| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 611,121 | A→C | S458R (AGT→AGG) | fepA ← | ferrienterobactin outer membrane transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 611,121 | 0 | A | C | 99.4% | 621.3 / ‑4.3 | 172 | S458R (AGT→AGG) | fepA | ferrienterobactin outer membrane transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base C (80/91); total (81/91) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.71e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.77e-01 | |||||||||||
Only 100 of 172 total aligned reads displayed.
CGCTTTATAAGCACGGGCGATGCCCATTTTCAGCGTGAAGTCATCGCCTAAACCTTGCGATATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATACTGTGATGATCGAAACGCAGCCCCGGCGTTACGATGGTGCTGTCAGTCAGCTCCATGTTGTTTTCGGCAAACAGCGAGAAAATTTCTGCTTTTGA > NC_000913/611025‑611216 | cgcTTTATAAGCACGGGGGATGCCCATTTTCAGCGTGAAGTCATCGCCTAAACCTTGCGATATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATCCtg < 2:4658478/100‑1 (MQ=255) gcTTTATAAGCACGGGCGATGCCCATTTTCAGCGTGAAGTCATCGCCTAAACCTTGCGATATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATCCtgt > 2:5321030/1‑100 (MQ=255) cTTTATAAGCACGGGCGATGCCCATTTTCAGCGTGAAGTCATCGCCTAAACCTTGCGATATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACGATCCtgtg < 2:5272898/100‑1 (MQ=255) cTTTATAAGCACGGGCGATGCCCATTTTCAGCGTGAAGTCATCGCCTAAACCTTGCGATATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATCCtgtg > 1:94348/1‑100 (MQ=255) tttATAAGCACGGGCGATGCCCATTTTCAGCGTGAAGTCATCGCCTAAACCTTGCGATATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATCCTGtga < 1:4284613/100‑1 (MQ=255) tttATAAGCACGGGCGATGCCCATTTTCAGCGTGAAGTCATCGCCTAAACCGTGCGATATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATCCTGtga < 2:1134446/100‑1 (MQ=255) ttATAAGCACGGGCGATGCCCATTTTCCGCGTGAAGTCATCGCCTAAACCTTGCGATATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATCCTGtgat < 1:5455634/100‑1 (MQ=255) tataAGCACGGGCGATGCCCATTTTCAGCGTGAAGTCATCGCCTAAACCTTGCGGTATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATCCTGtgatg > 1:501819/1‑100 (MQ=255) tataAGCACGGGCGATGCCCATTTTCAGCGTGAAGTCATCGCCTAAACCTTGCGATATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATCCTGtgatg < 1:3462678/100‑1 (MQ=255) tataAGCACGGGCGATGCCCATTTTCAGCGTGAAGTCATCGCCTAAAACTTGCGATATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATCCTGtgatg > 1:5433932/1‑100 (MQ=255) aaGCACGGGCGATGCCCATTTTCAGCGTGAAGTCATCGCCTAAACCTTGCGATATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACGATCCTGTGATGATc < 2:2672914/100‑1 (MQ=255) aaGCACGGGCGATGCCCATTTTCAGCGTGAAGTCATCGCCTAAACCTTGCGATATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATCCTGTGATGATc > 1:2492587/1‑100 (MQ=255) aGCACGGGCGATGCCCATTTTCAGCGTGAAGTCATCGCCTAAACCTTGCGATATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATCCTGTGATGATCg > 1:2711236/1‑100 (MQ=255) gCACGGGCGATGCCCATTTTCAGCGTGAAGTCATCGCCTAAACCTTGCGATATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATCCTGTGATGATCgt < 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cATTTTCAGCGTGAAGTCATCGCCTAAACCTTGCGATATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATCCTGTGATGATCGAAACGCAGCCCCGGc > 2:3548532/1‑100 (MQ=255) cATTTTCAGCGTGAAGTCATCGCCTAAACCTTGCGATATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATCCTGTGATGATCGAAACGCAGCCCCGGc > 2:178844/1‑100 (MQ=255) aTTTTCAGCGTGAAGTCATCGCCTAAACCTTGCGATATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATCCTGTGATGATCGAAACGCAGCCCCGGCg > 1:2857985/1‑100 (MQ=255) aTTTTCAGCGTGAAGTCATCGCCTAAACCTTGCGATATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATCCTGTGATGATCGAAACGCAGCCCCGGCg > 1:1956541/1‑100 (MQ=255) tCAGCGTGAAGTCATCGCCTAAACCTTGCGATATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATCCTGTGATGATCGAAACGCATCCCCGGCGTTAc < 1:4785253/100‑1 (MQ=255) tCAGCGTGAAGTCATCGCCTAAACCTTGCGATATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATCCTGTGATGATCGAAACGCAGCCCCGGCGTTAc < 1:3570650/100‑1 (MQ=255) tCAGCGTGAAGTCATCGCCTAAACCTTGCGATATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGGTATTGCCGACAATCCTGTGATGATCGAAACGCAGCCCCGGCGTTAc < 1:4598176/100‑1 (MQ=255) gCGTGAAGTCATCGCCTAAACCTTGCGATATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATCCTGTGATGATCGAAACGCAGCCCCGGCGTTACGAt > 2:3261990/1‑100 (MQ=255) gCGTGAAGTCATCGCCTAAACCTTGCGATATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATCCTGTGATGATCGAAACGCAGCCCCGGCGTTACGAt < 2:2251597/100‑1 (MQ=255) gTGAAGTCATCGCCTAAACCTTGCGATATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATCCTGTGATGATCGAAACGCAGCCCCGGCGTTACGATgg < 1:2375149/100‑1 (MQ=255) gAAGTCATCGCCTAAACCTTGCGATATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATCCTGTGATGATCGAAACGCAGCCCCGGCGTTACGATGGTg > 1:699833/1‑100 (MQ=255) aaGTCATCGCCTAAACCTTGCGATATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAAGCCTGTGATGATCGAAACGCAGCCCCGGCGTTACGATGGTGc < 2:689718/100‑1 (MQ=255) aGTCATCGCCTACACCGTGCGATAGTTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATCCTGTGATTATCTAAACGCAGCCCCGGCGTTACGATGTTGcc > 2:3326311/1‑99 (MQ=255) gTCATCGCCTAAACCTTGCGATATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATCCTGTGATGATCGAAACGCAGCCCCGGCGTTACGATGGTGCTg < 1:3407857/100‑1 (MQ=255) gTCATCGCCTAAACCTTGCGATATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATCCTGTGATGATCGAAACGCAGCCCCGGCGTTACGATGGTGCTg < 1:3966223/100‑1 (MQ=255) cATCGCCTAAACCTTGCGATATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATCCTGTGATGATCGAAACGCAGCCCCGGCGTTACGATGGTGCTgtc < 2:517580/100‑1 (MQ=255) cATCGCCTAAACCTTGCGATATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATCCTGTGATGATCGAAACGCAGCCCCGGCGTTACGATGGTGCTgtc > 1:4729642/1‑100 (MQ=255) aTCGCCTAAACCTTGCGACATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATCCTGTGATGATCGAAACGCAGCCCCGGCGTTACGATGGTGCTgtca > 2:4970571/1‑100 (MQ=255) tCGCCTAAACCTTGCGATATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATCCTGTGATGATCGAAACGCAGCCCCGGCGTTACGATGGTGCTgtcag > 1:1686347/1‑100 (MQ=255) cGCCTAAACCTTGCGATATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATCCTGTGATGATCGAAACGCAGCCCCGGCGTTACGATGGTGCTgtcagt < 2:2165517/100‑1 (MQ=255) cGCCTAAACCTTGCGATATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATCCTGTGATGATCGAAACGCAGCCCCGGCGTTACGATGGTGCTgtcagt > 2:2392510/1‑100 (MQ=255) cGCCTAAACCTTGCGATATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATCCTGTGATGATCGAAACGCAGCCCCGGCGTTACGATGGTGCTgtcagt < 1:1829608/100‑1 (MQ=255) gCCTAAACCTTGCGATATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATCCTGTGATGATCGAAACGCAGCCCCGGCGTTACGATGGTGCTgtcagtc < 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ccTTGCGATATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATCCTGTGATGATCGAAACGCAGCCCCGGCGTTACGATGGTGCTGTCAGTCAGCTCCa > 1:2089915/1‑100 (MQ=255) cTTGCGATATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATCCTGTGATGATCGAAACGCAGCCCCGGCGTTACGATGGTGCTGTCAGTCAGCTCCAt > 2:4374083/1‑100 (MQ=255) cTTGCGATATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATCCTGTGATGATCGAAACGCAGCCCCGGCGTTACGATGGTGCTGTCAGTCAGCTCCAt < 2:3181572/100‑1 (MQ=255) cTTGCGATATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATCCTGTGATGATCGAAACGCAGCCCCGGCGTTACGATGGTGCTGTCAGTCAGCTCCAt < 1:3838961/100‑1 (MQ=255) ttGCGATATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATCCTGTGATGATCGAAACGCAGCCCCGGCGTTACGATGGTGCTGTCAGTCAGCTCCAtg < 2:4535167/100‑1 (MQ=255) tGCGATATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATCCTGTGATGATCGAAACGCAGCCCCGGCGTTACGATGGTGCTGTCAGTCAGCTCCAtgt < 2:2479810/100‑1 (MQ=255) cGATATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATCCTGTGATGATCGAAACGCAGCCCCGGCGTTACGATGGTGCTGTCAGTCAGCTCCAtgttg > 1:149691/1‑100 (MQ=255) cGATATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATCCTGTGATGATCGAAACGCAGCCCCGGCGTTACGATGGTGCTGTCAGTCAGCTCCAtgttg > 1:782814/1‑100 (MQ=255) gATATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATCCTGTGATGCTCGCAACGCAGCCCCGGCGTTACGATGGTGCTGTCAGTCAGCTCCAtgttgt < 2:1214305/100‑1 (MQ=255) gATATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATCCTGTGATGATCGAAACGCAGCCCCGGCGTTACGATGGTGCTGTCAGTCAGCTCCAtgttgt > 2:1614642/1‑100 (MQ=255) gATATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATCCTGTGATGATCGAAACGCAGCCCCGGCGTTACGATGGTGCTGTCAGTCAGCTCCAtgttgt < 1:4258509/100‑1 (MQ=255) gATATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATCCTGTGATGATCGAAACGCAGCCCCGGCGTTACGATGGTGCTGTCAGTCAGCTCCAtgttgt > 2:2012145/1‑100 (MQ=255) gTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATCCTGTGATGATCGAAACGCAGCCCCGGCGTTACGATGGTGCTGTCAGTCAGCTCCATGTTGTTTTCg > 2:1642432/1‑100 (MQ=255) gTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATCCTGTGATGATCGAAACGCAGCCCCGGCGTTACGATGGTGCTGTCAGTCAGCTCCATGTTGTTTTCg > 1:800263/1‑100 (MQ=255) gTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATCCTGTGATGATCGAAACGCAGCCCCGGCGTTACGATGGTGCTGTCAGTCAGCTCCATGTTGTTTTCg < 2:2118939/100‑1 (MQ=255) 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1:5393721/100‑1 (MQ=255) ttGCCGACAATCCTGTGATGATCGAAACGCAGCCCCGGCGTTACGATGGTGCTGTCAGTCAGCTCCATGTTGTTTTCGGCAAACAGCGAGAAAATTTCTg < 1:1892830/100‑1 (MQ=255) tGCCGACAATCCTGTGATGATCGAAACGCAGCCCCGGCGTTACGATGGTGCTGTCAGTCAGCTCCATGTTGTTTTCGGCAAACAGCGAGAAAATTTCTGc < 1:4069863/100‑1 (MQ=255) gCCGACAATCCTGTGATGATCGAAACGCAGCCCCGGCGTTACGATGGTGCTGTCAGTCAGCTCCATGTTGTTTTCGGCAAACAGCGAGAAAATTTCTGCt > 1:5107806/1‑100 (MQ=255) ccGACAATCCTGTGATGATCGAAACGCAGCCCCGGCGTTACGATGGTGCTGTCAGTCAGCTCCATGTTGTTTTCGGCAACCAGCGAGAAAATTTCTGCtt > 2:3909572/1‑100 (MQ=255) ccGACAATCCTGTGATGATCGAAACGCAGCCCCGGCGTTACGATGGTGCTGTCAGTCAGCTCCATGTTGTTTTCGGCAAACAGCGAGAAAATTTCTGCtt > 1:2111299/1‑100 (MQ=255) cGACAATCCTGTGATGATCGAAACGCAGCCCCGGCGTTACGATGGTGCTGTCAGTCAGCTCCATGTTGTTTTCGGCAAACAGCGAGAAAATTTCTGCttt < 2:4645960/100‑1 (MQ=255) cGACAATCCTGTGATGATCGAAACGCAGCCCCGGCGTTACGATGGTGCTGTCAGTCAGCTCCATGTTGTTTTCGGCAAACAGCGAGAAAATTTCTGCttt > 2:359885/1‑100 (MQ=255) cGACAATCCTGTGATGATCGAAACGCAGCCCCGGCGTTACGATGGTGCTGTCAGTCAGCTCCATGTTGTTTTCGGCAAACAGCGAGAAAATTTCTGCttt > 2:2831979/1‑100 (MQ=255) aCAATCCTGTGATGATCGAAACGCAGCCCCGGCGTTACGATGGTGCTGTCAGTCAGCTCCATGTTGTTTTCGGCAAACAGCGAGAAAATTTCTGCTTTTg < 2:867815/100‑1 (MQ=255) aCAATCCTGTGATGATCGAAACGCAGCCCCGGCGTTACGATGGTGCTGTCAGTCAGCTCCATGTTGTTTTCGGCAAACAGCGAGAAAATTTCTGCTTTTg < 2:1895191/100‑1 (MQ=255) aCAATCCTGTGATGATCGAAACGCAGCCCCGGCGTTACGATGGTGCTGTCAGTCAGCTCCATGTTGTTTTCGGCAAACAGCGAGAAAATTTCTGCTTTTg < 2:2155882/100‑1 (MQ=255) | CGCTTTATAAGCACGGGCGATGCCCATTTTCAGCGTGAAGTCATCGCCTAAACCTTGCGATATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATACTGTGATGATCGAAACGCAGCCCCGGCGTTACGATGGTGCTGTCAGTCAGCTCCATGTTGTTTTCGGCAAACAGCGAGAAAATTTCTGCTTTTGA > NC_000913/611025‑611216 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |