| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 467,350 | A→C | intergenic (‑38/‑62) | ybaE ← / → cof | putative ABC transporter periplasmic binding protein/thiamine pyrimidine pyrophosphate hydrolase; HMP‑PP phosphatase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 467,350 | 0 | A | C | 99.4% | 640.9 / ‑5.4 | 178 | intergenic (‑38/‑62) | ybaE/cof | putative ABC transporter periplasmic binding protein/thiamine pyrimidine pyrophosphate hydrolase; HMP‑PP phosphatase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base C (99/78); total (99/79) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.44e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 179 total aligned reads displayed.
TTTCCGGCGGAAGGTTGCCACAGACGTTGATACTGGTTAAGACGGTTGAGCAATCGCATATAAACCCGGAACAATATTATTTAACTATTCACTATTACTTCCGTATATATCAGGTGATACTCAATCACCATTAACCGTGTCACAGAGTGGAGAAAGAAATGGCTCGTCTGGCAGCATTTGATATGGATGGCAC > NC_000913/467254‑467446 | tttCCGGCGGAAGGTTGCCACAGACGTTGATACTGGTTAAGACGGTTGAGCAATCGCATATAAACCCGGAACAATATTATTTAACTATTCACTATTCCtt > 2:2042589/1‑100 (MQ=255) ttCCGGCGGAAGGTTGCCACAGACGTTGATACTGGTTAAGACGGTTGAGCAATCGCATATAAACCCGGAACAATATTATTTAACTATTCACTATTCCTTc < 1:1701764/100‑1 (MQ=255) tCCGGCGGAAGGTTGCCACAGACGTTGATACTGGTTAAGACGGTTGAGCAATCGCATATAAACCCGGAACAATATTATTTAACTATTCACTAttccttcc < 2:3735961/100‑1 (MQ=255) ccGGCGGAAGGTTGCCACAGACGTTGATACTGGTTAAGACGGTTGAGCAATCGCATATAAACCCGGAACAATATTATTTAACTATTCACTATTCCTTCCg < 1:2902676/100‑1 (MQ=255) ccGGCGGAAGGTTGCCACAGACGTTGATACTGGTTAAGACGGTTGAGCAATCGCATATAAACCCGGAACAATATTATTTAACTATTCACTATTCCTTCCg < 2:480026/100‑1 (MQ=255) cggcggAAGGTTGCCACAGACGTTGATACTGGTTAAGACGGTTGAGCAATCGCATATAAACCCGGAACAATATTATTTAACTATTCACTATTCCTTCCGt < 2:2200618/100‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |