| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 930,957 | A→C | N2K (AAT→AAG) | cydD ← | glutathione/cysteine ABC transporter export permease/ATPase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 930,957 | 0 | A | C | 99.1% | 786.3 / ‑2.6 | 224 | N2K (AAT→AAG) | cydD | glutathione/cysteine ABC transporter export permease/ATPase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base C (115/107); total (116/108) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.84e-01 | |||||||||||
Only 100 of 229 total aligned reads displayed.
GCTCACAAAGCCCAGCAGACGAGAAATATTCAGCCAACGTTGGGAGATGACGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTATTCATTGCACGCTTAGCAGGTGAGTTATCAGAATTATTTGCAGAGCAATGTTACAACGGGGAAAAAATAAAGGCGACCCATAGTCGCATGGTGTCG > NC_000913/930861‑931053 | gCTCACAAAGCCCAGCAGACGAGAAATATTCAGCCAACGTTGGGAGATGACGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATttcttc < 2:3163996/100‑1 (MQ=255)gCTCACAAAGCCCAGCAGACGAGAAATATTCAGCCAACGTTGGGAGATGACGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATttcttc > 1:378723/1‑100 (MQ=255)gCTCACAAAGCCCAGCAGACGAGAAATATTCAGCCAACGTTGGGAGATGACGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATttcttc > 2:5086916/1‑100 (MQ=255)gCTCACAAAGCCCAGCAGACGAGAAATATTCAGCCAACGTTGGGAGATGACGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATttcttc > 1:1850718/1‑100 (MQ=255) cTCACAAAGCCCAGCAGACGAGAAATATTCAGCCAACGTTGGGAGATGACGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTCTTCa < 1:956187/100‑1 (MQ=255) tCACAAAGCCCAGCAGACGAGAAATATTCAGCCAACGTTGGGAGATGACGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTCTTCAt < 2:4615199/100‑1 (MQ=255) tCACAAAGCCCAGCAGACGAGAAATATTCAGCCAACGTTGGGAGATGACGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTCTTCAt < 2:4881583/100‑1 (MQ=255) caaaaaGCCCAGCAGACGAGAAATATTAAGCCAACGTTGGGAGATGACGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTCTTGACGAGATTTCTTTAtt > 1:819851/4‑100 (MQ=255) acaAAGCCCAGCAGACGAGAAATATTCAGCCAACGTTGGGAGATGACGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTCTTCATTg > 1:148517/1‑100 (MQ=255) caAAGCCCAGCAGACGAGAAATATTCAGCCAACGTTGGGAGATGACGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTCTTCATTGc > 2:5332738/1‑100 (MQ=255) caAAGCCCAGCAGACGAGAAATATTCAGCCAACGTTGGGAGATGACGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTCTTCATTGc > 2:3717317/1‑100 (MQ=255) aaaGCCCAGCAGACGAGAAATATTCAGCCAACGTTGGGAGATGACGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTCTTCATTGCa < 2:4569183/100‑1 (MQ=255) aGCCCAGCAGACGAGAAATATTCAGCCAACGTTGGGAGATGACGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTCTTCATTGCACg < 2:4160670/100‑1 (MQ=255) gCCCAGCAGACGAGAAATATTCAGCCAACGTTGGGAGATGACGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTCTTCATTGCACGc > 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gagaAATATTCAGCCAACGTTGGGAGATGACGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTCTTCATTGCACGCTTAGTAGGTGa > 2:102107/1‑100 (MQ=255) gagaAATATTCAGCCAACGTTGGGAGATGACGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTCTTCATTGCACGCTTAGCAGGTGa > 1:1238191/1‑100 (MQ=255) ngaAATATTCAGCCAACGTTGGGAGATGACGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTCTTCATTGCACGCTTAGCAGGTGAg > 1:4449049/2‑100 (MQ=255) gaAATATTCAGCCAACGTTGGGAGATGACGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTCTTCATTGCACGCTTAGCAGGTGAGt > 1:4785535/1‑100 (MQ=255) gaAATATTCAGCCAACGTTGGGAGATGACGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTATTGACGAGATTTCTTCATTGCACGCTTAGCAGGTGAGt < 2:5053878/100‑1 (MQ=255) aaaTATTCAGCCAACGTTGGGAAATGACGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTCTTCATTGCACGCTTAGCAGGTGAGtt > 1:4660094/1‑100 (MQ=255) aaTATTCAGCCAACGTTGGGAGATGACGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTCTTCATTGCACGCTTAGCAGGTGAGTTa > 1:3534793/1‑100 (MQ=255) atatTCAGCCAACGTTGGGAGATGACGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTCTTCATTGCACGCTTAGCAGGTGAGTTAt > 1:452694/1‑100 (MQ=255) atatTCAGCCAACGTTGGGAGATGACGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGGTAAACTCTTTTTGACGAGATTTCTTCATTGCACGCTTAGCAGGTGAGTTAt > 2:5410233/1‑100 (MQ=255) tatTCAGCCAACGTTGGGAGATGACGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTCTTCATTGCACGCTTAGCAGGTGAGTTATc > 2:1749511/1‑100 (MQ=255) tatTCAGCCAACGTTGGGAGATGACGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTGTTTGACGAGATTTCTTCATTGCACGCTTAGCAGGTGAGTTATc > 2:3676325/1‑100 (MQ=255) ttCAGCCAACGTTGGGAGATGACGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTCTTCATTGCACGCTTAGCAGGTGAGTTATCAg > 2:1496536/1‑100 (MQ=255) cAGCCAACGTTGGGAGATGACGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTCTTCATTGCACGCTTAGCAGGTGAGTTATCAGaa > 2:1581962/1‑100 (MQ=255) cAGCCAACGTTGGGAGATGACGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTCTTCATTGCACGCTTAGCAGGTGAGTTATCAGaa > 2:2337384/1‑100 (MQ=255) aGCCAACGTTGGGAGATGACGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTCTTCATTGCACGCTTAGCAGGTGAGTTATCAGAat > 2:4333924/1‑100 (MQ=255) aGCCAACGTTGGGAGATGACGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTCTTCATTGCACGCTTAGCAGGTGAGTTATCAGAat < 1:2109757/100‑1 (MQ=255) aaCGTTGGGAGATGACGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTCTTCATTGCACGCTTAGCAGGTGAGTTATCAGAattatt > 1:1300461/1‑100 (MQ=255) aaCGTTGGGAGATGACGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTCTTCATTGCACGCTTAGCAGGTGAGTTATCAGAattatt > 2:1114282/1‑100 (MQ=255) cGTTGGGAGATGACGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTCTTCATTGCACGCTTAGCAGGTGAGTTATCAGAATTATTTg < 2:1326139/100‑1 (MQ=255) ttGGGAGATGACGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTCTTCATTGCACGCTTAGCAGGTGAGTTATCAGAATTATTTGCa < 1:3701284/100‑1 (MQ=255) ttGGGAGATGACGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTCTTCATTGCACGCTTAGCAGGTGAGTTATCAGAATTATTTGCa < 1:1175439/100‑1 (MQ=255) tGGGAGATGACGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTCTTCATTGCACGGTTAGCAGGTGAGTTATCAGAATTATTTGCag < 1:4461898/100‑1 (MQ=255) tGGGAGATGACGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTCTTCATTGCACGCTTAGCAGGTGAGTTATCAGAATTATTTGCag > 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gagaTGACGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTATTCATTGCACGCTTAGCAGGTGAGTTATCATAATTATTTGCAGAGc < 2:4184394/100‑1 (MQ=255) aTGACGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTCTTCATTGCACGCTTAGCAGGTGAGTTATCAGAATTATTTGCAGAGCAAt < 1:5483550/100‑1 (MQ=255) aTGACGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTCTTCATTGCACGCTTAGCAGGTGAGTTATCAGAATTATTTGCAGAGCAAt > 1:3399581/1‑100 (MQ=255) tGACGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGTTTATCTGTTTTTGACGAGCTTTCTTCATTGCACGCTTAGCCGGTGAGTTATTAGAATTATTTGCAGAGCAATg < 2:1277124/100‑1 (MQ=255) tGACGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGTTGTTTTTTCTTGATTGCACGCTTGGCAGGTGAGTTATCAGTATTATTGGCAGAGCAATg > 2:610454/1‑100 (MQ=255) tGACGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTCTTCATTGCACGCTTAGCAGGTGAGTTATCAGAATTATTTGCAGAGCAATg > 1:4043620/1‑100 (MQ=255) tGACGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTCTTCATTGCACGCTTAGCAGGTGAGTTATCAGAATTATTTGCAGAGCAATg < 2:2864893/100‑1 (MQ=255) tGACGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTCTTCATTGCACGCTTAGCAGGTGAGTTATCAGAATTATTTGCAGAGCAATg > 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gACGAGATTTCTTCATTGCACGCTTAGCAGATGAGTTATCAGAATTATTTGCAGAGCAATGTAAAAAAAAAAAAAAAATAAAGGCGACCCATAGTCGCAt < 2:2990468/100‑1 (MQ=255) aCGAGATTTCTTCATTGCACGCTTAGCAGGTGAGTTATCAGAATTATTTGCAGAGCAATGTTACAACGGGGAAAAAATAAAGGCGACCCATAGTCGCATg < 2:447712/100‑1 (MQ=255) cGAGATTTCTTCATTGCACGCTTAGCAGGTGAGTTATCAGAATTATTTGCAGAGCAATGTTACAACGGGGAAAAAATAAAGGCGACCCATAGTCGCATgg > 2:2154928/1‑100 (MQ=255) cGAGATTTCTTCATTGCACGCTTAGCAGGTGAGTTATCAGAATTATTTGCAGAGCAATGTTACAACGGGGAAAAAATAAAGGCGACCCATAGTCGCATgg < 2:2742585/100‑1 (MQ=255) | GCTCACAAAGCCCAGCAGACGAGAAATATTCAGCCAACGTTGGGAGATGACGCTTTGCTGTTTTAACCAGCGGGTTAACTCTTTTTGACGAGATTTATTCATTGCACGCTTAGCAGGTGAGTTATCAGAATTATTTGCAGAGCAATGTTACAACGGGGAAAAAATAAAGGCGACCCATAGTCGCATGGTGTCG > NC_000913/930861‑931053 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |