| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 385,074 | T→G | intergenic (‑458/‑158) | yaiS ← / → tauA | putative PIG‑L family deacetylase/taurine ABC transporter periplasmic binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 385,074 | 0 | T | G | 96.2% | 811.7 / 9.0 | 236 | intergenic (‑458/‑158) | yaiS/tauA | putative PIG‑L family deacetylase/taurine ABC transporter periplasmic binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/6); new base G (120/107); total (123/113) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.17e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 236 total aligned reads displayed.
ATAGTTTTATTATATGTATTGATATTGATAGAAATAATGAAGTAATAAATCTCGTAATGTGGTTGTTTATGCATCACTAAAATGAAGTGTAGTAATTTTCCCAATTGTTAGAACGGAGTAATTGCATATTTAATCTTTCCTTAGCCGTTTTTTTGCTAAGAATAAAATCATCTGTGCGATAACGACTAATTC > NC_000913/384978‑385169 | ataGTTTTATTATATGTATTGATATTGATAGAAATAATGAAGTAATAAATCTCGTAATGTGGTTGTTTATGCATCACTAAAATGAAGTGTAGTAATGTTc < 1:1098664/100‑1 (MQ=255)ataGTTTTATTATATGTATTGATATTGATAGAAATAATGAAGTAATAAATCTCGTAATGTGGTTGTTTATGCATCACTAAAATGAAGTGTAGTAATGTTc > 1:3320128/1‑100 (MQ=255) aGTTTTATTATATGTATTGATATTGATAGAAATAATGAAGTAATAAATCTCGTAATGTGGTTGTTTATGCATCACTAAAATGAAGTGTAGTAATGTTccc < 2:1132308/100‑1 (MQ=255) gTTTTATTATCTGTATTGATATTGATAGAAATAATGAAGTAATAAATCTCGTATTGTGGTTGTTTATGCATCACTAAAATGAAGTGTAGTAATGTTCCCa > 2:5064522/1‑100 (MQ=255) gTTTTATTATATGTATTGATATTGATAGAAATAATGAAGTAATAAATCTCGTAATGTGGTTGTTTATGCATCACTAAAATGAAGTGTAGTAATGTTCCCa > 1:566153/1‑100 (MQ=255) gTTTTATTATATGTATTGATATTGATAGAAATAATGAAGTAATAAATCTCGTAATGTGGTTGTTTATGCATCACTAAAATGAAGTGTAGTAATGTTCCCa > 1:3724913/1‑100 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |