| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,598,136 | A→C | intergenic (‑149/+481) | yneO ← / ← lsrK | pseudogene, AidA homolog/autoinducer‑2 (AI‑2) kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,598,136 | 0 | A | C | 97.0% | 807.6 / 3.3 | 232 | intergenic (‑149/+481) | yneO/lsrK | pseudogene, AidA homolog/autoinducer‑2 (AI‑2) kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (3/4); new base C (139/86); total (142/90) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.35e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 232 total aligned reads displayed.
AATACCTGTAGAGTGCAATTCCATATCACGCGATAGATTCTATTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGTTGGAGGTGGGAAGGTGTCAATTTGGCTAATTTGCTAATGCTTT > NC_000913/1598040‑1598232 | aaTACCTGTAGAGTGCAATTCCATATCACGCGATAGATTCTATTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCCGAc < 2:4854947/100‑1 (MQ=255) aTACCTGTAGAGTGCAATTCCATATCACGCGATAGATTCTATTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCCGACa > 1:818738/1‑100 (MQ=255) tACCTGTAGAGTGCAATTCCATATCACGCGATAGATTCTATTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCCGACAt > 1:3893907/1‑100 (MQ=255) ccTGTAGAGTGCAATTCCATATCACGCGATAGATTCTATTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCCGACATTa > 2:3680475/1‑100 (MQ=255) gTAGAGTGCAATTCCATATCACGCGATAGATTCTATTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCCGACATTaaaa > 1:1105645/1‑100 (MQ=255) gTAGAGTGCAATTCCATATCACGCGATAGATTCTATTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCCGACATTaaaa < 1:1112938/100‑1 (MQ=255) 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1:2180605/1‑100 (MQ=255) ccATATACAAACAACACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCCGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGTTGGAgg < 1:2520125/100‑1 (MQ=255) cATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCCGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGTTGGAGGt < 2:5354506/100‑1 (MQ=255) atatACAAACAATGCAGCCACGAAAGAGATGCGTCGTCCGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGTTGGAGGTg < 2:4300050/100‑1 (MQ=255) tataCAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCCGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGTTGGAGGTgg < 1:910523/100‑1 (MQ=255) tataCAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCCGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGTTGGAGGTgg > 1:5434931/1‑100 (MQ=255) taCAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCCGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGTTGGAGGTGGGa > 2:1352599/1‑100 (MQ=255) caaacaaTACAGCCACGAAAGAGCTGAGTCGTCCGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGCGTGTTAGTTGGAGGTGGGAAg > 2:1611688/1‑100 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |