| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,393,051 | T→G | intergenic (‑10/+154) | nuoM ← / ← nuoL | NADH:ubiquinone oxidoreductase, membrane subunit M/NADH:ubiquinone oxidoreductase, membrane subunit L |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,393,051 | 0 | T | G | 97.6% | 731.4 / 2.6 | 210 | intergenic (‑10/+154) | nuoM/nuoL | NADH:ubiquinone oxidoreductase, membrane subunit M/NADH:ubiquinone oxidoreductase, membrane subunit L |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/3); new base G (98/107); total (100/110) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
Only 100 of 211 total aligned reads displayed.
CCAGCGTGGCACCTTGACGCCAAAGCGTTCGGTCTGCCAGCACAGGAAGCCGCCAATAAAGGGAATTAATATTAGCCAGGGTAGTAACATGGCGATCTTTATTCCTTGTAAAAGTCCCGTCAGGACCGGATTTTCAACGAATTCTCACGACAGAAAATTCTCTTCGGACTGGGGGTAGTGTCGGATGCACCGCG > NC_000913/2392952‑2393145 | aGCGTGGCACCTTGACGCCAAAGCGTTCGGTCTGCCAGCACAGGAAGCCGCCAATAAAGGGAATTAATATTAGCCAGGGTAGTAACATGGCGATCTTGAt < 1:92428/100‑1 (MQ=255) gCGTGGCACCTTGACGCCAAAGCGTTCGGTCTGCCAGCACAGGAAGCCGCCAATAAAGGGAATTAATATTAGCCAGGGTAGTAACATGGCGATCTTGAtt < 1:5399466/100‑1 (MQ=255) gCGTGGCACCTTGACGCCAAAGCGTTCGGTCTGCCAGCACAGGAAGCCGCCAATAAAGGGAATTAATATTAGCCAGGGTAGTAACATGGCGATCTTGAtt < 1:476191/100‑1 (MQ=255) cGTGGCACCTTGACGCCAAAGCGTTCGGTCTGCCAGCACAGGAAGCCGCCAATAAAGGGAATTAATATTAGCCAGGGTAGTAACATGGCGATCTTGATTc < 2:2044614/100‑1 (MQ=255) tGGCACCTTGACGCCAAAGCGTTCGGTCTGCCAGCACAGGAAGCCGCCAATAAAGGGAATTAATATTAGCCAGGGTAGTAACATGGCGATCTTGATTCCt < 1:3547585/100‑1 (MQ=255) ggCACCTTGACGCCAAAGCGTTCGGTCTGCCAGCACAGGAAGCCGCCAATAAAGGGAATTAATATTAGCCAGGGTAGTAACATGGCGATCTTGATTCCtt < 1:3255421/100‑1 (MQ=255) 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2:674254/100‑1 (MQ=255) cGCCAAAGCGTTCGGTCTGCCAGCACAGGAAGCCGCCAATAAAGGGAATTAATATTAGCCAGGGTAGTAACATGGCGATCTTGATTCCTTGTAAAAGTcc > 2:5098756/1‑100 (MQ=255) cGCCAAAGCGTTCGGTCTGCCAGCACAGGAAGCCGCCAATAAAGGGAATTAATATTAGCCAGGGTAGTAACATGGCGATCTTGATTCCTTGTAAAAGTcc > 1:3037701/1‑100 (MQ=255) cGCCAAAGCGTTCGGTCTGCCAGCACAGGAAGCCGCCAATAAAGCGAATTGATATTAGCCAGGGTAGTAACATGGCGATCTCGATTGCTGGTAAAAGTcg > 2:5124528/1‑99 (MQ=255) gCCAAAGCGTTCGGTCTGCCAGCACAGGAAGCCGCCAATAAAGGGAATTAATATTAGCCAGGGTAGTAACATGGCGATCTTGATTCCTTGTAAAAGTccc < 2:1404464/100‑1 (MQ=255) gCCAAAGCGTTCGGTCTGCCAGCACAGGAAGCCGCCAATAAAGGGAATTAATATTAGCCAGGGTAGTAACATGGCGATCTTGATTCCTTGTAAAAGTccc > 1:5047885/1‑100 (MQ=255) ccAAAGCGTTCGGTCTGCCAGCACAGGAAGCCGCCAATAAAGGGAATTAATATTAGCCAGGGTAGTAACATGGCGATCTTGATTCCTTGTAAAAGTCCCg > 1:2099828/1‑100 (MQ=255) aaGCGTTCGGTCTGCCAGCACAGGAAGCCGCCAATAAAGGGAATTAATATTAGCCAGGGTAGTAACATGGCGATCTTGATTCCTTGTAAAAGTCCCGTCa < 2:4216472/100‑1 (MQ=255) 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ccgccAATAAAGAGAATTAATATTAGCCAGGGTAGTAACATGGCGATCTTGATTCCTTGTAAAAGTCCCGTCAGGACCGGATTTTCAACGAATTCTCAcn < 2:4806192/100‑2 (MQ=255) cgccCATAAAGGGAATTAATATTAGCCAGGGTAGTAACATGGCGATCTTGATTCCTTGTAAAAGACCCGTCAGCGACGGATTTTCAACGAATTCACACgc > 2:4643341/1‑99 (MQ=255) gccAATAAAGGGAATTAATATTAGCCAGGGTAGTAACATGGCGATCTTGATTCCTTGTAAAAGTCCCGTCAGGACCGGATTTTCAACGAATTCTCACGAc < 2:1557967/100‑1 (MQ=255) ccAATAAAGGGAATTAATATTAGCCAGGGTAGTAACATGGCGATCTTGATTCCTTGTAAAAGTCCCGTCAGGACCGGATTTTCAACGAATTCTCACGACa < 2:2204673/100‑1 (MQ=255) aaTAAAGGGAATTAATATTAGCCAGGGTAGTAACATGGCGATCTTGATTCCTTGTAAAAGTCCCGTCAGGACCGGATTTTCAACGAATTCTCACGACAGa > 1:3384361/1‑100 (MQ=255) aaTAAAGGGAATTAATATTAGCCAGGGTAGTAACATGGCGATCTTGATTCCTTGTAAAAGTCCCGTCAGGACCGGATTTTCAACGAATTCTCACGACAGa > 2:2137593/1‑100 (MQ=255) aTAAAGGGAATTAATATTAGTCAGGGTAGTAACATGGCGATCTTGATTCATTGTAAAAGTCCCGTCAGGACCGACTTTTCAACGAATTCGCACGACAGaa > 2:324854/1‑100 (MQ=255) aTAAAGGGAATTAATATTAGCCAGGGTAGTAACATGGCGATCTTGATTCCTTGTAAAAGTCCCGTCAGGACCGGATTTTCAACGAATTCTCACGACAGaa < 2:2488295/100‑1 (MQ=255) aaGGGAATTAATATTAGCCAGGGTAGTAACATGGCGATCTTGATTCCTTGTAAAAGTCCCGTCAGGACCGGATTTTCAACGAATTCTCACGACAGAAAAt > 2:3567996/1‑100 (MQ=255) gggAATTAATATTAGCCAGGGTAGTAACATAGCGATCTTGATTCCTTGTAAAAGTCCCGTCAGGACCGGATTTTCAACGAATTCTCACGACAGAAAAtac > 2:4528263/1‑98 (MQ=255) ggAATTAATATTAGCCAGGGTAGTAACATGGCGATCTTGATTCCTTGTAATAGTCCCGTCAGGACCGGATTTTCAACGAATTCTCACGACAGAAAATtct < 1:5288136/100‑1 (MQ=255) gAATTAATATTAGCCAGGGTAGTAACATGGCGATCTTGATTCCTTGTAAAAGTCCCGTCAGGACCGGATTTTCAACGAATTCTCACGACAGAAAATtctc < 1:3873237/100‑1 (MQ=255) aTTAATATTAGCCAGGGTAGTAACATGGCGATCTTGATTCCTTGTAAAAGTCCCGTCAGGACCGGATTTTCAACGAATTCTCACGACAGAAAATTCTCtt > 1:4058637/1‑100 (MQ=255) ttAATATTAGCCAGGGTAGTAACATGGCGATCTTGATTCCTTGTAAAAGTCCCGTCAGGACCGGATTTTCAACGAATTCTCATGACAGAAAATTCTCTTc < 1:2828530/100‑1 (MQ=255) tAATATTAGCCAGGGTAGTAACATGGCGATCTTGATTCCTTGTAAAAGTCCCGTCAGGACCGGATTTTCAACGAATTCTCACGACAGAAAATTCTCTTCg < 1:1523271/100‑1 (MQ=255) 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1:3931475/1‑100 (MQ=255) tatTAGCCAGGGTAGTAACATGGCGATCTTGATTCCTTCTAAAAGTCCCGTCAGGACCGGATTTTCAACGAATTCTCACGACAGAAAGTTCTCTTCGGAc < 2:5295640/100‑1 (MQ=255) atTAGCCAGGGTAGTAACATGGCGATCTTGATTCCTTGTAAAAGTCCCGTCAGGACCGGATTTTCAACGAATTCTCACGACAGAAAATTCTCTTCGGACt > 2:3885536/1‑100 (MQ=255) aGCCAGGGTAGTAACATGGCGATCTTGATTCCTTGTAAAAGTCCCGTCAGGACCGGATTTTCAACGAATTCTCACGACAGAAAATTCTCTTCGGACTggg < 2:2022663/100‑1 (MQ=255) aGCCAGGGTAGTAACATGGCGATCTTGATTCCTTGTAAAAGTCCCGTCAGGACCGGATTTTCAACGAATTCTCACGACAGAAAATTCTCTTCGGACTggg < 2:2863647/100‑1 (MQ=255) cAGGGTAGTAACATGGCGATCTTGATTCCTTGTAAAAGTCCCGTCAGGACCGGATTTTCAACGAATTCTCACGACAGAGAATTCTCTTCGGACTGGGGGt < 1:2565877/100‑1 (MQ=255) gggTAGTAACATGGCGATCTTGATTCCTTGTAAAAGTCCCGTCAGGACCGGATTTTCAACGAATTCTCACGACAGAAAATTCTCTTCGGACTGGGGGTAg < 2:1161349/100‑1 (MQ=255) gggTAGTAACATGGCGATCTTGATTCCTTGTAAAAGTCCCGTCAGGACCGGATTTTCAACGAATTCTCACGACAGAAAATTCTCTTCGGACTGGGGGTAg < 2:1797095/100‑1 (MQ=255) 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ggCGATCTTGATTCCTTGTAAAAGTCCCGTCAGGACCGGATTTTCAACGAATTCTCACGACAGAAAATTCTCTTCGGACTGGGGGTAGTGTCGGATGCAc > 1:2469833/1‑100 (MQ=255) gCGATCTTTATTCCTTGTAAAAGTCCCGTCAGGACCGGATTTTCAACGAATTCTCACGACAGAAAATTCTCTTCGGACTGGGGGTAGTGTCGGATGCAcc > 2:3381563/1‑100 (MQ=255) gCGATCTTGATTCCTTGTAAAAGTCCCGTCAGGACCGGATTTTCAACGAATTCTCACGACAGAAAATTCTCTTCGGACTGGGGGTAGTGTCGGATGCAcc < 1:1019408/100‑1 (MQ=255) cGATCTTGATTCCTTGTAAAAGTCCCGTCAGGACCGGATTTTCAACGAATTCTCACGACAGAAAATTCTCTTCGGACTGGGGGTAGTGTCGGATGCACcg > 1:4666903/1‑100 (MQ=255) | CCAGCGTGGCACCTTGACGCCAAAGCGTTCGGTCTGCCAGCACAGGAAGCCGCCAATAAAGGGAATTAATATTAGCCAGGGTAGTAACATGGCGATCTTTATTCCTTGTAAAAGTCCCGTCAGGACCGGATTTTCAACGAATTCTCACGACAGAAAATTCTCTTCGGACTGGGGGTAGTGTCGGATGCACCGCG > NC_000913/2392952‑2393145 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |