| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 142,754 | A→C | intergenic (‑84/‑25) | can ← / → yadG | carbonic anhydrase/putative ABC transporter ATPase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 142,754 | 0 | A | C | 98.4% | 424.7 / ‑2.2 | 128 | intergenic (‑84/‑25) | can/yadG | carbonic anhydrase/putative ABC transporter ATPase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base C (69/57); total (70/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 128 total aligned reads displayed.
TCTATGTCTTTCATGGAGGTTAACGACCTGTAACCAAATAATTACGTTTGGCTAATATAGGGCAACTCCGGGACGATTTAAACCACAGATAAAGTGTAAGAACGTAAGGTAAGTAAAAATTTATGACCATTGCACTGGAACTTCAACAGCTTAAAAAAACCTATCCAGGCGGCGTTCAGGCGCTTCGTGGGAT > NC_000913/142657‑142849 | tCTATGTCTTTCATGGAGGTTAACGACCTGTAACCAAATAATTACGTTTGGCTAATATAGGGCAACTCCGGGACGATTTAAACCACAGATAAAGTGTCAg < 1:1972235/100‑1 (MQ=255) cTATGTCTTTCATGGAGGTTAACGACCTGTAACCAAATAATTACGTTTGGCTAATATAGGGCAACTCCGGGACGATTTAAACCACAGATAAAGTGTCAGa > 2:2488345/1‑100 (MQ=255) tATGTCTTTCATGGAGGTTAACGACCTGTAACCAAATAATTACGTTTGGCTAATATAGGGCAACTCCGGGACGATTTAAACCACAGATAAAGTGTCAGaa > 1:3103346/1‑100 (MQ=255) tCTTTCATGGAGGTTAACGACCTGTAACCAAATAATTACGTTTGGCTAATATAGGGCAACTCCGGGACGATTTAAACCACAGATAAAGTGTCAGAACgta > 1:645655/1‑100 (MQ=255) tCTTTCATGGAGGTTAACGACCTGTAACCAAATAATTACGTTTGGCTAATATAGGGCAACTCCGGGACGATTTAAACCACAGATAAAGTGTCAGAACgta > 2:869216/1‑100 (MQ=255) cTTTCATGGAGGTTAACGACCTGTAACCAAATAATTACGTTTGGCTAATATAGGGCAACTCCGGGACGATTTAAACCACAGATAAAGTGTCAGAACgtaa > 1:2986323/1‑100 (MQ=255) 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aaCGACCTGTAACCAAATAATTACGTTTGGCTAATATAGGGCAACTCCGGGACGATTTAAACCACAGATAAAGTGTCAGAACGTAAGGTAAGTAAAAAtt < 2:2764101/100‑1 (MQ=255) aaCGACCTGTAACCAAATAATTACGTTTGGCTAATATAGGGCAACTCCGGGACGATTTAAACCACAGATAAAGTGTCAGAACGTAAGGTAAGTAAAAAtt < 2:3443123/100‑1 (MQ=255) cGACCTGTAACCAAATAATTACGTTTGGCTAATATAGGGCAACTCCGGGACGATTTAAACCACAGATAAAGTGTCAGAACGTAAGGTAAGTAAAAATTTa < 1:2416834/100‑1 (MQ=255) gACCTGTAACCAAATAATTACGTTTGGCTAATATAGGGCAACTCCGGGACGATTTAAACCACAGATAAAGTGTCAGAACGTAAGGTAAGTAAAAATTTAt > 2:335545/1‑100 (MQ=255) ccTGTAACCAAATAATTACGTTTGGCTAATATAGGGCAACTCCGGGACGATTTAAACCACAGATAAAGTGTCAGAACGTAAGGTAAGTAAAAATTTATGa > 1:122293/1‑100 (MQ=255) ccTGTAACCAAATAATTACGTTTGGCTAATATAGGGCAACTCCGGGACGATTTAAACCACAGATAAAGTGTCAGAACGTAAGGTAAGTAAAAATTTATGa > 2:1118165/1‑100 (MQ=255) cTGTAACCAAATAATTACGTTTGGCTAATATAGGGCAACTCCGGGACGATTTAAACCACAGATAAAGTGTCAGAACGTAAGGTAAGTAAAAATTTATGAc < 1:3466134/100‑1 (MQ=255) cTGTAACCAAATAATTACGTTTGGCTAATATAGGGCAACTCCGGGACGATTTAAACCACAGATAAAGTGTCAGAACGTAAGGTAAGTAAAAATTTATGAc < 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aaaGTGTCAGAACGTAAGGTAAGTAAAAATTTATGACCATTGCACTGGAACTTCAACAGCTTAAAAAAACCTATCCAGGCGGCGTTCAGGCGCTTCGTgg < 1:2254368/100‑1 (MQ=255) aaaGTGTCAGAACGTAAGGTAAGTAAAAATTTATGACCATTGCACTGGAACTCCAACAGCTTAAAAAAACCTATTCAGGCGGCGTTCAGGCGCTTCGTgg < 1:3645559/100‑1 (MQ=255) gtgtCAGAACGTAAGGTAAGTAAAAATTTATGACCATTGCACTGGAACTTCAACAGCTTAAAAAAACCTATCCAGGCGGCGTTCAGGCGCTTCGTGGGAt > 2:1128530/1‑100 (MQ=255) gtgtCAGAACGTAAGGTAAGTAAAAATTTATGACCATTGCACTGGAACTTCAACAGCTTAAAAAAACCTATCCAGGCGGCGTTCAGGCGCTTCGTGGGAt < 1:1805304/100‑1 (MQ=255) | TCTATGTCTTTCATGGAGGTTAACGACCTGTAACCAAATAATTACGTTTGGCTAATATAGGGCAACTCCGGGACGATTTAAACCACAGATAAAGTGTAAGAACGTAAGGTAAGTAAAAATTTATGACCATTGCACTGGAACTTCAACAGCTTAAAAAAACCTATCCAGGCGGCGTTCAGGCGCTTCGTGGGAT > NC_000913/142657‑142849 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |