| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,040,512 | A→C | G104G (GGT→GGG) | cptA ← | toxin of CptAB toxin‑antitoxin pair |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,040,512 | 0 | A | C | 97.8% | 792.3 / 1.6 | 233 | G104G (GGT→GGG) | cptA | toxin of CptAB toxin‑antitoxin pair |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (3/2); new base C (111/115); total (116/117) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.81e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.85e-01 | |||||||||||
Only 100 of 233 total aligned reads displayed.
TTATCTTTGCGTCTCTTGTTGCAACAAAATCCGCCGTAAATCCCGCCATTCAGCTTCGTCCATGCTGTCGGCTGCCAGCCATAAATGTTGCCGTTTACCGCCATCAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTGACGATGCTCCACTCCTGCCCTTGCCAACGCAAACGCCCG > NC_000913/3040416‑3040608 | ttatctttGCGTCTCTTGTTGCAACAAAATCCGCCGTAAATCCCGCCATTCAGCTTCGTCCATGCTGTCGGCTGCCAGCCATAAATGTTGCCGTTTCCCg > 1:2626707/1‑100 (MQ=255) tatctttGCGTCTCTTGTTGCAACAAAATCCGCCGTAAATCCCGCCATTCAGCTTCGTCCATGCTGTCGGCTGCCAGCCATAAATGTTGCCGTTTCCCGc > 2:3939146/1‑100 (MQ=255) tatctttGCGTCTCTTGTTGCAACAAAATCCGCCGTAAATCCCGCCATTCAGCTTCGTCCATGCTGTCGGCTGCCAGCCATAAATGTTGCCGTTTCCCGc < 2:326872/100‑1 (MQ=255) atctttGCGTCTCTTGTTGCAACAAAATCCGCCGTAAATCCCGCCATTCAGCTTCGTCCATGCTGTCGGCTGCCAGCCATAAATGTTGCCGTGTCCCGcc > 1:539259/1‑100 (MQ=255) ctttGCGTCTCTTGTTGCAACAAAATCCGCCGTAAATCCCGCCATTCAGCTTCGTCCATGCTGTCGGCTGCCAGCCATAAATGTTGCCGTTTCCCGCCAt > 2:4965673/1‑100 (MQ=255) tttGCGTCTCTTGTTGCAACAAAATCCGCCGTAAATCCCGCCATTCAGCTTCGTCCATGCTGTCGGCTGCCAGCCATAAATGTTGCCGTTTCCCGCCATc > 2:4257855/1‑100 (MQ=255) cGTCTCTTGTTGCAACAAAATCCGCCGTAAATCCCGCCATTCAGCTTCGTCCATGCTGTCGGCTGCCAGCCATAAATGTTGCCGTTTCCCGCCATCAGaa > 2:1742312/1‑100 (MQ=255) cGTCTCTTGTTGCAACAAAATCCGCCGTAAATCCCGCCATTCAGCTTCGTCCATGCTGTCGGCTGCCAGCCATAAATGTTGCCGTTTCCCGCCATCAGaa > 1:483944/1‑100 (MQ=255) gTCTCTTGTTGCAACAAAATCCGCCGTAAATCCCGCCATTCAGCTTCGTCCATGCTGTCGGCTGCCAGCCATAAATGTTGCCGTTTCCCGCCATCAGAAc < 2:478606/100‑1 (MQ=255) tctcTTGTTGCAACAAAATCCGCCGTAAATCCCGCCATTCAGCTTCGTCCATACTGTCGGCTGCCAGCCATAAACGTTGCCGTTTCCCGCCATCAGAACg < 1:4981888/100‑1 (MQ=255) ctctTGTTGCAACAAAATCCGCCGTAAATCCCGCCATTCAGCTTCGTCCATGCTGTCGGCTGCCAGCCATAAATGTTGCCGTTTCCCGCCATCAGAACGt > 2:2373978/1‑100 (MQ=255) tctTGTTGCAACAAAATCCGCCGTAAATCCCGCCATTCAGCTTCGTCCATGCTGTCGGCTGCCAGCCATAAATGTTGCCGTTTCCCGCCATCAGAACGTa > 2:4348662/1‑100 (MQ=255) tgttgCAACAAAATCCGCCGTAAATCCCGCCATTCAGCTTCGTCCATGCTGTCGGCTGCCAGCCATAAATGTTGCCGTTTCCCGCCATCAGAACGTAAAc < 2:2934371/100‑1 (MQ=255) tgttgCAACAAAATCCGCCGTAAATCCCGCCAGTCAGCTTCGTCCATGCTGTCGGCTGCCAGCCATAAATGTTGCCGTTTCCCGCCATCAGAACGTTAAc < 2:5049454/100‑1 (MQ=255) gCAACAAAATCCGCCGTAAATCCCGCCATTCAGCTTCGTCCATGCTGTCGGCTGCCAGCCATAAATGTTGCCGTTTCCCGCCATCAGAACGTAAACgcag > 1:73773/1‑100 (MQ=255) gCAACAAAATCCGCCGTAAATCCCGCCATTCAGCTTCGTCCATGCTGTCGGCTGCCAGCCATAAATGTTGCCGTTTCCCGCCATCAGAACGTAAACgcag > 1:3815224/1‑100 (MQ=255) gCAACAAAATCCGCCGTAAATCCCGCCATTCAGCTTCGTCCATGCTGTCGGCTGCCAGCCATAAATGTTGCCGTTTCCCGCCATCAGAACGTAAACgcag > 1:4069382/1‑100 (MQ=255) caacaaAATCCGCCGTAAATCCGGCAATTCATCTACCTCCAGGATGTCGGCTTCCAGCCATAAATGTTGCCGGTTACCTCCTTTGGAACGTAAACgcatc > 2:1236426/1‑98 (MQ=255) caacaaAATCCGCCGTAAATCCCGCCATTCAGCTTCGTCCATGCTGTCGGCTGCCAGTCATAAATGTTGCCGTTTCCCGCCATCAGAACGTAAACgcagc > 1:5090869/1‑100 (MQ=255) caacaaAATCCGCCGTAAATCCCGCCATTCAGCTTCGTCCATGCTGTCGGCTGCCAGCCATAAATGTTGCCGTTTCCCGCCATCAGAACGTAAACgcagc < 2:1312377/100‑1 (MQ=255) caacaaAATCCGCCGTAAATCCCGCCATTCAGCTTCGTCCATGCTGTCGGCTGCCAGCCATAAATGTTGCCGTTTCCCGCCATCAGAACGTAAACgcagc < 2:2968970/100‑1 (MQ=255) caacaaAATCCGCCGTAAATCCCGCCATTCAGCTTCGTCCATGCTGTCGGCTGCCAGCCATAAATGTTGCCGTTTCCCGCCATCAGAACGTAAACgcagc < 2:460187/100‑1 (MQ=255) aacaaAATCCGCCGTAAATCCCGCCATTCAGCTTCGTCCATGCTGTCGGCTGCCAGCCATAAATGTTGCCGTTTCCCGCCATCAGAACGTAAACgcagca < 1:5401066/100‑1 (MQ=255) acaaAATCCGCCGTAAATCCCGCCATTCAGCTTCGTCCATGCTGTCGGCTGCCAGCCATAAATGTTGCCGTTTCCCGCCATCAGAACGTAAACGCAGcat > 1:1776780/1‑100 (MQ=255) aaaaTCCGCCGTAAATCCCGCCATTCAGCTTCGTCCATGCTGTCGGCTGTCAGCCATAAATGTTGCCGTTTCCCGCCATCAGAACGTAAACGCAGcatca < 2:5414440/100‑1 (MQ=255) aTCCGCCGTAAATCCCGACATTCAGCTTCGTCCATGCTGTCGGCTGCCAGCCATAAATGTTGCCGTTTCCCGCCATCAGAACGTAAACGCAGCATCATGc < 1:1944485/100‑1 (MQ=255) cgccgTAAATCCCGCCATTCAGCTTCGTCCATGCTGTCGGCTGCCAGCCATAAATGTTGCCGTTTCCCGCCATCAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGc > 1:1158127/1‑100 (MQ=255) cgccgTAAATCCCGCCATTCAGCTTCGTCCATGCTGTCGGCTGCCAGCCATAAATGTTGCCGTTTCCCGCCATCAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGc < 1:3384490/100‑1 (MQ=255) ccgTAAATCCCGCCATTCAGCTTCGTCCATGCTGTCGGCTGCCAGCCATAAATGTTGCCGTTTCCCGCCATCAGAACGTAAACGCAGCATCATGACGctc > 1:5270568/1‑100 (MQ=255) cgTAAATCCCGCCATTCAGCTTCGTCCATGCTGTCGGCTGCCAGCAATAAATGTTGCCGCTTCGCGCCATCAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGctct < 2:5157782/100‑1 (MQ=255) gTAAATCCCGCCATTCAGCTTCGTGCATGCTGTCGGCTGCCAGCCATAAATGTTGCCGTTTCCCGCCATCAGAACGTAAACGCCGCATCATGCCGctcct > 2:632063/1‑98 (MQ=255) gTAAATCCCGCCATTCAGCTTCGTCCATGCTGTCGGCTGCCAGCCATAAATGTTGCCGTTTCCCGCCATCAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCtt > 2:3834022/1‑100 (MQ=255) gTAAATCCCGCCATTCAGCTTCGTCCATGCTGTCGGCTGCCAGCCATAAATGTTGCCGTTTCCCGCCATCAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCtt > 2:2881259/1‑100 (MQ=255) gTAAATCCCGCCATTCAGCTTCGTCCATGCTGTCGGCTGCCAGCCATAAATGTTGCCGTTTCCCGCCATCAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCtt > 2:2844782/1‑100 (MQ=255) gTAAATCCCGCCATTCAGCTTCGTCCATGCTGTCGGCTGCCAGCCATAAATGTTGCCGTTTCCCGCCATCAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCtt < 1:1752512/100‑1 (MQ=255) tAAATCCCGCCATTCAGCTTCGTCCATGCTGTCGGCTGCCAGCCATAAATGTTGCCGTTTCCCGCCATCAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTa > 1:1308204/1‑100 (MQ=255) aaaTCCCGCCATTCAGCTTCGTCCATGCTGTCGGCTGCCAGCCATAAATGTTGCCGTTTCCCGCCATCAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTaa < 1:213515/100‑1 (MQ=255) aaTCCCGCCATTCAGCTTCGTCCATGCTGTCGGCTGCCAGCCATAAATGTTGCCGTTTCCCGCCATCAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTaan < 1:4442407/100‑2 (MQ=255) aTCCCGCCATTCAGCTTCGTCCATGCTGTCGGCTGCCAGCCATAAATGTTGCCGTTTCCCGCCATCAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAatc > 1:2896728/1‑100 (MQ=255) cccGCCATTCAGCTTCGTCCATGCTGTCGGCTGCCAGCCATAAATGTTGCCGTTTCCCGCCATCAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAatcat > 2:2285648/1‑100 (MQ=255) cccGCCATTCAGCTTCGTCCATGCTGTCGGCTGCCAGCCATAAATGTTGCCGTTTCCCGCCATCAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAatcat > 2:2068100/1‑100 (MQ=255) ccGCCATTCAGCTTCGTCCATTCTGTCGGCTTCTAGCCTTAAATGTTGCCGTTTGCCGCCCTCAGAGCGGAAACGCAGCATCATGCCGCTCGTAatcatc > 2:1909931/1‑100 (MQ=255) ccGCCATTCAGCTTCGTCCATGCTGTCGGCTGCCAGCCATAAATGTTGCCGTTTCCCGCCATCAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCCCTTAatcatc > 2:3452357/1‑100 (MQ=255) gCCATTCAGCTTCGTCCATGCTGTCGGCTGCCAGCCATAAATGTTGCCGTTTCCCGCCATCAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCa > 1:997503/1‑100 (MQ=255) ccATTCAGCTTCGTCCATGCTGTCGGCTGCCAGCCATAAATGTTGCCGTTTCCCGCCATCAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCAc < 2:4744270/100‑1 (MQ=255) ccATTCAGCTTCGTCCATGCTGTCGGCTGCCAGCCATAAATGTTGCCGTTTCCCGCCATCAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCAc < 2:1499615/100‑1 (MQ=255) cATTCAGCTTCGTCCATGCTGTCGGCTGCCAGCCATAAATGTTGCCGTTTCCCGCCATCAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACg < 1:2483547/100‑1 (MQ=255) cATTCAGCTTCGTCCATGCTGTCGGCTGCCAGCCATAAATGTTGCCGTTTCCCGCCATCAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACg < 2:4506991/100‑1 (MQ=255) aTTCAGCTTCGTCCATGCTGTCGGCTGCCAGCCATAAATGTTGCCGTTTTCCGCCTTCATAACGAAACCGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACgg > 2:5373294/1‑100 (MQ=255) aTTCAGCTTCGTCCATGCTGTCGGCTGCCAGCCATAAATGTTGCCGTTTCCCGCCATCAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACgg < 2:4158737/100‑1 (MQ=255) ttCAGCTTCGTCCATGCTGTCGGCTGCCAGCCATAAATGTTGCCGTTTCCCGCCATCAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGt > 2:3160795/1‑100 (MQ=255) gCTTCGTCCATGCTGTCGGCTGCCAGCCATAAATGTTGCCGTTTCCCGCCATCAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCtt > 2:3353625/1‑100 (MQ=255) cTTCGTCCATGCTGTCGGCTGCCAGCCATAAATGTTGCCGTTTCCCGCCATCAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCttt < 1:3584099/100‑1 (MQ=255) ttCGTCCATGCTGTCGGCTGCCAGCCATAAATGTTGCCGTTTCCCGCCATCAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTg > 2:1599707/1‑100 (MQ=255) tCGTCCATGCTGTCGGCTGCCAGCCATAAATGTTGCCGTTTCCCGCCATCAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTGa < 2:2915955/100‑1 (MQ=255) cGTCCATGCTGTCGGCTGCCAGCCATAAATGTTGCCGTTTCCCGCCATCAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTGAc < 1:3858875/100‑1 (MQ=255) cGTCCATGCTGTCGGCTGCCAGCCATAAATGTTGCCGTTTCCCGCCATCAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTGAc < 1:2322378/100‑1 (MQ=255) cGTCCATGCTGTCGGCTGCCAGCCATAAATGTTGCCGTTTCCCGCCATCAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTGAc > 2:430121/1‑100 (MQ=255) gTCCATGCTGTTGGCTGCCAGCCATAAATGTTGCCGTTTCCCGCCATCAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTGACg > 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gCTGTCGGCTGCCAGCCATAAATGTTGCCGTTTCCCGCCATCAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTGACGATGCTc > 1:3247558/1‑100 (MQ=255) cTGTCGGCTGCCAGCCATAAATGTTGCCGTTTCCCGCCATCAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTGACGATGCTcc < 1:4348840/100‑1 (MQ=255) cTGTCGGCTGCCAGCCATAAATGTTGCCGTTTCCCGCCATCAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTGACGATGCTcc < 1:294717/100‑1 (MQ=255) cTGTCGGCTGCCAGCCATAAATGTTGCCGTTTCCCGCCATCAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTGACGATGCTcc < 1:5303037/100‑1 (MQ=255) gTCGGCTGCCAGCCATAAATGTTGCCGTTTCCCGCCATCAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTGACGATGCTCCAc > 1:4310575/1‑100 (MQ=255) gTCGGCTGCCAGCCATAAATGTTGCCGTTTCCCGCCATCAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTGACGATGCTCCAc < 2:3652165/100‑1 (MQ=255) ggCTGTCAGCCATAAATGTTGCCGTTTCCCGCCATCAGAACGTAAGCGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTGACGATGCTCCACTcc < 2:921013/100‑1 (MQ=255) ggCTGCCAGCCATAAATGTTGCCGTTTCCCGCCATCAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTGACGATGCTCCACTcc < 1:1048071/100‑1 (MQ=255) ggCTGCCAGCCATAAATGTTGCCGTTTCCCGCCATCAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTGACGATGCTCCACTcc < 2:5190134/100‑1 (MQ=255) ggCTGCCAGCCATAAATGTTGCCGTTTCCCGCCATCAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTGACGATGCTCCACTcc < 1:2697709/100‑1 (MQ=255) ggCTGCCAGCCATAAATGTTGCCGTTTCCCGCCATCAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTGACGATGCTCCACTcc < 1:3025717/100‑1 (MQ=255) ggCTGCCAGCCATAAAGGGTGCCGTTGCCCGCCATCAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTGACGATGCTCCACTcc < 2:4093822/100‑1 (MQ=255) cTGCCAGCCATAAATGTTGCCGTTTCCCGCCATCAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTGACGATGCTCCACTCCTg < 1:2493628/100‑1 (MQ=255) cTGCCAGCCATAAATGTTGCCGTGTCCCGCCATCAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTGAATCATCCACGGTGCTTTGACGATGCTCCACGCCTg > 2:249575/1‑100 (MQ=255) gccagccaTAAATGTTGCCGTTTCCCGCCATCAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTGACGATGCTCCACTCCTGcc > 2:3400069/1‑100 (MQ=255) 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2:2604109/100‑1 (MQ=255) aaaTGTTGCCGTTTCCCGCCATCAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTGCCGCTGCTCCACTCCTGCCCTTGCCAAc > 1:1292790/1‑100 (MQ=255) aaaTGTTGCCGTTTCCCGCCATCAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTGACGATGCTCCACTCCTGCCCTTGCCAAc < 2:5299803/100‑1 (MQ=255) taTGGTGCCGTGGCCCGCCATCAGAATGTAAGCGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCTCGGTGCTTTGACGGTGCTCCACTCCTGCCCTTGCCAACg < 2:3007687/99‑1 (MQ=255) aaTGTTGCCGTTTCCCGCCATCAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTGACGATGCTCCACTCCTGCCCTTGCCAACg < 1:4647701/100‑1 (MQ=255) aaTGTTGCCGTGTCCCGCCATAAGAACGTAAGCGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTGACGATGCTCCACTCCTGCCCTTGCCAACg < 2:5219955/100‑1 (MQ=255) ttGCCGTTTCCCACCATCAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTGACGATGCTCCACTCCTGCCCTTGCCAACGCaaa > 2:5293760/1‑100 (MQ=255) tGCCGTTTCCCGCCATCAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTGACGATGCTCCACTCCTGCCCTTGCCAACGCAAAc < 1:3994562/100‑1 (MQ=255) gCCGTTTCCCGCCATCAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTGACGATGCTCCACTCCTGCCCTTGCCAACGCAAACg > 1:3302935/1‑100 (MQ=255) gCCGTTTCCCGCCATCAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTGACGATGCTCCACTCCTGCCCTTGCCAACGCAAACg < 1:2412867/100‑1 (MQ=255) gCCGTTTACCGCCATCAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTGACGATGCTCCACTCCTGCCCTTGCCAACGCAAACg < 1:970112/100‑1 (MQ=255) gTTTCCCGCCATCAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCGCGGTGCTTTGACGATGCTCCACTCCTGCCCTTGCCAACGCAAACGccc > 1:5524544/1‑100 (MQ=255) | TTATCTTTGCGTCTCTTGTTGCAACAAAATCCGCCGTAAATCCCGCCATTCAGCTTCGTCCATGCTGTCGGCTGCCAGCCATAAATGTTGCCGTTTACCGCCATCAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTGACGATGCTCCACTCCTGCCCTTGCCAACGCAAACGCCCG > NC_000913/3040416‑3040608 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |