| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 313,275 | T→G | intergenic (‑33/+441) | ykgR ← / ← ykgP | uncharacterized protein/pseudogene, oxidoreductase family |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 313,275 | 0 | T | G | 99.2% | 885.6 / ‑2.4 | 248 | intergenic (‑33/+441) | ykgR/ykgP | uncharacterized protein/pseudogene, oxidoreductase family |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/2); new base G (100/145); total (101/147) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.16e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.50e-01 | |||||||||||
Only 100 of 248 total aligned reads displayed.
ATTGCGACAAAAACAACGATATTAATCAGTTTATGACTGATTTGCTGTACTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTTCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGAGTTTGGTCAACCAATTTTTTGACATGTATCACAAATTTGAATAGATGTATTACATCAACTATCTTTTATT > NC_000913/313178‑313371 | aTTGCGACAAAAACAACGATATTAATCAGTTTATGACTGATTTGCTGTACTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCg < 1:2057452/100‑1 (MQ=255) ttGCGACAAAAACAACGATATTAATCAGTTTATGACTGATTTGCTGTACTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCGt < 2:1608145/100‑1 (MQ=255) gCGACAAAAACAACGATATTAATCAGTTTATGACTGATTTGCTGTACTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCGTaa > 2:2137792/1‑100 (MQ=255) cGACAAAAACAACGATATTAATCAGTTTATGACTGATTTGCTGTACTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCGTAAg > 2:4084194/1‑100 (MQ=255) gACAAAAACAACGATATTAATCAGTTTATGACTGATTTGCTGTACTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCGTAAGt > 2:2976156/1‑100 (MQ=255) cAAAAACAACGATATTAATCAGTTTATGACTGATTTGCTGTACTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCGTAAGTGc > 1:269178/1‑100 (MQ=255) cAAAAACAACGATATTAATCAGTTTATGACTGATTTGCTGTACTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCGTAAGTGc > 2:4924537/1‑100 (MQ=255) cAAAAACAACGATATTAATCAGTTTATGACTGATTTGCTGTACTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCGTAAGTGc > 1:1877895/1‑100 (MQ=255) acaacGATATTAATCAGTTTATGACTGATTTGCTGTACTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCGTAAGTGCCCTta < 1:2923855/100‑1 (MQ=255) acaacGATATTAATCAGTTTATGACTGATTTGCTGTACTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCGTAAGTGCCCTta < 2:4781290/100‑1 (MQ=255) caacGATATTAATCAGTTTATGACTGATTTGCTGTACTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCGTAAGTGCCCTtat < 1:92403/100‑1 (MQ=255) caacGATATTAATCAGTTTATGACTGATTTGCTGTACTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCGTAAGTGCCCTtat < 2:2094201/100‑1 (MQ=255) caacGATATTAATCAGTTTATGACTGATTTGCTGTACTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCGTAAGTGCCCTtat > 1:2141806/1‑100 (MQ=255) caacGATATTAATCAGTTTATGACTGATTTGCTGTACTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCGTAAGTGCCCTtat > 2:5446696/1‑100 (MQ=255) acGATATTAATCAGTTTATGACTGATTTGCTGTACTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCGTAAGTGCCCTtatat > 2:1390047/1‑100 (MQ=255) acGATATTAATCAGTTTATGACTGATTTGCTGTACTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCGTAAGTGCCCTtatat < 2:623639/100‑1 (MQ=255) cGATATTAATCAGTTTATGACTGATTTGCTGTACTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCGTAAGTGCCCTtatata > 1:3990970/1‑100 (MQ=255) atatTAATCAGTTTATGACTGATTTGCTGTACTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCGTAAGTGCCCTTATataaa > 1:1437590/1‑100 (MQ=255) tatTAATCAGTTTATGACTGATTTGCTGTACTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCGTAAGTGCCCTTATataaat < 2:2256510/100‑1 (MQ=255) atTAATCAGTTTATGACTGATTTGCTGTACTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAACAGTGCACTGCGTAAGTGCCCTTATataaata < 2:3723340/100‑1 (MQ=255) ttAATCAGTTTATGACTGATTTGCTGTACTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCGTAAGTGCCCTTATataaataa > 1:3550755/1‑100 (MQ=255) aaTCAGTTTATGACTGATTTGCTGTACTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACg > 2:2823136/1‑100 (MQ=255) aaTCAGTTTATGACTGATTTGCTGTACTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACg < 1:793398/100‑1 (MQ=255) aaTCAGTTTATGACTGATTTGCTGTACTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACg > 2:1009035/1‑100 (MQ=255) aaTCAGTTTATGACTGATTTGCTGTACTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACg < 1:3789204/100‑1 (MQ=255) aTCAGTTTATGACTGATTTGCTGTACTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGa > 2:123325/1‑100 (MQ=255) aTCAGTTTATGACTGATTTGCTGTACTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGa > 1:4560057/1‑100 (MQ=255) tCAGTTTATGACTGATTTGCTGTACTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGAg < 1:5418780/100‑1 (MQ=255) tCAGTTTATGACTGATTTGCTGTACTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGAg < 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ncTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGAGTTTGGTCAACCAATTTTTTGACa > 2:5276322/2‑100 (MQ=255) aCTTTATTGTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCGTAAGTGCACTTATATAAATAGCGAGTTTGGTCAACCAATTTTTTGACa > 2:5261225/1‑100 (MQ=255) aCTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGAGTTTGGTCAACCAATTTTTTGACa < 1:2132610/100‑1 (MQ=255) aCTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGAGTTTGGTCAACCAATTTTTTGACa < 1:2587431/100‑1 (MQ=255) aCTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGAGTTTGGTCAACCAATTTTTTGACa > 1:208278/1‑100 (MQ=255) tttATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGAGTTTGGTCAACCAATTTTTTGACATg < 1:1644250/100‑1 (MQ=255) tATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGAGTTTGGTCAACCAATTTTTTGACATGTa < 2:3546823/100‑1 (MQ=255) tATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTGCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGAGTTTGGTCAACCAATTTTTTGACATGTa < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |