| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 142,754 | A→C | intergenic (‑84/‑25) | can ← / → yadG | carbonic anhydrase/putative ABC transporter ATPase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 142,754 | 0 | A | C | 99.1% | 785.2 / ‑2.2 | 222 | intergenic (‑84/‑25) | can/yadG | carbonic anhydrase/putative ABC transporter ATPase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/0); new base C (121/99); total (123/99) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.04e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.22e-01 | |||||||||||
Only 100 of 222 total aligned reads displayed.
TCTATGTCTTTCATGGAGGTTAACGACCTGTAACCAAATAATTACGTTTGGCTAATATAGGGCAACTCCGGGACGATTTAAACCACAGATAAAGTGTAAGAACGTAAGGTAAGTAAAAATTTATGACCATTGCACTGGAACTTCAACAGCTTAAAAAAACCTATCCAGGCGGCGTTCAGGCGCTTCGTGGGAT > NC_000913/142657‑142849 | tCTATGTCTTTCATGGAGGTTAACGACCTGTAACCAAATAATTACGTTTGGCTAATATAGGGCAACTCCGGGACGATTTAAACCACAGATAAAGTGTCAg > 2:4046091/1‑100 (MQ=255) tGTCTTTCATGGAGGTTAACGACCTGTAACCAAATAATTACGTTTGGCTAATATAGGGCAACTCCGGGACGATTTAAACCACAGATAAAGTGTCAGAACg < 2:2487834/100‑1 (MQ=255) tGTCTTTCATGGAGGTTAACGACCTGTAACCAAATAATTACGTTTGGCTAATATAGGGCAACTCCGGGACGATTTAAACCACAGATAAAGTGTCAGAACg > 2:835299/1‑100 (MQ=255) tCTTTCATGGAGGTTAACGACCTGTAACCAAATAATTACGTTTGGCTAATATAGGGCAACTCCGGGACGATTTAAACCACAGATAAAGTGTCAGAACgta < 2:1738960/100‑1 (MQ=255) cTTTGATGGAGGTTAACGACCTGTAACCAAATAATTACGTTTGGCTAATATAGGGCAACTCCGGGACGATTTAAACCACAGATAAAGTGTCAGAACgtaa > 2:4648993/1‑100 (MQ=255) cTTTCATGGAGGTTAACGACCTGTAACCAAATAATTACGTTTGGCTAATATAGGGCAACTCCGGGACGATTTAAACCACAGATAAAGTGTCAGAACgtaa < 1:3130603/100‑1 (MQ=255) 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aTAAAGTGTCAGAACGTAAGGTAAGTAAAAATTTATGACCATTGCACTGGAACTTCAACAGCTTAAAAAAACCTATCCAGGCGGCGTTCAGGCGCTTCGt < 1:3106467/100‑1 (MQ=255) aaGTGTCAGAACGTAAGGTAAGTAAAAATTTATGACCATTGCACTGGAACTTCAACAGCTTAAAAAAACCTATCCAGGCGGCGTTCAGGCGCTTCGTggg > 2:2832467/1‑100 (MQ=255) aaGTGTCAGAACGTAAGGTAAGTAAAAATTTATGACCATTGCACTGGAACTTCAACAGCTTAAAAAAACCTATCCAGGCGGCGTTCAGGCGCTTCGTggg < 1:3852589/100‑1 (MQ=255) aGTGTCAGAACGTAAGGTAAGTAAAAATTTATGACCATTGCACTGGAACTTCAACAGCTTAAAAAAACCTATCCAGGCGGCGTTCAGGCGCTTCGTGGGa < 2:2594555/100‑1 (MQ=255) | TCTATGTCTTTCATGGAGGTTAACGACCTGTAACCAAATAATTACGTTTGGCTAATATAGGGCAACTCCGGGACGATTTAAACCACAGATAAAGTGTAAGAACGTAAGGTAAGTAAAAATTTATGACCATTGCACTGGAACTTCAACAGCTTAAAAAAACCTATCCAGGCGGCGTTCAGGCGCTTCGTGGGAT > NC_000913/142657‑142849 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |