| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 813,480 | A→C | intergenic (+533/‑46) | bioD → / → uvrB | dethiobiotin synthetase/exision nuclease of nucleotide excision repair, DNA damage recognition component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 813,480 | 0 | A | C | 97.6% | 696.8 / 2.2 | 207 | intergenic (+533/‑46) | bioD/uvrB | dethiobiotin synthetase/exision nuclease of nucleotide excision repair, DNA damage recognition component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (3/2); new base C (107/95); total (110/97) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.76e-01 | |||||||||||
Only 100 of 213 total aligned reads displayed.
CATGATTGACAGCGGAGTTTACGCTGTATCAGAAATATTATGGTGATGAACTGTTTTTTTATCCAGTATAATTTGTTGGCATAATTAAGTACGACGAGTAAAATTACATACCTGCCCGCCCAACTCCTTCAGGTAGCGACTCATGAGTAAACCGTTCAAACTGAATTCCGCTTTTAAACCTTCTGGCGATC > NC_000913/813384‑813574 | aTTGACAGCGGAGTTTACGCTGTATCAGAAATATTATGGTGATGAACTGTTTTTTTATCCAGTATAATTTGTTGGCATAATTAAGTACGACGAGTAAAAt > 2:3647726/1‑100 (MQ=255) tGACAGCGGAGTTTACGCTGTATCAGAAATATTATGTTGATGAACTGTTTTTTTATCCAGTATAATTTGTTGGCATAATTAAGTACGACGCGTAAAATTa < 2:3915912/100‑1 (MQ=255) tGACAGCGGAGTTTACGCTGTATCAGAAATATTATGGTGATGAACTGTTTTTTTATCCAGTATAATTTGTTGGCATAATTAAGTACGACGCGTAAAATTa > 2:5468777/1‑100 (MQ=255) tGACAGCGGAGTTTACGCTGTATCAGAAATATTATGGTGATGAACTGTTTTTTTATCCAGTATAATTTGTTGGCATAATTAAGTACGACGCGTAAAATTa < 2:5401648/100‑1 (MQ=255) tGACAGCGGAGTTTACGCTGTATCAGAAATATTATGGTGATGAACTGTTTTTTTATCCAGTATAATTTGTTGGCATAATTAAGTACGACGCGTAAAATTa < 2:2120026/100‑1 (MQ=255) aCAGCGGAGTTTACGCTGTATCAGAAATATTATGGTGATGAACTGTTTTTTTATCCAGTATAATTTGTTGGCATAATTAAGTACGACGCGTAAAATTACa < 1:1075614/100‑1 (MQ=255) 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ntgatgaACTGTTTTTTTTTTTTTTTTTATTTGTTGGAATAATTAAGTACGACGCGTAAAATTACATACCTGCCCGCCCAACTCCTTCAGGTAGCGAcac > 2:102948/2‑98 (MQ=255) gTGATGAACTGTTTTTTTATCCAGTATAATTTGTTGGCATAATTAAGTACGACGCGTAAAATTACATACCTGCCCGCCCAACTCCTTCAGGTAGCGACTc > 1:5530906/1‑100 (MQ=255) gTGATGAACTGTTTTTTTATCCAGTATAATTTGTTGGCATAATTAAGTACGACGCGTAAAATTACATACCTGCCCGCCCAACTCCTTCAGGTAGCGACTc > 1:4041317/1‑100 (MQ=255) gTGATGAACTGTTTTTTTATCCAGTATAATTTGTTGGCATAATTAAGTACGACGCGTAAAATTACATACCTGCCCGCCCAACTCCTTCAGGTAGCGACTc > 1:1204753/1‑100 (MQ=255) tgatgaACTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTTGGCATAATTAAGTACGACTCGTAAATTTACATACTTGCCCGCCCAACTCCTTCAGGTAGCGACTCa > 2:2925415/1‑100 (MQ=255) tgatgaACTGTTTTTTTATCCAGTATAATTTGTTGGCATAATTAAGTACGACGCGTAAAATTACATACCTGCCCGCCCAACTCCTTCAGGTAGCGACTCa < 1:5388745/100‑1 (MQ=255) ngatgaACTGTTTTTTTATCCAGTATAATTTGTTGGCATAATTAAGTACGACGCGTAAAATTACATACCTGCCCGCCCAACTCCTTCAGGTAGCGACTCa > 1:2401763/2‑100 (MQ=255) atgaACTGTTTTTTTATCCAGTATAATTTGTTGGCATAATTAAGTACGACGCGTAAAATTACATACCTGCCCGCCCAACTCCTTCAGGTAGCGACTCATg < 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1:4741188/1‑100 (MQ=255) aTAATTAAGTACGACGCGTAAAATTACATACCTGCCCGCCCAACTCCTTCAGGTAGCGACTCATGAGTAAACCGTTCAAACTGAATTCCGCTTTTAAAcc < 2:4529754/100‑1 (MQ=255) tAAGTACGACGCGTAAAATTACATACCTGCCCGCCCAACTCCTTCAGGTAGCGACTCATGAGTAAACCGTTCAAACTGAATTCCGCTTTTAAACCTTCTg > 2:4613147/1‑100 (MQ=255) tAAGTACGACGCGTAAAATTACATACCTGCCCGCCCAACTCCTTCAGGTAGCGACTCATGAGTAAACCGTTCAAACTGAATTCCGCTTTTAAACCTTCTg < 2:1602341/100‑1 (MQ=255) aGTACGACGCGTAAAATTACATACCTGCCCGCCCAACTCCTTCAGGTAGCGACTCATGAGTAAACCGTTCAAACTGAATTCCGCTTTTAAACCTTCTGGc < 1:3539431/100‑1 (MQ=255) aGTACGACGCGTAAAATTACATACCTGCCCGCCCAACTCCTTCAGGTAGCGACTCATGAGTAAACCGTTCAAACTGAATTCCGCTTTTAAACCTTCTGGc < 1:1011636/100‑1 (MQ=255) tACGACGCGTAAAATTACATACCTGCCCGCCCAACTCCTTCAGGTAGCGACTCATGAGTAAACCGTTCAAACTGAATTCCGCTTTTAAACCTTCTGGCGa > 1:2867187/1‑100 (MQ=255) acgacgCGTAAAATTACATACCTGCCCGCCCAACTCCTTCAGGTAGCGACTCATGAGTAAACCGTTCAAACTGAATTCCGCTTTTAAACCTTCTGGCGAt > 1:4935334/1‑100 (MQ=255) cgacgcGTAAAATTACATACCTGCCCGCCCAACTCCTTCAGGTAGCGACTCATGAGTAAACCGTTCAAACTGAATTCCGCTTTTAAACCTTCTGGCGATc < 2:1472064/100‑1 (MQ=255) cgacgcGTAAAATTACATACCTGCCCGCCCAACTCCTTCAGGTAGCGACTCATGAGTAAACCGTTCAAACTGAATTCCGCTTTTAAACCTTCTGGCGATc < 2:1335922/100‑1 (MQ=255) cgacgcGTAAAATTACATACCTGCCCGCCCAACTCCTTCAGGTAGCGACTCATGAGTAAACCGTTCAAACTGAATTCCGCTTTTAAACCTTCTGGCGATc < 2:4003887/100‑1 (MQ=255) cgacgcGTAAAATTACATACCTGCCCGCCCAACTCCTGCAGGTAGCGACTCATGAGTAAACCGTTCAAACTGAATTCCGCTTTTAAACCTTCTGGCGATc < 1:1784740/100‑1 (MQ=255) | CATGATTGACAGCGGAGTTTACGCTGTATCAGAAATATTATGGTGATGAACTGTTTTTTTATCCAGTATAATTTGTTGGCATAATTAAGTACGACGAGTAAAATTACATACCTGCCCGCCCAACTCCTTCAGGTAGCGACTCATGAGTAAACCGTTCAAACTGAATTCCGCTTTTAAACCTTCTGGCGATC > NC_000913/813384‑813574 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |