| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,078,882 | T→G | M1M (ATG→CTG) † | putA ← | fused DNA‑binding transcriptional regulator/proline dehydrogenase/pyrroline‑5‑carboxylate dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,078,882 | 0 | T | G | 98.7% | 806.8 / ‑4.0 | 226 | M1M (ATG→CTG) † | putA | fused DNA‑binding transcriptional regulator/proline dehydrogenase/pyrroline‑5‑carboxylate dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/1); new base G (113/110); total (115/111) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 226 total aligned reads displayed.
ATTAACCAGTGTGGTGTGCGATCGATACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCATGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGAAATATCCATGATGTTGCAACTTTGTGCAACCATGTTAAATGTGACATGC > NC_000913/1078785‑1078978 | attaaCCAGTGTGGTGTGCGATCGATACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGc < 1:3391763/100‑1 (MQ=255)attaaCCAGTGTGGTGTGCGATCGATACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGc < 2:4158074/100‑1 (MQ=255)attaaCCAGTGTGGTGTGCGATCGATACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGc > 2:1506182/1‑100 (MQ=255) ttaaCCAGTGTGGTGTGCGATCGATACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGcc < 2:227797/100‑1 (MQ=255) aaCCAGTGTGGTGTGCGATCGATACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCAt > 1:1162298/1‑100 (MQ=255) aaCCAGTGTGGTGTGCGATCGATACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCAt < 2:1805757/100‑1 (MQ=255) ccAGTGTGGTGTGCGATCGATACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTa > 1:1429007/1‑100 (MQ=255) cAGTGTGGTGTGCGATCGATACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTAc < 1:3360559/100‑1 (MQ=255) cAGTGTGGTGTGCGATCGATACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTAc < 2:362187/100‑1 (MQ=255) cAGTGTGGTGTGCGATCGATACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTAc < 2:2189996/100‑1 (MQ=255) atctgtggtgtgCGATCGATACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTAc < 2:2581500/97‑1 (MQ=255) gtgtggtgtgCGATCGATACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTc > 1:745542/1‑100 (MQ=255) tgtggtgtgCGATCGATACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTcc < 2:4954280/100‑1 (MQ=255) tgtggtgtgCGATCGATACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTcc < 1:2788156/100‑1 (MQ=255) tgtggtgtgCGATCGATACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTcc < 1:783606/100‑1 (MQ=255) tgtggtgtgCGATCGATACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTcc < 2:2931619/100‑1 (MQ=255) gtggtgtgCGATCGATACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTAcagat > 1:2606989/1‑96 (MQ=255) gtggtgtgCGATCGATACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTCCt > 1:1478474/1‑100 (MQ=255) tggtgtgCGATCGATACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTCCtg < 2:4795943/100‑1 (MQ=255) ggtgtgCGATCGATACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCATGCCATTACTCCttt > 2:4107356/1‑98 (MQ=255) ggtgtgCGATCGATACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTCCtgt > 2:4339445/1‑100 (MQ=255) ggtgtgCGATCGATACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTCCtgt < 1:113866/100‑1 (MQ=255) ggtgtgCGATCGATACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTCCtgt < 1:1461939/100‑1 (MQ=255) tgtgCGATCGATACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTCCtgttg < 1:1525377/100‑1 (MQ=255) gtgCGATCGATACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTCCtgttgt > 1:812333/1‑100 (MQ=255) tgCGATCGATACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTCCTgttgtt > 1:1853550/1‑100 (MQ=255) gCGATCGATACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTCCTGTTGTTc < 1:1392540/100‑1 (MQ=255) gCGATCGATACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTAGTTCCCAGGCCATTACTCCTGTTGTTc > 1:4827373/1‑100 (MQ=255) cgatcgatACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTCCTGTTGTTCa < 1:5473361/100‑1 (MQ=255) cgatcgatACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTCCTGTTGTTCa < 2:3799241/100‑1 (MQ=255) cgatcgatACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTCCTGTTGTTCa > 1:2556849/1‑100 (MQ=255) gatcgatACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTCCTGTTGTTccg > 1:1622715/1‑98 (MQ=255) gatcgatACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTCCTGTTGTTCAg > 1:4324634/1‑100 (MQ=255) gatcgatACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTCCTGTTGTTCAg < 2:4442032/100‑1 (MQ=255) gatACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAg > 1:3881449/1‑100 (MQ=255) gatACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAg < 2:878049/100‑1 (MQ=255) atACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAgg < 1:1585736/100‑1 (MQ=255) atACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAgg < 1:3476879/100‑1 (MQ=255) cGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGc > 1:3724896/1‑100 (MQ=255) cGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGc < 2:736068/100‑1 (MQ=255) gtgtCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCa < 2:1663109/100‑1 (MQ=255) gtCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAAc < 1:1741053/100‑1 (MQ=255) cgcgGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACtt < 2:1954043/100‑1 (MQ=255) cgcgGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACtt > 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tACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGaa < 2:323239/100‑1 (MQ=255) cTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCCGGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGAAatat > 2:5026922/1‑100 (MQ=255) cACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGAAATATcc > 1:1690421/1‑100 (MQ=255) gcgtcgcgtcGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGAAATATCCatg < 2:1310215/100‑1 (MQ=255) gcgtcgcgtcGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGAAATATCCatg < 1:2202566/100‑1 (MQ=255) gtcgcgtcgTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGAAATATCCatgat > 1:1539190/1‑100 (MQ=255) cgtcgtCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGAAATATCCATGATGTTg > 2:2724581/1‑100 (MQ=255) gtcgtgCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCAGGCCATTACTCCTGTCGTTCAGACAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGAAATATCCATGATGTTGc < 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ttCCCAGGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGAAACTTAACGTTATCGTGAAATATCCATGATGTTGCAACTTTGTGCAACCATGTTAAATGTGACa < 2:2253065/100‑1 (MQ=255) cccAGGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGAAATATCCATGATGTTGCAACTTTGTGCAACCATGTTAAATGTGACATg > 2:4990941/1‑100 (MQ=255) cccAGGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGAAATATCCATGATGTTGCAACTTTGTGCAACCATGTTAAATGTGACATg < 1:4594794/100‑1 (MQ=255) ccAGGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGAAATATCCATGATGTTGCAACTTTGTGCAACCATGTTAAATGTGACATGc > 1:1240973/1‑100 (MQ=255) | ATTAACCAGTGTGGTGTGCGATCGATACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCATGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGAAATATCCATGATGTTGCAACTTTGTGCAACCATGTTAAATGTGACATGC > NC_000913/1078785‑1078978 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |