| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,280,134 | T→G | F52C (TTT→TGT) | yjcE → | putative cation/proton antiporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,280,134 | 0 | T | G | 97.8% | 609.7 / 1.6 | 178 | F52C (TTT→TGT) | yjcE | putative cation/proton antiporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/1); new base G (79/95); total (82/96) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.36e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.40e-01 | |||||||||||
Only 100 of 179 total aligned reads displayed.
TCACTCGTGTCATGCCCTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTTTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCGAG > NC_000913/4280038‑4280229 | tCACTCGTGTCATGCCCTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTGTGa < 2:4628113/100‑1 (MQ=255)tCACTCGTGTCATGCCCTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTGTGa < 2:4627921/100‑1 (MQ=255) cACTCGTGTCATGCCCTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTGTGAt < 2:1933714/100‑1 (MQ=255) cTCGTGTCATGCCCTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTGTGATcc < 1:5464842/100‑1 (MQ=255) cTCGTGTCATGCCCTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTGTGATcc < 1:5294695/100‑1 (MQ=255) cTCGTGTCATGCCCTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTGTGATcc < 2:1463216/100‑1 (MQ=255) cTCGTGTCATGCCCTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTGTGATcc < 2:2308395/100‑1 (MQ=255) cTCGTGTCATGCCCTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTGTGATcc < 2:2794848/100‑1 (MQ=255) cGTGTCATGCCCTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTGTGATCCTg > 2:2895202/1‑100 (MQ=255) cGTGTCATGCCCTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTGTGATCCTg < 1:2099200/100‑1 (MQ=255) ntgtCATGCCCTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTGTGATCCTGa > 1:4438943/2‑100 (MQ=255) gtgtCATGCCCTTTCATATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTGTGATCCTGa < 1:4590438/100‑1 (MQ=255) gtgtCATGCCCTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTGTGATCCTGa < 1:785314/100‑1 (MQ=255) tgtCATGCCCTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTGTGATCCTGaa < 2:5136714/100‑1 (MQ=255) tgtCATGCCCTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTGTGATCCTGaa > 1:476856/1‑100 (MQ=255) gtCATGCCCTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTGTGATCCTGAAc < 1:5521696/100‑1 (MQ=255) gtCATGCCCTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTGTGATCCTGAAc < 1:355178/100‑1 (MQ=255) aTGCCCTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTGTGATCCTGaaaggg > 1:2800946/1‑96 (MQ=255) aTGCCCTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTGTGATCCTGAActct > 2:194108/1‑100 (MQ=255) cccTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTGTGATCCTGAACTCtttt > 1:5148115/1‑100 (MQ=255) cccTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTGTGATCCTGAACTCtttt < 2:2989685/100‑1 (MQ=255) cccTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTGTGATCCTGAACTCtttt > 1:4849842/1‑100 (MQ=255) ccTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTGTGATCCTGAACTCttttt < 2:3067234/100‑1 (MQ=255) ccTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTGTGATCCTGAACTCttttt < 1:3767115/100‑1 (MQ=255) ccTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTGTGATCCTGAACTCttttt > 1:1534616/1‑100 (MQ=255) cTTTCAGATCCCGCTTTCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTGTTATCCTGAACTCTTTTTa < 1:2259113/100‑1 (MQ=255) tttCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTGTGATCCTGAACTCTTTTTAg < 1:5329914/100‑1 (MQ=255) ttCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTGTGATCCTGAACTCTTTTTAGt < 2:50011/100‑1 (MQ=255) ttCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTGTGATCCTGAACTCTTTTTAGt < 2:787337/100‑1 (MQ=255) tCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTGTGATCCTGAACTCTTTTTAGTc < 1:3308359/100‑1 (MQ=255) tCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTGTGATCCTGAACTCTTTTTAGTc < 1:3849376/100‑1 (MQ=255) cAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTGTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCt < 2:3300108/100‑1 (MQ=255) gATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGCCGTTTGGTTTGCATGTGGAGTGTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTg > 1:4348525/1‑100 (MQ=255) gATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTGTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTg > 1:4248028/1‑100 (MQ=255) aTCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTGTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGt < 1:4389219/100‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTGTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGt > 2:631098/1‑100 (MQ=255) tCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTGTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGtt < 2:579621/100‑1 (MQ=255) tCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTGTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGtt < 2:3679610/100‑1 (MQ=255) tCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTGTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGtt < 2:3944840/100‑1 (MQ=255) cccGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTGTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGttt < 2:5441584/100‑1 (MQ=255) cgcttccgcttATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTGTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGTTTAt < 2:3698922/100‑1 (MQ=255) cgcttccgcttATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTGTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGTTTAt < 1:4075366/100‑1 (MQ=255) gcttccgcttATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTGTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGTTTATc > 1:970686/1‑100 (MQ=255) gcttccgcttATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTGTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGTTTATc < 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aTGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTGTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGc < 1:2567314/100‑1 (MQ=255) tGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTGTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCt > 1:1976573/1‑100 (MQ=255) tGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTGTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCt > 2:4228210/1‑100 (MQ=255) gCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTGTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTg > 1:1022219/1‑100 (MQ=255) gCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTGTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTg > 1:4530235/1‑100 (MQ=255) cAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTGTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGt < 2:41387/100‑1 (MQ=255) cAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTGTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGt > 1:3282493/1‑100 (MQ=255) aaaTCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTGTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGtt > 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2:1324374/100‑1 (MQ=255) tACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTGTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAAc > 2:4822006/1‑100 (MQ=255) cTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTGTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGc > 1:2158753/1‑100 (MQ=255) tGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTGTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGcc < 2:2670419/100‑1 (MQ=255) ggCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTGTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCg < 2:863005/100‑1 (MQ=255) ggCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTGTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCg < 2:3464986/100‑1 (MQ=255) gCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTGTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGt > 1:5054969/1‑100 (MQ=255) ccGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTGTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTg < 1:3481339/100‑1 (MQ=255) 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tgtgGAGTTTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGt > 1:3081305/1‑100 (MQ=255) tgtgGAGTGTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGt > 2:4461532/1‑100 (MQ=255) gtgGAGTGTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTc < 2:2557756/100‑1 (MQ=255) ggAGTGTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCga > 2:59495/1‑100 (MQ=255) | TCACTCGTGTCATGCCCTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTTTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCGAG > NC_000913/4280038‑4280229 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |