| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,290,933 | T→G | L231R (CTT→CGT) | rssB → | PcnB‑degradosome interaction factor; response regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,290,933 | 0 | T | G | 99.1% | 762.6 / ‑6.0 | 214 | L231R (CTT→CGT) | rssB | PcnB‑degradosome interaction factor; response regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base G (118/93); total (119/95) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 214 total aligned reads displayed.
GCATTTTATTGCCTTGATGTCACCCGAGCTGGACATAATGGCGTACTTGCTGCCTTGTTATTACGCGCATTGTTTAACGGATTATTACAGGAACAGCTTGCACACCAAAATCAACGGTTGCCAGAGTTGGGCGCGTTATTGAAGCAGGTAAACCATTTACTTCGTCAGGCCAATCTGCCGGGGCAGTTTCCGCT > NC_000913/1290836‑1291029 | cATTTTATTGCCTTGATGTCACCCGAGCTGGACATAATGGCGTACTTGCTGCCTTGTTATTACGCGCATTGTTTAACGGATTATTACAGGAACAGCGTGc > 1:1171994/1‑100 (MQ=255) cATTTTATTGCCTTGATGTCACCCGAGCTGGACATAATGGCGTACTTGCTGCCTTGTTATTACGCGCATTGTTTAACGGATTATTACAGGAACAGCGTGc < 1:1878658/100‑1 (MQ=255) cATTTTATTGCCTTGATGTCACCCGAGCTGGACATAATGGCGTACTTGCTGCCTTGTTATTACGCGCATTGTTTAACGGATTATTACAGGAACAGCGTGc > 1:3757599/1‑100 (MQ=255) ttttATTGCCTTGATGTCACCCGAGCTGGACATAATGGCGTACTTGCTGCCTTGTTATTACGCGCATTGTTTAACGGATTATTACAGGAACAGCGTGcac < 2:3691611/100‑1 (MQ=255) ttttATTGCCTTGATGTCACCCGAGCTGGACATAATGGCGTACTTGCTGCCTTGTTATTACGCGCATTGTTTAACGGATTATTACAGGAACAGCGTGcac < 1:4782372/100‑1 (MQ=255) tttATTGCCTTGATGTCACCCGAGCTGGACATAATGGCGTACTTGCTGCCTTGTTATTACGCGCATTGTTTAACGGATTATTACAGGAACAGCGTGcaca > 1:138439/1‑100 (MQ=255) ttATTGCCTTGATGTCACCCGAGCTGGACATAATGGCGTACTTGCTGCCTTGTTATTACGCGCATTGTTTAACGGATTATTACAGGAACAGCGTGCacac > 1:497355/1‑100 (MQ=255) tATTGCCTTGATGTCACCCGAGCTGGACATAATGGCGTACTTGCTGCCTTGTTATTACGCGCATTGTTTAACGGATTATTACAGGAACAGCGTGCACAcc < 2:2781819/100‑1 (MQ=255) tATTGCCTTGATGTCACCCGAGCTGGACATAATGGCGTACTTGCTGCCTTGTTATTACGCGCATTGTTTAACGGATTATTACAGGAACAGCGTGCACAcc > 1:642884/1‑100 (MQ=255) aTTGCCTTGATGTCACCCGAGCTGGACATAATGGCGTACTTGCTGCCTTGTTATTACGCGCATTGTTTAACGGATTATTACAGGAACAGCGTGCACACCa > 2:3393736/1‑100 (MQ=255) gCCTTGATGTCACCCGAGCTGGACATAATGGCGTACTTGCTGCCTTGTTATTACGCGCATTGTTTAACGGATTATTACAGGAACAGCGTGCACACCaaaa < 1:2790534/100‑1 (MQ=255) ccTTGATGTCACCCGAGCTGGACATAATGGCGTACTTGCTGCCTTGTTATTACGCGCATTGTTTAACGGATTATTACAGGAACAGCTTGCACACCAAAAt > 2:2687829/1‑100 (MQ=255) ccTTGATGTCACCCGAGCTGGACATAATGGCGTACTTGCTGCCTTGTTATTACGCGCATTGTTTAACGGATTATTACAGGAACAGCGTGCACACCAAAAt < 2:2333541/100‑1 (MQ=255) ccTTGATGTCACCCGAGCTGGACATAATGGCGTACTTGCTGCCTTGTTATTACGCGCATTGTTTAACGGATTATTACAGGAACAGCGTGCACACCAAAAt < 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cACCCGAGCTGGACATAATGGCGTACTTGCTGCCTTGTTATTACGCGCATTGTTTAACGGATTATTACAGGAACAGCGTGCACACCAAAATCAACGGTTg > 1:3266367/1‑100 (MQ=255) cACCCGAGCTGGACATAATGGCGTACTTGCTGCCTTGTTATTACGCGCATTGTTTAACGGATTATTACAGGAACAGCGTGCACACCAAAATCAACGGTTg > 2:2055798/1‑100 (MQ=255) cACCCGAGCTGGACATAATGGCGTACTTGCTGCCTTGTTATTACGCGCATTGTTTAACGGATTATTACAGGAACAGCGTGCACACCAAAATCAACGGTTg > 1:1093874/1‑100 (MQ=255) cACCCGAGCTGGACATAATGGCGTACTTGCTGCCTTGTTATTACGCGCATTGTTTAACGGATTATTACAGGAACAGCGTGCACACCAAAATCAACGGTTg < 1:3427025/100‑1 (MQ=255) aCCCGAGCTGGACATAATGGCGTACTTGCTGCCTTGTTATTACGCGCATTGTTTAACGGATTATTACAGGAACAGCGTGCACACCAAAATCAACGGTTGc < 1:4644421/100‑1 (MQ=255) cccGAGCTGGACATAATGGCGTACTTGCTGCCTTGTTATTACGCGCATTGTTTAACGGATTATTACAGGAACAGCGTGCACACCAAAATCAACGGTTGcn < 1:293927/100‑2 (MQ=255) cccGAGCTGGACATAATGGCGTACTTGCTGCCTTGTTATTACGCGCATTGTTTAACGGATTATTACAGGAACAGCGTGCACACCAAAATCAACGGTTGcc < 2:90871/100‑1 (MQ=255) cGAGCTGGACATAATGGCGTACTTGCTGCCTTGTTATTACGCGCATTGTTTAACGGATTATTACAGGAACAGCGTGCACACCAAAATCAACGGTTGCCag < 1:3280385/100‑1 (MQ=255) aGCTGGACATAATGGCGTACTTGCTGCCTGGTTATTACGCGCATTGTTTAACGGATTATTACAGGAACAGCGTGCACACCAAAATCAACGGTTGCCagag < 1:3335144/100‑1 (MQ=255) cTGGACATAATGGCGTACTTGCTGCCTTGTTATTACGCGCATTGTTTAACGGATTATTACAGGAACAGCGTGCACACCAAAATCAACGGTTGCCAGAGtt < 1:97344/100‑1 (MQ=255) tGGACATAATGGCGTACTTGCTGCCTTGTTATTACGCGCATTGTTTAACGGATTATTACAGGAACAGCGTGCACACCAAAATCAACGGTTGCCAGAGTTg > 2:4089384/1‑100 (MQ=255) cATAATGGCGTACTTGCTGCCTTGTTATTACGCGCATTGTTTAACGGATTATTACAGGAACAGCGTGCACACCAAAATCAACGGTTGCCAGAGTTGGgcg > 1:2602197/1‑100 (MQ=255) aTAATGGCGTACTTGCTGCCTTGTTATTACGCGCATTGTTTAACGGATTATTACAGGAACAGCGTGCACACCAAAATCAACGGTTGCCAGAGTTGGgcgc > 2:5493564/1‑100 (MQ=255) naaTGGCGTACTTGCTGCCTTGTTATTACGCGCATTGTTTAACGGATTATTACAGGAACAGCGTGCACACCCAAATCCACGGTTGCCACAGTTgcgcgcc > 1:1649972/2‑99 (MQ=255) aTGGCGTACTTGCTGCGTTGTTATTACGCGCATTGTTTAACGGATTATTACAGGAACAGCGTGCACACCAAAATCAACGGTTGCCAGAGTTGGGCGCGtt < 1:2374647/100‑1 (MQ=255) aTGGCGTACTTGCTGCCTTGTTATTACGCGCATTGTTTAACGGATTATTACAGGAACAGCGTGCACACCAAAATCAACGGTTGCCAGAGTTGGGCGCGtt > 2:4267296/1‑100 (MQ=255) aTGGCGTACTTGCTGCCTTGTTATTACGCGCATTGTTTAACGGATTATTACAGGAACAGCGTGCACACCAAAATCAACGGTTGCCAGAGTTGGGCGCGtt < 1:2077885/100‑1 (MQ=255) aTGGCGTACTTGCTGCCTTGTTATTACGCGCATTGTTTAACGGATTATTACAGGAACAGCGTGCACACCAAAATCAACGGTTGCCAGAGTTGGGCGCGtt > 1:2752869/1‑100 (MQ=255) ggCGTACTTGCTGCCTTGTTATTACGCGCATTGTTTAACGGATTATTACAGGAACAGCGTGCACACCAAAATCAACGGTTGCCAGAGTTGGGCGCGTTAt < 1:3746210/100‑1 (MQ=255) ggCGTACTTGCTGCCTTGTTATTACGCGCATTGTTTAACGGATTATTACAGGAACAGCGTGCACACCAAAATCAACGGTTGCCAGAGTTGGGCGCGTTAt > 1:1926795/1‑100 (MQ=255) gCGTACTTGCTGCCTTGTTATTACGCGCATTGTTTAACGGATTATTACAGGAACAGCGTGCACACCAAAATCAACGGTTGCCAGAGTTGGGCGCGTTAtt < 1:3864311/100‑1 (MQ=255) gCGTACTTGCTGCCTTGTTATTACGCGCATTGTTTAACGGATTATTACAGGAACAGCGTGCACACCAAAATCAACGGTTGCCAGAGTTGGGCGCGTTAtt > 1:4628709/1‑100 (MQ=255) gCGTACTTGCTGCCGTGTTATTACGGGCATTGTTTAACGGGTTATTACAGGAACAGCGTGCACACCAAAATCAACGGTTGCCAGAGTTGGGCGCGTTAtt < 2:2468494/100‑1 (MQ=255) cGTACTTGCTGCCTTGTTATGACGCGCATTGTTTAACGGATTATTACAGGAACAGCGTGCACACCAAAATCAACGGTTGCCAGAGGTTGGCGCGTTATTg > 2:3186403/1‑100 (MQ=255) gTACTTGCTGCCTTGTTATTACGCGCATTGTTTAACGGATTATTACAGGAACAGCGTGCACACCAAAATCAACGGTTGCCAGAGTTGGGCGCGTTATTGa < 2:2353229/100‑1 (MQ=255) aCTTGCTGCCTTGTTATTACGCGCATTGTTTAACGGATTATTACAGGAACCGCGTGCACACCAAAATCAACGGTTGCCAGAGTTGGGCGCGTTACTGAAg > 2:2132587/1‑100 (MQ=255) aCTTGCTGCCTTGTTATTACGCGCATTGTTTAACGGATTATTACAGGAACAGCTTGCACACCAAAATCAACGGTTGCCAGAGTTGGGCGCGTTATTGAAg < 1:3927102/100‑1 (MQ=255) aCTTGCTGCCTTGTTATTACGCGCATTGTTTAACGGATTATTACAGGAACAGCGTGCACACCAAAATCAACGGTTGCCAGAGTTGGGCGCGTTATTGAAg < 2:4801593/100‑1 (MQ=255) aCTTGCTGCCTTGTTATTACGCGCATTGTTTAACGGATTATTACAGGAACAGCGTGCACACCAAAATCAACGGTTGCCAGAGTTGGGCGCGTTATTGAAg > 2:4365312/1‑100 (MQ=255) cTTGCTGCCTTGTTATTACGCGCATTGTTTAACGGATTATTACAGGAACAGTGTGCACACCAAAATCAACGGTTGCCAGAGTTGGGCGCGTTATTGAAGc > 2:818155/1‑100 (MQ=255) cTTGCTGCCTTGTTATTACGCGCATTGTTTAACGGATTATTACAGGAACAGCGTGCACACCAAAATCAACGGTTGCCAGAGTTGGGCGCGTTATTGAAGc > 2:1081362/1‑100 (MQ=255) ttGCTGCCTTGTTATTACGCGCATTGTTTAACGGATTATTACAGGAACAGCGTGCACACCAAAATCAACGGTTGCCAGAGTTGGGCGCGTTATTGAAGCa < 2:4193976/100‑1 (MQ=255) tgctgcCTTGTTATTACGCGCATTGTTTAACGGATTATTACAGGAACAGCGTGCACACCAAAATCAACGGTTGCCAGAGTTGGGCGCGTTATTGAAGCAg < 1:2515954/100‑1 (MQ=255) gctgcCTTGTTATTACGCGTATTGTTTAACGGATTATTACAGGAACAGCGTGCACACCAAAATCAACGGTTGCCAGAGTTGGGCGCGTTATTGAAGCAgg < 2:4916549/100‑1 (MQ=255) ctgcCTTGTTATTACGCGCATTGTTTAACGGATTATTACAGGAACAGCGTGCACACCAAAATCAACGGTTGCCAGAGTTGGGCGCGTTATTGAAGCAGGt > 2:4625356/1‑100 (MQ=255) ctgcCTTGTTATTACGCGCATTGTTTAACGGATTATTACAGGAACAGCGTGCACACCAAAATCAACGGTTGCCAGAGTTGGGCGCGTTATTGAAGCAGGt < 2:76135/100‑1 (MQ=255) ctgcCTTGTTATTACGCGCATTGTTTAACGGATTATTACAGGAACAGCGTGCACACCAAAATCAACGGTTGCCAGAGTTGGGCGCGTTATTGAAGCAGGt < 1:15326/100‑1 (MQ=255) nccTTGTTATTACGCGCATTGTTTAACGGATTATTACAGGAACAGCGTGCACACCAAAATCAACGGTTGCCAGAGTTGGGCGCGTTATTGAAGCAGGTaa > 1:176069/2‑100 (MQ=255) ccTTGTTATTACGCGCATTGTTTAACGGATTATTACAGGAACAGCGTGCACACCAAAATCAACGGTTGCCAGAGTTGGGCGCGTTATTGAAGCAGGTaaa > 1:1341253/1‑100 (MQ=255) tattaCGCGCATTGTTTAACGGATTATTACAGGAACAGCGTGCACACCAAAATCAACGGTTGCCAGAGTTGGGCGCGTTATTGAAGCAGGTAAACCAttt > 2:1478033/1‑100 (MQ=255) attaCGCGCATTGTTTAACGGATTATTACAGGAACAGCGTGCACACCAAAATCAACGGTTGCCAGAGTTGGGCGCGTTATTGAAGCAGGTAAACCATTTa > 2:2456282/1‑100 (MQ=255) ttaCGCGCATTGTTTAACGGATTATTACATGAACAGCGTGCACACCAAAATCAACGGTTACTAAAGTTGGGCGCGTTATTTAAGCAGGTAAACCATTTAc > 2:1673691/1‑100 (MQ=255) ttaCGCGCATTGTTTAACGGATTATTACAGGAACAGCGTGCACACCAAAATCAACGGTTGCCAGAGTTGGGCGCGTTATTGAAGCAGGTAAACCATTTAc > 2:1672621/1‑100 (MQ=255) taCGCGCATTGTTTAACGGATTATTACAGGAACAGCGTGCACACCAAAATCAACGGTTGCCAGAGTTGGGCGCGTTATTGAAGCAGGTAAACCATTTACt < 1:1699732/100‑1 (MQ=255) aCGCGCATTGTTTAACGGATTATTACAGGAACAGCGTGCACACCAAAATCAACGGTTGCCAGAGTTGGGCGCGTTATTGAAGCAGGTAAACCATTTACtt > 1:3550728/1‑100 (MQ=255) 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2:4895255/1‑100 (MQ=255) tGTTTAACGGATTATTACAGGAACAGCGTGCACACCAAAATCAACGTTTGCCAGAGTTGGGCGCGGTATTGAAGCAGGTAAACCATTTAGTTCGTCAGGc < 2:5071576/100‑1 (MQ=255) gTTTAACGGATTATTACAGGAACAGCGTGCACACCAAAATCAACGGTTGCCAGAGTTGGGCGCGTTATTGAAGCAGGTAAACCATTTACTTCGTCAGGcc > 1:4158110/1‑100 (MQ=255) gTTTAACGGATTATTACAGGAACAGCGTGCACACCAAAATCAACGGTTGCCAGAGTTGGGCGCGTTATTGAAGCAGGTAAACCATTTACTTCGTCAGGcc > 1:285699/1‑100 (MQ=255) gTTTAACGGATTATTACAGGAACAGCGTGCACACCAAAATCAACGGTTGCCAGAGTTGGGCGCGTTATTGAAGCAGGTAAACCATTTACTTCGTCAGGcc < 2:537957/100‑1 (MQ=255) gTTTAACGGATTATTACAGGAACAGCGTGCACACCAAAATCAACGGTTGCCAGAGTTGGGCGCGTTATTGAAGCAGGTAAACCATTTACTTCGTCAGGcc > 1:666206/1‑100 (MQ=255) tAACGGATTATTACAGGAACAGCGTGCACACCAAAATCAACGGTTGCCAGAGTTGGGCGCGTTATTGAAGCAGGTAAACCATTTACTTCGTCAGGCCAAt > 1:4310450/1‑100 (MQ=255) aaCGGATTATTACAGGAACAGCGTGCACACCAAAATCAACGGTTGCCAGAGTTGGGCGCGTTATTGAAGCAGGTAAACCATTTACTTCGTCAGGCCAATc > 1:2920221/1‑100 (MQ=255) aaCGGATTATTACAGGAACAGCGTGCACACCAAAATCAACGGTTGCCAGAGTTGGGCGCGTTATTGAAGCAGGTAAACCATTTACTTCGTCAGGCCAATc > 1:5321419/1‑100 (MQ=255) gATTATTACAGGAACAGCGTGCACACCAAAATCAACGGTTGCCAGAGTTGGGCGCGTTATTGAAGCAGGTAAACCATTTACTTCGTCAGGCCAATCTGcc < 1:2333226/100‑1 (MQ=255) gATTATTACAGGAACAGCGGGCACACCAAAATCAACGGGTGCCAGAGTTGCGCGCGTTATTGAAGCAGGTAAACCATTTACTTCGTCGGGCCAAGCTGcc < 2:5283492/100‑1 (MQ=255) attattACAGGAACAGCGTGCACACCAAAATCAACGGTTGCCAGAGTTGGGCGCGTTATTGAAGCAGGTAAACCATTTACTTCGTCAGGCCAATCTGCCg > 2:144336/1‑100 (MQ=255) attattACAGGAACAGCGTGCACACCAAAATCAACGGTTGCCAGAGTTGCGCGCGTTATTGAAGCAGGTAAACCATTTACTTCGTCAGGCCAATCTGCCg < 2:5412894/100‑1 (MQ=255) ttattaCAGGAACAGCGTGCACACCAAAATCAACGGTTGCCAGAGTTGGGCGCGTTATTGAAGCAGGTAAACCATTTACTTCGTCAGGCCAATCTGCCgg > 2:1171797/1‑100 (MQ=255) ttattaCAGGAACAGCGTGCACACCAAAATCAACGGTTGCCAGAGTTGGGCGCGTTATTGAAGCAGGTAAACCATTTACTTCGTCAGGCCAATCTGCCgg < 1:3294697/100‑1 (MQ=255) ttattaCAGGAACAGCGTGCACACCAAAATCAACGGTTGACAGAGTTGGGCGCGTTATTGAAGCAGGTAAACCATTTACTTCGTCAGGCAAATCTGACgg < 2:255523/100‑1 (MQ=255) attaCAGGAACAGCGTGCACACCAAAATCAACGGTTGCCAGAGTTGGGCGCGTTATTGAAGCAGGTAAACCATTTACTTCGTCAGGCCAATCTGCCgggg > 2:1338115/1‑100 (MQ=255) ttaCAGGAACAGCGTGCACACCAAAATCAACGGTTGCCAGAGTTGGGCGCGTTATTGAAGCAGGTAAACCATTTACTTCGTCAGGCCAATCTGCCGGGGc > 1:1409020/1‑100 (MQ=255) taCAGGAACAGCGTGCACACCAAAATCAACGGTTGCCAGAGTTGGGCGCGTTATTGAAGCAGGTAAACCATTTACTTCGTCAGGCCAATCTGCCGGGGCa > 2:1785468/1‑100 (MQ=255) aCAGGAACAGCGTGCACACCAAAATCAACGGTTGCCAGAGTTGGGCGCGTTATTGAAGCAGGTAAACCATTTACTTCGTCAGGCCAATCTGCCGGGGCAg > 1:2643707/1‑100 (MQ=255) aCAGGAACAGCGTGCACACCAAAATCAACGGTTGCCAGAGTTGGGCGCGTTATTGAAGCAGGTAAACCATTTACTTCGTCAGGCCAATCTGCCGGGGCAg > 2:1955015/1‑100 (MQ=255) ggAACGGCGTGCACACCAAAATCAACGGTTGCCAGAGTTGGGCGCGTTATTGAAGCAGGTAAACCATTTACTTCGTCAGGCCAATCTGCCGGGGCAGttt > 2:4831222/1‑100 (MQ=255) ggAACAGCGTGCACACCAAAATCAACGGTTGCCAGAGTTGGGCGCGTTATTGAAGCAGGTAAACCATTTACTTCGTCAGGCCAATCTGCCGGGGCAGttt > 1:766192/1‑100 (MQ=255) ggAACAGCGTGCACACCAAAATCAACGGTTGCCAGAGTTGGGCGCGTTATTGAAGCAGGTAAACCATTTACTTCGTCAGGCCAATCTGCCGGGGCAGttt > 2:3303188/1‑100 (MQ=255) gAACAGCGTGCACACCAAAATCAACGGTTGCCAGAGTTGGGCGCGTTATTGAAGCAGGTAAACCATTTACTTCGTCAGGCCAATCTGCCGGGGCAGTTTc > 2:2954212/1‑100 (MQ=255) aCAGCGTGCACACCAAAATCAACGGTTGCCAGAGTTGGGCGCGTTATTGAAGCAGGTAAACCATTTACTTCGTCAGGCCAATCTGCCGGGGCAGTTTCCg > 2:349397/1‑100 (MQ=255) cAGCGTGCACACCATAATCAACGGTTGCCAGAGTTGGGTGTGTTATTGAAGCAGGTAAACCATTTACTTCGTCAGGCCAATCTGCCGGGGCAGTTTCCgt < 2:5030810/100‑2 (MQ=255) | GCATTTTATTGCCTTGATGTCACCCGAGCTGGACATAATGGCGTACTTGCTGCCTTGTTATTACGCGCATTGTTTAACGGATTATTACAGGAACAGCTTGCACACCAAAATCAACGGTTGCCAGAGTTGGGCGCGTTATTGAAGCAGGTAAACCATTTACTTCGTCAGGCCAATCTGCCGGGGCAGTTTCCGCT > NC_000913/1290836‑1291029 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |