| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 733,589 | T→G | L1336* (TTA→TGA) | rhsC → | Rhs protein with putative toxin domain; putative neighboring cell growth inhibitor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 733,589 | 0 | T | G | 98.7% | 281.0 / ‑4.0 | 77 | L1336* (TTA→TGA) | rhsC | Rhs protein with putative toxin domain; putative neighboring cell growth inhibitor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base G (35/41); total (36/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.68e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.50e-01 | |||||||||||
GCGGAACTGGTGAAAGAAGCGGTCCAGATATATGGGGGAATCCGTTCTATCATCAATATCTTTGTGTCCCAGATGGTAAAGGGGACTATACTTGTGGTGGCCAAGACCAACGGGGAGAATCAAAAGGAGATGGTCTATGGGGGCCAGGTAAAGCAAGTAATGATACAAAAGAAGCTGCTGGCCGTTGTGACCTCGTTGAAACCGATAATAGTTGTGTGGAGAACTGTTTAAAAGGGAAGTTTAAAGAGGTAAGGCCGCGTTATTCTGTATTGCCTGATATATTCACACCTATAAATTTAGGGCTATTTAAAAACTGCCAAGACTGGTCTAATGATTCTTTAGAAACATGTAAGATGAAGTGCTCCGGAAATAACATTGGACGTTTTATTAGATTTGTATTCACCGGAGTGATGTAATGAAATATATTATTTTTTTATTCAGAGCTAT > NC_000913/733361‑733807 | gCGGAACTGGTGAAAGAAGCGGTCCAGATATAGGGGGGAATCCGTTCTATCATCAATATCTTTGTGTCCCAGATGGTAAAGGGGACTATACTTGTGGTGGCCAAGACCAACGGGGAGAATCAAAAGGAGATGGTCTATGGGGGCCAGGTAAAGCAAGTAATGATACAAAAGAAGCTGCTGGCCGTTGTGACCTCGTTGAAACCGATAATAGTTGTGTGGAGAACTGTTGAAAAggg < 1:389291/236‑1 (MQ=255) aCTGGTGAAAGAAGCGGTCCAGATATATGGGGGAATCCGTTCTATCATCAATATCTTTGTGTCCCAGATGGTAAAGGGGACTATACTTGTGGTGGCCAAGACCAACGGGGAGAATCAAAAGGAGATGGTCTATGGGGGCCAGGTAAAGCAAGTAATGATACAAAAGAAGCTGCTGGCCGTTGTGACCTCGTTGAAACCGATAATAGTTGTGTGGAGAACTGTTGAAAAGGGAAGtt > 1:493676/1‑236 (MQ=255) gTCCAGATATATGGGGGAATCCGTTCTATCATCAATATCTTTGTGTCCCAGATGGTAAAGGGGACTATACTTGTGGTGGCCAAGACCAACGGGGAGAATCAAAAGGAGATGGTCTATGGGGGCCAGGTAAAGCAAGTAATGATACAAAAGAAGCTGCTGGCCGTTGTGACCTCGTTGAAACCGATAATAGTTGTGTGGAGAACTGTTGAAAAGGGAAGTTTAAAGAGGTAAGGCcg > 2:633066/1‑236 (MQ=255) ccAGATATATGGGTGACTCCGTTCTATCATCAATATCTTTGTGTCCCAGATGGTAAAGGGGACTATACTTGTGGTGGCCAAGACCAACGGGGAGAATCAAAAGGAGATGGTCTATGGGGGCCAGGTAAAGCAAGTAATGATACAAAAGAAGCTGCTGGCCGTTGTGACCTCGTTGAAACCGATAATAGTTGTGTGGAGAACTGTTGAAAAGGGAAGTTTAAAGAGGTAAGGCcgcg < 1:119571/236‑1 (MQ=255) ccAGATATATGGGGGAATCCGTTCTATCATCAATATCTTTGTGTCCCAGATGGTAAAGGGGACTATACTTGTGGTGGCCAAGACCAACGGGGAGAATCAAAAGGAGATGGTCTATGGGGGCCAGGTAAAGCAAGTAATGATACAAAAGAAGCTGCTGGCCGTTGTGACCTCGTTGAAACCGATAATAGTTGTGTGGAGAACTGTTGAAAAGGGAAGTTTAAAGAGGTAAGGCcgcg < 1:633066/236‑1 (MQ=255) 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GCGGAACTGGTGAAAGAAGCGGTCCAGATATATGGGGGAATCCGTTCTATCATCAATATCTTTGTGTCCCAGATGGTAAAGGGGACTATACTTGTGGTGGCCAAGACCAACGGGGAGAATCAAAAGGAGATGGTCTATGGGGGCCAGGTAAAGCAAGTAATGATACAAAAGAAGCTGCTGGCCGTTGTGACCTCGTTGAAACCGATAATAGTTGTGTGGAGAACTGTTTAAAAGGGAAGTTTAAAGAGGTAAGGCCGCGTTATTCTGTATTGCCTGATATATTCACACCTATAAATTTAGGGCTATTTAAAAACTGCCAAGACTGGTCTAATGATTCTTTAGAAACATGTAAGATGAAGTGCTCCGGAAATAACATTGGACGTTTTATTAGATTTGTATTCACCGGAGTGATGTAATGAAATATATTATTTTTTTATTCAGAGCTAT > NC_000913/733361‑733807 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |