| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,411,354 | A→C | intergenic (‑2/+85) | yfbS ← / ← yfbT | putative transporter/sugar phosphatas |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,411,354 | 0 | A | C | 98.7% | 799.5 / ‑2.2 | 228 | intergenic (‑2/+85) | yfbS/yfbT | putative transporter/sugar phosphatas |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/1); new base C (102/122); total (104/124) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.94e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 228 total aligned reads displayed.
AAACAAAGCGACCGCATCCATACGCACTCTGCCCGTCGCAAACAAGACGATGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACAACTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCCATAAAAAAGCCCCGACGAGACGGGGCTAAATCATGATCAGGTGTTTCACTGAATAA > NC_000913/2411257‑2411449 | aacaaaGCGACCGCATCCATACGCACTCTGCCCGTCGCAAACAAGACGATGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACACCtt > 2:207852/1‑100 (MQ=255) aacaaaGCGACCGCATCCATACGCACTCTGCCCGTCGCAAACAAGACGATGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACACCtt > 1:2972921/1‑100 (MQ=255) aaaGCGACCGCATCCATACGCACTCTGCCCGTCGCAAACAAGACGATGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACACCTTATc < 1:4817301/100‑1 (MQ=255) aGCGACCGCATCCATACGCACTCTGCCCGTCGCAAACAAGACGATGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACACCTTATCCt < 1:2625752/100‑1 (MQ=255) gACCGCATCCATACGCACTCTGCCCGTCGCAAACAAGACGATGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACACCTTATCCTTGt < 2:3769424/100‑1 (MQ=255) aCCGCATCCATACGCACTCTGCCCGTCGCAAACAAGACGATGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACACCTTATCCTTGtt > 2:3862138/1‑100 (MQ=255) ccGCATCCATACGCACTCTGCCCGTCGCAAACAAGACGATGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACACCTTATCCTTGTTa < 2:5069779/100‑1 (MQ=255) gcatgcatACGCACTCTGCCCGTCGCAAACAAGACGATGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACACCTTATCCTTGTTAAt > 2:4682568/1‑100 (MQ=255) gCATCCATACGCACTCTGCCCGTCGCAAACAAGACGATGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACACCTTATCCTTGTTAAt > 1:5417912/1‑100 (MQ=255) gCATCCATACGCACTCTGCCCGTCGCAAACAAGACGATGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACACCTTATCCTTGTTAAt < 1:2772864/100‑1 (MQ=255) gCATCCATACGCACTCTGCCCGTCGCAAACAAGACGATGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACACCTTATCCTTGTTAAt < 2:1413201/100‑1 (MQ=255) tCCATACGCACTCTGCCCGTCGCAAACAAGACGATGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACACCTTATCCTTGTTAATTGa > 2:447463/1‑100 (MQ=255) ccATACGCACTCTGCCCGTCGCAAACAAGACGATGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACACCTTATCCTTGTTAATTGAg < 1:3488041/100‑1 (MQ=255) cATACGCACTCTGCCCGTCGCAAACAAGACGATGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACACCTTATCCTTGTTAATTGAgg < 1:3864937/100‑1 (MQ=255) aTACGCACTCTGCCCGTCGCAAACAAGACGATGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACACCTTATCCTTGTTAATTGAggg < 2:2886291/100‑1 (MQ=255) aTACGCACTCTGCCCGTCGCAAACAAGACGATGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACACCTTATCCTTGTTAATTGAggg < 1:2655092/100‑1 (MQ=255) aTACGCACTCTGCCCGTCGCAAACAAGACAATGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACACCTTATCCTTGTTAATTGAggg < 2:3606518/100‑1 (MQ=255) tACGCACTCTGCCCGTCGCAAACAAGACGATGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACACCTTATCCTTGTTAATTGAgggg < 2:3532830/100‑1 (MQ=255) gCACTCTGCCCGTCGCAAACAAGACGATGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACACCTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGAt > 1:5379219/1‑100 (MQ=255) gCACTCTGCCCGTCGCAAACAAGACGATGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACACCTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGAt < 1:2120334/100‑1 (MQ=255) cACTCTGCCCGTCGCAAACAAGACGATGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACACCTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATg < 2:5113730/100‑1 (MQ=255) aCTCTGCCCGTCGCAAACAAGACGATGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACACCTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGa > 2:3906576/1‑100 (MQ=255) aCTCTGCCCGTCGCAAACAAGACGATGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACACCTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGa < 1:1960512/100‑1 (MQ=255) ctctGCCCGTCGCAAACAAGACGATGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACACCTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGAc < 2:4177843/100‑1 (MQ=255) ctctGCCCGTCGCAAACAAGACGATGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACACCTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGAc > 2:1501242/1‑100 (MQ=255) tctGCCCGTCGCAAACAAGACGATGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACACCTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACt < 2:5332146/100‑1 (MQ=255) ctGCCCGTCGCAAACAAGACGATGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACACCTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACtt > 2:853443/1‑100 (MQ=255) tGCCCGTCGCAAACAAGACGATGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACACCTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTg > 1:3682/1‑100 (MQ=255) cccGTCGCAAACAAGACGATGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACACCTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGAt < 1:5026004/100‑1 (MQ=255) cccGTCGCAAACAAGACGATGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACACCTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGAt > 1:1344660/1‑100 (MQ=255) cccGTCGCAAACAAGACGAGGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACACCTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGAt < 1:2194116/100‑1 (MQ=255) ccGTCGCAAACAAGACGATGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACACCTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGAtt > 1:2861260/1‑100 (MQ=255) cGCAAACAAGACGATGGCGACGGCGAGTAATGAAAGAACCGAAATCAGTTGTGCGTGCACATCTTAGCCTTGTTAATTGCGGGGGATGACTTGATTCTGc < 2:1031629/100‑1 (MQ=255) cGCAAACAAGACGATGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACACCTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGc < 2:65794/100‑1 (MQ=255) cGCAAACAAGACGATGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACACCTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGc < 1:2540078/100‑1 (MQ=255) gCAAACAAGACGATGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACACCTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGcc > 1:1967412/1‑100 (MQ=255) gCAAACAAGACGATGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACACCTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGcc > 1:3706215/1‑100 (MQ=255) gCAAACAAGACGATGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACACCTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGcc > 1:1210347/1‑100 (MQ=255) gCAAACAAGACGATGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACACCTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGcc < 2:4305866/100‑1 (MQ=255) cAAACAAGACGATGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACACCTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCCa > 2:3075670/1‑100 (MQ=255) cAAACAAGACGATGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACACCTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCCa < 2:257124/100‑1 (MQ=255) cAAACAAGACGATGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACACCTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCCa > 1:2726094/1‑100 (MQ=255) aaaCAAGACGATGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCGATTCACCGTTCACACCTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCCAt < 2:4977463/100‑1 (MQ=255) aCAAGACGATGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACACCTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCCATaa > 1:4929335/1‑100 (MQ=255) cAAGACGATGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACACCTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCCATaaa < 2:2918391/100‑1 (MQ=255) aCGATGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACACCTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCCATAAAAAAg < 1:4746479/100‑1 (MQ=255) tGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACACCTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCCATAAAAAAGcccc < 1:1842561/100‑1 (MQ=255) tGGCAAAGGTAAGTCATGCAAGAAACGAACTAAATTAACCGTTCACACTTTATAATTGTTAATTGTGGGGGATGATTTGATTTTGCCATAAAAAAGcccc > 2:1104214/1‑100 (MQ=255) gCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACACCTTATCCTTGTTAATTTAGGGGGATGACTTGATTCTGCCATAAAAAAGCCCcga > 2:2284505/1‑100 (MQ=255) gCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACACCTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCCATAAAAAAGCCCcga > 2:2348560/1‑100 (MQ=255) cAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACACCTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCCATAAAAAAGCCCcgac > 1:1763484/1‑100 (MQ=255) aaCGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACACCTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCCATAAAAAAGCCCcgacg < 2:1836020/100‑1 (MQ=255) cGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACACCTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCCATAAAAAAGCCCCGACgag > 2:5089633/1‑100 (MQ=255) ccAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACACCTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCCATAAAAAAGCCCCGACGAGACg > 1:757599/1‑100 (MQ=255) aGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACACCTTATCCTTGTTGATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCCATAAAAAAGCCCCGACGAGACggg < 1:3840039/100‑1 (MQ=255) gTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACACCTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCCATAAAAAAGCCCCGACGAGACgggg > 1:2221138/1‑100 (MQ=255) tAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACACCTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCCATAAAAAAGCCCCGACGAGACGGGGc < 2:1743494/100‑1 (MQ=255) aaTGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACACCTTATCCATGTTCATTGAGGGGGATGACCTGATTCTGCCCTAAAAACGCCCCGACGAGACGGGGCt > 2:5228933/1‑100 (MQ=255) aTGAAAGAACCCAAAGCAATTCACCGTTCACACCTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCCATAAAAAAGCCCCGACGAGACGGGGCTa < 2:1991527/100‑1 (MQ=255) tGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACACCTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCCATAAAAAAGCCCCGACGAGACGGGGCTaa > 1:3575914/1‑100 (MQ=255) tGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACACCTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCCATAAAAAAGCCCCGACGAGACGGGGCTaa > 2:5482367/1‑100 (MQ=255) gAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACACCTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCCATAAAAAAGCCCCGACGAGACGGGGCTaaa > 2:2176543/1‑100 (MQ=255) aaaGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACACCTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCCATAAAAAAGCCCCGACGAGACGGGGCTAAAt > 1:1422094/1‑100 (MQ=255) gAACCCAAATCAATTCACCGTTCACACCTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCCATAAAAAAGCCCCGACGAGACGGGGCTAAATCAt < 2:1592657/100‑1 (MQ=255) gAACCCAAATCAATTCACCGTTCACACCTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCCATAAAAAAGCCCCGACGAGACGGGGCTAAATCAt < 1:1051016/100‑1 (MQ=255) aaCCCAAATCAATTCACCGTTCACACCTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCCATAAAAAAGCCCCGACGAGACGGGGCTAAATCATg < 1:1788090/100‑1 (MQ=255) aCCCAAATCAATTCACCGTTCACACCTCATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCCATAAAAAAGCCCCGACGCGACGGGGCTAAATCATGa > 2:5463868/1‑100 (MQ=255) cccAAATCAATTCACCGTTCACACCTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCCATAAAAAAGCCCCGACGAGACGGGGCTAAATCATGAt > 2:586493/1‑100 (MQ=255) cccAAATCAATTCACCGTTCACACCTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCCATAAAAAAGCCCCGACGAGACGGGGCTAAATCATGAt > 1:2096388/1‑100 (MQ=255) cccAAATCAATTCACCGTTCACACCTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCCATAAAAAAGCCCCGACGAGACGGGGCTAAATCATGAt < 2:711854/100‑1 (MQ=255) cccAAATCAATTCACCGTTCACACCTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCCATAAAAAAGCCCCGACGAGACGGGGCTAAATCATGAt > 2:3279055/1‑100 (MQ=255) accAAATCAATTCACCGTTCACACCTTATCCGTGGTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCCATAAAAAAGCCCCGACGAGACGGGGCTAAATCATGAt < 2:1268582/99‑1 (MQ=255) ccAAATCAATTCACCGTTCACACCTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCCATAAAAAAGCCCCGACGAGACGGGGCTAAATCATGATc > 2:2977936/1‑100 (MQ=255) aaaTCAATTCACCGTTCACACCTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCCATAAAAAAGCCCCGACGAGACGGGGCTAAATCATGATCAg > 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1:449615/1‑100 (MQ=255) gTTCACACCTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCCATAAAAAAGCCCCGACGAGACGGGGCTAAATCATGATCAGGTGTTTCACTGaa < 2:5172356/100‑1 (MQ=255) gTTCACACCTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCCATAAAAAAGCCCCGACGAGACGGGGCTAAATCATGATCAGGTGTTTCACTGaa > 2:3921416/1‑100 (MQ=255) gTTCACACCTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCCATAAAAAAGCCCCGACGAGACGGGGCTAAATCATGATCAGGTGTTTCACTGaa > 1:1180428/1‑100 (MQ=255) gTTCACACCTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCCATAAAAAAGCCCCGACGAGACGGGGCTAAATCATGATCAGGTGGTTCACTGaa > 2:3455430/1‑100 (MQ=255) ttCACACCTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCCATAAAAAAGCCCCGACGAGACGGGGCTAAATCATGATCAGGTGTTTCACTGaat < 1:419546/100‑1 (MQ=255) ttCACACCTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCCATAAAAAAGCCCCGACGAGACGGGGCTAAATCATGATCAGGTGTTTCACTGaat < 2:4850882/100‑1 (MQ=255) ttCACACCTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCCATAAAAAAGCCCCGACGAGACGGGGCTAAATCATGATCAGGTGTTTCACTGaat < 1:863098/100‑1 (MQ=255) ttCACACCTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCCATAAAAAAGCCCCGACGAGACGGGGCTAAATCATGATCAGGTGTTTCACTGaat < 2:402451/100‑1 (MQ=255) ttCACACCTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCCATAAAAAAGCCCCGACGAGACGGGGCTAAATCATGATCAGGTGTTTCACTGaat < 2:2699915/100‑1 (MQ=255) tCACACCTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCCATAAAAAAGCCCCGACGAGACGGGGCTAAATCATGATCAGGTGTTTCACTGaata < 1:1493785/100‑1 (MQ=255) cacaCCTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCCATAAAAAAGCCCCGACGAGACGGGGCTAAATCATGATCAGGTGTTTCACTGaataa > 2:2450560/1‑100 (MQ=255) | AAACAAAGCGACCGCATCCATACGCACTCTGCCCGTCGCAAACAAGACGATGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACAACTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCCATAAAAAAGCCCCGACGAGACGGGGCTAAATCATGATCAGGTGTTTCACTGAATAA > NC_000913/2411257‑2411449 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |