATAATGAATACAAACTTAGATTTAGAATGATGCAAACTATCTTGCAATCGAGAGTTAATGTATTACCATATATTAATGAACAGCGTTTAAATAAACTAAATCCACCGGAAAATTTACGTATAGCAATAGAACACTTTGGGTGGAAGAAt > 1:355233/1‑228 (MQ=255) aatgataaGGAATCTAATAAAGAAATTTTGAAGAATCAACCAGATAATGTTATCAAAGAAAAACTGCATAATGAATACAAACTTAGATTTAGAATGATGCAAACTATCTTGCAATCGAGAGTTAATGTa < 2:173365/129‑1 (MQ=255) aatgataaGGAATCTAATAAAGAAATTTTGAAGAATCAACCAGATAATGTTATCAAAGAAAAACTGCATAATGAATACAAACTTAGATTTAGAATGATGCAAACTATCTTGCAATCGAGAGTTAATGTa > 1:173365/1‑129 (MQ=255) tCTAATAAAGAAATTTTGAAGAATCAACCAGATAATGTTATCAAAGAAAAACTGCATAATGAATACAAACTTAGATTTAGAATGATGCAAACTATCTTGCAATCGAGAGTTAATGTATTACCATATATTAATGAACAGCGTTTAAATAAACTAAATCCACCGGAAAATTTACGTATAGCAATAGAACACTTTGGGTGGAAGAATAAACCTATCACTGCATAAAATAATGTGATGcc > 1:413680/1‑236 (MQ=255) cTAATAAAGAAATTTTGAAGAATCAACCAGATAATGTTATCAAAGAAAAACTGCATAATGAATACAAACTTAGATTTAGAATGATGCAAACTATCTTGCAATCGAGAGTTAATGTATTACCATATATTAATGAACAGCGTTTAAATAAACTAAATCCACCGGAAAATTTACGTATAGCAATAGAACACTTTGGGTGGAAGAATAGACCTATCACTGCATAAAATAATGTGATGCCg > 1:350381/1‑236 (MQ=255) taataaAGAAATTTTGAAGAATCAACCAGATAATGTTATCAAAGAAAAACTGCATAATGAATACAAACTTAGATTTAGAATGATGCAAACTATCTTGCAATCGAGAGTTAATGTATTACCATATATTAATGAACAGCGTTTAAATAAACTAAATCCACCGGAAAATTTACGTATAGCAATAGAACACTTTGGGTGGAAGAATAg < 1:331835/204‑1 (MQ=255) taataaAGAAATTTTGAAGAATCAACCAGATAATGTTATCAAAGAAAAACTGCATAATGAATACAAACTTAGATTTAGAATGATGCAAACTATCTTGCAATCGAGAGTTAATGTATTACCATATATTAATGAACAGCGTTTAAATAAACTAAATCCACCGGAAAATTTACGTATAGCAATAGAACACTTTGGGTGGAAGAATAg > 2:331835/1‑204 (MQ=255) tttGAAGAATCAACCAGATAATGTTATCAAAGAAAAACTGCATAATGAATACAAACTTAGATTTAGAATGATGCAAACTATCTTGCAATCGAGAGTTAATGTATTACCATATATTAATGAACAGCGTTTAAATAAACTAAATCCACCGGAAAATTTACGTATAGCAATAGAACACTTTGGGTGGAAGAATAGACCTATCACTGCATAAAATAATGTGATGCCGGGATGGTTTGt < 1:6758/234‑1 (MQ=255) aTAATGTTATCAAAGAAAAACTGCATAATGAATACAAACTTAGATTTAGAATGATGCAAACTATCTTGCAATCGAGAGTTAATGTATTACCATATATTAATGAACAGCGTTTAAATAAACTAAATCCACCGGAAAATTTACGTATAGCAATAGAACACTTTGGGTGGAAGAATAGACCTATCACTGCATAAAATAATGTGATGCCGGGATGGTTTGTATTTCCCTGAACCTTtata > 2:64807/1‑236 (MQ=255) tGTTATCAAAGAAAAACTGCATAATGAATACAAACTTAGATTTAGAATGATGCAAACTATCTTGCAATCGAGAGTTAATGTATTACCATATATTAATGAACAGCGTTTAAATAAACTAAATCCACCGGAAAATTTACGTATAGCAATAGAACACTTTGGGTGGAAGAATAGACCTATCACTGCATAAAATAATGTGATGCCGGGATGGTTTGTATTTCCCGGCATCTTTATAGCGa > 2:532567/1‑236 (MQ=255) ttATCAAAGAAAAACTGCATAATGAATACAAACTTAGATTTAGAATGATGCAAACTATCTTGCAATCGAGAGTTAATGTATTACCATATATTAATGAACAGCGTTTAAATAAACTAAATCCACCGGAAAATTTACGTATAGCAATAGAACACTTTGGGTGGAAGAAt < 1:427947/167‑1 (MQ=255) ttATCAAAGAAAAACTGCATAATGAATACAAACTTAGATTTAGAATGATGCAAACTATCTTGCAATCGAGAGTTAATGTATTACCATATATTAATGAACAGCGTTTAAATAAACTAAATCCACCGGAAAATTTACGTATAGCAATAGAACACTTTGGGTGGAAGAAt > 2:427947/1‑167 (MQ=255) cAAAGAAAAACTGCATAATGAATACAAACTTAGATTTAGAATGATGCAAACTATCTTGCAATCGAGAGTTAATGTATTACCATATATTAATGAACAGCGTTTAAATAAACTAAATCCACCGGAAAATTTACGTATAGCAATAGAACACTTTGGGTGGAAGAATAGACCTATCACTGCATAAAATAATGTGATGCCGGGATGGTTTGTATTTCCCGGCATCTTTATAGCGATAGCaa > 1:374052/1‑236 (MQ=255) cAAAGAAAAACTGAATAATGAATACAAACTTAGATTTAGAATGATGCAAACTATCTTGCAATCGAGAGTTAATGTATTACCATATATTAATGAACAGCGTTTAAATAAACTAAATCCACCGGAAAATTTACGTATAGCAATAGAACACTTTGGGTGGAAGAATAGACCTTTAACTGCTTAAATTAATGTGATTCCGGGATGGTTGGAATTTCCCGGCATCTTTTTAGCgcaagcaa > 2:424370/1‑236 (MQ=255) | ATATTTTTATGAATGATTTCTTTATGAAAAATCCTGAGATGATTAATTGGTACTTCCCTCAGTTACTTAAGAGTTATGAGGGTGAAAAGATTTATTTTGATAATTTAAAATATGATTTAAATGATAATGATAAGGAATCTAATAAAGAAATTTTGAAGAATCAACCAGATAATGTTATCAAAGAAAAACTGAATAATGAATACAAACTTAGATTTAGAATGATGCAAACTATCTTGCAATCGAGAGTTAATGTATTACCATATATTAATGAACAGCGTTTAAATAAACTAAATCCACCGGAAAATTTACGTATAGCAATAGAACACTTTGGGTGGAAGAATAGACCTATCACTGCATAAAATAATGTGATGCCGGGATGGTTTGTATTTCCCGGCATCTTTATAGCGATAGCAA > NC_000913/4476893‑4477306 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |