| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,216,638 | T→G | intergenic (+3/‑110) | ariR → / → ymgC | RcsB connector protein for regulation of biofilm and acid‑resistance/Blue light, low temperature and stress induced protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,216,638 | 0 | T | G | 98.7% | 835.2 / ‑2.5 | 237 | intergenic (+3/‑110) | ariR/ymgC | RcsB connector protein for regulation of biofilm and acid‑resistance/Blue light, low temperature and stress induced protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/1); new base G (118/114); total (121/116) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.79e-01 | |||||||||||
Only 100 of 237 total aligned reads displayed.
TACACTCCTTGGAAACAACAAGTGATATTCTCAAAGCTGATGTGATTAGAAAAACACTGGAAATCGTGTTGCGATACACAGCTGATGATATGTAACTTCTAATTATTAAGTATAAGTTTATAGAAAACTCATTCATCTTATTTTTGTCTGTCGCTTTAGACTATACACAGCATAATTTTATTGGGTTAATATTT > NC_000913/1216541‑1216734 | acTCCTTGGAAACAACAAGTGATATTCTCAAAGCTGATGTGATTAGAAAAACACTGGAAATCGTGTTGCGATACACAGCTGATGATATGTAACTGCTAat > 2:3428420/1‑100 (MQ=255) cTCCTTGGAAACAACAAGTGATATTCTCAAAGCTGATGTGATTAGAAAAACACTGGAAATCGTGTTGCGATACACAGCTGATGATATGTAACTGCTAatt > 2:3794084/1‑100 (MQ=255) cTCCGTGGAAACAACAAGTGATATTCTCAAAGCTGATGTGATTAGAAAAACACTGGAAATCGTGATGCGATACACAGCTGATGATATGTAACTACTAatt > 2:4647504/1‑100 (MQ=255) tCCTTGGAAACAACAAGTGATATTCTCAAAGATGATGTGATTAGAAAAACAATGGAAATCGTGTTGCGATACACAGCTGATGATATGTAACTGCTAatta < 2:4859103/100‑1 (MQ=255) ccTTGGAAACAACAAGTGATATTCTCAAAGCTGATGTGATTAGAAAAACACTGGAAAGCGTGTTGCGATACACAGCTGATGATATGTAACTGCTAattat < 1:3126155/100‑1 (MQ=255) cTTGGAAACAACAAGTGATATTCTCAAAGCTGATGTGATTAGAAAAACACTGGAAATCGTGTTGCGATACACAGCTGATGATATGTAACTGCTAattatt > 2:1869553/1‑100 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |