| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,904,306 | T→G | intergenic (+932/+441) | ygcE → / ← queE | putative kinase/7‑carboxy‑7‑deazaguanine synthase; queosine biosynthesis |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,904,306 | 0 | T | G | 97.6% | 1129.3 / 4.1 | 330 | intergenic (+932/+441) | ygcE/queE | putative kinase/7‑carboxy‑7‑deazaguanine synthase; queosine biosynthesis |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/5); new base G (168/152); total (172/158) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.87e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 330 total aligned reads displayed.
CTGGCGCGGGGAACACTGGCTCTGCAACAGCAGCACCCATGACCACGTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGAAATGCTGGTGAGCGTTAATGCCGCAAACACAGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACATTACGCCTTTTTGCGATTGCCCGGTTTTTGCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGG > NC_000913/2904209‑2904402 | ggCGCGGGGAACACTGGCTCTGCAACAGCAGCACCCATGACCACGTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGAAATGCTGGTGAGCGTTAAGGCCg > 1:1659646/1‑100 (MQ=255) ctctgggAACACCGGCTCCTCAACAGCATCACCCAGGACCACGTCTTTTTATCCCCGCTGGCGCGGTGAACACGAAATGCTGGTGAGCGTTAAGGCCGCa < 2:2194209/96‑1 (MQ=255) gcgGGGAACACTGGCTCTGCAACAGCAGCACCCATGACCACGTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGAAATGCTGGTGAGCGTTAAGGCCGCaa > 1:1106929/1‑100 (MQ=255) gcgGGGAACACTGGCTCTGCAACAGCAGCACCCATGACCACGTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGAAATGCTGGTGAGCGTTAAGGCCGCaa > 2:540430/1‑100 (MQ=255) gcgGGGAACACTGGCTCTGCAACAGCAGCACCCATGACCACGTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGAAATGCTGGTGAGCGTTAAGGCCGCaa > 2:3733555/1‑100 (MQ=255) ggggAACACTGGCTCTGCAACAGCAGCACCCATGACCACGTTGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGAAATGCTGGTGAGCGTTAAGGCCGCAAac < 2:1973246/100‑1 (MQ=255) ggggAACACTGGCTCTGCAACAGCAGCACCCATGACCACGTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGAAATGCTGGTGAGCGTTAAGGCCGCAAac < 1:775994/100‑1 (MQ=255) gggAACACTGGCTCTGCAACAGCAGCATCCATGACCACGTCGGTTTATCCCCGCTGGCGTGGGGAACACGAAATGCTGGTGAGCGTTAAGGCCGCAAaca < 1:4828137/100‑1 (MQ=39) ggAACACTGGCTCTGCAACAGCAGCACCCATGACCACGTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGAAATGCTGGTGAGCGTTAAGGCCGCAAccac < 1:4287841/100‑1 (MQ=255) aaCACTGGCTCTGCAACAGCAGCACCCATGACCACGTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGAAATGCTGGTGAGCGTTAAGGCCGCAAACACAg < 1:4000583/100‑1 (MQ=255) acacTGGCTCTGCAACAGCAGCACCCATGACCACGTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGAAATGCTGGTGAGCGTTAAGGCCGCAAACACAgg < 2:4201186/100‑1 (MQ=255) acacTGGCTCTGCAACAGCAGCACCCATGACCACGTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGAAATGCTGGTGAGCGTTAAGGCCGCAAACACAgg < 2:4450165/100‑1 (MQ=255) cacTGGCTCTGCAACAGCAGCACCCATGACCACGTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGAAATGCTGGTGAGCGTTAAGGCCGCAAACACAGGt < 2:812386/100‑1 (MQ=255) cacTGGCTCTGCAACAGCAGCACCCATGACCACGTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGAAATGCTGGTGAGCGTTAAGGCCGCAAACACAGGt < 1:1895810/100‑1 (MQ=255) cacTGGCTCTGCAACAGCAGCACCCATGACCACGTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGAAATGCTGGTGAGCGTTAAGGCCGCAAACACAGGt > 1:3590882/1‑100 (MQ=255) acTGGCTCTGCAACAGCAGCACCCATGACCACGTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGAAATGCTGGTGAGCGTTAAGGCCGCAAACACAGGtt < 2:2290410/100‑1 (MQ=255) ctaactctGCAACACAAGCACACATGACCACGTCAGATCATCCCCCCTGGAGCGGGGAACACGAAATGTATGTGAGCGTTAAAACCGCAAACACAGGatt > 2:3610094/5‑100 (MQ=255) cTGGCTCTGCAACAGCAGCACCCATGACCACGTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGAAATGCTGGTGAGCGTTAATGCCGCAAACACAGGttt > 1:3384317/1‑100 (MQ=255) tGGCTCTGCAACAGCAGCACCCATGACCACGTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGAAATGCTGGTGAGCGTTAATGCCGCAAACACAGGTTTa > 1:5516824/1‑100 (MQ=255) ggCTCTGCAACAGCAGCACCCATGACCACGTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGAAATGCTGGTGAGCGTTAAGGCCGCAAACACAGGTTTAt < 2:5045874/100‑1 (MQ=255) ggCTCTGCAACAGCAGCACCCATGACCACGTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGAAATGCTGGTGAGCGTTAAGGCCGCAAACACAGGTTTAt > 1:3205038/1‑100 (MQ=255) ctGCAACAGCAGCACCCATGACCACGTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGAAATGCTGGTGAGCGTTAAGGCCGCAAACACAGGTTTATcccc > 1:4246758/1‑100 (MQ=255) gCAACAGCAGCACCCATGACCACGTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGAAATGCTGGTGAGCGTTAAGGCCGCAAACACAGGTTTATCCCCGc > 2:4024628/1‑100 (MQ=255) cAACAGCAGCACCCATGCCCACGTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGAAATGCTGGTGAGCGTTAAGGCCGCAAACACAGGTTTATCCCCGCt < 1:4958636/100‑1 (MQ=255) cAACAGCAGCACCCATGACCACGTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGAAATGCTGGTGAGCGTTAAGGCCGCAAACACAGGTTTATCCCCGCt > 1:2822360/1‑100 (MQ=255) cAACAGCAGCACCCATGACCACGTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGAAATGCTGGTGAGCGTTAAGGCCGCAAACACAGGTTTATCCCCGCt > 2:3190647/1‑100 (MQ=255) aaCAGCAGCACCCATGACCACGTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGAAATGCTGGTGAGCGTTAAGGCCGCAAACACAGGTTTATCCCCGCTg > 1:1342155/1‑100 (MQ=255) aaCAGCAGCACCCATGACCACGTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGAAATGCTGGTGAGCGTTAAGGCCGCAAACACAGGTTTATCCCCGCTg > 1:3829203/1‑100 (MQ=255) aCAGCAGCACCCATGACCACGTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGAAATGCTGGTGAGCGTTAAGGCCGCAAACACAGGTTTATCCCCGCTgg > 1:3670189/1‑100 (MQ=255) gcagcaCCCATGACCACGTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGAAATGCTGGTGAGCGTTAAGGCCGCAAACACAGGTTTATCCCCGCTGgcgc > 2:2684299/1‑100 (MQ=255) gcagcaCCCATGACCACGTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGAAATGCTGGTGAGCGTTAAGGCCGCAAACACAGGTTTATCCCCGCTGgcgc > 1:928281/1‑100 (MQ=255) agcaCCCATGACCACGTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGAAATGCTGGTGAGCGTTAAGGCCGCAAACACAGGTTTATCCCCGCTGGCGCgg > 1:1783438/1‑100 (MQ=255) agcaCCCATGACCACGTCGGTCTATCACCGCTGGCGCGGCGAACAAGAAATGCTGGTGAGCGTTAAGGCCTCAAATACAGGTTTATCCCCGCTGGCGCgg < 1:5197223/100‑1 (MQ=255) gcaCCCATGACCACGTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGAAATGCTGGTGAGCGTTAATGCCGCAAACACAGGTTTATCCCCGCTGGCGCggg < 2:608400/100‑1 (MQ=255) caCCCATGACCACGTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGAAATGCTGGTGAGCGTTAAGGCCGCAAACACAGGTTTATCCCCGCTGGCGCgggg < 1:1210480/100‑1 (MQ=255) ccccATGGCCACGCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCAGCGAACACGAAATGCTGGTGAGCGTTAAGGCCGCAAACACAGGTCTATCCCCGCTTGTGCggggc < 2:5065597/99‑2 (MQ=255) aCCCATGACCACGTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGAAATGCTGGTGGGCGTTAAGGCCGCAAACACAGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGa > 1:1770067/1‑100 (MQ=255) aCCCATGACCACGTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCAGGGAACACGAAATGCTGGTGAGCGTTAAGGCCGCAAACACAGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGa < 2:3493877/100‑1 (MQ=255) cccATGACCACGTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGAAATGCTGGTGAGCGTTAAGGCCGCAAACACAGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGaa > 1:5232844/1‑100 (MQ=255) ccATGACCACGTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGAAATGCTGGTGAGCGTTAAGGCCGCAAACACAGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAac < 2:5436230/100‑1 (MQ=255) cATGACCACGTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGAAATGCTGGTGAGCGTTAAGGCCGCAAACACAGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAaca > 2:731234/1‑100 (MQ=255) cATGACCACGTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGAAATGCTGGTGAGCGTTAAGGCCGCAAACACAGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAaca < 2:3357555/100‑1 (MQ=255) aTGACCACGTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGAAATGCTGGTGCGCGTTAAGGCCGCAAACACAGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAacac > 2:1635697/1‑100 (MQ=255) aTGACCACGTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGAAATGCTGGTGAGCGTTAAGGCCGCAAACACAGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAacac > 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aCGTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGAAATGCTGGTGAGCGTTAAGGCCGCAAACACAGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACATTACg > 1:1486797/1‑100 (MQ=255) cGTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGAAATGCTGGTGAGCGTTAAGGCCGCAAACACAGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACATTACGc > 2:2897513/1‑100 (MQ=255) cGTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGAAATGCTGGTGAGCGTTAAGGCCGCAAACACAGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACATTACGc > 2:4534372/1‑100 (MQ=255) gTCGTTTTAGCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGAAATGCTGGTGAGCGTTAAGGCCGCAAAGACAGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACATTACGcc < 2:4227665/100‑1 (MQ=38) gTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGAAATGCTGGTGAGCGTTAAGGCCGCAAACACAGGGTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACATTACGCCtttt < 1:4079912/100‑1 (MQ=255) tATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGAAATGCTGGTGAGCGTTAATGCCGCAAACACAGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACATTACGCCTTTTTGc < 2:2964236/100‑1 (MQ=255) tATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGAAATGCTGGTGAGCGTTAAGGCCGCAAACACAGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACATTACGCCTTTTTGc > 1:1570718/1‑100 (MQ=255) aTCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGAAATGCTGGTGAGCGTTAAGGCCGCAAACACAGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACATTACGCCTTTTTGCg < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |